data_7ZQB # _entry.id 7ZQB # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.397 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7ZQB pdb_00007zqb 10.2210/pdb7zqb/pdb WWPDB D_1292122685 ? ? EMDB EMD-14869 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-02-08 2 'Structure model' 1 1 2023-07-05 3 'Structure model' 1 2 2024-10-16 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' em_admin 6 3 'Structure model' pdbx_entry_details 7 3 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 2 'Structure model' '_citation.page_first' 7 2 'Structure model' '_citation.page_last' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.title' 11 2 'Structure model' '_citation.year' 12 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 2 'Structure model' '_citation_author.name' 14 3 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7ZQB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-04-29 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Tail tip of siphophage T5 : full structure' _pdbx_database_related.db_id EMD-14869 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email cecile.breyton@ibs.fr _pdbx_contact_author.name_first Cecile _pdbx_contact_author.name_last BREYTON _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4382-0434 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Linares, R.' 1 0000-0001-9226-3382 'Arnaud, C.A.' 2 ? 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;MSLQLLRNTRIFVSTVKTGHNKTNTQEILVQDDISWGQDSNSTDITVNEAGPRPTRGSKRFNDSLNAAEWSFSTYILPYK DKNTSKQIVPDYMLWHALSSGRAINLEGTTGAHNNATNFMVNFKDNSYHELAMLHIYILTDKTWSYIDSCQINQAEVNVD IEDIGRVTWSGNGNQLIPLDEQPFDPDQIGIDDETYMTIQGSYIKNKLTILKIKDMDTNKSYDIPITGGTFTINNNITYL TPNVMSRVTIPIGSFTGAFELTGSLTAYLNDKSLGSMELYKDLIKTLKVVNRFEIALVLGGEYDDERPAAILVAKQAHVN IPTIETDDVLGTSVEFKAIPSDLDAGDEGYLGFSSKYTRTTINNLIVNGDGATDAVTAITVKSAGNVTTLNRSATLQMSV EVTPSSARNKEVTWAITAGDAATINATGLLRADASKTGAVTVEATAKDGSGVKGTKVITVTAGG ; F,E,C,D,A,B ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTDKLIRELLIDVKQKGATRTAKSIENVSDALENAAAASELTNEQLGKMPRTLYSIERAADRAAKSLTKMQASRGMAGIT KSIDGIGDKLDYLAIQLIEVTDKLEIGFDGVSRSVKAMGNDVAAATEKVQDRLYDTNRALGGTSKGFNDTAGAAGRASRA LGNTSGSARGATRDFAAMAKIGGRLPIMYAALASNVFVLQTAFESLKVGDQLNRLEQFGTIVGTMTGTPVQTLALSLQNA TNGAISFEEAMRQASSASAYGFDSEQLEQFGLVARRAAAVLGVDMTDALNRVIKGVSKQEIELLDELGVTIRLNDAYENY VKQLNATSTGIKYTVDSLTTYQKQQAYANEVIAESTRRFGYLDDALKATSWEQFAANANSALRSLQQSAATYLNPVMDTL NTFLYQTKSSQMRVSAMARSASAKTTPAENVTALIENAVGAREDLDTYLKESEERVKKAQELKQQLDDLKAKQAATAPIA 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? 7 'polypeptide(L)' no no ;MKKILDSAKNYLNTHDKLKTACLIALELPSSSGSAATYIYLTDYFRDVTYNGILYRSGKVKSISSHKQNRQLSIGSLSFT ITGTAEDEVLKLVQNGVSFLDRGITIHQAIINEEGNILPVDPDTDGPLLFFRGRITGGGIKDNVNTSGIGTSVITWNCSN QFYDFDRVNGRYTDDASHRGLEVVNGTLQPSNGAKRPEYQEDYGFFHSNKSTTILAKYQVKEERYKLQSKKKLFGLSRSY SLKKYYETVTKEVDLDFNLAAKFIPVVYGVQKIPGIPIFADTELNNPNIVYVVYAFAEGEIDGFLDFYIGDSPMICFDET DSDTRTCFGRKKIVGDTMHRLAAGTSTSQPSVHGQEYKYNDGNGDIRIWTFHGKPDQTAAQVLVDIAKKKGFYLQNQNGN GPEYWDSRYKLLDTAYAIVRFTINENRTEIPEISAEVQGKKVKVYNSDGTIKADKTSLNGIWQLMDYLTSDRYGADITLD QFPLQKVISEAKILDIIDESYQTSWQPYWRYVGWNDPLSENRQIVQLNTILDTSESVFKNVQGILESFGGAINNLSGEYR ITVEKYSTNPLRINFLDTYGDLDLSDTTGRNKFNSVQASLVDPALSWKTNSITFYNSKFKEQDKGLDKKLQLSFANITNY YTARSYADRELKKSRYSRTLSFSVPYKFIGIEPNDPIAFTYERYGWKDKFFLVDEVENTRDGKINLVLQEYGEDVFINSE QVDNSGNDIPDISNNVLPPRDFKYTPTPGGVVGAIGKNGELSWLPSLTNNVVYYSIAHSGHVNPYIVQQLENNPNERMIQ EIIGEPAGLAIFELRAVDINGRRSSPVTLSVDLNSAKNLSVVSNFRVVNTASGDVTEFVGPDVKLAWDKIPEEEIIPEIY YTLEIYDSQDRMLRSVRIEDVYTYDYLLTYNKADFALLNSGALGINRKLRFRIRAEGENGEQSVGWATI ; ;MKKILDSAKNYLNTHDKLKTACLIALELPSSSGSAATYIYLTDYFRDVTYNGILYRSGKVKSISSHKQNRQLSIGSLSFT ITGTAEDEVLKLVQNGVSFLDRGITIHQAIINEEGNILPVDPDTDGPLLFFRGRITGGGIKDNVNTSGIGTSVITWNCSN QFYDFDRVNGRYTDDASHRGLEVVNGTLQPSNGAKRPEYQEDYGFFHSNKSTTILAKYQVKEERYKLQSKKKLFGLSRSY SLKKYYETVTKEVDLDFNLAAKFIPVVYGVQKIPGIPIFADTELNNPNIVYVVYAFAEGEIDGFLDFYIGDSPMICFDET DSDTRTCFGRKKIVGDTMHRLAAGTSTSQPSVHGQEYKYNDGNGDIRIWTFHGKPDQTAAQVLVDIAKKKGFYLQNQNGN GPEYWDSRYKLLDTAYAIVRFTINENRTEIPEISAEVQGKKVKVYNSDGTIKADKTSLNGIWQLMDYLTSDRYGADITLD QFPLQKVISEAKILDIIDESYQTSWQPYWRYVGWNDPLSENRQIVQLNTILDTSESVFKNVQGILESFGGAINNLSGEYR ITVEKYSTNPLRINFLDTYGDLDLSDTTGRNKFNSVQASLVDPALSWKTNSITFYNSKFKEQDKGLDKKLQLSFANITNY YTARSYADRELKKSRYSRTLSFSVPYKFIGIEPNDPIAFTYERYGWKDKFFLVDEVENTRDGKINLVLQEYGEDVFINSE QVDNSGNDIPDISNNVLPPRDFKYTPTPGGVVGAIGKNGELSWLPSLTNNVVYYSIAHSGHVNPYIVQQLENNPNERMIQ EIIGEPAGLAIFELRAVDINGRRSSPVTLSVDLNSAKNLSVVSNFRVVNTASGDVTEFVGPDVKLAWDKIPEEEIIPEIY YTLEIYDSQDRMLRSVRIEDVYTYDYLLTYNKADFALLNSGALGINRKLRFRIRAEGENGEQSVGWATI ; b,d,c ? # loop_ 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7 ;MKKILDSAKNYLNTHDKLKTACLIALELPSSSGSAATYIYLTDYFRDVTYNGILYRSGKVKSISSHKQNRQLSIGSLSFT ITGTAEDEVLKLVQNGVSFLDRGITIHQAIINEEGNILPVDPDTDGPLLFFRGRITGGGIKDNVNTSGIGTSVITWNCSN QFYDFDRVNGRYTDDASHRGLEVVNGTLQPSNGAKRPEYQEDYGFFHSNKSTTILAKYQVKEERYKLQSKKKLFGLSRSY SLKKYYETVTKEVDLDFNLAAKFIPVVYGVQKIPGIPIFADTELNNPNIVYVVYAFAEGEIDGFLDFYIGDSPMICFDET DSDTRTCFGRKKIVGDTMHRLAAGTSTSQPSVHGQEYKYNDGNGDIRIWTFHGKPDQTAAQVLVDIAKKKGFYLQNQNGN GPEYWDSRYKLLDTAYAIVRFTINENRTEIPEISAEVQGKKVKVYNSDGTIKADKTSLNGIWQLMDYLTSDRYGADITLD QFPLQKVISEAKILDIIDESYQTSWQPYWRYVGWNDPLSENRQIVQLNTILDTSESVFKNVQGILESFGGAINNLSGEYR ITVEKYSTNPLRINFLDTYGDLDLSDTTGRNKFNSVQASLVDPALSWKTNSITFYNSKFKEQDKGLDKKLQLSFANITNY YTARSYADRELKKSRYSRTLSFSVPYKFIGIEPNDPIAFTYERYGWKDKFFLVDEVENTRDGKINLVLQEYGEDVFINSE QVDNSGNDIPDISNNVLPPRDFKYTPTPGGVVGAIGKNGELSWLPSLTNNVVYYSIAHSGHVNPYIVQQLENNPNERMIQ EIIGEPAGLAIFELRAVDINGRRSSPVTLSVDLNSAKNLSVVSNFRVVNTASGDVTEFVGPDVKLAWDKIPEEEIIPEIY YTLEIYDSQDRMLRSVRIEDVYTYDYLLTYNKADFALLNSGALGINRKLRFRIRAEGENGEQSVGWATI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7ZQB i 1 ? 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Q7Y5D9 1 ? 140 ? 1 140 24 5 7ZQB D 1 ? 464 ? Q6QGE2 1 ? 464 ? 1 464 25 5 7ZQB A 1 ? 464 ? Q6QGE2 1 ? 464 ? 1 464 26 5 7ZQB B 1 ? 464 ? Q6QGE2 1 ? 464 ? 1 464 27 2 7ZQB P 1 ? 140 ? Q7Y5D9 1 ? 140 ? 1 140 28 2 7ZQB T 1 ? 140 ? Q7Y5D9 1 ? 140 ? 1 140 29 6 7ZQB f 1 ? 1219 ? Q7Y5E2 1 ? 1219 ? 1 1219 30 6 7ZQB g 1 ? 1219 ? Q7Y5E2 1 ? 1219 ? 1 1219 31 6 7ZQB e 1 ? 1219 ? Q7Y5E2 1 ? 1219 ? 1 1219 32 4 7ZQB V 1 ? 204 ? Q6QGE8 1 ? 204 ? 1 204 33 4 7ZQB Z 1 ? 204 ? Q6QGE8 1 ? 204 ? 1 204 34 7 7ZQB b 1 ? 949 ? Q6QGE9 1 ? 949 ? 1 949 35 7 7ZQB d 1 ? 949 ? Q6QGE9 1 ? 949 ? 1 949 36 7 7ZQB c 1 ? 949 ? Q6QGE9 1 ? 949 ? 1 949 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 36-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 36 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 83 ? 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N ILE C 311 O GLY Q 352 ? O GLY C 352 AJ1 1 2 N THR Q 43 ? N THR C 43 O PHE Q 61 ? O PHE C 61 AJ2 1 2 N TYR Q 79 ? N TYR C 79 O ILE Q 88 ? O ILE C 88 AJ3 1 2 N THR Q 238 ? N THR C 238 O PHE Q 255 ? O PHE C 255 AJ4 1 2 N LYS Q 382 ? N LYS C 382 O SER Q 399 ? O SER C 399 AJ5 1 2 N LEU Q 390 ? N LEU C 390 O THR Q 459 ? O THR C 459 AJ5 2 3 O ILE Q 458 ? O ILE C 458 N VAL Q 440 ? N VAL C 440 AJ6 1 2 N LEU Q 396 ? N LEU C 396 O LEU Q 430 ? O LEU C 430 AJ7 1 2 N LEU R 10 ? N LEU J 10 O TYR R 133 ? O TYR J 133 AJ7 2 3 O PHE R 125 ? O PHE J 125 N ILE R 113 ? N ILE J 113 AJ7 3 4 O ILE R 112 ? O ILE J 112 N ARG R 47 ? N ARG J 47 AJ7 4 5 N ILE R 50 ? N ILE J 50 O VAL R 61 ? O VAL J 61 AJ8 1 2 N LEU R 20 ? N LEU J 20 O ILE R 78 ? O ILE J 78 AJ8 2 3 O VAL R 75 ? O VAL J 75 N ASP R 70 ? N ASP J 70 AJ9 1 2 N ASP R 26 ? N ASP J 26 O LYS R 37 ? O LYS J 37 AK1 1 2 N LEU S 10 ? N LEU L 10 O TYR S 133 ? O TYR L 133 AK1 2 3 O VAL S 132 ? O VAL L 132 N GLY S 107 ? N GLY L 107 AK1 3 4 O TYR S 108 ? 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N ALA A 267 O THR Y 332 ? O THR A 332 AM1 14 15 N LEU Y 299 ? N LEU A 299 O ALA Y 310 ? O ALA A 310 AM1 15 16 N HIS Y 318 ? N HIS A 318 O LYS Y 337 ? O LYS A 337 AM1 15 17 N ILE Y 311 ? N ILE A 311 O GLY Y 352 ? O GLY A 352 AM2 1 2 N THR Y 43 ? N THR A 43 O PHE Y 61 ? O PHE A 61 AM3 1 2 N TYR Y 79 ? N TYR A 79 O ILE Y 88 ? O ILE A 88 AM4 1 2 N THR Y 238 ? N THR A 238 O PHE Y 255 ? O PHE A 255 AM5 1 2 N LYS Y 382 ? N LYS A 382 O SER Y 399 ? O SER A 399 AM6 1 2 N LEU Y 390 ? N LEU A 390 O THR Y 459 ? O THR A 459 AM6 2 3 O ILE Y 458 ? O ILE A 458 N VAL Y 440 ? N VAL A 440 AM7 1 2 N LEU Y 396 ? N LEU A 396 O LEU Y 430 ? O LEU A 430 AM8 1 2 N VAL Z 13 ? N VAL B 13 O GLN Z 26 ? O GLN B 26 AM8 1 7 N PHE Z 12 ? N PHE B 12 O TYR Z 137 ? O TYR B 137 AM8 3 4 N GLY Z 37 ? N GLY B 37 O GLU Z 69 ? O GLU B 69 AM8 4 9 N PHE Z 72 ? N PHE B 72 O TRP Z 169 ? O TRP B 169 AM8 5 6 N HIS Z 113 ? N HIS B 113 O MET Z 120 ? O MET B 120 AM8 6 17 N PHE Z 119 ? N PHE B 119 O PHE Z 353 ? 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? -95.83 30.20 118 1 SER b 191 ? ? -125.40 -168.66 119 1 PHE b 205 ? ? -96.98 32.22 120 1 PHE b 257 ? ? -141.58 18.07 121 1 ALA b 297 ? ? 63.79 -178.40 122 1 ILE b 333 ? ? 65.86 -58.86 123 1 PRO b 350 ? ? -66.47 -178.15 124 1 GLU b 546 ? ? 67.61 -3.02 125 1 ARG b 590 ? ? 70.85 -1.65 126 1 PRO b 665 ? ? -68.87 -174.16 127 1 ASN b 758 ? ? -79.23 -167.40 128 1 ASN b 926 ? ? -58.44 107.71 129 1 ALA d 35 ? ? 62.04 -178.39 130 1 SER d 64 ? ? -79.35 -169.66 131 1 GLU d 86 ? ? 64.37 -0.05 132 1 VAL d 120 ? ? -126.69 -53.12 133 1 PHE d 162 ? ? -95.82 30.26 134 1 SER d 191 ? ? -125.51 -168.62 135 1 PHE d 205 ? ? -96.90 32.15 136 1 PHE d 257 ? ? -141.56 18.10 137 1 ALA d 297 ? ? 63.75 -178.43 138 1 ILE d 333 ? ? 65.86 -59.04 139 1 PRO d 350 ? ? -66.43 -178.19 140 1 GLU d 546 ? ? 67.61 -3.05 141 1 ARG d 590 ? ? 70.69 -1.51 142 1 PRO d 665 ? ? -68.70 -174.24 143 1 ASN d 758 ? ? -79.17 -167.44 144 1 ASN d 926 ? ? -58.50 107.65 145 1 ALA c 35 ? ? 61.92 -178.42 146 1 SER c 64 ? ? -79.33 -169.72 147 1 GLU c 86 ? ? 64.38 -0.06 148 1 VAL c 120 ? ? -126.69 -53.16 149 1 PHE c 162 ? ? -95.84 30.29 150 1 SER c 191 ? ? -125.44 -168.65 151 1 PHE c 205 ? ? -97.04 32.24 152 1 PHE c 257 ? ? -141.62 18.16 153 1 ALA c 297 ? ? 63.69 -178.43 154 1 ILE c 333 ? ? 65.92 -58.98 155 1 PRO c 350 ? ? -66.48 -178.21 156 1 GLU c 546 ? ? 67.58 -2.97 157 1 ARG c 590 ? ? 70.76 -1.58 158 1 PRO c 665 ? ? -68.86 -174.06 159 1 ASN c 758 ? ? -79.19 -167.42 160 1 ASN c 926 ? ? -58.48 107.70 # _em_3d_fitting.entry_id 7ZQB _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Atomic protein models were built into the different cryo-EM maps using the Coot software by tracing the protein sequence into the densities and were then iteratively refined alternating Coot manual refinement and PHENIX real space refine tool until convergence. p140, p132, BHPpb3 and TMPpb2 C-ter models were built ab initio. For TTPpb6 and DTPpb9 models, already existing X-ray models (PDB codes 5NGJ / 4JMQ) were used as a starting point and were refined into the EM maps. Molprobity was used for model quality assessment. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 40 _em_3d_fitting.ref_protocol 'BACKBONE TRACE' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7ZQB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 9290 _em_3d_reconstruction.resolution 3.88 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d' _em_entity_assembly.name 'Escherichia virus T5' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7ZQB _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7ZQB _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'Intensity 25 mA' _em_sample_support.grid_material COPPER/RHODIUM _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 293.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;3 uL of T5 tails sample (with or without FhuA-ND) were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot device (100 percent humidity, 20 Celsius degrees, 5 s blotting time, blot force 0) ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7ZQB _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7ZQB _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7ZQB _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 i ILE 465 ? A ILE 465 2 1 Y 1 i GLY 466 ? A GLY 466 3 1 Y 1 i THR 467 ? A THR 467 4 1 Y 1 i PRO 468 ? A PRO 468 5 1 Y 1 i ASN 469 ? A ASN 469 6 1 Y 1 i GLY 470 ? A GLY 470 7 1 Y 1 i ASP 471 ? A ASP 471 8 1 Y 1 i ILE 472 ? A ILE 472 9 1 Y 1 i ASP 473 ? A ASP 473 10 1 Y 1 i ILE 474 ? A ILE 474 11 1 Y 1 i GLN 475 ? A GLN 475 12 1 Y 1 i THR 476 ? A THR 476 13 1 Y 1 i GLY 477 ? A GLY 477 14 1 Y 1 i ILE 478 ? A ILE 478 15 1 Y 1 i GLN 479 ? A GLN 479 16 1 Y 1 i GLY 480 ? A GLY 480 17 1 Y 1 i LYS 481 ? A LYS 481 18 1 Y 1 i GLN 482 ? A GLN 482 19 1 Y 1 i THR 483 ? A THR 483 20 1 Y 1 i VAL 484 ? A VAL 484 21 1 Y 1 i PHE 485 ? A PHE 485 22 1 Y 1 i ILE 486 ? A ILE 486 23 1 Y 1 i TYR 487 ? A TYR 487 24 1 Y 1 i ILE 488 ? A ILE 488 25 1 Y 1 i ILE 489 ? A ILE 489 26 1 Y 1 i GLY 490 ? A GLY 490 27 1 Y 1 i THR 491 ? A THR 491 28 1 Y 1 i SER 492 ? A SER 492 29 1 Y 1 i LEU 493 ? A LEU 493 30 1 Y 1 i PRO 494 ? A PRO 494 31 1 Y 1 i ALA 495 ? A ALA 495 32 1 Y 1 i LYS 496 ? A LYS 496 33 1 Y 1 i PRO 497 ? A PRO 497 34 1 Y 1 i THR 498 ? A THR 498 35 1 Y 1 i SER 499 ? A SER 499 36 1 Y 1 i PRO 500 ? A PRO 500 37 1 Y 1 i ALA 501 ? A ALA 501 38 1 Y 1 i TYR 502 ? A TYR 502 39 1 Y 1 i PRO 503 ? A PRO 503 40 1 Y 1 i PRO 504 ? A PRO 504 41 1 Y 1 i SER 505 ? A SER 505 42 1 Y 1 i GLY 506 ? A GLY 506 43 1 Y 1 i TRP 507 ? A TRP 507 44 1 Y 1 i SER 508 ? A SER 508 45 1 Y 1 i LYS 509 ? A LYS 509 46 1 Y 1 i THR 510 ? A THR 510 47 1 Y 1 i PRO 511 ? A PRO 511 48 1 Y 1 i PRO 512 ? A PRO 512 49 1 Y 1 i ASN 513 ? A ASN 513 50 1 Y 1 i ARG 514 ? A ARG 514 51 1 Y 1 i THR 515 ? A THR 515 52 1 Y 1 i SER 516 ? A SER 516 53 1 Y 1 i ASN 517 ? A ASN 517 54 1 Y 1 i THR 518 ? A THR 518 55 1 Y 1 i GLN 519 ? A GLN 519 56 1 Y 1 i ASN 520 ? A ASN 520 57 1 Y 1 i ILE 521 ? A ILE 521 58 1 Y 1 i TYR 522 ? A TYR 522 59 1 Y 1 i CYS 523 ? A CYS 523 60 1 Y 1 i SER 524 ? A SER 524 61 1 Y 1 i THR 525 ? A THR 525 62 1 Y 1 i GLY 526 ? A GLY 526 63 1 Y 1 i THR 527 ? A THR 527 64 1 Y 1 i LEU 528 ? A LEU 528 65 1 Y 1 i ASP 529 ? 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