data_7ZYV # _entry.id 7ZYV # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.365 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7ZYV pdb_00007zyv 10.2210/pdb7zyv/pdb WWPDB D_1292123251 ? ? EMDB EMD-15027 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB '7QRM contains the same protein complex with plastocyanin' 7QRM re-refinement EMDB '7QRM contains the same protein complex with plastocyanin' EMD-14123 'other EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution ; EMD-15027 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7ZYV _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-05-25 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sarewicz, M.' 1 0000-0001-6813-5997 'Szwalec, M.' 2 0000-0002-3548-2164 'Pintscher, S.' 3 0000-0001-6356-2607 'Indyka, P.' 4 0000-0002-9684-2127 'Rawski, M.' 5 0000-0002-8553-7637 'Pietras, R.' 6 0000-0001-8424-6590 'Mielecki, B.' 7 0000-0002-8597-4888 'Koziej, L.' 8 0000-0003-3885-3845 'Jaciuk, M.' 9 0000-0003-1251-1492 'Glatt, S.' 10 0000-0003-2815-7133 'Osyczka, A.' 11 0000-0002-1637-2365 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 9 _citation.language ? _citation.page_first eadd9688 _citation.page_last eadd9688 _citation.title 'High-resolution cryo-EM structures of plant cytochrome b 6 f at work.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.add9688 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36638176 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sarewicz, M.' 1 0000-0001-6813-5997 primary 'Szwalec, M.' 2 0000-0002-3548-2164 primary 'Pintscher, S.' 3 0000-0001-6356-2607 primary 'Indyka, P.' 4 0000-0002-9684-2127 primary 'Rawski, M.' 5 0000-0002-8553-7637 primary 'Pietras, R.' 6 0000-0001-8424-6590 primary 'Mielecki, B.' 7 0000-0002-8597-4888 primary 'Koziej, L.' 8 0000-0003-3885-3845 primary 'Jaciuk, M.' 9 0000-0003-1251-1492 primary 'Glatt, S.' 10 0000-0003-2815-7133 primary 'Osyczka, A.' 11 0000-0002-1637-2365 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7ZYV _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7ZYV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Cytochrome b6' 24186.504 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Cytochrome b6-f complex subunit 4' 17456.662 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Cytochrome f' 35355.664 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic' 24347.898 2 7.1.1.6 ? ? ? 5 polymer nat 'Cytochrome b6-f complex subunit 6' 3452.200 2 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Cytochrome b6-f complex subunit 7' 12953.800 2 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Cytochrome b6-f complex subunit 5' 4171.985 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Cytochrome b6-f complex subunit 8' 3170.809 2 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Thylakoid soluble phosphoprotein' 10608.004 2 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' 616.487 4 ? ? ? ? 11 non-polymer syn 'HEME C' 618.503 4 ? ? ? ? 12 non-polymer syn 'CHLOROPHYLL A' 893.489 2 ? ? ? ? 13 non-polymer syn UNDECYL-MALTOSIDE 496.589 10 ? ? ? ? 14 non-polymer syn ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; 749.201 6 ? ? ? ? 15 non-polymer syn '1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL' 795.116 2 ? ? ? ? 16 non-polymer syn 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' 175.820 2 ? ? ? ? 17 non-polymer syn BETA-CAROTENE 536.873 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 '17 kDa polypeptide' 4 'Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein,Rieske iron-sulfur protein,ISP,RISP' 5 'Cytochrome b6-f complex subunit PetL,Cytochrome b6-f complex subunit VI' 7 'Cytochrome b6-f complex subunit PetG,Cytochrome b6-f complex subunit V' 8 'Cytochrome b6-f complex subunit PetN,Cytochrome b6-f complex subunit VIII' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLVQVATGFAMTFYYRPTVTDAFASVQYIMTEVNFGW LIRSVHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVTGVVLGVLTASFGVTGYSLPWDQIGYWAVKIVTGVPDAIPV IGSPLVELLRGSASVGQSTLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPL ; ;MSKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLVQVATGFAMTFYYRPTVTDAFASVQYIMTEVNFGW LIRSVHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVTGVVLGVLTASFGVTGYSLPWDQIGYWAVKIVTGVPDAIPV IGSPLVELLRGSASVGQSTLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPL ; A,I ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MGVTKKPDLNDPVLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYIFPVVILGTIACNVGLAVLEPSMIGEPADPFATPLEILPEWY FFPVFQILRTVPNKLLGVLLMASVPAGLLTVPFLENVNKFQNPFRRPVATTVFLVGTVVALWLGIGATLPIDKSLTLGLF ; ;MGVTKKPDLNDPVLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYIFPVVILGTIACNVGLAVLEPSMIGEPADPFATPLEILPEWY FFPVFQILRTVPNKLLGVLLMASVPAGLLTVPFLENVNKFQNPFRRPVATTVFLVGTVVALWLGIGATLPIDKSLTLGLF ; B,J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MQTINTFSWIKEQITRSISISLILYIITRSSIANAYPIFAQQGYENPREATGRIVCANCHLANKPVDIEVPQAVLPDTVF EAVVRIPYDMQLKQVLANGKKGGLNVGAVLILPEGFELAPPDRISPEMKEKMGNLSFQSYRPNKQNILVIGPVPGQKYSE ITFPILAPDPATKKDVHFLKYPIYVGGNRGRGQIYPDGSKSNNTVYNSTATGIVKKIVRKEKGGYEINIADASDGREVVD IIPRGPELLVSEGESIKLDQPLTSNPNVGGFGQGDAEVVLQDPLRIQGLLFFFASVILAQIFLVLKKKQFEKVQLSEMNF ; ;MQTINTFSWIKEQITRSISISLILYIITRSSIANAYPIFAQQGYENPREATGRIVCANCHLANKPVDIEVPQAVLPDTVF EAVVRIPYDMQLKQVLANGKKGGLNVGAVLILPEGFELAPPDRISPEMKEKMGNLSFQSYRPNKQNILVIGPVPGQKYSE ITFPILAPDPATKKDVHFLKYPIYVGGNRGRGQIYPDGSKSNNTVYNSTATGIVKKIVRKEKGGYEINIADASDGREVVD IIPRGPELLVSEGESIKLDQPLTSNPNVGGFGQGDAEVVLQDPLRIQGLLFFFASVILAQIFLVLKKKQFEKVQLSEMNF ; C,K ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MASFTLSSATPSQLCSSKNGMFAPSLALAKAGRVNVLISKERIRGMKLTCQATSIPADNVPDMQKRETLNLLLLGALSLP TGYMLLPYASFFVPPGGGAGTGGTIAKDALGNDVIAAEWLKTHAPGDRTLTQGLKGDPTYLVVESDKTLATFGINAVCTH LGCVVPFNAAENKFICPCHGSQYNNQGRVVRGPAPLSLALAHCDVDDGKVVFVPWTETDFRTGEAPWWSA ; ;MASFTLSSATPSQLCSSKNGMFAPSLALAKAGRVNVLISKERIRGMKLTCQATSIPADNVPDMQKRETLNLLLLGALSLP TGYMLLPYASFFVPPGGGAGTGGTIAKDALGNDVIAAEWLKTHAPGDRTLTQGLKGDPTYLVVESDKTLATFGINAVCTH LGCVVPFNAAENKFICPCHGSQYNNQGRVVRGPAPLSLALAHCDVDDGKVVFVPWTETDFRTGEAPWWSA ; D,L ? 5 'polypeptide(L)' no no MFTLTSYFGFLLAALTITSALFIGLNKIRLI MFTLTSYFGFLLAALTITSALFIGLNKIRLI E,M ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MATAAASTTLSSAAVPAISGSRGQRKMNKVVYMSGVNSYGGLKANNAVLGLGQAVCTEQCFANVVSSLRSTATKKGRSGG GGGAGGGALTSTCNAAAEIFRIAAVMNGLTLVGVAIGFVLLRIEATVEEAE ; ;MATAAASTTLSSAAVPAISGSRGQRKMNKVVYMSGVNSYGGLKANNAVLGLGQAVCTEQCFANVVSSLRSTATKKGRSGG GGGAGGGALTSTCNAAAEIFRIAAVMNGLTLVGVAIGFVLLRIEATVEEAE ; F,N ? 7 'polypeptide(L)' no no MIEVFLFGIVLGLIPITLAGLFVTAYLQYRRGDQLDL MIEVFLFGIVLGLIPITLAGLFVTAYLQYRRGDQLDL G,O ? 8 'polypeptide(L)' no no MDIVSLAWAALMVVFTFSLSLVVWGRSGL MDIVSLAWAALMVVFTFSLSLVVWGRSGL H,P ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MSSLPFVFGAAASSRVVTAAAAKGTAETKQEKSFVDWLLGKITKEDQFYETDPILRGGDVKSSGSTSGKKGGTTSGKKGT VSIPSKKKNGNGGVFGGLFAKKD ; ;MSSLPFVFGAAASSRVVTAAAAKGTAETKQEKSFVDWLLGKITKEDQFYETDPILRGGDVKSSGSTSGKKGGTTSGKKGT VSIPSKKKNGNGGVFGGLFAKKD ; R,Q ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 LYS n 1 4 VAL n 1 5 TYR n 1 6 ASP n 1 7 TRP n 1 8 PHE n 1 9 GLU n 1 10 GLU n 1 11 ARG n 1 12 LEU n 1 13 GLU n 1 14 ILE n 1 15 GLN n 1 16 ALA n 1 17 ILE n 1 18 ALA n 1 19 ASP n 1 20 ASP n 1 21 ILE n 1 22 THR n 1 23 SER n 1 24 LYS n 1 25 TYR n 1 26 VAL n 1 27 PRO n 1 28 PRO n 1 29 HIS n 1 30 VAL n 1 31 ASN n 1 32 ILE n 1 33 PHE n 1 34 TYR n 1 35 CYS n 1 36 LEU n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 ILE n 1 40 THR n 1 41 LEU n 1 42 THR n 1 43 CYS n 1 44 PHE n 1 45 LEU n 1 46 VAL n 1 47 GLN n 1 48 VAL n 1 49 ALA n 1 50 THR n 1 51 GLY n 1 52 PHE n 1 53 ALA n 1 54 MET n 1 55 THR n 1 56 PHE n 1 57 TYR n 1 58 TYR n 1 59 ARG n 1 60 PRO n 1 61 THR n 1 62 VAL n 1 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LYS n 1 150 ILE n 1 151 VAL n 1 152 THR n 1 153 GLY n 1 154 VAL n 1 155 PRO n 1 156 ASP n 1 157 ALA n 1 158 ILE n 1 159 PRO n 1 160 VAL n 1 161 ILE n 1 162 GLY n 1 163 SER n 1 164 PRO n 1 165 LEU n 1 166 VAL n 1 167 GLU n 1 168 LEU n 1 169 LEU n 1 170 ARG n 1 171 GLY n 1 172 SER n 1 173 ALA n 1 174 SER n 1 175 VAL n 1 176 GLY n 1 177 GLN n 1 178 SER n 1 179 THR n 1 180 LEU n 1 181 THR n 1 182 ARG n 1 183 PHE n 1 184 TYR n 1 185 SER n 1 186 LEU n 1 187 HIS n 1 188 THR n 1 189 PHE n 1 190 VAL n 1 191 LEU n 1 192 PRO n 1 193 LEU n 1 194 LEU n 1 195 THR n 1 196 ALA n 1 197 VAL n 1 198 PHE n 1 199 MET n 1 200 LEU n 1 201 MET n 1 202 HIS n 1 203 PHE n 1 204 LEU n 1 205 MET n 1 206 ILE n 1 207 ARG n 1 208 LYS n 1 209 GLN n 1 210 GLY n 1 211 ILE n 1 212 SER n 1 213 GLY n 1 214 PRO n 1 215 LEU n 2 1 MET n 2 2 GLY n 2 3 VAL n 2 4 THR n 2 5 LYS n 2 6 LYS n 2 7 PRO n 2 8 ASP n 2 9 LEU n 2 10 ASN n 2 11 ASP n 2 12 PRO n 2 13 VAL n 2 14 LEU n 2 15 ARG n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 LEU n 2 19 ALA n 2 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_entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 215 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 160 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 320 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 230 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 31 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 131 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 37 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 29 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 103 spinach 'Spinacia oleracea' 3562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CYB6_SPIOL P00165 ? 1 ;MSKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLVQVATGFAMTFYYRPTVTDAFASVQYIMTEVNFGW LIRSVHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVTGVVLGVLTASFGVTGYSLPWDQIGYWAVKIVTGVPDAIPV IGSPLVELLRGSASVGQSTLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFLMIRKQGISGPL ; 1 2 UNP PETD_SPIOL P00166 ? 2 ;MGVTKKPDLNDPVLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYIFPVVILGTIACNVGLAVLEPSMIGEPADPFATPLEILPEWY FFPVFQILRTVPNKLLGVLLMASVPAGLLTVPFLENVNKFQNPFRRPVATTVFLVGTVVALWLGIGATLPIDKSLTLGLF ; 1 3 UNP CYF_SPIOL P16013 ? 3 ;MQTINTFSWIKEQITRSISISLILYIITRSSIANAYPIFAQQGYENPREATGRIVCANCHLANKPVDIEVPQAVLPDTVF EAVVRIPYDMQLKQVLANGKKGGLNVGAVLILPEGFELAPPDRISPEMKEKMGNLSFQSYRPNKQNILVIGPVPGQKYSE ITFPILAPDPATKKDVHFLKYPIYVGGNRGRGQIYPDGSKSNNTVYNSTATGIVKKIVRKEKGGYEINIADASDGREVVD IIPRGPELLVSEGESIKLDQPLTSNPNVGGFGQGDAEVVLQDPLRIQGLLFFFASVILAQIFLVLKKKQFEKVQLSEMNF ; 1 4 UNP UCRIA_SPIOL P08980 ? 4 ;MASFTLSSATPSQLCSSKNGMFAPSLALAKAGRVNVLISKERIRGMKLTCQATSIPADNVPDMQKRETLNLLLLGALSLP TGYMLLPYASFFVPPGGGAGTGGTIAKDALGNDVIAAEWLKTHAPGDRTLTQGLKGDPTYLVVESDKTLATFGINAVCTH LGCVVPFNAAENKFICPCHGSQYNNQGRVVRGPAPLSLALAHCDVDDGKVVFVPWTETDFRTGEAPWWSA ; 1 5 UNP PETL_SPIOL Q9M3L0 ? 5 MFTLTSYFGFLLAALTITSALFIGLNKIRLI 1 6 UNP A0A0K9RMM1_SPIOL A0A0K9RMM1 ? 6 ;MATAAASTTLSSAAVPAISGSRGQRKMNKVVYMSGVNSYGGLKANNAVLGLGQAVCTEQCFANVVSSLRSTATKKGRSGG GGGAGGGALTSTCNAAAEIFRIAAVMNGLTLVGVAIGFVLLRIEATVEEAE ; 1 7 UNP PETG_SPIOL P69461 ? 7 MIEVFLFGIVLGLIPITLAGLFVTAYLQYRRGDQLDL 1 8 UNP PETN_SPIOL P61045 ? 8 MDIVSLAWAALMVVFTFSLSLVVWGRSGL 1 9 UNP Q8GT36_SPIOL Q8GT36 ? 9 ;MSSLPFVFGAAASSRVVTAAAAKGTAETKQEKSFVDWLLGKITKEDQFYETDPILRGGDVKSSGSTSGKKGGTTSGKKGT VSIPSKKKNGNGGVFGGLFAKKD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7ZYV A 1 ? 215 ? 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'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BCR non-polymer . BETA-CAROTENE ? 'C40 H56' 536.873 CLA non-polymer . 'CHLOROPHYLL A' ? 'C55 H72 Mg N4 O5' 893.489 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FES non-polymer . 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' ? 'Fe2 S2' 175.820 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HEC non-polymer . 'HEME C' ? 'C34 H34 Fe N4 O4' 618.503 HEM non-polymer . 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PL9 non-polymer . ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; 'PLASTOQUINONE 9' 'C53 H80 O2' 749.201 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SQD non-polymer . '1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL' SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL 'C41 H78 O12 S' 795.116 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UMQ non-polymer . UNDECYL-MALTOSIDE UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE 'C23 H44 O11' 496.589 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7ZYV _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7ZYV _struct.title ;Cryo-EM structure of catalytically active Spinacia oleracea cytochrome b6f in complex with endogenous plastoquinones at 2.13 A resolution ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7ZYV _struct_keywords.text 'cytochrome, Spinacia oleracea, plastoquinones, cryo-EM, PHOTOSYNTHESIS' _struct_keywords.pdbx_keywords PHOTOSYNTHESIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 7 ? P N N 8 ? Q N N 9 ? R N N 9 ? S N N 10 ? T N N 10 ? U N N 11 ? V N N 12 ? W N N 13 ? X N N 13 ? Y N N 14 ? Z N N 14 ? AA N N 14 ? BA N N 13 ? CA N N 13 ? DA N N 11 ? EA N N 15 ? FA N N 16 ? GA N N 17 ? HA N N 13 ? IA N N 10 ? JA N N 10 ? KA N N 11 ? LA N N 12 ? MA N N 13 ? NA N N 13 ? OA N N 14 ? PA N N 14 ? QA N N 13 ? RA N N 13 ? SA N N 11 ? TA N N 14 ? UA N N 15 ? VA N N 16 ? WA N N 17 ? XA N N 13 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 2 ? GLU A 13 ? SER A 2 GLU A 13 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 14 ? THR A 22 ? ILE A 14 THR A 22 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 31 ? TYR A 34 ? ASN A 31 TYR A 34 5 ? 4 HELX_P HELX_P4 AA4 CYS A 35 ? THR A 55 ? CYS A 35 THR A 55 1 ? 21 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 64 ? GLU A 75 ? ASP A 64 GLU A 75 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 PHE A 78 ? THR A 107 ? PHE A 78 THR A 107 1 ? 30 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 114 ? SER A 137 ? ARG A 114 SER A 137 1 ? 24 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP A 141 ? THR A 152 ? ASP A 141 THR A 152 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 153 ? ILE A 158 ? GLY A 153 ILE A 158 5 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 ILE A 161 ? GLY A 171 ? ILE A 161 GLY A 171 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY A 176 ? PHE A 189 ? GLY A 176 PHE A 189 1 ? 14 HELX_P HELX_P12 AB3 PHE A 189 ? GLY A 210 ? PHE A 189 GLY A 210 1 ? 22 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP B 11 ? ALA B 19 ? ASP B 11 ALA B 19 1 ? 9 HELX_P HELX_P14 AB5 ILE B 39 ? GLU B 58 ? ILE B 39 GLU B 58 1 ? 20 HELX_P HELX_P15 AB6 GLU B 78 ? TYR B 80 ? GLU B 78 TYR B 80 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 AB7 PHE B 81 ? ARG B 89 ? PHE B 81 ARG B 89 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN B 93 ? THR B 110 ? ASN B 93 THR B 110 1 ? 18 HELX_P HELX_P18 AB9 THR B 110 ? GLU B 115 ? THR B 110 GLU B 115 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN B 122 ? ARG B 125 ? ASN B 122 ARG B 125 5 ? 4 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG B 126 ? ALA B 147 ? ARG B 126 ALA B 147 1 ? 22 HELX_P HELX_P21 AC3 THR B 148 ? LEU B 149 ? THR B 148 LEU B 149 5 ? 2 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO B 150 ? SER B 154 ? PRO B 150 SER B 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO C 37 ? TYR C 44 ? PRO C 2 TYR C 9 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 ILE C 54 ? CYS C 59 ? ILE C 19 CYS C 24 5 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 PRO C 120 ? ILE C 124 ? PRO C 85 ILE C 89 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 SER C 125 ? GLY C 133 ? SER C 90 GLY C 98 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP C 169 ? LYS C 173 ? ASP C 134 LYS C 138 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP C 282 ? MET C 318 ? ASP C 247 MET C 283 1 ? 37 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP D 62 ? PHE D 92 ? ASP D 11 PHE D 41 1 ? 31 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE D 115 ? HIS D 123 ? ILE D 64 HIS D 72 1 ? 9 HELX_P HELX_P31 AD4 LEU D 134 ? GLY D 136 ? LEU D 83 GLY D 85 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 PHE E 2 ? ILE E 28 ? PHE E 2 ILE E 28 1 ? 27 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA F 95 ? GLU F 128 ? ALA F 2 GLU F 35 1 ? 34 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU G 3 ? GLY G 32 ? GLU G 3 GLY G 32 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP H 2 ? ARG H 26 ? ASP H 2 ARG H 26 1 ? 25 HELX_P HELX_P36 AD9 LYS I 3 ? GLU I 13 ? LYS I 3 GLU I 13 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 AE1 ILE I 14 ? THR I 22 ? ILE I 14 THR I 22 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN I 31 ? TYR I 34 ? ASN I 31 TYR I 34 5 ? 4 HELX_P HELX_P39 AE3 CYS I 35 ? THR I 55 ? CYS I 35 THR I 55 1 ? 21 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP I 64 ? GLU I 75 ? ASP I 64 GLU I 75 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 PHE I 78 ? THR I 107 ? PHE I 78 THR I 107 1 ? 30 HELX_P HELX_P42 AE6 ARG I 114 ? SER I 137 ? ARG I 114 SER I 137 1 ? 24 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP I 141 ? THR I 152 ? ASP I 141 THR I 152 1 ? 12 HELX_P HELX_P44 AE8 GLY I 153 ? ILE I 158 ? GLY I 153 ILE I 158 5 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 ILE I 161 ? GLY I 171 ? ILE I 161 GLY I 171 1 ? 11 HELX_P HELX_P46 AF1 GLY I 176 ? PHE I 189 ? GLY I 176 PHE I 189 1 ? 14 HELX_P HELX_P47 AF2 PHE I 189 ? GLY I 210 ? PHE I 189 GLY I 210 1 ? 22 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP J 11 ? ALA J 19 ? ASP J 11 ALA J 19 1 ? 9 HELX_P HELX_P49 AF4 ILE J 39 ? GLU J 58 ? ILE J 39 GLU J 58 1 ? 20 HELX_P HELX_P50 AF5 GLU J 78 ? TYR J 80 ? GLU J 78 TYR J 80 5 ? 3 HELX_P HELX_P51 AF6 PHE J 81 ? ARG J 89 ? PHE J 81 ARG J 89 1 ? 9 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN J 93 ? THR J 110 ? ASN J 93 THR J 110 1 ? 18 HELX_P HELX_P53 AF8 THR J 110 ? GLU J 115 ? THR J 110 GLU J 115 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 AF9 ASN J 122 ? ARG J 125 ? ASN J 122 ARG J 125 5 ? 4 HELX_P HELX_P55 AG1 ARG J 126 ? ALA J 147 ? ARG J 126 ALA J 147 1 ? 22 HELX_P HELX_P56 AG2 THR J 148 ? LEU J 149 ? THR J 148 LEU J 149 5 ? 2 HELX_P HELX_P57 AG3 PRO J 150 ? SER J 154 ? PRO J 150 SER J 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P58 AG4 PRO K 37 ? TYR K 44 ? PRO K 2 TYR K 9 1 ? 8 HELX_P HELX_P59 AG5 ILE K 54 ? CYS K 59 ? ILE K 19 CYS K 24 5 ? 6 HELX_P HELX_P60 AG6 PRO K 120 ? ILE K 124 ? PRO K 85 ILE K 89 5 ? 5 HELX_P HELX_P61 AG7 SER K 125 ? GLY K 133 ? SER K 90 GLY K 98 1 ? 9 HELX_P HELX_P62 AG8 ASP K 169 ? LYS K 173 ? 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VAL Q 35 THR Q 43 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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PRO 113 I 1 2.18 4 TRP 32 J . ? TRP 32 J PRO 33 J ? PRO 33 J 1 -2.87 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 6 ? 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'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEM 11 'HEME C' HEC 12 'CHLOROPHYLL A' CLA 13 UNDECYL-MALTOSIDE UMQ 14 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; PL9 15 '1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL' SQD 16 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' FES 17 BETA-CAROTENE BCR # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 7QRM # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #