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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.671 ? 31983 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.935 ? 3273 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 3714 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 4134 ? f_plane_restr ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ? ? 0.000705974410502 ? ? 1 'NCS constraints' ? B ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ? ? 0.000708097021524 ? ? 2 'NCS constraints' ? B ? ? ? ens_1 # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given 0.736198759864 0.652130396929 0.180934605245 0.114225036659 -0.383249691051 0.916554589378 0.667056239739 -0.654099090131 -0.356637565766 -29.4450027517 23.3702203099 64.7544727057 ? 2 given 0.735548820151 0.113901538383 0.667828101182 0.652845587257 -0.38253564321 -0.653803579734 0.180998818708 0.916893080587 -0.355733757744 -24.1450837631 70.4007156913 6.91715272665 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;(chain "B" and (resid 27 through 339 or resid 341 through 344 or resid 346 through 381 or resid 383 through 429 or resid 431 through 442 or resid 444 through 468 or resid 470 through 1147 or resid 1311 through 1319)) ; ens_1 d_2 ;(chain "A" and (resid 27 through 339 or resid 341 through 344 or resid 346 through 381 or resid 383 through 429 or resid 431 through 442 or resid 444 through 468 or resid 470 through 1147 or resid 1311 through 1319)) ; ens_1 d_3 ;(chain "C" and (resid 27 through 339 or resid 341 through 344 or resid 346 through 381 or resid 383 through 429 or resid 431 through 442 or resid 444 through 468 or resid 470 through 1147 or resid 1311 through 1319)) ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ens_1 d_1 1 . 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U NAG . ? ? ? ? ? ? ? ? # _struct_ncs_ens.id ens_1 _struct_ncs_ens.details ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 # _struct.entry_id 7A4N _struct.title 'Cryo-EM structure of a prefusion stabilized SARS-CoV-2 Spike (D614N, R682S, R685G, A892P, A942P and V987P)(S-closed trimer)' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein,Fibritin' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7A4N _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, virology, COVID-19, class I fusion proteins, S glycoprotein, cryo-EM, VIRAL PROTEIN, prefusion, corona' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 3 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 294 ? LYS A 304 ? ASP A 294 LYS A 304 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 337 ? ALA A 344 ? PRO A 337 ALA A 344 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 349 ? TRP A 353 ? 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C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.869 ? ? covale1 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 717 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 801 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 1098 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 1134 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? 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C ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 801 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 1074 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? C ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 1098 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 1134 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale19 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale20 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale21 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 3 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 5 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 2 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 3 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 2 ? 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C ARG 1225 931 1 Y 1 C LYS 1226 ? C LYS 1226 932 1 Y 1 C ASP 1227 ? C ASP 1227 933 1 Y 1 C GLY 1228 ? C GLY 1228 934 1 Y 1 C GLU 1229 ? C GLU 1229 935 1 Y 1 C TRP 1230 ? C TRP 1230 936 1 Y 1 C VAL 1231 ? C VAL 1231 937 1 Y 1 C LEU 1232 ? C LEU 1232 938 1 Y 1 C LEU 1233 ? C LEU 1233 939 1 Y 1 C SER 1234 ? C SER 1234 940 1 Y 1 C THR 1235 ? C THR 1235 941 1 Y 1 C PHE 1236 ? C PHE 1236 942 1 Y 1 C LEU 1237 ? C LEU 1237 943 1 Y 1 C GLY 1238 ? C GLY 1238 944 1 Y 1 C ARG 1239 ? C ARG 1239 945 1 Y 1 C SER 1240 ? C SER 1240 946 1 Y 1 C LEU 1241 ? C LEU 1241 947 1 Y 1 C GLU 1242 ? C GLU 1242 948 1 Y 1 C VAL 1243 ? C VAL 1243 949 1 Y 1 C LEU 1244 ? C LEU 1244 950 1 Y 1 C PHE 1245 ? C PHE 1245 951 1 Y 1 C GLN 1246 ? C GLN 1246 952 1 Y 1 C GLY 1247 ? C GLY 1247 953 1 Y 1 C PRO 1248 ? C PRO 1248 954 1 Y 1 C GLY 1249 ? C GLY 1249 955 1 Y 1 C SER 1250 ? C SER 1250 956 1 Y 1 C LEU 1251 ? C LEU 1251 957 1 Y 1 C PRO 1252 ? C PRO 1252 958 1 Y 1 C GLU 1253 ? C GLU 1253 959 1 Y 1 C THR 1254 ? C THR 1254 960 1 Y 1 C GLY 1255 ? C GLY 1255 961 1 Y 1 C GLY 1256 ? C GLY 1256 962 1 Y 1 C GLY 1257 ? C GLY 1257 963 1 Y 1 C SER 1258 ? C SER 1258 964 1 Y 1 C ASP 1259 ? C ASP 1259 965 1 Y 1 C TYR 1260 ? C TYR 1260 966 1 Y 1 C LYS 1261 ? C LYS 1261 967 1 Y 1 C ASP 1262 ? C ASP 1262 968 1 Y 1 C ASP 1263 ? C ASP 1263 969 1 Y 1 C ASP 1264 ? C ASP 1264 970 1 Y 1 C ASP 1265 ? C ASP 1265 971 1 Y 1 C LYS 1266 ? C LYS 1266 972 1 Y 1 C GLY 1267 ? C GLY 1267 973 1 Y 1 C GLY 1268 ? C GLY 1268 974 1 Y 1 C GLY 1269 ? C GLY 1269 975 1 Y 1 C GLY 1270 ? C GLY 1270 976 1 Y 1 C SER 1271 ? C SER 1271 977 1 Y 1 C GLY 1272 ? C GLY 1272 978 1 Y 1 C GLY 1273 ? C GLY 1273 979 1 Y 1 C GLY 1274 ? C GLY 1274 980 1 Y 1 C GLY 1275 ? C GLY 1275 981 1 Y 1 C SER 1276 ? C SER 1276 982 1 Y 1 C GLY 1277 ? C GLY 1277 983 1 Y 1 C GLY 1278 ? C GLY 1278 984 1 Y 1 C GLY 1279 ? C GLY 1279 985 1 Y 1 C GLY 1280 ? C GLY 1280 986 1 Y 1 C SER 1281 ? C SER 1281 987 1 Y 1 C GLY 1282 ? C GLY 1282 988 1 Y 1 C GLY 1283 ? 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