data_7ZQB # _entry.id 7ZQB # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.373 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7ZQB pdb_00007zqb 10.2210/pdb7zqb/pdb WWPDB D_1292122685 ? ? EMDB EMD-14869 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Tail tip of siphophage T5 : full structure' _pdbx_database_related.db_id EMD-14869 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7ZQB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-04-29 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Linares, R.' 1 0000-0001-9226-3382 'Arnaud, C.A.' 2 ? 'Effantin, G.' 3 0000-0002-6957-0875 'Darnault, C.' 4 ? 'Epalle, N.' 5 ? 'Boeri Erba, E.' 6 ? 'Schoehn, G.' 7 0000-0002-1459-3201 'Breyton, C.' 8 0000-0002-4382-0434 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 9 _citation.language ? _citation.page_first eade9674 _citation.page_last eade9674 _citation.title 'Structural basis of bacteriophage T5 infection trigger and E. coli cell wall perforation.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.ade9674 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36961893 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Linares, R.' 1 0000-0001-9226-3382 primary 'Arnaud, C.A.' 2 ? primary 'Effantin, G.' 3 0000-0002-6957-0875 primary 'Darnault, C.' 4 0000-0001-7777-2381 primary 'Epalle, N.H.' 5 ? primary 'Boeri Erba, E.' 6 0000-0002-5910-4707 primary 'Schoehn, G.' 7 0000-0002-1459-3201 primary 'Breyton, C.' 8 0000-0002-4382-0434 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7ZQB _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a 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KQTVFIYIIGTSLPAKPTSPAYPPSGWSKTPPNRTSNTQNIYCSTGTLDPVTNQLVSGTSWSDVVQWSGTEGVDGRPGAT GQRGPGMYSLAIANLTAWNDSQANSFFTSNFGSGPVKYDVLTEYKSGAPGTAFTRQWNGSAWTSPAMVLHGDMIVNGTVT ASKIVANNAFLSQIGVNIIYDRAAALSSNPEGSYKMKIDLQNGYIHIR ; ;MISNNAPAKMVLNSVLTGYTLAYIQHSIYSDYDVIGRSFWLKEGSNVTRRDFTGIDTFSVTINNLKPTTTYEVQGAFYDS IIDSELLNAQIGINLSDKQTFKMKSAPRITGARCESEPVDVGVGAPIVYIDTTGEADYCTIELKDNSNANNPWVKYYVGA LMPTIMFGGVPIGSYKVRISGQISLPDGVTIDSSGYYEYPNVFEVRYNFVPPAAPINIVFKAARIADGKERYDLRVQWDW NRGAGANVREFVLSYIDSAEFVRTGWTKAQKINVGAAQSATIISFPWKVEHKFKVSSIAWGPDAQDVTDSAVQTFILNES TPLDNSFVNETGIEVNYAYIKGKIKDGSTWKQTFLIDAATGAINIGLLDAEGKAPISFDPVKKIVNVDGSVITKTINAAN FVMTNLTGQDNPAIYTQGKTWGDTKSGIWMGMDNVTAKPKLDIGNATQYIRYDGNILRISSEVVIGTPNGDIDIQTGIQG KQTVFIYIIGTSLPAKPTSPAYPPSGWSKTPPNRTSNTQNIYCSTGTLDPVTNQLVSGTSWSDVVQWSGTEGVDGRPGAT GQRGPGMYSLAIANLTAWNDSQANSFFTSNFGSGPVKYDVLTEYKSGAPGTAFTRQWNGSAWTSPAMVLHGDMIVNGTVT ASKIVANNAFLSQIGVNIIYDRAAALSSNPEGSYKMKIDLQNGYIHIR ; i,h,j ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSTENRVIDLVVDENVPYGLLMQFMDVDDSVYPSTSKPVDLTDFSLRGSIKSSLEDGAETVASFTTAIVDAAQGVASISL PVSAVTTIASKASKERDRYNPRQRLAGYYDVIITRTAVGSAASSFRIMEGKVYISDGVTQ ; ;MSTENRVIDLVVDENVPYGLLMQFMDVDDSVYPSTSKPVDLTDFSLRGSIKSSLEDGAETVASFTTAIVDAAQGVASISL PVSAVTTIASKASKERDRYNPRQRLAGYYDVIITRTAVGSAASSFRIMEGKVYISDGVTQ ; R,Q,S,N,M,O,J,L,U,K,P,T ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MFYSLMRESKIVIEYDGRGYHFDALSNYDASTSFQEFKTLRRTIHNRTNYADSIINAQDPSSISLAINFSTTLIESNFFD WMGFTREGNSLFLPRNTPNIEPIMFNMYIINHNNSCIYFENCYVSTVDFSLDKSIPILNVGIESGKFSEVSTFRDGYTIT QGEVLPYSAPAVYTNSSPLPALISASMSFQQQCSWREDRNIFDINKIYTNKRAYVNEMNASATLAFYYVKRLVGDKFLNL DPETRTPLIIKNKYVSITFPLARISKRLNFSDLYQVEYDVIPTADSDPVEINFFGERK ; ;MFYSLMRESKIVIEYDGRGYHFDALSNYDASTSFQEFKTLRRTIHNRTNYADSIINAQDPSSISLAINFSTTLIESNFFD WMGFTREGNSLFLPRNTPNIEPIMFNMYIINHNNSCIYFENCYVSTVDFSLDKSIPILNVGIESGKFSEVSTFRDGYTIT QGEVLPYSAPAVYTNSSPLPALISASMSFQQQCSWREDRNIFDINKIYTNKRAYVNEMNASATLAFYYVKRLVGDKFLNL DPETRTPLIIKNKYVSITFPLARISKRLNFSDLYQVEYDVIPTADSDPVEINFFGERK ; I,H,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MRLPDPYTNPEYPGLGFESVNLVDNDPMIRDELPNGKVKEVKISAQYWGINISYPELFPDEYAFLDSRLLEYKRTGDYLD VLLPQYEAFRVRGDTKSVTIPAGQKGSQIILNTNGTLTGQPKAGDLFKLSTHPKVYKITNFSSSGNVWNISLYPDLFITT TGSEKPVFNGILFRTKLMNGDSFGSTLNNNGTYSGISLSLRESL ; ;MRLPDPYTNPEYPGLGFESVNLVDNDPMIRDELPNGKVKEVKISAQYWGINISYPELFPDEYAFLDSRLLEYKRTGDYLD VLLPQYEAFRVRGDTKSVTIPAGQKGSQIILNTNGTLTGQPKAGDLFKLSTHPKVYKITNFSSSGNVWNISLYPDLFITT TGSEKPVFNGILFRTKLMNGDSFGSTLNNNGTYSGISLSLRESL ; a,X,Y,W,V,Z ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSLQLLRNTRIFVSTVKTGHNKTNTQEILVQDDISWGQDSNSTDITVNEAGPRPTRGSKRFNDSLNAAEWSFSTYILPYK DKNTSKQIVPDYMLWHALSSGRAINLEGTTGAHNNATNFMVNFKDNSYHELAMLHIYILTDKTWSYIDSCQINQAEVNVD IEDIGRVTWSGNGNQLIPLDEQPFDPDQIGIDDETYMTIQGSYIKNKLTILKIKDMDTNKSYDIPITGGTFTINNNITYL TPNVMSRVTIPIGSFTGAFELTGSLTAYLNDKSLGSMELYKDLIKTLKVVNRFEIALVLGGEYDDERPAAILVAKQAHVN IPTIETDDVLGTSVEFKAIPSDLDAGDEGYLGFSSKYTRTTINNLIVNGDGATDAVTAITVKSAGNVTTLNRSATLQMSV EVTPSSARNKEVTWAITAGDAATINATGLLRADASKTGAVTVEATAKDGSGVKGTKVITVTAGG ; ;MSLQLLRNTRIFVSTVKTGHNKTNTQEILVQDDISWGQDSNSTDITVNEAGPRPTRGSKRFNDSLNAAEWSFSTYILPYK DKNTSKQIVPDYMLWHALSSGRAINLEGTTGAHNNATNFMVNFKDNSYHELAMLHIYILTDKTWSYIDSCQINQAEVNVD IEDIGRVTWSGNGNQLIPLDEQPFDPDQIGIDDETYMTIQGSYIKNKLTILKIKDMDTNKSYDIPITGGTFTINNNITYL TPNVMSRVTIPIGSFTGAFELTGSLTAYLNDKSLGSMELYKDLIKTLKVVNRFEIALVLGGEYDDERPAAILVAKQAHVN IPTIETDDVLGTSVEFKAIPSDLDAGDEGYLGFSSKYTRTTINNLIVNGDGATDAVTAITVKSAGNVTTLNRSATLQMSV EVTPSSARNKEVTWAITAGDAATINATGLLRADASKTGAVTVEATAKDGSGVKGTKVITVTAGG ; F,E,C,D,A,B ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTDKLIRELLIDVKQKGATRTAKSIENVSDALENAAAASELTNEQLGKMPRTLYSIERAADRAAKSLTKMQASRGMAGIT KSIDGIGDKLDYLAIQLIEVTDKLEIGFDGVSRSVKAMGNDVAAATEKVQDRLYDTNRALGGTSKGFNDTAGAAGRASRA LGNTSGSARGATRDFAAMAKIGGRLPIMYAALASNVFVLQTAFESLKVGDQLNRLEQFGTIVGTMTGTPVQTLALSLQNA TNGAISFEEAMRQASSASAYGFDSEQLEQFGLVARRAAAVLGVDMTDALNRVIKGVSKQEIELLDELGVTIRLNDAYENY VKQLNATSTGIKYTVDSLTTYQKQQAYANEVIAESTRRFGYLDDALKATSWEQFAANANSALRSLQQSAATYLNPVMDTL NTFLYQTKSSQMRVSAMARSASAKTTPAENVTALIENAVGAREDLDTYLKESEERVKKAQELKQQLDDLKAKQAATAPIA NALTAGGIGGDESNKLVVQLTNELARQNKEIEERTKTEKVLRQAVQDTGEALLRNGKLAEQLGAKMKYADTAVPGDKGVF EVDPNNLKAVSEIQKNFDFLKKSSSDTANNIRMAASSITNAKKASSDLNSVVKAVEDTSKVTGQSADTLVKNLNLGFSSL DQMKAAQKGLSEYVTAMDKSEQNALEVAKRKDEVYNQTKDKAKAEAAAREVLLRQQQEQLTAAKALLAINPNDPEALKQV AKIETEILNTKAQGFENAKKTKDYTDKILGVDREIALLNDRTMTSTQYRLAQLRLELQLEQEKTELYSKQADGQAKVEQS RRAQAQISREIWEAEKQGTASHVSALMDALEVSQTQRNVTGQSQILTERLSILQQQLELSKGNTEEELKYRNEIYKTSAA LEQLKKQRESQMQQQVGSSVGATYTSTTGLIGEDKDFADMQNRMASYDQAISKLSELNSEATAVAQSMGNLTNAMIQFSQ GSLDTTSMIASGMQTVASMIQYSTSQQVSAIDQAIAAEQKRDGKSEASKAKLKKLEAEKLKIQQDAAKKQIIIQTAVAVM QAATAVPYPFSIPLMVAAGLAGALALAQASSASGMSSIADSGADTTQYLTLGERQKNVDVSMQASSGELSYLRGDKGIGN ANSFVPRAEGGMMYPGVSYQMGEHGTEVVTPMVPMKATPNDQLSDGSKTTSGRPIILNISTMDAASFRDFASNNSTAFRD AVELALNENGTTLKSLGNS ; ;MTDKLIRELLIDVKQKGATRTAKSIENVSDALENAAAASELTNEQLGKMPRTLYSIERAADRAAKSLTKMQASRGMAGIT KSIDGIGDKLDYLAIQLIEVTDKLEIGFDGVSRSVKAMGNDVAAATEKVQDRLYDTNRALGGTSKGFNDTAGAAGRASRA LGNTSGSARGATRDFAAMAKIGGRLPIMYAALASNVFVLQTAFESLKVGDQLNRLEQFGTIVGTMTGTPVQTLALSLQNA TNGAISFEEAMRQASSASAYGFDSEQLEQFGLVARRAAAVLGVDMTDALNRVIKGVSKQEIELLDELGVTIRLNDAYENY VKQLNATSTGIKYTVDSLTTYQKQQAYANEVIAESTRRFGYLDDALKATSWEQFAANANSALRSLQQSAATYLNPVMDTL NTFLYQTKSSQMRVSAMARSASAKTTPAENVTALIENAVGAREDLDTYLKESEERVKKAQELKQQLDDLKAKQAATAPIA NALTAGGIGGDESNKLVVQLTNELARQNKEIEERTKTEKVLRQAVQDTGEALLRNGKLAEQLGAKMKYADTAVPGDKGVF EVDPNNLKAVSEIQKNFDFLKKSSSDTANNIRMAASSITNAKKASSDLNSVVKAVEDTSKVTGQSADTLVKNLNLGFSSL DQMKAAQKGLSEYVTAMDKSEQNALEVAKRKDEVYNQTKDKAKAEAAAREVLLRQQQEQLTAAKALLAINPNDPEALKQV AKIETEILNTKAQGFENAKKTKDYTDKILGVDREIALLNDRTMTSTQYRLAQLRLELQLEQEKTELYSKQADGQAKVEQS RRAQAQISREIWEAEKQGTASHVSALMDALEVSQTQRNVTGQSQILTERLSILQQQLELSKGNTEEELKYRNEIYKTSAA LEQLKKQRESQMQQQVGSSVGATYTSTTGLIGEDKDFADMQNRMASYDQAISKLSELNSEATAVAQSMGNLTNAMIQFSQ GSLDTTSMIASGMQTVASMIQYSTSQQVSAIDQAIAAEQKRDGKSEASKAKLKKLEAEKLKIQQDAAKKQIIIQTAVAVM QAATAVPYPFSIPLMVAAGLAGALALAQASSASGMSSIADSGADTTQYLTLGERQKNVDVSMQASSGELSYLRGDKGIGN ANSFVPRAEGGMMYPGVSYQMGEHGTEVVTPMVPMKATPNDQLSDGSKTTSGRPIILNISTMDAASFRDFASNNSTAFRD AVELALNENGTTLKSLGNS ; f,g,e ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MKKILDSAKNYLNTHDKLKTACLIALELPSSSGSAATYIYLTDYFRDVTYNGILYRSGKVKSISSHKQNRQLSIGSLSFT ITGTAEDEVLKLVQNGVSFLDRGITIHQAIINEEGNILPVDPDTDGPLLFFRGRITGGGIKDNVNTSGIGTSVITWNCSN QFYDFDRVNGRYTDDASHRGLEVVNGTLQPSNGAKRPEYQEDYGFFHSNKSTTILAKYQVKEERYKLQSKKKLFGLSRSY SLKKYYETVTKEVDLDFNLAAKFIPVVYGVQKIPGIPIFADTELNNPNIVYVVYAFAEGEIDGFLDFYIGDSPMICFDET DSDTRTCFGRKKIVGDTMHRLAAGTSTSQPSVHGQEYKYNDGNGDIRIWTFHGKPDQTAAQVLVDIAKKKGFYLQNQNGN GPEYWDSRYKLLDTAYAIVRFTINENRTEIPEISAEVQGKKVKVYNSDGTIKADKTSLNGIWQLMDYLTSDRYGADITLD QFPLQKVISEAKILDIIDESYQTSWQPYWRYVGWNDPLSENRQIVQLNTILDTSESVFKNVQGILESFGGAINNLSGEYR ITVEKYSTNPLRINFLDTYGDLDLSDTTGRNKFNSVQASLVDPALSWKTNSITFYNSKFKEQDKGLDKKLQLSFANITNY YTARSYADRELKKSRYSRTLSFSVPYKFIGIEPNDPIAFTYERYGWKDKFFLVDEVENTRDGKINLVLQEYGEDVFINSE QVDNSGNDIPDISNNVLPPRDFKYTPTPGGVVGAIGKNGELSWLPSLTNNVVYYSIAHSGHVNPYIVQQLENNPNERMIQ EIIGEPAGLAIFELRAVDINGRRSSPVTLSVDLNSAKNLSVVSNFRVVNTASGDVTEFVGPDVKLAWDKIPEEEIIPEIY YTLEIYDSQDRMLRSVRIEDVYTYDYLLTYNKADFALLNSGALGINRKLRFRIRAEGENGEQSVGWATI ; ;MKKILDSAKNYLNTHDKLKTACLIALELPSSSGSAATYIYLTDYFRDVTYNGILYRSGKVKSISSHKQNRQLSIGSLSFT ITGTAEDEVLKLVQNGVSFLDRGITIHQAIINEEGNILPVDPDTDGPLLFFRGRITGGGIKDNVNTSGIGTSVITWNCSN QFYDFDRVNGRYTDDASHRGLEVVNGTLQPSNGAKRPEYQEDYGFFHSNKSTTILAKYQVKEERYKLQSKKKLFGLSRSY SLKKYYETVTKEVDLDFNLAAKFIPVVYGVQKIPGIPIFADTELNNPNIVYVVYAFAEGEIDGFLDFYIGDSPMICFDET DSDTRTCFGRKKIVGDTMHRLAAGTSTSQPSVHGQEYKYNDGNGDIRIWTFHGKPDQTAAQVLVDIAKKKGFYLQNQNGN GPEYWDSRYKLLDTAYAIVRFTINENRTEIPEISAEVQGKKVKVYNSDGTIKADKTSLNGIWQLMDYLTSDRYGADITLD QFPLQKVISEAKILDIIDESYQTSWQPYWRYVGWNDPLSENRQIVQLNTILDTSESVFKNVQGILESFGGAINNLSGEYR ITVEKYSTNPLRINFLDTYGDLDLSDTTGRNKFNSVQASLVDPALSWKTNSITFYNSKFKEQDKGLDKKLQLSFANITNY YTARSYADRELKKSRYSRTLSFSVPYKFIGIEPNDPIAFTYERYGWKDKFFLVDEVENTRDGKINLVLQEYGEDVFINSE QVDNSGNDIPDISNNVLPPRDFKYTPTPGGVVGAIGKNGELSWLPSLTNNVVYYSIAHSGHVNPYIVQQLENNPNERMIQ EIIGEPAGLAIFELRAVDINGRRSSPVTLSVDLNSAKNLSVVSNFRVVNTASGDVTEFVGPDVKLAWDKIPEEEIIPEIY YTLEIYDSQDRMLRSVRIEDVYTYDYLLTYNKADFALLNSGALGINRKLRFRIRAEGENGEQSVGWATI ; b,d,c ? # loop_ 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'Escherichia phage T5' 2695836 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP FIBC_BPT5 Q6QGF0 ? 1 ;MISNNAPAKMVLNSVLTGYTLAYIQHSIYSDYDVIGRSFWLKEGSNVTRRDFTGIDTFSVTINNLKPTTTYEVQGAFYDS IIDSELLNAQIGINLSDKQTFKMKSAPRITGARCESEPVDVGVGAPIVYIDTTGEADYCTIELKDNSNANNPWVKYYVGA LMPTIMFGGVPIGSYKVRISGQISLPDGVTIDSSGYYEYPNVFEVRYNFVPPAAPINIVFKAARIADGKERYDLRVQWDW NRGAGANVREFVLSYIDSAEFVRTGWTKAQKINVGAAQSATIISFPWKVEHKFKVSSIAWGPDAQDVTDSAVQTFILNES TPLDNSFVNETGIEVNYAYIKGKIKDGSTWKQTFLIDAATGAINIGLLDAEGKAPISFDPVKKIVNVDGSVITKTINAAN FVMTNLTGQDNPAIYTQGKTWGDTKSGIWMGMDNVTAKPKLDIGNATQYIRYDGNILRISSEVVIGTPNGDIDIQTGIQG KQTVFIYIIGTSLPAKPTSPAYPPSGWSKTPPNRTSNTQNIYCSTGTLDPVTNQLVSGTSWSDVVQWSGTEGVDGRPGAT GQRGPGMYSLAIANLTAWNDSQANSFFTSNFGSGPVKYDVLTEYKSGAPGTAFTRQWNGSAWTSPAMVLHGDMIVNGTVT ASKIVANNAFLSQIGVNIIYDRAAALSSNPEGSYKMKIDLQNGYIHIR ; 1 2 UNP FIBL2_BPT5 Q7Y5D9 ? 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7 ;MKKILDSAKNYLNTHDKLKTACLIALELPSSSGSAATYIYLTDYFRDVTYNGILYRSGKVKSISSHKQNRQLSIGSLSFT ITGTAEDEVLKLVQNGVSFLDRGITIHQAIINEEGNILPVDPDTDGPLLFFRGRITGGGIKDNVNTSGIGTSVITWNCSN QFYDFDRVNGRYTDDASHRGLEVVNGTLQPSNGAKRPEYQEDYGFFHSNKSTTILAKYQVKEERYKLQSKKKLFGLSRSY SLKKYYETVTKEVDLDFNLAAKFIPVVYGVQKIPGIPIFADTELNNPNIVYVVYAFAEGEIDGFLDFYIGDSPMICFDET DSDTRTCFGRKKIVGDTMHRLAAGTSTSQPSVHGQEYKYNDGNGDIRIWTFHGKPDQTAAQVLVDIAKKKGFYLQNQNGN GPEYWDSRYKLLDTAYAIVRFTINENRTEIPEISAEVQGKKVKVYNSDGTIKADKTSLNGIWQLMDYLTSDRYGADITLD QFPLQKVISEAKILDIIDESYQTSWQPYWRYVGWNDPLSENRQIVQLNTILDTSESVFKNVQGILESFGGAINNLSGEYR ITVEKYSTNPLRINFLDTYGDLDLSDTTGRNKFNSVQASLVDPALSWKTNSITFYNSKFKEQDKGLDKKLQLSFANITNY YTARSYADRELKKSRYSRTLSFSVPYKFIGIEPNDPIAFTYERYGWKDKFFLVDEVENTRDGKINLVLQEYGEDVFINSE QVDNSGNDIPDISNNVLPPRDFKYTPTPGGVVGAIGKNGELSWLPSLTNNVVYYSIAHSGHVNPYIVQQLENNPNERMIQ EIIGEPAGLAIFELRAVDINGRRSSPVTLSVDLNSAKNLSVVSNFRVVNTASGDVTEFVGPDVKLAWDKIPEEEIIPEIY YTLEIYDSQDRMLRSVRIEDVYTYDYLLTYNKADFALLNSGALGINRKLRFRIRAEGENGEQSVGWATI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7ZQB i 1 ? 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JA CYS 316 SG ? ? ? 1_555 JA CYS 327 SG ? ? c CYS 316 c CYS 327 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 THR 403 I . ? THR 403 F PRO 404 I ? PRO 404 F 1 0.25 2 THR 403 P . ? THR 403 E PRO 404 P ? PRO 404 E 1 0.36 3 THR 403 Q . ? THR 403 C PRO 404 Q ? PRO 404 C 1 -1.05 4 THR 403 X . ? THR 403 D PRO 404 X ? PRO 404 D 1 0.06 5 THR 403 Y . ? THR 403 A PRO 404 Y ? PRO 404 A 1 -1.02 6 THR 403 Z . ? THR 403 B PRO 404 Z ? PRO 404 B 1 -1.18 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 20 ? AD9 ? 20 ? AE1 ? 7 ? AE2 ? 19 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 5 ? AE5 ? 8 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 5 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 19 ? AF4 ? 2 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 2 ? AF7 ? 2 ? AF8 ? 3 ? AF9 ? 2 ? AG1 ? 5 ? AG2 ? 3 ? AG3 ? 2 ? AG4 ? 2 ? AG5 ? 20 ? AG6 ? 8 ? AG7 ? 19 ? AG8 ? 5 ? AG9 ? 7 ? AH1 ? 19 ? AH2 ? 2 ? AH3 ? 5 ? AH4 ? 8 ? AH5 ? 5 ? AH6 ? 3 ? AH7 ? 2 ? AH8 ? 5 ? AH9 ? 3 ? AI1 ? 2 ? AI2 ? 19 ? AI3 ? 2 ? AI4 ? 2 ? AI5 ? 2 ? AI6 ? 2 ? AI7 ? 3 ? AI8 ? 2 ? AI9 ? 17 ? AJ1 ? 2 ? AJ2 ? 2 ? AJ3 ? 2 ? AJ4 ? 2 ? AJ5 ? 3 ? AJ6 ? 2 ? AJ7 ? 5 ? AJ8 ? 3 ? AJ9 ? 2 ? AK1 ? 7 ? AK2 ? 2 ? AK3 ? 7 ? AK4 ? 2 ? AK5 ? 5 ? AK6 ? 5 ? AK7 ? 3 ? AK8 ? 2 ? AK9 ? 5 ? AL1 ? 3 ? AL2 ? 2 ? AL3 ? 19 ? AL4 ? 2 ? AL5 ? 2 ? AL6 ? 2 ? AL7 ? 2 ? AL8 ? 3 ? AL9 ? 2 ? AM1 ? 17 ? AM2 ? 2 ? AM3 ? 2 ? AM4 ? 2 ? AM5 ? 2 ? AM6 ? 3 ? AM7 ? 2 ? AM8 ? 17 ? AM9 ? 2 ? AN1 ? 2 ? AN2 ? 2 ? AN3 ? 2 ? AN4 ? 3 ? AN5 ? 2 ? AN6 ? 7 ? AN7 ? 2 ? AN8 ? 7 ? AN9 ? 2 ? AO1 ? 5 ? AO2 ? 5 ? AO3 ? 2 ? AO4 ? 2 ? AO5 ? 2 ? AO6 ? 4 ? AO7 ? 6 ? AO8 ? 2 ? AO9 ? 2 ? AP1 ? 3 ? AP2 ? 3 ? AP3 ? 3 ? AP4 ? 2 ? AP5 ? 3 ? AP6 ? 4 ? AP7 ? 2 ? AP8 ? 2 ? AP9 ? 2 ? AQ1 ? 4 ? AQ2 ? 6 ? AQ3 ? 2 ? AQ4 ? 2 ? AQ5 ? 3 ? AQ6 ? 3 ? AQ7 ? 3 ? AQ8 ? 2 ? AQ9 ? 3 ? AR1 ? 4 ? AR2 ? 2 ? AR3 ? 2 ? AR4 ? 2 ? AR5 ? 4 ? AR6 ? 6 ? AR7 ? 2 ? AR8 ? 2 ? AR9 ? 3 ? AS1 ? 3 ? AS2 ? 3 ? AS3 ? 2 ? AS4 ? 3 ? AS5 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 1 3 ? anti-parallel AA2 1 4 ? anti-parallel AA2 3 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 1 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 3 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 1 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 3 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 1 3 ? anti-parallel AB3 1 4 ? anti-parallel AB3 3 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 1 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 3 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 1 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 3 5 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 1 3 ? anti-parallel AC4 1 4 ? anti-parallel AC4 3 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 1 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 3 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 1 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 3 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? 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anti-parallel AD9 10 15 ? anti-parallel AD9 13 14 ? anti-parallel AD9 13 17 ? anti-parallel AD9 15 16 ? anti-parallel AD9 16 19 ? anti-parallel AD9 17 18 ? anti-parallel AD9 18 19 ? anti-parallel AD9 18 20 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE1 6 7 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 12 ? parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 3 19 ? parallel AE2 5 10 ? anti-parallel AE2 6 9 ? parallel AE2 7 8 ? anti-parallel AE2 7 18 ? anti-parallel AE2 8 11 ? anti-parallel AE2 9 10 ? anti-parallel AE2 10 11 ? anti-parallel AE2 12 13 ? anti-parallel AE2 12 16 ? anti-parallel AE2 14 15 ? anti-parallel AE2 15 19 ? anti-parallel AE2 16 17 ? anti-parallel AE2 17 19 ? anti-parallel AE2 18 19 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE5 1 4 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 2 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? 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anti-parallel AG1 1 2 ? parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG1 4 5 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 1 18 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG5 3 9 ? anti-parallel AG5 5 6 ? anti-parallel AG5 6 11 ? anti-parallel AG5 7 8 ? anti-parallel AG5 8 20 ? anti-parallel AG5 9 10 ? anti-parallel AG5 10 11 ? anti-parallel AG5 10 12 ? anti-parallel AG5 10 15 ? anti-parallel AG5 13 14 ? anti-parallel AG5 13 17 ? anti-parallel AG5 15 16 ? anti-parallel AG5 16 19 ? anti-parallel AG5 17 18 ? anti-parallel AG5 18 19 ? anti-parallel AG5 18 20 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 1 6 ? anti-parallel AG6 1 7 ? anti-parallel AG6 2 5 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG6 4 5 ? anti-parallel AG6 7 8 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 1 12 ? parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG7 4 5 ? parallel AG7 5 6 ? anti-parallel AG7 5 9 ? anti-parallel AG7 7 8 ? anti-parallel AG7 8 12 ? anti-parallel AG7 9 10 ? anti-parallel AG7 10 12 ? anti-parallel AG7 11 12 ? anti-parallel AG7 11 15 ? anti-parallel AG7 13 18 ? anti-parallel AG7 14 17 ? parallel AG7 15 16 ? anti-parallel AG7 16 19 ? anti-parallel AG7 17 18 ? anti-parallel AG7 18 19 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG8 3 4 ? anti-parallel AG8 4 5 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 3 4 ? anti-parallel AG9 4 5 ? anti-parallel AG9 5 6 ? anti-parallel AG9 6 7 ? anti-parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH1 2 12 ? parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH1 3 19 ? parallel AH1 5 10 ? anti-parallel AH1 6 9 ? parallel AH1 7 8 ? anti-parallel AH1 7 18 ? anti-parallel AH1 8 11 ? anti-parallel AH1 9 10 ? anti-parallel AH1 10 11 ? anti-parallel AH1 12 13 ? anti-parallel AH1 12 16 ? anti-parallel AH1 14 15 ? anti-parallel AH1 15 19 ? anti-parallel AH1 16 17 ? anti-parallel AH1 17 19 ? anti-parallel AH1 18 19 ? anti-parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH3 2 3 ? anti-parallel AH3 3 4 ? anti-parallel AH3 4 5 ? anti-parallel AH4 1 4 ? anti-parallel AH4 2 3 ? anti-parallel AH4 2 4 ? anti-parallel AH4 4 5 ? anti-parallel AH4 5 8 ? anti-parallel AH4 6 7 ? anti-parallel AH4 7 8 ? anti-parallel AH5 1 2 ? parallel AH5 2 3 ? anti-parallel AH5 3 4 ? anti-parallel AH5 4 5 ? anti-parallel AH6 1 2 ? anti-parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH7 1 2 ? anti-parallel AH8 1 2 ? parallel AH8 2 3 ? anti-parallel AH8 3 4 ? anti-parallel AH8 4 5 ? anti-parallel AH9 1 2 ? anti-parallel AH9 2 3 ? anti-parallel AI1 1 2 ? anti-parallel AI2 1 2 ? anti-parallel AI2 1 7 ? anti-parallel AI2 3 4 ? anti-parallel AI2 4 9 ? anti-parallel AI2 5 6 ? anti-parallel AI2 6 19 ? anti-parallel AI2 7 8 ? anti-parallel AI2 8 9 ? anti-parallel AI2 8 10 ? anti-parallel AI2 8 13 ? anti-parallel AI2 11 12 ? anti-parallel AI2 11 15 ? anti-parallel AI2 13 14 ? anti-parallel AI2 14 18 ? anti-parallel AI2 15 16 ? anti-parallel AI2 16 18 ? anti-parallel AI2 16 19 ? anti-parallel AI2 17 18 ? anti-parallel AI3 1 2 ? anti-parallel AI4 1 2 ? anti-parallel AI5 1 2 ? anti-parallel AI6 1 2 ? anti-parallel AI7 1 2 ? parallel AI7 2 3 ? anti-parallel AI8 1 2 ? anti-parallel AI9 1 2 ? anti-parallel AI9 1 7 ? anti-parallel AI9 3 4 ? anti-parallel AI9 4 9 ? anti-parallel AI9 5 6 ? anti-parallel AI9 6 17 ? anti-parallel AI9 7 8 ? anti-parallel AI9 8 9 ? anti-parallel AI9 8 10 ? anti-parallel AI9 8 12 ? anti-parallel AI9 11 14 ? anti-parallel AI9 12 13 ? anti-parallel AI9 13 16 ? anti-parallel AI9 14 15 ? anti-parallel AI9 15 16 ? anti-parallel AI9 15 17 ? anti-parallel AJ1 1 2 ? anti-parallel AJ2 1 2 ? anti-parallel AJ3 1 2 ? anti-parallel AJ4 1 2 ? anti-parallel AJ5 1 2 ? parallel AJ5 2 3 ? anti-parallel AJ6 1 2 ? anti-parallel AJ7 1 2 ? parallel AJ7 2 3 ? anti-parallel AJ7 3 4 ? anti-parallel AJ7 4 5 ? anti-parallel AJ8 1 2 ? anti-parallel AJ8 2 3 ? anti-parallel AJ9 1 2 ? anti-parallel AK1 1 2 ? parallel AK1 2 3 ? anti-parallel AK1 3 4 ? anti-parallel AK1 4 5 ? anti-parallel AK1 5 6 ? anti-parallel AK1 6 7 ? 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anti-parallel AL3 16 19 ? anti-parallel AL3 17 18 ? anti-parallel AL4 1 2 ? anti-parallel AL5 1 2 ? anti-parallel AL6 1 2 ? anti-parallel AL7 1 2 ? anti-parallel AL8 1 2 ? parallel AL8 2 3 ? anti-parallel AL9 1 2 ? anti-parallel AM1 1 2 ? anti-parallel AM1 1 7 ? anti-parallel AM1 3 4 ? anti-parallel AM1 4 9 ? anti-parallel AM1 5 6 ? anti-parallel AM1 6 17 ? anti-parallel AM1 7 8 ? anti-parallel AM1 8 9 ? anti-parallel AM1 8 10 ? anti-parallel AM1 8 12 ? anti-parallel AM1 11 14 ? anti-parallel AM1 12 13 ? anti-parallel AM1 13 16 ? anti-parallel AM1 14 15 ? anti-parallel AM1 15 16 ? anti-parallel AM1 15 17 ? anti-parallel AM2 1 2 ? anti-parallel AM3 1 2 ? anti-parallel AM4 1 2 ? anti-parallel AM5 1 2 ? anti-parallel AM6 1 2 ? parallel AM6 2 3 ? anti-parallel AM7 1 2 ? anti-parallel AM8 1 2 ? anti-parallel AM8 1 7 ? anti-parallel AM8 3 4 ? anti-parallel AM8 4 9 ? anti-parallel AM8 5 6 ? anti-parallel AM8 6 17 ? anti-parallel AM8 7 8 ? anti-parallel AM8 8 9 ? anti-parallel AM8 8 10 ? anti-parallel AM8 8 12 ? 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Cecile _pdbx_contact_author.name_last BREYTON _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4382-0434 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 36-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 36 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 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'_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.title' 11 2 'Structure model' '_citation.year' 12 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 2 'Structure model' '_citation_author.name' # _em_3d_fitting.entry_id 7ZQB _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Atomic protein models were built into the different cryo-EM maps using the Coot software by tracing the protein sequence into the densities and were then iteratively refined alternating Coot manual refinement and PHENIX real space refine tool until convergence. p140, p132, BHPpb3 and TMPpb2 C-ter models were built ab initio. 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Molprobity was used for model quality assessment. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 40 _em_3d_fitting.ref_protocol 'BACKBONE TRACE' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7ZQB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 9290 _em_3d_reconstruction.resolution 3.88 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d' _em_entity_assembly.name 'Escherichia virus T5' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7 _em_entity_assembly.synonym ? 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# _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 293.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;3 uL of T5 tails sample (with or without FhuA-ND) were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot device (100 percent humidity, 20 Celsius degrees, 5 s blotting time, blot force 0) ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7ZQB _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7ZQB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7ZQB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O h LEU 651 ? 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EA ALA 1184 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 10 mM C4H11NO3 Tris 1 2 100 mM NaCl 'sodium chloride' 1 3 1 mM MgCl2 'magnesium chloride' 1 4 1 mM CaCl2 'calcium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 2695836 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Escherichia virus T5' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' 'manual particle picking was performed using EMAN2/e2helixboxer' EMAN2 ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0/3.1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0/3.1 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0/3.1 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 562 _em_virus_natural_host.organism 'Escherichia coli' _em_virus_natural_host.strain F # _em_virus_synthetic.id 1 _em_virus_synthetic.entity_assembly_id 1 _em_virus_synthetic.ncbi_tax_id ? _em_virus_synthetic.organism ? _em_virus_synthetic.strain F # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Agence Nationale de la Recherche (ANR)' France ANR-16-CE11-0027 1 'Agence Nationale de la Recherche (ANR)' France ANR-21-CE11-0023 2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #