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EMDB EMD-14855 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB ;14384 represents mouse oocyte Dicer in the "dicing state" with pre-miR-15a substrate ; EMD-14384 'other EM volume' EMDB '14387 contains same mouse somatic endoribonuclease Dicer' EMD-14387 'other EM volume' EMDB ;14383 contains same mouse somatic Dicer in the "pre-dicing state" with pre-miR-15a substrate ; EMD-14383 'other EM volume' EMDB ;Mammalian Dicer in the "pre-dicing state" with pre-miR-15a substrate and TARBP2 subunit ; EMD-14855 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7ZPJ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-04-27 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zanova, M.' 1 0000-0002-6347-6167 'Zapletal, D.' 2 0000-0001-7361-3631 'Kubicek, K.' 3 0000-0002-8990-4481 'Stefl, R.' 4 0000-0003-0558-5952 'Pinkas, M.' 5 ? 'Novacek, J.' 6 0000-0003-4013-3898 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 82 _citation.language ? _citation.page_first 4064 _citation.page_last 4079.e13 _citation.title 'Structural and functional basis of mammalian microRNA biogenesis by Dicer.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2022.10.010 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36332606 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal 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'Baculovirus expression vector pFastBac1-HM' ? ? ? ? ? # _pdbx_entity_src_syn.entity_id 2 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag sample _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num 1 _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num 59 _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific 'Mus musculus' _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name 'house mouse' _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id 10090 _pdbx_entity_src_syn.details 'from Mus musculus' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP DICER_MOUSE Q8R418 ? 1 ;MKSPALQPLSMAGLQLMTPASSPMGPFFGLPWQQEAIHDNIYTPRKYQVELLEAALDHNTIVCLNTGSGKTFIAVLLTKE LAHQIRGDLNPHAKRTVFLVNSANQVAQQVSAVRTHSDLKVGEYSDLEVNASWTKERWSQEFTKHQVLIMTCYVALTVLK NGYLSLSDINLLVFDECHLAILDHPYREIMKLCESCPSCPRILGLTASILNGKCDPEELEEKIQKLERILRSDAETATDL VVLDRYTSQPCEIVVDCGPFTDRSGLYERLLMELEAALDFINDCNVAVHSKERDSTLISKQILSDCRAVLVVLGPWCADK VAGMMVRELQKYIKHEQEELHRKFLLFTDTLLRKIHALCEEYFSPASLDLKYVTPKVMKLLEILRKYKPYERQQFESVEW YNNRNQDNYVSWSDSEDDDDDEEIEEKEKPETNFPSPFTNILCGIIFVERRYTAVVLNRLIKEAGKQDPELAYISSNFIT GHGIGKNQPRSKQMEAEFRKQEEVLRKFRAHETNLLIATSVVEEGVDIPKCNLVVRFDLPTEYRSYVQSKGRARAPISNY VMLADTDKIKSFEEDLKTYKAIEKILRNKCSKSADGAEADVHAGVDDEDAFPPYVLRPDDGGPRVTINTAIGHINRYCAR LPSDPFTHLAPKCRTRELPDGTFYSTLYLPINSPLRASIVGPPMDSVRLAERVVALICCEKLHKIGELDEHLMPVGKETV KYEEELDLHDEEETSVPGRPGSTKRRQCYPKAIPECLRESYPKPDQPCYLYVIGMVLTTPLPDELNFRRRKLYPPEDTTR CFGILTAKPIPQIPHFPVYTRSGEVTISIELKKSGFTLSQQMLELITRLHQYIFSHILRLEKPALEFKPTGAESAYCVLP LNVVNDSGTLDIDFKFMEDIEKSEARIGIPSTKYSKETPFVFKLEDYQDAVIIPRYRNFDQPHRFYVADVYTDLTPLSKF PSPEYETFAEYYKTKYNLDLTNLNQPLLDVDHTSSRLNLLTPRHLNQKGKALPLSSAEKRKAKWESLQNKQILVPELCAI HPIPASLWRKAVCLPSILYRLHCLLTAEELRAQTASDAGVGVRSLPVDFRYPNLDFGWKKSIDSKSFISTCNSSLAESDN YCKHSTTVVPEHAAHQGATRPSLENHDQMSVNCKRLPAESPAKLQSEVSTDLTAINGLSYNKNLANGSYDLVNRDFCQGN QLNYFKQEIPVQPTTSYPIQNLYNYENQPKPSNECPLLSNTYLDGNANTSTSDGSPAVSTMPAMMNAVKALKDRMDSEQS PSVGYSSRTLGPNPGLILQALTLSNASDGFNLERLEMLGDSFLKHAITTYLFCTYPDAHEGRLSYMRSKKVSNCNLYRLG KKKGLPSRMVVSIFDPPVNWLPPGYVVNQDKSNSEKWEKDEMTKDCLLANGKLGEACEEEEDLTWRAPKEEAEDEDDFLE YDQEHIQFIDSMLMGSGAFVRKISLSPFSASDSAYEWKMPKKASLGSMPFASGLEDFDYSSWDAMCYLDPSKAVEEDDFV VGFWNPSEENCGVDTGKQSISYDLHTEQCIADKSIADCVEALLGCYLTSCGERAAQLFLCSLGLKVLPVIKRTSREKALD PAQENGSSQQKSLSGSCAAPVGPRSSAGKDLEYGCLKIPPRCMFDHPDAEKTLNHLISGFETFEKKINYRFKNKAYLLQA FTHASYHYNTITDCYQRLEFLGDAILDYLITKHLYEDPRQHSPGVLTDLRSALVNNTIFASLAVKYDYHKYFKAVSPELF HVIDDFVKFQLEKNEMQGMDSELRRSEEDEEKEEDIEVPKAMGDIFESLAGAIYMDSGMSLEVVWQVYYPMMQPLIEKFS ANVPRSPVRELLEMEPETAKFSPAERTYDGKVRVTVEVVGKGKFKGVGRSYRIAKSAAARRALRSLKANQPQVPNS ; 1 2 GB NR_029733.1 262205589 ? 2 UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUGGAUGUUGAAAAGGUGCAGGCCAUACUGUGCUGCCUCA 15 3 UNP TRBP2_MOUSE P97473 ? 3 ;MSEEDQGSGTTTGCGLPSIEQMLAANPGKTPISLLQEYGTRIGKTPVYDLLKAEGQAHQPNFTFRVTVGDTSCTGQGPSK KAAKHKAAEVALKHLKGGSMLEPALEDSSSFSLLDSSPPEDTPVVAAEAAAPVPSAVLTRSPPMEMQPPVSPQQSECNPV GALQELVVQKGWRLPEYMVTQESGPAHRKEFTMTCRVERFIEIGSGTSKKLAKRNAAAKMLLRVHTVPLDARDGNEAEPD DDHFSIGVSSRLDGLRNRGPGCTWDSLRNSVGEKILSLRSCSVGSLGALGSACCSVLSELSEEQAFHVSYLDIEELSLSG LCQCLVELSTQPATVCYGSATTREAARGDAAHRALQYLRIMAGSK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7ZPJ A 54 ? 1969 ? 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'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7ZPJ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7ZPJ _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 12551 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.848 ? 17268 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.019 ? 4898 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.053 ? 2015 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.015 ? 2000 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7ZPJ _struct.title ;Mammalian Dicer in the "pre-dicing state" with pre-miR-15a substrate and TARBP2 subunit ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7ZPJ _struct_keywords.text ;endoribonuclease, dsRNA, complex, gene silencing, post-transcriptional, catalytic complex, cytoplasm, RISC-loading complex, TARBP2 RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'RNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? 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'G-U MISPAIR' ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLN _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 331 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id C _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLN _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 331 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id D _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 332 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 C _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 332 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 D _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -4.64 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 2 ? 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D . n # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email richard.stefl@ceitec.muni.cz _pdbx_contact_author.name_first Richard _pdbx_contact_author.name_last Stefl _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-0558-5952 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 3720 ? 1 MORE -20 ? 1 'SSA (A^2)' 77630 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2022-12-28 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.19.2_4158: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 7ZPJ _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;We used our previous deposition 7YYM as an initial model source. 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