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C ASP 334 OD1 86 1 Y 1 A ASP 334 ? OD2 ? C ASP 334 OD2 87 1 Y 1 A ARG 335 ? CG ? C ARG 335 CG 88 1 Y 1 A ARG 335 ? CD ? C ARG 335 CD 89 1 Y 1 A ARG 335 ? NE ? C ARG 335 NE 90 1 Y 1 A ARG 335 ? CZ ? C ARG 335 CZ 91 1 Y 1 A ARG 335 ? NH1 ? C ARG 335 NH1 92 1 Y 1 A ARG 335 ? NH2 ? C ARG 335 NH2 93 1 Y 1 A GLN 339 ? CG ? C GLN 339 CG 94 1 Y 1 A GLN 339 ? CD ? C GLN 339 CD 95 1 Y 1 A GLN 339 ? OE1 ? C GLN 339 OE1 96 1 Y 1 A GLN 339 ? NE2 ? C GLN 339 NE2 97 1 Y 1 A LYS 340 ? CG ? C LYS 340 CG 98 1 Y 1 A LYS 340 ? CD ? C LYS 340 CD 99 1 Y 1 A LYS 340 ? CE ? C LYS 340 CE 100 1 Y 1 A LYS 340 ? NZ ? C LYS 340 NZ 101 1 Y 1 E LYS 74 ? CG ? D LYS 74 CG 102 1 Y 1 E LYS 74 ? CD ? D LYS 74 CD 103 1 Y 1 E LYS 74 ? CE ? D LYS 74 CE 104 1 Y 1 E LYS 74 ? NZ ? D LYS 74 NZ 105 1 Y 1 E ARG 80 ? CG ? D ARG 80 CG 106 1 Y 1 E ARG 80 ? CD ? D ARG 80 CD 107 1 Y 1 E ARG 80 ? NE ? D ARG 80 NE 108 1 Y 1 E ARG 80 ? CZ ? D ARG 80 CZ 109 1 Y 1 E ARG 80 ? NH1 ? D ARG 80 NH1 110 1 Y 1 E ARG 80 ? NH2 ? D ARG 80 NH2 111 1 Y 1 E LYS 89 ? CG ? D LYS 89 CG 112 1 Y 1 E LYS 89 ? CD ? D LYS 89 CD 113 1 Y 1 E LYS 89 ? CE ? D LYS 89 CE 114 1 Y 1 E LYS 89 ? NZ ? D LYS 89 NZ 115 1 Y 1 E GLU 108 ? CG ? D GLU 108 CG 116 1 Y 1 E GLU 108 ? CD ? D GLU 108 CD 117 1 Y 1 E GLU 108 ? OE1 ? D GLU 108 OE1 118 1 Y 1 E GLU 108 ? OE2 ? D GLU 108 OE2 119 1 Y 1 E ASN 349 ? CG ? D ASN 349 CG 120 1 Y 1 E ASN 349 ? OD1 ? D ASN 349 OD1 121 1 Y 1 E ASN 349 ? ND2 ? D ASN 349 ND2 122 1 Y 1 B LYS 74 ? CG ? E LYS 74 CG 123 1 Y 1 B LYS 74 ? CD ? E LYS 74 CD 124 1 Y 1 B LYS 74 ? CE ? E LYS 74 CE 125 1 Y 1 B LYS 74 ? NZ ? E LYS 74 NZ 126 1 Y 1 B ARG 80 ? CG ? E ARG 80 CG 127 1 Y 1 B ARG 80 ? CD ? E ARG 80 CD 128 1 Y 1 B ARG 80 ? NE ? E ARG 80 NE 129 1 Y 1 B ARG 80 ? CZ ? E ARG 80 CZ 130 1 Y 1 B ARG 80 ? NH1 ? E ARG 80 NH1 131 1 Y 1 B ARG 80 ? NH2 ? E ARG 80 NH2 132 1 Y 1 B LYS 89 ? CG ? E LYS 89 CG 133 1 Y 1 B LYS 89 ? CD ? E LYS 89 CD 134 1 Y 1 B LYS 89 ? CE ? E LYS 89 CE 135 1 Y 1 B LYS 89 ? NZ ? E LYS 89 NZ 136 1 Y 1 B GLU 108 ? CG ? E GLU 108 CG 137 1 Y 1 B GLU 108 ? CD ? E GLU 108 CD 138 1 Y 1 B GLU 108 ? OE1 ? E GLU 108 OE1 139 1 Y 1 B GLU 108 ? OE2 ? E GLU 108 OE2 140 1 Y 1 B ASN 349 ? CG ? E ASN 349 CG 141 1 Y 1 B ASN 349 ? OD1 ? E ASN 349 OD1 142 1 Y 1 B ASN 349 ? ND2 ? E ASN 349 ND2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7AO8 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7AO8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7AO8 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7AO8 _struct.title 'Structure of the MTA1/HDAC1/MBD2 NURD deacetylase complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7AO8 _struct_keywords.text 'Deacetylase, Complex, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 6 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MBD2_HUMAN Q9UBB5 ? 1 ;MRAHPGGGRCCPEQEEGESAAGGSGAGGDSAIEQGGQGSALAPSPVSGVRREGARGGGRGRGRWKQAGRGGGVCGRGRGR GRGRGRGRGRGRGRGRPPSGGSGLGGDGGGCGGGGSGGGGAPRREPVPFPSGSAGPGPRGPRATESGKRMDCPALPPGWK KEEVIRKSGLSAGKSDVYYFSPSGKKFRSKPQLARYLGNTVDLSSFDFRTGKMMPSKLQKNKQRLRNDPLNQNKGKPDLN TTLPIRQTASIFKQPVTKVTNHPSNKVKSDPQRMNEQPRQLFWEKRLQGLSASDVTEQIIKTMELPKGLQGVGPGSNDET LLSAVASALHTSSAPITGQVSAAVEKNPAVWLNTSQPLCKAFIVTDEDIRKQEERVQQVRKKLEEALMADILSRAADTEE MDIEMDSGDEA ; 1 2 UNP MTA1_HUMAN Q13330 ? 2 ;MAANMYRVGDYVYFENSSSNPYLIRRIEELNKTANGNVEAKVVCFYRRRDISSTLIALADKHATLSVCYKAGPGADNGEE GEIEEEMENPEMVDLPEKLKHQLRHRELFLSRQLESLPATHIRGKCSVTLLNETESLKSYLEREDFFFYSLVYDPQQKTL LADKGEIRVGNRYQADITDLLKEGEEDGRDQSRLETQVWEAHNPLTDKQIDQFLVVARSVGTFARALDCSSSVRQPSLHM SAAAASRDITLFHAMDTLHKNIYDISKAISALVPQGGPVLCRDEMEEWSASEANLFEEALEKYGKDFTDIQQDFLPWKSL TSIIEYYYMWKTTDRYVQQKRLKAAEAESKLKQVYIPNYNKPNPNQISVNNVKAGVVNGTGAPGQSPGAGRACESCYTTQ SYQWYSWGPPNMQCRLCASCWTYWKKYGGLKMPTRLDGERPGPNRSNMSPHGLPARSSGSPKFAMKTRQAFYLHTTKLTR IARRLCREILRPWHAARHPYLPINSAAIKAECTARLPEASQSPLVLKQAVRKPLEAVLRYLETHPRPPKPDPVKSVSSVL SSLTPAKVAPVINNGSPTILGKRSYEQHNGVDGNMKKRLLMPSRGLANHGQARHMGPSRNLLLNGKSYPTKVRLIRGGSL PPVKRRRMNWIDAPDDVFYMATEETRKIRKLLSSSETKRAARRPYKPIALRQSQALPPRPPPPAPVNDEPIVIED ; 1 3 UNP HDAC1_HUMAN Q13547 ? 3 ;MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKANAEEMTKYHSDDYIKFLRSIR PDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAI LELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAI FKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVAL DTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDD PDKRISICSSDKRIACEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGVKEEVK LA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7AO8 C 1 ? 411 ? Q9UBB5 1 ? 411 ? 1 411 2 2 7AO8 D 1 ? 715 ? Q13330 1 ? 715 ? 1 715 3 2 7AO8 A 1 ? 715 ? Q13330 1 ? 715 ? 1 715 4 3 7AO8 E 1 ? 482 ? Q13547 1 ? 482 ? 1 482 5 3 7AO8 B 1 ? 482 ? Q13547 1 ? 482 ? 1 482 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 17000 ? 1 MORE -149 ? 1 'SSA (A^2)' 59600 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'A flag tag on MTA1 was used to purify the complex.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 189 ? GLY A 198 ? SER C 189 GLY C 198 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 199 ? VAL A 201 ? ASN C 199 VAL C 201 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU B 131 ? LEU B 137 ? LEU D 131 LEU D 137 1 ? 7 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP B 190 ? ARG B 193 ? ASP D 190 ARG D 193 5 ? 4 HELX_P HELX_P5 AA5 THR B 206 ? LEU B 227 ? THR D 206 LEU D 227 1 ? 22 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU B 238 ? SER B 246 ? LEU D 238 SER D 246 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG B 247 ? ASN B 261 ? ARG D 247 ASN D 261 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP B 264 ? VAL B 273 ? ASP D 264 VAL D 273 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP B 283 ? TRP B 288 ? ASP D 283 TRP D 288 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 SER B 289 ? GLY B 304 ? SER D 289 GLY D 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP B 306 ? PHE B 314 ? ASP D 306 PHE D 314 1 ? 9 HELX_P HELX_P12 AB3 SER B 319 ? LYS B 331 ? SER D 319 LYS D 331 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 LEU C 131 ? LEU C 137 ? LEU A 131 LEU A 137 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP C 190 ? ARG C 193 ? ASP A 190 ARG A 193 5 ? 4 HELX_P HELX_P15 AB6 THR C 206 ? LEU C 227 ? THR A 206 LEU A 227 1 ? 22 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU C 238 ? SER C 246 ? LEU A 238 SER A 246 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 ARG C 247 ? ASN C 261 ? ARG A 247 ASN A 261 1 ? 15 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP C 264 ? VAL C 273 ? ASP A 264 VAL A 273 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 283 ? TRP C 288 ? ASP A 283 TRP A 288 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 SER C 289 ? GLY C 304 ? SER A 289 GLY A 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP C 306 ? PHE C 314 ? ASP A 306 PHE A 314 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 SER C 319 ? LYS C 331 ? SER A 319 LYS A 331 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP D 16 ? ASN D 21 ? ASP E 16 ASN E 21 5 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO D 32 ? TYR D 45 ? PRO E 32 TYR E 45 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU D 47 ? MET D 51 ? LEU E 47 MET E 51 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN D 60 ? THR D 65 ? ASN E 60 THR E 65 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 SER D 69 ? ILE D 79 ? SER E 69 ILE E 79 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN D 83 ? PHE D 94 ? ASN E 83 PHE E 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY D 105 ? LYS D 126 ? 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ASN B 83 PHE B 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P44 AE8 GLY E 105 ? LYS E 126 ? GLY B 105 LYS B 126 1 ? 22 HELX_P HELX_P45 AE9 ASN E 154 ? LEU E 164 ? ASN B 154 LEU B 164 1 ? 11 HELX_P HELX_P46 AF1 GLY E 180 ? PHE E 187 ? GLY B 180 PHE B 187 1 ? 8 HELX_P HELX_P47 AF2 ALA E 216 ? LYS E 220 ? ALA B 216 LYS B 220 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP E 233 ? GLN E 253 ? ASP B 233 GLN B 253 1 ? 21 HELX_P HELX_P49 AF4 THR E 277 ? PHE E 291 ? THR B 277 PHE B 291 1 ? 15 HELX_P HELX_P50 AF5 THR E 304 ? LEU E 320 ? THR B 304 LEU B 320 1 ? 17 HELX_P HELX_P51 AF6 TYR E 333 ? PHE E 337 ? TYR B 333 PHE B 337 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 THR E 355 ? MET E 372 ? 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