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VAL D 1100 CYS D 1101 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N SER A 532 ? N SER A 515 O GLY A 553 ? O GLY A 536 AA1 2 3 N LEU A 548 ? N LEU A 531 O PHE A 594 ? O PHE A 577 AA1 3 4 O SER A 597 ? O SER A 580 N VAL A 572 ? N VAL A 555 AA2 1 2 N LEU A 739 ? N LEU A 722 O LYS A 760 ? O LYS A 743 AA2 2 3 N LEU A 757 ? N LEU A 740 O TYR A 781 ? O TYR A 764 AA2 3 4 N VAL A 780 ? N VAL A 763 O GLY A 787 ? O GLY A 770 AA2 4 5 N LEU A 790 ? N LEU A 773 O LYS A 833 ? O LYS A 816 AA2 5 6 O VAL A 830 ? O VAL A 813 N ARG A 797 ? N ARG A 780 AA2 6 7 N GLY A 798 ? N GLY A 781 O ALA A 903 ? O ALA A 886 AA3 1 2 N ASN A 876 ? N ASN A 859 O VAL A 885 ? O VAL A 868 AA4 1 2 O TYR A 1045 ? O TYR A 1028 N ILE A 1004 ? N ILE A 987 AA4 2 3 O PHE A 1005 ? O PHE A 988 N ALA A 998 ? N ALA A 981 AA4 3 4 O ARG A 994 ? O ARG A 977 N VAL A 972 ? N VAL A 955 AA4 4 5 N VAL A 973 ? N VAL A 956 O LEU A 1087 ? O LEU A 1070 AA4 5 6 N LEU A 1088 ? N LEU A 1071 O GLY A 1128 ? O GLY A 1111 AA5 1 2 N ILE A 1052 ? N ILE A 1035 O LEU A 1071 ? O LEU A 1054 AA6 1 2 N LYS A 1098 ? N LYS A 1081 O VAL A 1117 ? O VAL A 1100 AA7 1 2 N SER B 532 ? N SER B 515 O GLY B 553 ? O GLY B 536 AA7 2 3 N LEU B 548 ? N LEU B 531 O PHE B 594 ? O PHE B 577 AA7 3 4 O SER B 597 ? O SER B 580 N VAL B 572 ? N VAL B 555 AA8 1 2 N LEU B 739 ? N LEU B 722 O LYS B 760 ? O LYS B 743 AA8 2 3 N LEU B 757 ? N LEU B 740 O TYR B 781 ? O TYR B 764 AA8 3 4 N VAL B 780 ? N VAL B 763 O GLY B 787 ? O GLY B 770 AA8 4 5 N LEU B 790 ? N LEU B 773 O LYS B 833 ? O LYS B 816 AA8 5 6 O VAL B 830 ? O VAL B 813 N ARG B 797 ? N ARG B 780 AA8 6 7 N GLY B 798 ? N GLY B 781 O ALA B 903 ? O ALA B 886 AA9 1 2 N ASN B 876 ? N ASN B 859 O VAL B 885 ? O VAL B 868 AB1 1 2 O TYR B 1045 ? O TYR B 1028 N ILE B 1004 ? N ILE B 987 AB1 2 3 O PHE B 1005 ? O PHE B 988 N ALA B 998 ? N ALA B 981 AB1 3 4 O ARG B 994 ? O ARG B 977 N VAL B 972 ? N VAL B 955 AB1 4 5 N VAL B 973 ? N VAL B 956 O LEU B 1087 ? O LEU B 1070 AB1 5 6 N LEU B 1088 ? N LEU B 1071 O GLY B 1128 ? O GLY B 1111 AB2 1 2 N ILE B 1052 ? N ILE B 1035 O LEU B 1071 ? O LEU B 1054 AB3 1 2 N LYS B 1098 ? N LYS B 1081 O VAL B 1117 ? O VAL B 1100 AB4 1 2 N SER C 532 ? N SER C 515 O GLY C 553 ? O GLY C 536 AB4 2 3 N LEU C 548 ? N LEU C 531 O PHE C 594 ? O PHE C 577 AB4 3 4 O SER C 597 ? O SER C 580 N VAL C 572 ? N VAL C 555 AB5 1 2 N LEU C 739 ? N LEU C 722 O LYS C 760 ? O LYS C 743 AB5 2 3 N LEU C 757 ? N LEU C 740 O TYR C 781 ? O TYR C 764 AB5 3 4 N VAL C 780 ? N VAL C 763 O GLY C 787 ? O GLY C 770 AB5 4 5 N LEU C 790 ? N LEU C 773 O LYS C 833 ? O LYS C 816 AB5 5 6 O VAL C 830 ? O VAL C 813 N ARG C 797 ? N ARG C 780 AB5 6 7 N GLY C 798 ? N GLY C 781 O ALA C 903 ? O ALA C 886 AB6 1 2 N ASN C 876 ? N ASN C 859 O VAL C 885 ? O VAL C 868 AB7 1 2 O TYR C 1045 ? O TYR C 1028 N ILE C 1004 ? N ILE C 987 AB7 2 3 O PHE C 1005 ? O PHE C 988 N ALA C 998 ? N ALA C 981 AB7 3 4 O ARG C 994 ? O ARG C 977 N VAL C 972 ? N VAL C 955 AB7 4 5 N VAL C 973 ? N VAL C 956 O LEU C 1087 ? O LEU C 1070 AB7 5 6 N LEU C 1088 ? N LEU C 1071 O GLY C 1128 ? O GLY C 1111 AB8 1 2 N ILE C 1052 ? N ILE C 1035 O LEU C 1071 ? O LEU C 1054 AB9 1 2 N LYS C 1098 ? N LYS C 1081 O VAL C 1117 ? O VAL C 1100 AC1 1 2 N SER D 532 ? N SER D 515 O GLY D 553 ? O GLY D 536 AC1 2 3 N LEU D 548 ? N LEU D 531 O PHE D 594 ? O PHE D 577 AC1 3 4 O SER D 597 ? O SER D 580 N VAL D 572 ? N VAL D 555 AC2 1 2 N LEU D 739 ? N LEU D 722 O LYS D 760 ? O LYS D 743 AC2 2 3 N LEU D 757 ? N LEU D 740 O TYR D 781 ? O TYR D 764 AC2 3 4 N VAL D 780 ? N VAL D 763 O GLY D 787 ? O GLY D 770 AC2 4 5 N LEU D 790 ? N LEU D 773 O LYS D 833 ? O LYS D 816 AC2 5 6 O VAL D 830 ? O VAL D 813 N ARG D 797 ? N ARG D 780 AC2 6 7 N GLY D 798 ? N GLY D 781 O ALA D 903 ? O ALA D 886 AC3 1 2 N ASN D 876 ? N ASN D 859 O VAL D 885 ? O VAL D 868 AC4 1 2 O TYR D 1045 ? O TYR D 1028 N ILE D 1004 ? N ILE D 987 AC4 2 3 O PHE D 1005 ? O PHE D 988 N ALA D 998 ? N ALA D 981 AC4 3 4 O ARG D 994 ? O ARG D 977 N VAL D 972 ? N VAL D 955 AC4 4 5 N VAL D 973 ? N VAL D 956 O LEU D 1087 ? O LEU D 1070 AC4 5 6 N LEU D 1088 ? N LEU D 1071 O GLY D 1128 ? O GLY D 1111 AC5 1 2 N ILE D 1052 ? N ILE D 1035 O LEU D 1071 ? O LEU D 1054 AC6 1 2 N LYS D 1098 ? N LYS D 1081 O VAL D 1117 ? O VAL D 1100 # _pdbx_entry_details.entry_id 7A1D _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN A 807 ? ? -98.67 32.56 2 1 ASP A 1470 ? ? 39.36 49.94 3 1 ASN B 807 ? ? -98.73 32.66 4 1 ASP B 1470 ? ? 39.38 49.87 5 1 ASN C 807 ? ? -98.77 32.61 6 1 ASP C 1470 ? ? 39.41 49.86 7 1 ASN D 807 ? ? -98.68 32.52 8 1 ASP D 1470 ? ? 39.38 49.88 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 7A1D _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;Model fitting into the cryo-EM map was performed using the programs UCSF Chimera (Pettersen et al., 2004), Namdinator (Kidmose et al., 2019), phenix.real_space_refine (Afonine et al., 2018) and Coot (Emsley, Lohkamp, Scott, & Cowtan, 2010). Residues 500-1588 from the crystal structure of Se-Met mL-GDH180 (PDB code 7JSR) were fitted into the cryo-EM map. Se-methionine residues were replaced by methionine residues using Coot (Emsley et al., 2010) and the model was finally refined employing phenix.real_space_refine (Afonine et al., 2018) with NCS and secondary structure restraints. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # _em_3d_reconstruction.entry_id 7A1D _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 4.19 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 63715 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 6.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Cryo-EM map of the large glutamate dehydrogenase composed of 180 kDa subunits from Mycobacterium smegmatis (open conformation)' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_image_scans.entry_id 7A1D _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 20 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image 1-20 # _em_imaging.entry_id 7A1D _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 670 _em_imaging.nominal_defocus_max 3260 _em_imaging.calibrated_defocus_min 670 _em_imaging.calibrated_defocus_max 3260 _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification 47170 _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type Quantifoil _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 7A1D _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 7A1D _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7A1D _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry D2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -16 ? A MET 1 2 1 Y 1 A HIS -15 ? A HIS 2 3 1 Y 1 A HIS -14 ? A HIS 3 4 1 Y 1 A HIS -13 ? A HIS 4 5 1 Y 1 A HIS -12 ? A HIS 5 6 1 Y 1 A HIS -11 ? A HIS 6 7 1 Y 1 A HIS -10 ? A HIS 7 8 1 Y 1 A GLU -9 ? A GLU 8 9 1 Y 1 A ASN -8 ? A ASN 9 10 1 Y 1 A LEU -7 ? A LEU 10 11 1 Y 1 A TYR -6 ? A TYR 11 12 1 Y 1 A PHE -5 ? A PHE 12 13 1 Y 1 A GLN -4 ? A GLN 13 14 1 Y 1 A GLY -3 ? A GLY 14 15 1 Y 1 A ALA -2 ? A ALA 15 16 1 Y 1 A ALA -1 ? A ALA 16 17 1 Y 1 A SER 0 ? A SER 17 18 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 18 19 1 Y 1 A ILE 2 ? A ILE 19 20 1 Y 1 A ARG 3 ? A ARG 20 21 1 Y 1 A ARG 4 ? A ARG 21 22 1 Y 1 A LEU 5 ? A LEU 22 23 1 Y 1 A SER 6 ? A SER 23 24 1 Y 1 A VAL 7 ? A VAL 24 25 1 Y 1 A ALA 8 ? A ALA 25 26 1 Y 1 A PHE 9 ? A PHE 26 27 1 Y 1 A LEU 10 ? A LEU 27 28 1 Y 1 A SER 11 ? A SER 28 29 1 Y 1 A THR 12 ? A THR 29 30 1 Y 1 A TYR 13 ? A TYR 30 31 1 Y 1 A ARG 14 ? A ARG 31 32 1 Y 1 A GLY 15 ? A GLY 32 33 1 Y 1 A PRO 16 ? A PRO 33 34 1 Y 1 A GLN 17 ? A GLN 34 35 1 Y 1 A ALA 18 ? A ALA 35 36 1 Y 1 A ASP 19 ? A ASP 36 37 1 Y 1 A ALA 20 ? A ALA 37 38 1 Y 1 A PRO 21 ? A PRO 38 39 1 Y 1 A GLY 22 ? A GLY 39 40 1 Y 1 A VAL 23 ? A VAL 40 41 1 Y 1 A THR 24 ? A THR 41 42 1 Y 1 A SER 25 ? A SER 42 43 1 Y 1 A THR 26 ? A THR 43 44 1 Y 1 A GLY 27 ? A GLY 44 45 1 Y 1 A PRO 28 ? A PRO 45 46 1 Y 1 A LEU 29 ? A LEU 46 47 1 Y 1 A ALA 30 ? A ALA 47 48 1 Y 1 A VAL 31 ? A VAL 48 49 1 Y 1 A ALA 32 ? A ALA 49 50 1 Y 1 A ALA 33 ? A ALA 50 51 1 Y 1 A HIS 34 ? A HIS 51 52 1 Y 1 A ASP 35 ? A ASP 52 53 1 Y 1 A ASP 36 ? A ASP 53 54 1 Y 1 A LEU 37 ? A LEU 54 55 1 Y 1 A VAL 38 ? A VAL 55 56 1 Y 1 A SER 39 ? A SER 56 57 1 Y 1 A ASP 40 ? A ASP 57 58 1 Y 1 A ASP 41 ? A ASP 58 59 1 Y 1 A LEU 42 ? A LEU 59 60 1 Y 1 A VAL 43 ? A VAL 60 61 1 Y 1 A ALA 44 ? A ALA 61 62 1 Y 1 A ALA 45 ? A ALA 62 63 1 Y 1 A HIS 46 ? A HIS 63 64 1 Y 1 A TYR 47 ? A TYR 64 65 1 Y 1 A ARG 48 ? A ARG 65 66 1 Y 1 A LEU 49 ? A LEU 66 67 1 Y 1 A ALA 50 ? A ALA 67 68 1 Y 1 A SER 51 ? A SER 68 69 1 Y 1 A MET 52 ? A MET 69 70 1 Y 1 A ARG 53 ? 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