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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GYRA_ECOLI P0AES4 ? 1 ;SDLAREITPVNIEEELKSSYLDYAMSVIVGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAMNVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPHG DSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSIDGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMPT KIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLTEVINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEAYRTGRGKVY IRARAEVEVDAKTGRETIIVHEIPYQVNKARLIEKIAELVKEKRVEGISALRDESDKDGMRIVIEVKRDAVGEVVLNNLY SQTQLQVSFGINMVALHHGQPKIMNLKDIIAAFVRHRREVVTRRTIFELRKARDRAHILEALAVALANIDPIIELIRHAP TPAEAKTALVANPWQLGNVAAMLERAGDDAARPEWLEPEFGVRDGLYYLTEQQAQAILDLRLQKLTGLEHEKLLDEYKEL LDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQFGDKRRTEITANSADINLEDLITQEDVVVTLSHQGYVKYQPLSEYEAQR RGGKGKSAARIKEEDFIDRLLVANTHDHILCFSSRGRVYSMKVYQLPEATRGARGRPIVNLLPLEQDERITAILPVTEFE EGVKVFMATANGTVKKTVLTEFNRLRTAGKVAIKLVDGDELIGVDLTSGEDEVMLFSAEGKVVRFKESSVRAMGCNTTGV RGIRLGEGDKVVSLIVPRGDGAILTATQNGYGKRTAVAEYPTKSRATKGVISIKVTERNGLVVGAVQVDDCDQIMMITDA GTLVRTRVSEISIVGRNTQGVILIRTAEDENVVGLQRVAEPVDEEDLDTIDGSAAEGDDEIAPEVDVDDEPEEE ; 2 2 UNP GYRB_ECOLI P0AES6 ? 2 ;SNSYDSSSIKVLKGLDAVRKRPGMYIGDTDDGTGLHHMVFEVVDNAIDEALAGHCKEIIVTIHADNSVSVQDDGRGIPTG IHPEEGVSAAEVIMTVLHAGGKFDDNSYKVSGGLHGVGVSVVNALSQKLELVIQREGKIHRQIYEHGVPQAPLAVTGETE KTGTMVRFWPSLETFTNVTEFEYEILAKRLRELSFLNSGVSIRLRDKRDGKEDHFHYEGGIKAFVEYLNKNKTPIHPNIF YFSTEKDGIGVEVALQWNDGFQENIYCFTNNIPQRDGGTHLAGFRAAMTRTLNAYMDKEGYSKKAKVSATGDDAREGLIA VVSVKVPDPKFSSQTKDKLVSSEVKSAVEQQMNELLAEYLLENPTDAKIVVGKIIDAARAREAARRAREMTRRKGALDLA GLPGKLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVEKARFDKMLSSQEVATLITALGCGIGRD EYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIAL DGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDKE QHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFEQ ALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGDAVEPRRAFIEENALKAAN IDI ; 2 3 PDB 7Z9K 7Z9K ? 3 ? 1 4 PDB 7Z9K 7Z9K ? 4 ? 1 5 PDB 7Z9K 7Z9K ? 5 ? 1 6 PDB 7Z9K 7Z9K ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7Z9K A 2 ? 875 ? P0AES4 2 ? 875 ? 2 875 2 2 7Z9K B 3 ? 805 ? P0AES6 2 ? 804 ? 2 804 3 1 7Z9K C 2 ? 875 ? P0AES4 2 ? 875 ? 2 875 4 2 7Z9K D 3 ? 805 ? P0AES6 2 ? 804 ? 2 804 5 3 7Z9K E 1 ? 14 ? 7Z9K 1 ? 14 ? 1 14 6 4 7Z9K F 1 ? 14 ? 7Z9K 1 ? 14 ? 1 14 7 5 7Z9K G 1 ? 18 ? 7Z9K 15 ? 32 ? 15 32 8 6 7Z9K H 1 ? 18 ? 7Z9K 15 ? 32 ? 15 32 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7Z9K SER A 1 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 1 1 1 7Z9K LEU A 876 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 876 2 1 7Z9K GLU A 877 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 877 3 1 7Z9K VAL A 878 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 878 4 1 7Z9K LEU A 879 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 879 5 1 7Z9K PHE A 880 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 880 6 1 7Z9K GLN A 881 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 881 7 2 7Z9K GLY B 1 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 0 8 2 7Z9K PRO B 2 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 1 9 2 7Z9K GLU B 806 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 805 10 2 7Z9K ASN B 807 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 806 11 2 7Z9K LEU B 808 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 807 12 2 7Z9K TYR B 809 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 808 13 2 7Z9K PHE B 810 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 809 14 2 7Z9K GLN B 811 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 810 15 3 7Z9K SER C 1 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 1 16 3 7Z9K LEU C 876 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 876 17 3 7Z9K GLU C 877 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 877 18 3 7Z9K VAL C 878 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 878 19 3 7Z9K LEU C 879 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 879 20 3 7Z9K PHE C 880 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 880 21 3 7Z9K GLN C 881 ? UNP P0AES4 ? ? 'expression tag' 881 22 4 7Z9K GLY D 1 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 0 23 4 7Z9K PRO D 2 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 1 24 4 7Z9K GLU D 806 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 805 25 4 7Z9K ASN D 807 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 806 26 4 7Z9K LEU D 808 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 807 27 4 7Z9K TYR D 809 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 808 28 4 7Z9K PHE D 810 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 809 29 4 7Z9K GLN D 811 ? UNP P0AES6 ? ? 'expression tag' 810 30 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 IL1 non-polymer . ;4-[[4-[[5-[[(2S)-2-[[5-[(4-cyanophenyl)carbonylamino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-3-(1H-1,2,3-triazol-4-yl)propanoyl]amino]pyridin-2-yl]carbonylamino]-2-oxidanyl-3-propan-2-yloxy-phenyl]carbonylamino]benzoic acid ; ? 'C42 H35 N11 O9' 837.796 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PTR 'L-peptide linking' n O-PHOSPHOTYROSINE PHOSPHONOTYROSINE 'C9 H12 N O6 P' 261.168 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7Z9K _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7Z9K _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 16353 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.556 ? 22379 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.883 ? 6374 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2504 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 2757 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7Z9K _struct.title 'E.coli gyrase holocomplex with 217 bp DNA and Albi-1 (site TG)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7Z9K _struct_keywords.text 'type II topoisomerase, antibiotic, albicidin, DNA gyrase, ISOMERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords ISOMERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 7 ? J N N 8 ? K N N 8 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 13 ? VAL A 30 ? ILE A 13 VAL A 30 1 ? 18 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 42 ? LEU A 55 ? LYS A 42 LEU A 55 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 66 ? TYR A 77 ? SER A 66 TYR A 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 81 ? MET A 92 ? GLY A 81 MET A 92 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 119 ? PTR A 122 ? ALA A 119 PTR A 122 5 ? 4 HELX_P HELX_P6 AA6 ILE A 130 ? MET A 135 ? 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ASN B 746 THR B 754 1 ? 9 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP B 770 ? GLY B 783 ? ASP B 769 GLY B 782 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 ALA B 785 ? ASN B 796 ? ALA B 784 ASN B 795 1 ? 12 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA B 797 ? ASN B 802 ? ALA B 796 ASN B 801 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 ILE C 13 ? ARG C 32 ? ILE C 13 ARG C 32 1 ? 20 HELX_P HELX_P39 AE3 LYS C 42 ? LEU C 55 ? LYS C 42 LEU C 55 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 SER C 66 ? TYR C 77 ? SER C 66 TYR C 77 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY C 81 ? ALA C 93 ? GLY C 81 ALA C 93 1 ? 13 HELX_P HELX_P42 AE6 ILE C 130 ? MET C 135 ? ILE C 130 MET C 135 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO C 164 ? GLY C 170 ? PRO C 164 GLY C 170 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN C 186 ? ASP C 200 ? ASN C 186 ASP C 200 1 ? 15 HELX_P HELX_P45 AE9 SER C 204 ? ILE C 212 ? SER C 204 ILE C 212 1 ? 9 HELX_P HELX_P46 AF1 ARG C 226 ? GLY C 236 ? ARG C 226 GLY C 236 1 ? 11 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN C 269 ? GLU C 283 ? ASN C 269 GLU C 283 1 ? 15 HELX_P HELX_P48 AF3 VAL C 312 ? THR C 324 ? VAL C 312 THR C 324 1 ? 13 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN C 346 ? ASN C 389 ? ASN C 346 ASN C 389 1 ? 44 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN C 389 ? HIS C 399 ? ASN C 389 HIS C 399 1 ? 11 HELX_P HELX_P51 AF6 THR C 402 ? ALA C 412 ? THR C 402 ALA C 412 1 ? 11 HELX_P HELX_P52 AF7 VAL C 420 ? ALA C 427 ? VAL C 420 ALA C 427 1 ? 8 HELX_P HELX_P53 AF8 THR C 451 ? ASP C 460 ? THR C 451 ASP C 460 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 ARG C 462 ? LEU C 466 ? ARG C 462 LEU C 466 5 ? 5 HELX_P HELX_P55 AG1 THR C 467 ? GLY C 493 ? THR C 467 GLY C 493 1 ? 27 HELX_P HELX_P56 AG2 ALA C 495 ? GLY C 514 ? ALA C 495 GLY C 514 1 ? 20 HELX_P HELX_P57 AG3 GLY D 426 ? GLY D 436 ? GLY D 425 GLY D 435 1 ? 11 HELX_P HELX_P58 AG4 ARG D 458 ? SER D 465 ? ARG D 457 SER D 464 1 ? 8 HELX_P HELX_P59 AG5 GLN D 466 ? GLY D 476 ? GLN D 465 GLY D 475 1 ? 11 HELX_P HELX_P60 AG6 ASP D 501 ? MET D 519 ? ASP D 500 MET D 518 1 ? 19 HELX_P HELX_P61 AG7 MET D 519 ? GLY D 526 ? MET D 518 GLY D 525 1 ? 8 HELX_P HELX_P62 AG8 ASP D 550 ? LEU D 562 ? 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ALA D 796 ASN D 801 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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Star 3 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1366620 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 12 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7Z9K 'double helix' 7Z9K 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 E DA 2 1_555 G DT 17 1_555 1.838 0.414 0.593 12.446 -25.616 7.026 1 E_DA2:DT31_G E 2 ? G 31 ? ? ? 1 E DA 3 1_555 G DT 16 1_555 0.706 0.157 0.253 3.789 -17.265 4.456 2 E_DA3:DT30_G E 3 ? G 30 ? 20 1 1 E DT 4 1_555 G DA 15 1_555 -0.811 0.242 -0.248 8.105 -21.076 -0.395 3 E_DT4:DA29_G E 4 ? G 29 ? 20 1 1 E DC 5 1_555 G DG 14 1_555 0.262 0.307 0.201 -13.815 -23.872 -4.150 4 E_DC5:DG28_G E 5 ? G 28 ? 19 1 1 E DT 6 1_555 G DA 13 1_555 1.013 2.826 1.136 -43.727 -7.944 -92.678 5 E_DT6:DA27_G E 6 ? G 27 ? ? ? 1 E DG 7 1_555 G DC 12 1_555 -1.076 0.848 0.730 -1.864 -28.117 19.462 6 E_DG7:DC26_G E 7 ? G 26 ? ? 1 1 E DT 8 1_555 G DA 11 1_555 -0.317 -0.008 -0.087 2.445 -17.350 -3.706 7 E_DT8:DA25_G E 8 ? G 25 ? 20 1 1 E DG 9 1_555 G DC 10 1_555 -0.643 0.554 0.642 16.383 -10.766 7.838 8 E_DG9:DC24_G E 9 ? G 24 ? ? 1 1 E DC 10 1_555 G DG 9 1_555 0.091 0.195 1.180 9.804 -13.508 5.532 9 E_DC10:DG23_G E 10 ? G 23 ? 19 1 1 E DG 11 1_555 G DC 8 1_555 -0.396 0.681 0.501 -11.260 -14.214 12.022 10 E_DG11:DC22_G E 11 ? 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H 19 ? ? 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 E DA 2 1_555 G DT 17 1_555 E DA 3 1_555 G DT 16 1_555 -0.016 -0.506 3.499 1.104 5.809 31.121 -2.059 0.244 3.349 10.706 -2.034 31.664 1 EE_DA2DA3:DT30DT31_GG E 2 ? 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