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EMDB EMD-14634 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP' _pdbx_database_related.db_id EMD-14634 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7ZCW _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-03-29 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Choi, S.R.' 1 0000-0002-4240-2150 'Blum, T.' 2 0000-0002-1615-1941 'Steinmetz, M.O.' 3 0000-0001-6157-3687 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'J.Cell Biol.' _citation.journal_id_ASTM JCLBA3 _citation.journal_id_CSD 2019 _citation.journal_id_ISSN 1540-8140 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 222 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'VASH1-SVBP and VASH2-SVBP generate different detyrosination profiles on microtubules.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1083/jcb.202205096 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36512346 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ramirez-Rios, S.' 1 0000-0002-3254-7137 primary 'Choi, S.R.' 2 0000-0002-4240-2150 primary 'Sanyal, C.' 3 0000-0002-1559-2075 primary 'Blum, T.B.' 4 0000-0002-1615-1941 primary 'Bosc, C.' 5 0000-0002-3195-6692 primary 'Krichen, F.' 6 0000-0003-0212-0463 primary 'Denarier, E.' 7 0000-0002-4169-397X primary 'Soleilhac, J.M.' 8 0000-0001-8072-8496 primary 'Blot, B.' 9 0000-0002-6279-5764 primary 'Janke, C.' 10 0000-0001-7053-2000 primary 'Stoppin-Mellet, V.' 11 0000-0002-1958-1306 primary 'Magiera, M.M.' 12 0000-0003-4847-3053 primary 'Arnal, I.' 13 0000-0001-6149-8189 primary 'Steinmetz, M.O.' 14 0000-0001-6157-3687 primary 'Moutin, M.J.' 15 0000-0003-2681-9818 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7ZCW _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7ZCW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Tubulin alpha-1B chain' 50204.445 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Tubulin beta-2B chain' 49907.770 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2' 40488.914 1 3.4.17.17 C158A ? ? 4 polymer man 'Small vasohibin-binding protein' 8780.000 1 ? ? ? 'Recombinant C-terminal his6-tag' 5 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 2 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 6 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER' 521.208 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Alpha-tubulin ubiquitous,Tubulin K-alpha-1,Tubulin alpha-ubiquitous chain' 3 'Vasohibin-2,Vasohibin-like protein' 4 'Coiled coil domain-containing protein 23' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRT GTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVD YGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITA 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'VASH2, VASHL' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 73 human ? 'SVBP, CCDC23' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 451 human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? Hela ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 445 human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 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UNP Q9BVA1 ILE 316 conflict 316 4 3 7ZCW ALA C 158 ? UNP Q86V25 CYS 158 'engineered mutation' 158 5 4 7ZCW LYS D 67 ? UNP Q8N300 ? ? 'expression tag' 67 6 4 7ZCW HIS D 68 ? UNP Q8N300 ? ? 'expression tag' 68 7 4 7ZCW HIS D 69 ? UNP Q8N300 ? ? 'expression tag' 69 8 4 7ZCW HIS D 70 ? UNP Q8N300 ? ? 'expression tag' 70 9 4 7ZCW HIS D 71 ? UNP Q8N300 ? ? 'expression tag' 71 10 4 7ZCW HIS D 72 ? UNP Q8N300 ? ? 'expression tag' 72 11 4 7ZCW HIS D 73 ? UNP Q8N300 ? ? 'expression tag' 73 12 6 7ZCW ALA F 55 ? UNP Q9BVA1 THR 55 conflict 55 13 6 7ZCW VAL F 170 ? UNP Q9BVA1 MET 170 conflict 170 14 6 7ZCW ALA F 296 ? UNP Q9BVA1 SER 296 conflict 296 15 6 7ZCW VAL F 316 ? UNP Q9BVA1 ILE 316 conflict 316 16 7 7ZCW ALA G 55 ? UNP Q9BVA1 THR 55 conflict 55 17 7 7ZCW VAL G 170 ? UNP Q9BVA1 MET 170 conflict 170 18 7 7ZCW ALA G 296 ? UNP Q9BVA1 SER 296 conflict 296 19 7 7ZCW VAL G 316 ? UNP Q9BVA1 ILE 316 conflict 316 20 8 7ZCW ALA H 55 ? UNP Q9BVA1 THR 55 conflict 55 21 8 7ZCW VAL H 170 ? UNP Q9BVA1 MET 170 conflict 170 22 8 7ZCW ALA H 296 ? UNP Q9BVA1 SER 296 conflict 296 23 8 7ZCW VAL H 316 ? UNP Q9BVA1 ILE 316 conflict 316 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G2P non-polymer . 'PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER' ? 'C11 H18 N5 O13 P3' 521.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7ZCW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7ZCW _struct.title 'Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7ZCW _struct_keywords.text 'Microtubule, Enzyme, Complex, Detyrosination, PROTEIN BINDING' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN BINDING' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 6 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 7 ? P N N 6 ? Q N N 7 ? R N N 6 ? S N N 7 ? T N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 10 ? HIS A 28 ? GLY A 10 HIS A 28 1 ? 19 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 48 ? THR A 51 ? SER A 48 THR A 51 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU A 71 ? GLY A 81 ? GLU A 71 GLY A 81 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 HIS A 88 ? LEU A 92 ? HIS A 88 LEU A 92 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 102 ? TYR A 108 ? ASN A 102 TYR A 108 1 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 111 ? ALA A 126 ? GLY A 111 ALA A 126 1 ? 16 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY A 144 ? TYR A 161 ? GLY A 144 TYR A 161 1 ? 18 HELX_P HELX_P8 AA8 VAL A 182 ? SER A 198 ? VAL A 182 SER A 198 1 ? 17 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 205 ? ASN A 216 ? ASP A 205 ASN A 216 1 ? 12 HELX_P HELX_P10 AB1 THR A 223 ? THR A 239 ? THR A 223 THR A 239 1 ? 17 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP A 251 ? VAL A 260 ? ASP A 251 VAL A 260 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 SER A 287 ? GLU A 297 ? SER A 287 GLU A 297 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO A 298 ? GLN A 301 ? PRO A 298 GLN A 301 5 ? 4 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 306 ? GLY A 310 ? ASP A 306 GLY A 310 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 VAL A 324 ? LYS A 338 ? VAL A 324 LYS A 338 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 AB7 ALA A 383 ? ALA A 400 ? ALA A 383 ALA A 400 1 ? 18 HELX_P HELX_P17 AB8 PHE A 404 ? GLY A 410 ? PHE A 404 GLY A 410 1 ? 7 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 415 ? VAL A 435 ? GLU A 415 VAL A 435 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY B 10 ? GLY B 29 ? 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