data_7APK # _entry.id 7APK # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.391 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7APK pdb_00007apk 10.2210/pdb7apk/pdb WWPDB D_1292109809 ? ? EMDB EMD-11857 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-12-16 2 'Structure model' 1 1 2024-05-01 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 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_pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Map A' EMD-11853 'other EM volume' EMDB 'Map C' EMD-11854 'other EM volume' EMDB 'Map D' EMD-11855 'other EM volume' EMDB 'Map E' EMD-11856 'other EM volume' EMDB 'Structure of a human THO - UAP56 complex' EMD-11857 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Hohmann, U.' 1 0000-0003-2124-1439 'Puehringer, T.' 2 0000-0001-9127-9120 'Plaschka, C.' 3 0000-0002-6020-9514 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 9 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structure of the human core transcription-export complex reveals a hub for multivalent interactions.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.61503 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33191911 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Puhringer, T.' 1 0000-0001-9127-9120 primary 'Hohmann, U.' 2 0000-0003-2124-1439 primary 'Fin, L.' 3 ? primary 'Pacheco-Fiallos, B.' 4 ? primary 'Schellhaas, U.' 5 0000-0002-9684-9839 primary 'Brennecke, J.' 6 ? primary 'Plaschka, C.' 7 0000-0002-6020-9514 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'THO complex subunit 1' 81138.383 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'THO complex subunit 2' 141584.594 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'THO complex subunit 3' 43279.445 4 ? ? ? ? 4 polymer man 'THO complex subunit 5 homolog' 78652.898 4 ? ? ? ? 5 polymer man 'THO complex subunit 6 homolog' 37577.875 4 ? ? ? ? 6 polymer man 'THO complex subunit 7 homolog' 23782.014 4 ? ? ? ? 7 polymer man 'Spliceosome RNA helicase DDX39B' 51612.164 4 3.6.4.13 ? ? ? 8 polymer man 'THOC2 anchor (putative)' 3166.895 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Tho1,Nuclear matrix protein p84,p84N5,hTREX84' 2 Tho2,hTREX120 3 'Tho3,TEX1 homolog,hTREX45' 4 'Functional spliceosome-associated protein 79,fSAP79,NF2/meningioma region protein pK1.3,Placental protein 39.2,PP39.2,hTREX90' 5 'Functional spliceosome-associated protein 35,fSAP35,WD repeat-containing protein 58' 6 ;Functional spliceosome-associated protein 24,fSAP24,Ngg1-interacting factor 3-like protein 1-binding protein 1,NIF3L1-binding protein 1,hTREX30 ; 7 '56 kDa U2AF65-associated protein,ATP-dependent RNA helicase p47,DEAD box protein UAP56,HLA-B-associated transcript 1 protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MGKPIPNPLLGLDSTGSGKPIPNPLLGLDSTGSGKPIPNPLLGLDSTLEVLFQGPSPTPPLFSLPEARTRFTKSTREALN NKNIKPLLSTFSQVPGSENEKKCTLDQAFRGILEEEIINHSSCENVLAIISLAIGGVTEGICTASTPFVLLGDVLDCLPL DQCDTIFTFVEKNVATWKSNTFYSAGKNYLLRMCNDLLRRLSKSQNTVFCGRIQLFLARLFPLSEKSGLNLQSQFNLENV TVFNTNEQESTLGQKHTEDREEGMDVEEGEMGDEEAPTTCSIPIDYNLYRKFWSLQDYFRNPVQCYEKISWKTFLKYSEE VLAVFKSYKLDDTQASRKKMEELKTGGEHVYFAKFLTSEKLMDLQLSDSNFRRHILLQYLILFQYLKGQVKFKSSNYVLT DEQSLWIEDTTKSVYQLLSENPPDGERFSKMVEHILNTEENWNSWKNEGCPSFVKERTSDTKPTRIIRKRTAPEDFLGKG 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;MKHHHHHHHHHHSAGLEVLFQGPMAAAAVVVPAEWIKNWEKSGRGEFLHLCRILSENKSHDSSTYRDFQQALYELSYHVI KGNLKHEQASNVLSDISEFREDMPSILADVFCILDIETNCLEEKSKRDYFTQLVLACLYLVSDTVLKERLDPETLESLGL IKQSQQFNQKSVKIKTKLFYKQQKFNLLREENEGYAKLIAELGQDLSGSITSDLILENIKSLIGCFNLDPNRVLDVILEV FECRPEHDDFFISLLESYMSMCEPQTLCHILGFKFKFYQEPNGETPSSLYRVAAVLLQFNLIDLDDLYVHLLPADNCIMD EHKREIAEAKQIVRKLTMVVLSSEKMDEREKEKEKEEEKVEKPPDNQKLGLLEALLKIGDWQHAQNIMDQMPPYYAASHK LIALAICKLIHITIEPLYRRVGVPKGAKGSPVNALQNKRAPKQAESFEDLRRDVFNMFCYLGPHLSHDPILFAKVVRIGK SFMKEFQSDGSKQEDKEKTEVILSCLLSITDQVLLPSLSLMDCNACMSEELWGMFKTFPYQHRYRLYGQWKNETYNSHPL LVKVKAQTIDRAKYIMKRLTKENVKPSGRQIGKLSHSNPTILFDYILSQIQKYDNLITPVVDSLKYLTSLNYDVLAYCII EALANPEKERMKHDDTTISSWLQSLASFCGAVFRKYPIDLAGLLQYVANQLKAGKSFDLLILKEVVQKMAGIEITEEMTM EQLEAMTGGEQLKAEGGYFGQIRNTKKSSQRLKDALLDHDLALPLCLLMAQQRNGVIFQEGGEKHLKLVGKLYDQCHDTL VQFGGFLASNLSTEDYIKRVPSIDVLCNEFHTPHDAAFFLSRPMYAHHISSKYDELKKSEKGSKQQHKVHKYITSCEMVM APVHEAVVSLHVSKVWDDISPQFYATFWSLTMYDLAVPHTSYEREVNKLKVQMKAIDDNQEMPPNKKKKEKERCTALQDK 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EALANPEKERMKHDDTTISSWLQSLASFCGAVFRKYPIDLAGLLQYVANQLKAGKSFDLLILKEVVQKMAGIEITEEMTM EQLEAMTGGEQLKAEGGYFGQIRNTKKSSQRLKDALLDHDLALPLCLLMAQQRNGVIFQEGGEKHLKLVGKLYDQCHDTL VQFGGFLASNLSTEDYIKRVPSIDVLCNEFHTPHDAAFFLSRPMYAHHISSKYDELKKSEKGSKQQHKVHKYITSCEMVM APVHEAVVSLHVSKVWDDISPQFYATFWSLTMYDLAVPHTSYEREVNKLKVQMKAIDDNQEMPPNKKKKEKERCTALQDK LLEEEKKQMEHVQRVLQRLKLEKDNWLLAKSTKNETITKFLQLCIFPRCIFSAIDAVYCARFVELVHQQKTPNFSTLLCY DRVFSDIIYTVASCTENEASRYGRFLCCMLETVTRWHSDRATYEKECGNYPGFLTILRATGFDGGNKADQLDYENFRHVV HKWHYKLTKASVHCLETGEYTHIRNILIVLTKILPWYPKVLNLGQALERRVHKICQEEKEKRPDLYALAMGYSGQLKSRK SYMIPENEFHHKDPPPRNAVASVQNG ; B,J,b,j ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MKGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKTAGLEVLFQGPMAVPAAAMGPSALGQSGPGSMAPWCSVSSGPSRYVL GMQELFRGHSKTREFLAHSAKVHSVAWSCDGRRLASGSFDKTASVFLLEKDRLVKENNYRGHGDSVDQLCWHPSNPDLFV TASGDKTIRIWDVRTTKCIATVNTKGENINICWSPDGQTIAVGNKDDVVTFIDAKTHRSKAEEQFKFEVNEISWNNDNNM FFLTNGNGCINILSYPELKPVQSINAHPSNCICIKFDPMGKYFATGSADALVSLWDVDELVCVRCFSRLDWPVRTLSFSH DGKMLASASEDHFIDIAEVETGDKLWEVQCESPTFTVAWHPKRPLLAFACDDKDGKYDSSREAGTVKLFGLPNDS ; ;MKGSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKTAGLEVLFQGPMAVPAAAMGPSALGQSGPGSMAPWCSVSSGPSRYVL GMQELFRGHSKTREFLAHSAKVHSVAWSCDGRRLASGSFDKTASVFLLEKDRLVKENNYRGHGDSVDQLCWHPSNPDLFV TASGDKTIRIWDVRTTKCIATVNTKGENINICWSPDGQTIAVGNKDDVVTFIDAKTHRSKAEEQFKFEVNEISWNNDNNM FFLTNGNGCINILSYPELKPVQSINAHPSNCICIKFDPMGKYFATGSADALVSLWDVDELVCVRCFSRLDWPVRTLSFSH DGKMLASASEDHFIDIAEVETGDKLWEVQCESPTFTVAWHPKRPLLAFACDDKDGKYDSSREAGTVKLFGLPNDS ; C,K,c,k ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSSESSKKRKPKVIRSDGAPAEGKRNRSDTEQEGKYYSEEAEVDLRDPGRDYELYKYTCQELQRLMAEIQDLKSRGGKDV AIEIEERRIQSCVHFMTLKKLNRLAHIRLKKGRDQTHEAKQKVDAYHLQLQNLLYEVMHLQKEITKCLEFKSKHEEIDLV SLEEFYKEAPPDISKAEVTMGDPHQQTLARLDWELEQRKRLAEKYRECLSNKEKILKEIEVKKEYLSSLQPRLNSIMQAS LPVQEYLFMPFDQAHKQYETARHLPPPLYVLFVQATAYGQACDKTLSVAIEGSVDEAKALFKPPEDSQDDESDSDAEEEQ TTKRRRPTLGVQLDDKRKEMLKRHPLSVMLDLKCKDDSVLHLTFYYLMNLNIMTVKAKVTTAMELITPISAGDLLSPDSV LSCLYPGDHGKKTPNPANQYQFDKVGILTLSDYVLELGHPYLWVQKLGGLHFPKEQPQQTVIADHSLSASHMETTMKLLK TRVQSRLALHKQFASLEHGIVPVTSDCQYLFPAKVVSRLVKWVTIAHEDYMELHFTKDIVDAGLAGDTNLYYMALIERGT AKLQAAVVLNPGYSSIPPIFQLCLNWKGEKTNSNDDNIRAMEGEVNVCYKELCGPWPSHQLLTNQLQRLCVLLDVYLETE SHDDSVEGPKEFPQEKMCLRLFRGPSRMKPFKYNHPQGFFSHR ; ;MSSESSKKRKPKVIRSDGAPAEGKRNRSDTEQEGKYYSEEAEVDLRDPGRDYELYKYTCQELQRLMAEIQDLKSRGGKDV AIEIEERRIQSCVHFMTLKKLNRLAHIRLKKGRDQTHEAKQKVDAYHLQLQNLLYEVMHLQKEITKCLEFKSKHEEIDLV SLEEFYKEAPPDISKAEVTMGDPHQQTLARLDWELEQRKRLAEKYRECLSNKEKILKEIEVKKEYLSSLQPRLNSIMQAS LPVQEYLFMPFDQAHKQYETARHLPPPLYVLFVQATAYGQACDKTLSVAIEGSVDEAKALFKPPEDSQDDESDSDAEEEQ TTKRRRPTLGVQLDDKRKEMLKRHPLSVMLDLKCKDDSVLHLTFYYLMNLNIMTVKAKVTTAMELITPISAGDLLSPDSV LSCLYPGDHGKKTPNPANQYQFDKVGILTLSDYVLELGHPYLWVQKLGGLHFPKEQPQQTVIADHSLSASHMETTMKLLK TRVQSRLALHKQFASLEHGIVPVTSDCQYLFPAKVVSRLVKWVTIAHEDYMELHFTKDIVDAGLAGDTNLYYMALIERGT AKLQAAVVLNPGYSSIPPIFQLCLNWKGEKTNSNDDNIRAMEGEVNVCYKELCGPWPSHQLLTNQLQRLCVLLDVYLETE SHDDSVEGPKEFPQEKMCLRLFRGPSRMKPFKYNHPQGFFSHR ; E,M,e,m ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MERAVPLAVPLGQTEVFQALQRLHMTIFSQSVSPCGKFLAAGNNYGQIAIFSLSSALSSEAKEESKKPVVTFQAHDGPVY SMVSTDRHLLSAGDGEVKAWLWAEMLKKGCKELWRRQPPYRTSLEVPEINALLLVPKENSLILAGGDCQLHTMDLETGTF TRVLRGHTDYIHCLALRERSPEVLSGGEDGAVRLWDLRTAKEVQTIEVYKHEECSRPHNGRWIGCLATDSDWMVCGGGPA LTLWHLRSSTPTTIFPIRAPQKHVTFYQDLILSAGQGRCVNQWQLSGELKAQVPGSSPGLLSLSLNQQPAAPECKVLTAA GNSCRVDVFTNLGYRAFSLSF ; ;MERAVPLAVPLGQTEVFQALQRLHMTIFSQSVSPCGKFLAAGNNYGQIAIFSLSSALSSEAKEESKKPVVTFQAHDGPVY SMVSTDRHLLSAGDGEVKAWLWAEMLKKGCKELWRRQPPYRTSLEVPEINALLLVPKENSLILAGGDCQLHTMDLETGTF TRVLRGHTDYIHCLALRERSPEVLSGGEDGAVRLWDLRTAKEVQTIEVYKHEECSRPHNGRWIGCLATDSDWMVCGGGPA LTLWHLRSSTPTTIFPIRAPQKHVTFYQDLILSAGQGRCVNQWQLSGELKAQVPGSSPGLLSLSLNQQPAAPECKVLTAA GNSCRVDVFTNLGYRAFSLSF ; F,N,f,n ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MGAVTDDEVIRKRLLIDGDGAGDDRRINLLVKSFIKWCNSGSQEEGYSQYQRMLSTLSQCEFSMGKTLLVYDMNLREMEN YEKIYKEIECSIAGAHEKIAECKKQILQAKRIRKNRQEYDALAKVIQHHPDRHETLKELEALGKELEHLSHIKESVEDKL ELRRKQFHVLLSTIHELQQTLENDEKLSEVEEAQEASMETDPKP ; ;MGAVTDDEVIRKRLLIDGDGAGDDRRINLLVKSFIKWCNSGSQEEGYSQYQRMLSTLSQCEFSMGKTLLVYDMNLREMEN YEKIYKEIECSIAGAHEKIAECKKQILQAKRIRKNRQEYDALAKVIQHHPDRHETLKELEALGKELEHLSHIKESVEDKL ELRRKQFHVLLSTIHELQQTLENDEKLSEVEEAQEASMETDPKP ; G,O,g,o ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GPMKGSAWSHPQFEKLEVLFQGPMAENDVDNELLDYEDDEVETAAGGDGAEAPAKKDVKGSYVSIHSSGFRDFLLKPELL RAIVDCGFEHPSEVQHECIPQAILGMDVLCQAKSGMGKTAVFVLATLQQLEPVTGQVSVLVMCHTRELAFQISKEYERFS KYMPNVKVAVFFGGLSIKKDEEVLKKNCPHIVVGTPGRILALARNKSLNLKHIKHFILDECDKMLEQLDMRRDVQEIFRM TPHEKQVMMFSATLSKEIRPVCRKFMQDPMEIFVDDETKLTLHGLQQYYVKLKDNEKNRKLFDLLDVLEFNQVVIFVKSV QRCIALAQLLVEQNFPAIAIHRGMPQEERLSRYQQFKDFQRRILVATNLFGRGMDIERVNIAFNYDMPEDSDTYLHRVAR AGRFGTKGLAITFVSDENDAKILNDVQDRFEVNISELPDEIDISSYIEQTR ; ;GPMKGSAWSHPQFEKLEVLFQGPMAENDVDNELLDYEDDEVETAAGGDGAEAPAKKDVKGSYVSIHSSGFRDFLLKPELL RAIVDCGFEHPSEVQHECIPQAILGMDVLCQAKSGMGKTAVFVLATLQQLEPVTGQVSVLVMCHTRELAFQISKEYERFS KYMPNVKVAVFFGGLSIKKDEEVLKKNCPHIVVGTPGRILALARNKSLNLKHIKHFILDECDKMLEQLDMRRDVQEIFRM 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