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'Structural basis of SNAPc-dependent snRNA transcription initiation by RNA polymerase II' 2022 ? 10.1101/2022.09.21.508861 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Rengachari, S.' 1 ? primary 'Schilbach, S.' 2 ? primary 'Kaliyappan, T.' 3 ? primary 'Gouge, J.' 4 ? primary 'Zumer, K.' 5 ? primary 'Schwarz, J.' 6 ? primary 'Urlaub, H.' 7 ? primary 'Dienemann, C.' 8 ? primary 'Vannini, A.' 9 ? primary 'Cramer, P.' 10 ? 1 'Rengachari, S.' 11 ? 1 'Schilbach, S.' 12 ? 1 'Kaliyappan, T.' 13 ? 1 'Gouge, J.' 14 ? 1 'Zumer, K.' 15 ? 1 'Schwarz, J.' 16 ? 1 'Urlaub, H.' 17 ? 1 'Dienemann, C.' 18 ? 1 'Vannini, A.' 19 ? 1 'Cramer, P.' 20 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7ZXE _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 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'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 2 1 sample 1 96 'Homo sapiens' human 9606 ? 4 1 sample 1 96 'Homo sapiens' human 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP TF2B_HUMAN Q00403 ? 1 ;MASTSRLDALPRVTCPNHPDAILVEDYRAGDMICPECGLVVGDRVIDVGSEWRTFSNDKATKDPSRVGDSQNPLLSDGDL STMIGKGTGAASFDEFGNSKYQNRRTMSSSDRAMMNAFKEITTMADRINLPRNIVDRTNNLFKQVYEQKSLKGRANDAIA SACLYIACRQEGVPRTFKEICAVSRISKKEIGRCFKLILKALETSVDLITTGDFMSRFCSNLCLPKQVQMAATHIARKAV ELDLVPGRSPISVAAAAIYMASQASAEKRTQKEIGDIAGVADVTIRQSYRLIYPRAPDLFPTDFKFDTPVDKLPQL ; 1 2 GB AL137802.7 8452475 ? 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6 ;MAYQLYRNTTLGNSLQESLDELIQSQQITPQLALQVLLQFDKAINAALAQRVRNRVNFRGSLNTYRFCDNVWTFVLNDVE FREVTELIKVDKVKIVACDGKNTGSNTTE ; 1 7 UNP SNPC1_HUMAN Q16533 ? 7 ;MGTPPGLQTDCEALLSRFQETDSVRFEDFTELWRNMKFGTIFCGRMRNLEKNMFTKEALALAWRYFLPPYTFQIRVGALY LLYGLYNTQLCQPKQKIRVALKDWDEVLKFQQDLVNAQHFDAAYIFRKLRLDRAFHFTAMPKLLSYRMKKKIHRAEVTEE FKDPSDRVMKLITSDVLEEMLNVHDHYQNMKHVISVDKSKPDKALSLIKDDFFDNIKNIVLEHQQWHKDRKNPSLKSKTN DGEEKMEGNSQETERCERAESLAKIKSKAFSVVIQASKSRRHRQVKLDSSDSDSASGQGQVKATRKKEKKERLKPAGRKM SLRNKGNVQNIHKEDKPLSLSMPVITEEEENESLSGTEFTASKKRRKH ; 1 8 UNP SNPC3_HUMAN Q92966 ? 8 ;MAEGSRGGPTCSGVGGRQDPVSGSGGCNFPEYELPELNTRAFHVGAFGELWRGRLRGAGDLSLREPPASALPGSQAADSD REDAAVARDLDCSLEAAAELRAVCGLDKLKCLEDGEDPEVIPENTDLVTLGVRKRFLEHREETITIDRACRQETFVYEME SHAIGKKPENSADMIEEGELILSVNILYPVIFHKHKEHKPYQTMLVLGSQKLTQLRDSIRCVSDLQIGGEFSNTPDQAPE HISKDLYKSAFFYFEGTFYNDKRYPECRDLSRTIIEWSESHDRGYGKFQTARMEDFTFNDLCIKLGFPYLYCHQGDCEHV IVITDIRLVHHDDCLDRTLYPLLIKKHWLWTRKCFVCKMYTARWVTNNDSFAPEDPCFFCDVCFRMLHYDSEGNKLGEFL AYPYVDPGTFN ; 1 9 UNP SNPC4_HUMAN Q5SXM2 ? 9 ;MDVDAEREKITQEIKELERILDPGSSGSHVEISESSLESDSEADSLPSEDLDPADPPISEEERWGEASNDEDDPKDKTLP EDPETCLQLNMVYQEVIQEKLAEANLLLAQNREQQEELMRDLAGSKGTKVKDGKSLPPSTYMGHFMKPYFKDKVTGVGPP ANEDTREKAAQGIKAFEELLVTKWKNWEKALLRKSVVSDRLQRLLQPKLLKLEYLHQKQSKVSSELERQALEKQGREAEK EIQDINQLPEEALLGNRLDSHDWEKISNINFEGSRSAEEIRKFWQNSEHPSINKQEWSREEEERLQAIAAAHGHLEWQKI AEELGTSRSAFQCLQKFQQHNKALKRKEWTEEEDRMLTQLVQEMRVGSHIPYRRIVYYMEGRDSMQLIYRWTKSLDPGLK KGYWAPEEDAKLLQAVAKYGEQDWFKIREEVPGRSDAQCRDRYLRRLHFSLKKGRWNLKEEEQLIELIEKYGVGHWAKIA SELPHRSGSQCLSKWKIMMGKKQGLRRRRRRARHSVRWSSTSSSGSSSGSSGGSSSSSSSSSEEDEPEQAQAGEGDRALL SPQYMVPDMDLWVPARQSTSQPWRGGAGAWLGGPAASLSPPKGSSASQGGSKEASTTAAAPGEETSPVQVPARAHGPVPR SAQASHSADTRPAGAEKQALEGGRRLLTVPVETVLRVLRANTAARSCTQKEQLRQPPLPTSSPGVSSGDSVARSHVQWLR HRATQSGQRRWRHALHRRLLNRRLLLAVTPWVGDVVVPCTQASQRPAVVQTQADGLREQLQQARLASTPVFTLFTQLFHI DTAGCLEVVRERKALPPRLPQAGARDPPVHLLQASSSAQSTPGHLFPNVPAQEASKSASHKGSRRLASSRVERTLPQASL LASTGPRPKPKTVSELLQEKRLQEARAREATRGPVVLPSQLLVSSSVILQPPLPHTPHGRPAPGPTVLNVPLSGPGAPAA AKPGTSGSWQEAGTSAKDKRLSTMQALPLAPVFSEAEGTAPAASQAPALGPGQISVSCPESGLGQSQAPAASRKQGLPEA PPFLPAAPSPTPLPVQPLSLTHIGGPHVATSVPLPVTWVLTAQGLLPVPVPAVVSLPRPAGTPGPAGLLATLLPPLTETR AAQGPRAPALSSSWQPPANMNREPEPSCRTDTPAPPTHALSQSPAEADGSVAFVPGEAQVAREIPEPRTSSHADPPEAEP PWSGRLPAFGGVIPATEPRGTPGSPSGTQEPRGPLGLEKLPLRQPGPEKGALDLEKPPLPQPGPEKGALDLGLLSQEGEA ATQQWLGGQRGVRVPLLGSRLPYQPPALCSLRALSGLLLHKKALEHKATSLVVGGEAERPAGALQASLGLVRGQLQDNPA YLLLRARFLAAFTLPALLATLAPQGVRTTLSVPSRVGSESEDEDLLSELELADRDGQPGCTTATCPIQGAPDSGKCSASS CLDTSNDPDDLDVLRTRHARHTRKRRRLV ; 1 10 UNP SNPC5_HUMAN O75971 ? 10 ;MLSRLQELRKEEETLLRLKAALHDQLNRLKVEELALQSMISSRRGDEMLSSHTVPEQSHDMLVHVDNEASINQTTLELST KSHVTEEEEEEEEEESDS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7ZXE M 1 ? 316 ? Q00403 1 ? 316 ? 1 316 2 2 7ZXE N 1 ? 96 ? 8452475 69796 ? 69701 ? -34 61 3 3 7ZXE O 1 ? 339 ? P20226 1 ? 339 ? 1 339 4 4 7ZXE T 1 ? 96 ? 8452475 69701 ? 69796 ? -61 34 5 5 7ZXE U 1 ? 376 ? P52655 1 ? 376 ? 1 376 6 6 7ZXE V 1 ? 109 ? P52657 1 ? 109 ? 1 109 7 7 7ZXE a 1 ? 368 ? Q16533 1 ? 368 ? 1 368 8 8 7ZXE b 1 ? 411 ? Q92966 1 ? 411 ? 1 411 9 9 7ZXE c 1 ? 1469 ? Q5SXM2 1 ? 1469 ? 1 1469 10 10 7ZXE d 1 ? 98 ? O75971 1 ? 98 ? 1 98 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7ZXE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7ZXE _struct.title 'Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7ZXE _struct_keywords.text 'RNA polymerase II, Pol II, PIC, SNAPc, snRNA, U1 promoter, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 11 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 117 ? ASN A 129 ? ALA M 117 ASN M 129 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 131 ? LYS A 149 ? PRO M 131 LYS M 149 1 ? 19 HELX_P HELX_P3 AA3 ALA A 155 ? GLU A 171 ? ALA M 155 GLU M 171 1 ? 17 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 176 ? ALA A 182 ? THR M 176 ALA M 182 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 187 ? GLU A 203 ? SER M 187 GLU M 203 1 ? 17 HELX_P HELX_P6 AA6 THR A 211 ? LEU A 222 ? THR M 211 LEU M 222 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO A 225 ? LEU A 242 ? PRO M 225 LEU M 242 1 ? 18 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 249 ? SER A 265 ? SER M 249 SER M 265 1 ? 17 HELX_P HELX_P9 AA9 THR A 270 ? GLY A 279 ? THR M 270 GLY M 279 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 ALA A 281 ? ILE A 292 ? ALA M 281 ILE M 292 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ARG A 295 ? PHE A 300 ? ARG M 295 PHE M 300 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP C 179 ? ALA C 187 ? ASP O 179 ALA O 187 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 SER C 226 ? LEU C 244 ? SER O 226 LEU O 244 1 ? 19 HELX_P HELX_P14 AB5 ARG C 269 ? HIS C 277 ? ARG O 269 HIS O 277 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 AB6 VAL C 317 ? PHE C 335 ? VAL O 317 PHE O 335 1 ? 19 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL E 10 ? GLY E 33 ? VAL U 10 GLY U 33 1 ? 24 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP E 35 ? MET E 51 ? ASP U 35 MET U 51 1 ? 17 HELX_P HELX_P18 AB9 THR F 9 ? SER F 25 ? THR V 9 SER V 25 1 ? 17 HELX_P HELX_P19 AC1 THR F 29 ? ALA F 49 ? THR V 29 ALA V 49 1 ? 21 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY G 6 ? GLU G 20 ? GLY a 6 GLU a 20 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 ARG G 25 ? LYS G 37 ? ARG a 25 LYS a 37 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 PHE G 38 ? PHE G 42 ? PHE a 38 PHE a 42 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 ARG G 47 ? LEU G 67 ? ARG a 47 LEU a 67 1 ? 21 HELX_P HELX_P24 AC6 THR G 71 ? THR G 88 ? THR a 71 THR a 88 1 ? 18 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA G 100 ? ALA G 117 ? ALA a 100 ALA a 117 1 ? 18 HELX_P HELX_P26 AC8 HIS G 119 ? ASP G 132 ? HIS a 119 ASP a 132 1 ? 14 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP G 166 ? ILE G 172 ? ASP a 166 ILE a 172 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 THR G 173 ? SER G 195 ? THR a 173 SER a 195 1 ? 23 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP G 210 ? ASN G 232 ? ASP a 210 ASN a 232 1 ? 23 HELX_P HELX_P30 AD3 VAL H 44 ? LEU H 55 ? VAL b 44 LEU b 55 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 ALA H 77 ? ASP H 91 ? ALA b 77 ASP b 91 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 93 ? CYS H 104 ? SER b 93 CYS b 104 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU H 127 ? ILE H 144 ? LEU b 127 ILE b 144 1 ? 18 HELX_P HELX_P34 AD7 CYS H 150 ? SER H 161 ? CYS b 150 SER b 161 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 PHE H 192 ? LYS H 196 ? PHE b 192 LYS b 196 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 CYS H 221 ? GLN H 226 ? CYS b 221 GLN b 226 5 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 ILE H 242 ? TYR H 247 ? ILE b 242 TYR b 247 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU H 270 ? SER H 280 ? LEU b 270 SER b 280 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 AE3 CYS H 380 ? TYR H 389 ? CYS b 380 TYR b 389 1 ? 10 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP I 82 ? ALA I 123 ? ASP c 82 ALA c 123 1 ? 42 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN I 162 ? GLN I 171 ? ASN c 162 GLN c 171 1 ? 10 HELX_P HELX_P42 AE6 LYS I 185 ? LYS I 221 ? LYS c 185 LYS c 221 1 ? 37 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU I 225 ? GLN I 247 ? GLU c 225 GLN c 247 1 ? 23 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO I 249 ? GLY I 255 ? PRO c 249 GLY c 255 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP I 262 ? SER I 267 ? ASP c 262 SER c 267 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 SER I 276 ? SER I 287 ? SER c 276 SER c 287 1 ? 12 HELX_P HELX_P47 AF2 SER I 298 ? GLY I 313 ? SER c 298 GLY c 313 1 ? 16 HELX_P HELX_P48 AF3 GLU I 316 ? LEU I 324 ? GLU c 316 LEU c 324 1 ? 9 HELX_P HELX_P49 AF4 SER I 329 ? HIS I 340 ? SER c 329 HIS c 340 1 ? 12 HELX_P HELX_P50 AF5 THR I 350 ? ARG I 365 ? THR c 350 ARG c 365 1 ? 16 HELX_P HELX_P51 AF6 PRO I 371 ? VAL I 376 ? PRO c 371 VAL c 376 1 ? 6 HELX_P HELX_P52 AF7 ASP I 383 ? SER I 394 ? ASP c 383 SER c 394 1 ? 12 HELX_P HELX_P53 AF8 LEU J 2 ? GLY J 45 ? LEU d 2 GLY d 45 1 ? 44 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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J SER 98 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 4 4 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 7111 'Trichoplusia ni' ? ? 3 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 4 4 ? 32630 'Synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 54.45 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7ZXE 'double helix' 7ZXE 'a-form double helix' 7ZXE 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 B DC 9 1_555 D DG 88 1_555 -0.357 0.797 0.208 -4.501 2.953 -35.541 1 N_DC-26:DG26_T N -26 ? T 26 ? ? ? 1 B DG 11 1_555 D DC 86 1_555 -0.139 -0.218 0.659 -0.640 -1.492 -2.302 2 N_DG-24:DC24_T N -24 ? T 24 ? 19 1 1 B DT 12 1_555 D DA 85 1_555 -0.205 -0.244 1.033 -0.026 -1.738 -4.990 3 N_DT-23:DA23_T N -23 ? T 23 ? 20 1 1 B DG 13 1_555 D DC 84 1_555 -0.169 -0.230 0.741 0.909 -5.395 -1.319 4 N_DG-22:DC22_T N -22 ? T 22 ? 19 1 1 B DT 14 1_555 D DA 83 1_555 -0.171 -0.092 0.399 -3.699 -7.745 -4.779 5 N_DT-21:DA21_T N -21 ? T 21 ? 20 1 1 B DG 15 1_555 D DC 82 1_555 -0.186 -0.253 0.881 0.860 0.672 0.710 6 N_DG-20:DC20_T N -20 ? T 20 ? 19 1 1 B DT 16 1_555 D DA 81 1_555 -0.133 -0.283 1.008 0.345 -0.434 -1.362 7 N_DT-19:DA19_T N -19 ? T 19 ? 20 1 1 B DG 17 1_555 D DC 80 1_555 -0.232 -0.213 0.686 -1.970 6.877 2.994 8 N_DG-18:DC18_T N -18 ? T 18 ? 19 1 1 B DT 18 1_555 D DA 79 1_555 -0.030 -0.252 0.814 7.454 7.272 2.025 9 N_DT-17:DA17_T N -17 ? T 17 ? 20 1 1 B DA 19 1_555 D DT 78 1_555 0.217 -0.205 0.757 12.442 -8.051 -1.378 10 N_DA-16:DT16_T N -16 ? 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