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THR B 863 SER B 881 1 ? 19 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO B 900 ? ASN B 910 ? PRO B 894 ASN B 904 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY B 911 ? GLY B 913 ? GLY B 905 GLY B 907 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN B 916 ? ASN B 922 ? GLN B 910 ASN B 916 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN B 922 ? THR B 944 ? ASN B 916 THR B 938 1 ? 23 HELX_P HELX_P34 AD7 LEU B 948 ? LYS B 967 ? LEU B 942 LYS B 961 1 ? 20 HELX_P HELX_P35 AD8 GLN B 968 ? SER B 971 ? GLN B 962 SER B 965 5 ? 4 HELX_P HELX_P36 AD9 VAL B 979 ? LEU B 987 ? VAL B 973 LEU B 981 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP B 988 ? VAL B 1036 ? ASP B 982 VAL B 1030 1 ? 49 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP C 297 ? LYS C 307 ? ASP C 291 LYS C 301 1 ? 11 HELX_P HELX_P39 AE3 TYR C 368 ? ASN C 373 ? TYR C 362 ASN C 367 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 THR C 388 ? LEU C 393 ? THR C 382 LEU C 387 5 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP C 408 ? VAL C 410 ? ASP C 402 VAL C 404 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY C 419 ? ASN C 425 ? GLY C 413 ASN C 419 1 ? 7 HELX_P HELX_P43 AE7 SER C 441 ? SER C 446 ? 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A CYS 746 SG ? ? ? 1_555 A CYS 752 SG ? ? A CYS 740 A CYS 746 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 1035 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1046 SG ? ? A CYS 1029 A CYS 1040 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 1085 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1129 SG ? ? A CYS 1079 A CYS 1123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 135 SG ? ? ? 1_555 B CYS 169 SG ? ? B CYS 129 B CYS 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 294 SG ? ? ? 1_555 B CYS 304 SG ? ? B CYS 288 B CYS 298 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 339 SG ? ? ? 1_555 B CYS 364 SG ? ? B CYS 333 B CYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 382 SG ? ? ? 1_555 B CYS 435 SG ? ? B CYS 376 B CYS 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 394 SG ? ? ? 1_555 B CYS 528 SG ? ? B CYS 388 B CYS 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 541 SG ? ? ? 1_555 B CYS 593 SG ? ? B CYS 535 B CYS 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 620 SG ? ? ? 1_555 B CYS 652 SG ? ? B CYS 614 B CYS 646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 665 SG ? ? ? 1_555 B CYS 674 SG ? ? B CYS 659 B CYS 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 741 SG ? ? ? 1_555 B CYS 763 SG ? ? B CYS 735 B CYS 757 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 746 SG ? ? ? 1_555 B CYS 752 SG ? ? B CYS 740 B CYS 746 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 1035 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1046 SG ? ? B CYS 1029 B CYS 1040 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 1085 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1129 SG ? ? B CYS 1079 B CYS 1123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 135 SG ? ? ? 1_555 C CYS 169 SG ? ? C CYS 129 C CYS 163 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 294 SG ? ? ? 1_555 C CYS 304 SG ? ? C CYS 288 C CYS 298 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 339 SG ? ? ? 1_555 C CYS 364 SG ? ? C CYS 333 C CYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 382 SG ? ? ? 1_555 C CYS 435 SG ? ? C CYS 376 C CYS 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 394 SG ? ? ? 1_555 C CYS 528 SG ? ? C CYS 388 C CYS 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 483 SG ? ? ? 1_555 C CYS 491 SG ? ? C CYS 477 C CYS 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 541 SG ? ? ? 1_555 C CYS 593 SG ? ? C CYS 535 C CYS 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 620 SG ? ? ? 1_555 C CYS 652 SG ? ? C CYS 614 C CYS 646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 665 SG ? ? ? 1_555 C CYS 674 SG ? ? C CYS 659 C CYS 668 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 741 SG ? ? ? 1_555 C CYS 763 SG ? ? C CYS 735 C CYS 757 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 746 SG ? ? ? 1_555 C CYS 752 SG ? ? C CYS 740 C CYS 746 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 1035 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1046 SG ? ? C CYS 1029 C CYS 1040 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 1085 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1129 SG ? ? C CYS 1079 C CYS 1123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? covale1 covale one ? A ASN 67 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 120 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 168 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? A ASN 162 A NAG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 237 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? A ASN 231 A NAG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 285 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 279 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 334 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 328 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 606 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? A ASN 600 A NAG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 619 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 613 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 712 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 706 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 720 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 714 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 804 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 798 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 1077 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 1071 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 1101 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 1095 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 1137 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . 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AF4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF2 4 5 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 34 ? 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The residues 679-682 (RAAA) and residues 983-984 (PP) are designed for protein stabilization. ; _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OH B TYR 89 ? ? OE2 B GLU 188 ? ? 2.10 2 1 O B ASP 565 ? ? OG1 B THR 569 ? ? 2.11 3 1 O A THR 390 ? ? OG1 A THR 520 ? ? 2.13 4 1 OD1 B ASP 439 ? ? OH B TYR 448 ? ? 2.13 5 1 O C THR 390 ? ? 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_em_admin.last_update 2024-11-13 _em_admin.map_release_date 2021-09-01 _em_admin.title 'Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-UK variant (B.1.1.7), two RBD-up conformation' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 50 mM Tris ? 1 2 150 mM NaCl ? 1 3 0.02 % ? 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EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)' Taiwan 109-3114-Y-001-001 1 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-CDA-109-L08 2 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-CFII-108-110 3 'Academia Sinica (Taiwan)' Taiwan AS-CFII108-111 4 # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 2 NAG 1 n 2 NAG 2 n # _atom_sites.entry_id 7EDI _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_