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DNA opening in nucleotide excision repair.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-23684-x _citation.pdbx_database_id_PubMed 34099686 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'van Eeuwen, T.' 1 0000-0003-0549-1702 primary 'Shim, Y.' 2 ? primary 'Kim, H.J.' 3 ? primary 'Zhao, T.' 4 ? primary 'Basu, S.' 5 0000-0001-5096-5490 primary 'Garcia, B.A.' 6 ? primary 'Kaplan, C.D.' 7 0000-0002-7518-695X primary 'Min, J.H.' 8 0000-0002-4221-9321 primary 'Murakami, K.' 9 0000-0002-2017-5575 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'DNA repair protein RAD33' 20291.457 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'General transcription 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CTIKKSVIVLCTSSVSVMQWRQQFLQWCTLQPENCAVFTSDNKEMFQTESGLVVSTYSMVANTRNRSHDSQKVMDFLTGR EWGFIILDEVHVVPAAMFRRVVSTIAAHAKLGLTATLVREDDKIGDLNFLIGPKLYEANWMELSQKGHIANVQCAEVWCP MTAEFYQEYLRETARKRMLLYIMNPTKFQACQFLIQYHERRGDKIIVFSDNVYALQEYALKMGKPFIYGSTPQQERMNIL QNFQYNDQINTIFLSKVGDTSIDLPEATCLIQISSHYGSRRQEAQRLGRILRAKRRNDEGFNAFFYSLVSKDTQEMYYST KRQAFLVDQGYAFKVITHLHGMENIPNLAYASPRERRELLQEVLLKNEEAAGIEVGDDADNSVGRGSNGHKRFKSKAVRG EGSLSGLAGGEDMAYMEYSTNKNKELKEHHPLIRKMYYKNLKK ; 7 ? 11 'polypeptide(L)' no no MARARKGALVQCDPSIKALILQIDAKMSDIVLEELDDTHLLVNPSKVEFVKHELNRLLSKNIYNPMDEEENQ MARARKGALVQCDPSIKALILQIDAKMSDIVLEELDDTHLLVNPSKVEFVKHELNRLLSKNIYNPMDEEENQ 5 ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 12 'CALCIUM ION' CA 13 'IRON/SULFUR CLUSTER' SF4 14 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 LYS n 1 4 SER n 1 5 THR n 1 6 ASN n 1 7 VAL n 1 8 SER n 1 9 TYR n 1 10 GLU n 1 11 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_entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 177 ;Baker's yeast ; ? 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'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 T64 'DNA linking' n '(6-4)photoproduct' ;[(2R,4S,5R,10S,11R,13R,18R,19S)-4,8,18-trihydroxy-18,24-dimethyl-8-oxido-15,17,22-trioxo-7,9,12,26-tetraoxa-1,14,16,21- tetraaza-8-phosphapentacyclo[18.2.2.1~2,5~.1~10,13~.0~14,19~]hexacosa-20,23-dien-11-yl]methyl dihydrogen phosphate ; 'C20 H28 N4 O15 P2' 626.402 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? E . n A 1 2 SER 2 2 ? ? ? E . n A 1 3 LYS 3 3 ? ? ? E . n A 1 4 SER 4 4 ? ? ? E . n A 1 5 THR 5 5 ? ? ? E . n A 1 6 ASN 6 6 ? ? ? E . n A 1 7 VAL 7 7 ? ? ? E . n A 1 8 SER 8 8 ? ? ? E . n A 1 9 TYR 9 9 ? ? ? E . n A 1 10 GLU 10 10 ? ? ? E . n A 1 11 ARG 11 11 ? ? ? E . n A 1 12 VAL 12 12 ? ? ? E . n A 1 13 GLU 13 13 ? ? ? E . n A 1 14 LEU 14 14 ? ? ? E . n A 1 15 PHE 15 15 ? ? ? E . n A 1 16 GLU 16 16 ? ? ? E . n A 1 17 ASN 17 17 ? ? ? E . n A 1 18 PRO 18 18 ? ? ? E . n A 1 19 LYS 19 19 ? ? ? E . n A 1 20 VAL 20 20 ? ? ? E . n A 1 21 PRO 21 21 ? ? ? 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S N N 14 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RAD33_YEAST Q04231 ? 1 ;MSKSTNVSYERVELFENPKVPIEVEDEILEKYAESSLDHDMTVNELPRFFKDLQLEPTIWKLVRNEDVIIEGTDVIDFTK LVRCTCQLLILMNNLTVIDDLWSMLIRNCGRDVDFPQVALRDHVLSVKDLQKISNLIGADQSSGTIEMISCATDGKRLFM TYLDFGCVLGKLGYLKM ; 1 2 UNP TFB2_YEAST Q02939 ? 2 ;MSDYSLKHSVTQYLEEIPQQVQNRLYTSPATCLAIYRILPPLAKFFIMAMVFNENEVPLLDLDKWVNSNGKLQFQNAIKS MKSLHLLIPNKSSGTLMINLNPTFKISLRNALTGGEVQNSFGVVVEENVVSLDLLDEYSANKWETILHFMVGTPLAKIPS EKVLNLLKHSKLMEEVNSTGEFKITNEGFQFLLQEINSQLWTLLLQYLKMIETSKMDLVDVLHFIFMLGALEVGKAYKID ALSETQRIMLQDMRDYGLVFQKHSNDSIFYPTKLALMLTSDTKTIRSASNAMDSVLRQNREEPSVNEDGANGKSTTDITT SDDLNKAGLKNQDIPDGSLIVETNFKIYSYSNSPLQIAVLSLFVHLKARFVNMVLGQITRESIRRALTNGITADQIIAYL ETHAHPQMRRLAEEKLEKKLELDPNCKEPLQVLPPTVVDQIRLWQLELDRVITYEGSLYSDFETSQEYNLLSKYAQDIGV LLWKDDKKKKFFISKEGNSQVLDFAKRKLKKKQ ; 1 3 UNP RAD3_YEAST P06839 ? 3 ;MKFYIDDLPVLFPYPKIYPEQYNYMCDIKKTLDVGGNSILEMPSGTGKTVSLLSLTIAYQMHYPEHRKIIYCSRTMSEIE KALVELENLMDYRTKELGYQEDFRGLGLTSRKNLCLHPEVSKERKGTVVDEKCRRMTNGQAKRKLEEDPEANVELCEYHE NLYNIEVEDYLPKGVFSFEKLLKYCEEKTLCPYFIVRRMISLCNIIIYSYHYLLDPKIAERVSNEVSKDSIVIFDEAHNI DNVCIESLSLDLTTDALRRATRGANALDERISEVRKVDSQKLQDEYEKLVQGLHSADILTDQEEPFVETPVLPQDLLTEA IPGNIRRAEHFVSFLKRLIEYLKTRMKVLHVISETPKSFLQHLKQLTFIERKPLRFCSERLSLLVRTLEVTEVEDFTALK DIATFATLISTYEEGFLLIIEPYEIENAAVPNPIMRFTCLDASIAIKPVFERFSSVIITSGTISPLDMYPRMLNFKTVLQ KSYAMTLAKKSFLPMIITKGSDQVAISSRFEIRNDPSIVRNYGSMLVEFAKITPDGMVVFFPSYLYMESIVSMWQTMGIL DEVWKHKLILVETPDAQETSLALETYRKACSNGRGAILLSVARGKVSEGIDFDHQYGRTVLMIGIPFQYTESRILKARLE FMRENYRIRENDFLSFDAMRHAAQCLGRVLRGKDDYGVMVLADRRFSRKRSQLPKWIAQGLSDADLNLSTDMAISNTKQF LRTMAQPTDPKDQEGVSVWSYEDLIKHQNSRKDQGGFIENENKEGEQDEDEDEDIEMQ ; 1 4 UNP TFB1_YEAST P32776 ? 4 ;SHSGAAIFEKVSGIIAINEDVSPAELTWRSTDGDKVHTVVLSTIDKLQATPASSEKMMLRLIGKVDESKKRKDNEGNEVV PKPQRHMFSFNNRTVMDNIKMTLQQIISRYKDADIYEEKRRREESAQHTETPMSSSSVTAGTPTPHLDTPQLNNGAPLIN TAKLDDSLSKEKLLTNLKLQQSLLKGNKVLMKVFQETVINAGLPPSEFWSTRIPLLRAFALSTSQKVGPYNVLSTIKPVA SSENKVNVNLSREKILNIFENYPIVKKAYTDNVPKNFKEPEFWARFFSSKLFRKLRGEKIMQNDRGDVIIDRYLTLDQEF DRKDDDMLLHPVKKIIDLDGNIQDDPVVRGNRPDFTMQPGVDINGNSDGTVDILKGMNRLSEKMIMALKNEYSRTNLQNK SNITNDEEDEDNDERNELKIDDLNESYKTNYAIIHLKRNAHEKTTDNDAKSSADSIKNADLKVSNQQMLQQLSLVMDNLI NKLDLNQVVPNNEVSNKINKRVITAIKINAKQAKHNNVNSALGSFVDNTSQANELEVKSTLPIDLLESCRMLHTTCCEFL KHFYIHFQSGEQKQASTVKKLYNHLKDCIEKLNELFQDVLNGDGESMSNTCTAYLKPVLNSITLATHKYDEYFNEYNNNS N ; 2 5 UNP TFB4_YEAST Q12004 ? 5 ;MDAISDPTFKHARSRKQVTEESPSLLTVIIEIAPKLWTTFDEEGNEKGSIIKVLEALIVFLNAHLAFNSANKVAVIAAYS QGIKYLYPESTSALKASESENKTRSDLKIINSDMYRRFRNVDETLVEEIYKLFELEKKQIEQNSQRSTLAGAMSAGLTYV NRISKESVTTSLKSRLLVLTCGSGSSKDEIFQYIPIMNCIFSATKMKCPIDVVKIGGSKESTFLQQTTDATNGVYLHVES TEGLIQYLATAMFIDPSLRPIIVKPNHGSVDFRTSCYLTGRVVAVGFICSVCLCVLSIIPPGNKCPACDSQFDEHVIAKL KRKPVVPRLKAKKKVTKP ; 1 6 UNP SSL1_YEAST Q04673 ? 6 ;MAPVVISESEEDEDRVAITRRTKRQVHFDGEGDDRVDQQQQQHSSSHRDRDKHVQRKKKKRLSNRNLQGSNGGYAWEDEI KRSWDLVKVDDEGDMASLVASIVEARKKRTAKKNITPYQRGIIRSLILTLDCSEAMLEKDLRPNRHAMIIQYAIDFVHEF FDQNPISQMGIIIMRNGLAQLVSQVSGNPQDHIDALKSIRKQEPKGNPSLQNALEMARGLLLPVPAHCTREVLIVFGSLS TTDPGDIHQTIDSLVSEKIRVKVLGLSAQVAICKELCKATNYGDESFYKILLDETHLKELFNEAVTPLPVNKINKGFTLV KMGFPTRIFEDTPTFCSCHSKLVYGGYFCPNCHSKVCSLPTVCPCCDLMLILSTHLARSYHHLMPLKTFAEVPTTEKFRS EDCFSCQSRFPILKNHKNGKLLTSSRYRCEDCKQEFCVDCDVFIHEILHNCPGCESKPVIT ; 1 7 PDB 7K04 7K04 ? 7 ? 1 8 PDB 7K04 7K04 ? 8 ? 1 9 UNP RAD4_YEAST P14736 ? 9 ;MNEDLPKEYFELIRKALNEKEAEKAPLSRRRRVRRKNQPLPDAKKKFKTGLNELPRESVVTVNLDSSDDGVVTVPTDDSV EEIQSSEEDYDSEEFEDVTDGNEVAGVEDISVEIKPSSKRNSDARRTSRNVCSNEERKRRKYFHMLYLVCLMVHGFIRNE WINSKRLSRKLSNLVPEKVFELLHPQKDEELPLRSTRKLLDGLKKCMELWQKHWKITKKYDNVGLYMRTWKEIEMSANNK RKFKTLKRSDFLRAVSKGHGDPDISVQGFVAMLRACNVNARLIMSCQPPDFTNMKIDTSLNGNNAYKDMVKYPIFWCEVW DKFSKKWITVDPVNLKTIEQVRLHSKLAPKGVACCERNMLRYVIAYDRKYGCRDVTRRYAQWMNSKVRKRRITKDDFGEK WFRKVITALHHRKRTKIDDYEDQYFFQRDESEGIPDSVQDLKNHPYYVLEQDIKQTQIVKPGCKECGYLKVHGKVGKVLK VYAKRDIADLKSARQWYMNGRILKTGSRCKKVIKRTVGRPKGEAEEEDERLYSFEDTELYIPPLASASGEITKNTFGNIE VFAPTMIPGNCCLVENPVAIKAARFLGVEFAPAVTSFKFERGSTVKPVLSGIVVAKWLREAIETAIDGIEFIQEDDNRKE HLLGALESWNTLLLKLRIRSKLNSTYGKIAEEEPNVTKEQNIADNHDNTETFMGGGFLPGIANHEARPYSEPSEPEDSLD YVSVDKAEESATDDDVGEDYSDFMKELEMSEESD ; 1 10 UNP RAD25_YEAST Q00578 ? 10 ;MTDVEGYQPKSKGKIFPDMGESFFSSDEDSPATDAEIDENYDDNRETSEGRGERDTGAMVTGLKKPRKKTKSSRHTAADS SMNQMDAKDKALLQDTNSDIPADFVPDSVSGMFRSHDFSYLRLRPDHASRPLWISPSDGRIILESFSPLAEQAQDFLVTI AEPISRPSHIHEYKITAYSLYAAVSVGLETDDIISVLDRLSKVPVAESIINFIKGATISYGKVKLVIKHNRYFVETTQAD ILQMLLNDSVIGPLRIDSDHQVQPPEDVLQQQLQQTAGKPATNVNPNDVEAVFSAVIGGDNEREEEDDDIDAVHSFEIAN ESVEVVKKRCQEIDYPVLEEYDFRNDHRNPDLDIDLKPSTQIRPYQEKSLSKMFGNGRARSGIIVLPCGAGKTLVGITAA CTIKKSVIVLCTSSVSVMQWRQQFLQWCTLQPENCAVFTSDNKEMFQTESGLVVSTYSMVANTRNRSHDSQKVMDFLTGR EWGFIILDEVHVVPAAMFRRVVSTIAAHAKLGLTATLVREDDKIGDLNFLIGPKLYEANWMELSQKGHIANVQCAEVWCP MTAEFYQEYLRETARKRMLLYIMNPTKFQACQFLIQYHERRGDKIIVFSDNVYALQEYALKMGKPFIYGSTPQQERMNIL QNFQYNDQINTIFLSKVGDTSIDLPEATCLIQISSHYGSRRQEAQRLGRILRAKRRNDEGFNAFFYSLVSKDTQEMYYST KRQAFLVDQGYAFKVITHLHGMENIPNLAYASPRERRELLQEVLLKNEEAAGIEVGDDADNSVGRGSNGHKRFKSKAVRG EGSLSGLAGGEDMAYMEYSTNKNKELKEHHPLIRKMYYKNLKK ; 1 11 UNP TFB5_YEAST Q3E7C1 ? 11 MARARKGALVQCDPSIKALILQIDAKMSDIVLEELDDTHLLVNPSKVEFVKHELNRLLSKNIYNPMDEEENQ 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7K04 E 1 ? 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