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P20429 1 ? 314 ? 1 314 2 1 7F75 B 1 ? 314 ? P20429 1 ? 314 ? 1 314 3 2 7F75 C 1 ? 1193 ? P37870 1 ? 1193 ? 1 1193 4 3 7F75 D 1 ? 1199 ? P37871 1 ? 1199 ? 1 1199 5 4 7F75 E 1 ? 67 ? O35011 1 ? 67 ? 1 67 6 5 7F75 F 1 ? 371 ? P06224 1 ? 371 ? 1 371 7 6 7F75 H 1 ? 69 ? O31718 1 ? 69 ? 1 69 8 7 7F75 G 1 ? 131 ? 7F75 1 ? 131 ? 1 131 9 1 7F75 I 1 ? 314 ? P20429 1 ? 314 ? 1 314 10 8 7F75 J 1 ? 68 ? 7F75 -6 ? 61 ? -6 61 11 9 7F75 K 1 ? 68 ? 7F75 1 ? 68 ? 1 68 12 10 7F75 L 1 ? 173 ? P12464 1 ? 173 ? 1 173 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7F75 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7F75 _struct.title 'Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7F75 _struct_keywords.text 'Complex, transcription activator, stress, oxidated form, TRANSCRIPTION, TRANSCRIPTION-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION/DNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 1 ? J N N 8 ? K N N 9 ? L N N 10 ? M N N 11 ? N N N 12 ? O N N 12 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 29 ? GLY A 31 ? GLU A 29 GLY A 31 5 ? 3 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 32 ? SER A 47 ? TYR A 32 SER A 47 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 74 ? LYS A 84 ? ASP A 74 LYS A 84 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA A 110 ? ILE A 112 ? ALA A 110 ILE A 112 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 205 ? ASN A 222 ? GLY A 205 ASN A 222 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY B 31 ? LEU B 45 ? GLY B 31 LEU B 45 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 VAL B 75 ? LYS B 83 ? VAL B 75 LYS B 83 1 ? 9 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO B 150 ? ASN B 154 ? PRO B 150 ASN B 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY B 205 ? LEU B 221 ? GLY B 205 LEU B 221 1 ? 17 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN B 222 ? VAL B 225 ? ASN B 222 VAL B 225 5 ? 4 HELX_P HELX_P11 AB2 ILE C 30 ? TRP C 39 ? ILE C 30 TRP C 39 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU C 43 ? GLN C 50 ? GLU C 43 GLN C 50 1 ? 8 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO C 77 ? ASP C 85 ? PRO C 77 ASP C 85 1 ? 9 HELX_P HELX_P14 AB5 VAL C 192 ? LEU C 199 ? VAL C 192 LEU C 199 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY C 202 ? LEU C 210 ? GLY C 202 LEU C 210 1 ? 9 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN C 219 ? LYS C 223 ? ASN C 219 LYS C 223 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN C 228 ? ARG C 241 ? ASN C 228 ARG C 241 1 ? 14 HELX_P HELX_P18 AB9 THR C 247 ? SER C 257 ? THR C 247 SER C 257 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 VAL C 270 ? LYS C 277 ? VAL C 270 LYS C 277 1 ? 8 HELX_P HELX_P20 AC2 HIS C 280 ? ARG C 284 ? HIS C 280 ARG C 284 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 ALA C 379 ? GLY C 394 ? ALA C 379 GLY C 394 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 AC4 HIS C 403 ? ARG C 407 ? HIS C 403 ARG C 407 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 SER C 411 ? SER C 436 ? SER C 411 SER C 436 1 ? 26 HELX_P HELX_P24 AC6 THR C 444 ? ILE C 449 ? THR C 444 ILE C 449 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 ILE C 451 ? PHE C 462 ? ILE C 451 PHE C 462 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN C 475 ? ARG C 484 ? ASN C 475 ARG C 484 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP C 567 ? TYR C 572 ? ASP C 567 TYR C 572 5 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 SER C 614 ? VAL C 618 ? SER C 614 VAL C 618 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 SER C 620 ? CYS C 625 ? SER C 620 CYS C 625 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 PHE C 628 ? ASP C 632 ? PHE C 628 ASP C 632 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN C 635 ? GLN C 646 ? ASN C 635 GLN C 646 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 MET C 662 ? LYS C 668 ? MET C 662 LYS C 668 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 AD6 SER C 778 ? LYS C 783 ? SER C 778 LYS C 783 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 THR C 855 ? HIS C 862 ? THR C 855 HIS C 862 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY C 961 ? MET C 966 ? GLY C 961 MET C 966 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 ILE C 968 ? LEU C 983 ? ILE C 968 LEU C 983 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 AE1 ARG C 996 ? LEU C 1004 ? ARG C 996 LEU C 1004 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU C 1004 ? MET C 1009 ? LEU C 1004 MET C 1009 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 MET C 1043 ? LEU C 1048 ? MET C 1043 LEU C 1048 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY C 1076 ? TYR C 1086 ? GLY C 1076 TYR C 1086 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 ALA C 1089 ? THR C 1097 ? ALA C 1089 THR C 1097 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 GLY C 1105 ? GLY C 1116 ? GLY C 1105 GLY C 1116 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO C 1125 ? GLY C 1139 ? PRO C 1125 GLY C 1139 1 ? 15 HELX_P HELX_P44 AE8 SER D 16 ? SER D 24 ? SER D 16 SER D 24 1 ? 9 HELX_P HELX_P45 AE9 ARG D 84 ? ARG D 91 ? ARG D 84 ARG D 91 5 ? 8 HELX_P HELX_P46 AF1 HIS D 103 ? PHE D 107 ? HIS D 103 PHE D 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 SER D 121 ? 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J DA 32 N1 ? ? ? 1_555 K DT 37 N3 ? ? J DA 25 K DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? J DA 32 N6 ? ? ? 1_555 K DT 37 O4 ? ? J DA 25 K DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? J DT 33 N3 ? ? ? 1_555 K DA 36 N1 ? ? J DT 26 K DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? J DT 33 O4 ? ? ? 1_555 K DA 36 N6 ? ? J DT 26 K DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? J DG 34 N1 ? ? ? 1_555 K DC 35 N3 ? ? J DG 27 K DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? J DG 34 N2 ? ? ? 1_555 K DC 35 O2 ? ? J DG 27 K DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? J DG 34 O6 ? ? ? 1_555 K DC 35 N4 ? ? J DG 27 K DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? J DG 35 N2 ? ? ? 1_555 K DC 34 O2 ? ? J DG 28 K DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? J DG 35 N2 ? ? ? 1_555 K DC 35 O2 ? ? J DG 28 K DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DC PAIR' ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? J DG 36 N1 ? ? ? 1_555 K DC 33 N3 ? ? J DG 29 K DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? J DG 36 N2 ? ? ? 1_555 K DC 33 O2 ? ? J DG 29 K DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? J DG 36 O6 ? ? ? 1_555 K DC 33 N4 ? ? J DG 29 K DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? J DA 37 N1 ? ? ? 1_555 K DT 32 N3 ? ? J DA 30 K DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? J DA 37 N6 ? ? ? 1_555 K DT 32 O4 ? ? J DA 30 K DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? J DG 38 N1 ? ? ? 1_555 K DC 31 N3 ? ? J DG 31 K DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? J DG 38 N2 ? ? ? 1_555 K DC 31 O2 ? ? J DG 31 K DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? J DG 38 O6 ? ? ? 1_555 K DC 31 N4 ? ? J DG 31 K DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? J DA 39 N1 ? ? ? 1_555 K DT 30 N3 ? ? J DA 32 K DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 26 A . ? GLU 26 A PRO 27 A ? PRO 27 A 1 -7.88 2 GLU 26 B . ? GLU 26 B PRO 27 B ? PRO 27 B 1 -13.86 3 SER 53 C . ? SER 53 C PRO 54 C ? PRO 54 C 1 2.31 4 ILE 110 D . ? ILE 110 D PRO 111 D ? PRO 111 D 1 -5.80 5 ALA 415 D . ? ALA 415 D PRO 416 D ? PRO 416 D 1 -4.57 6 ARG 92 H . ? ARG 92 G PRO 93 H ? PRO 93 G 1 -8.76 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 4 ? 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