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E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 445 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 386 SG ? ? ? 1_555 C CYS 418 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 501 SG ? ? ? 1_555 D CYS 605 SG ? ? E CYS 501 F CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf22 disulf ? ? D CYS 598 SG ? ? ? 1_555 D CYS 604 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 56 SG ? ? ? 1_555 E CYS 75 SG ? ? A CYS 54 A CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf24 disulf ? ? E CYS 121 SG ? ? ? 1_555 E CYS 207 SG ? ? A CYS 119 A CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf25 disulf ? ? E CYS 128 SG ? ? ? 1_555 E CYS 198 SG ? ? A CYS 126 A CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf26 disulf ? ? E CYS 133 SG ? ? ? 1_555 E CYS 151 SG ? ? A CYS 131 A CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf27 disulf ? ? E CYS 220 SG ? ? ? 1_555 E CYS 249 SG ? ? A CYS 218 A CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf28 disulf ? ? E CYS 230 SG ? ? ? 1_555 E CYS 241 SG ? ? A CYS 228 A CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 298 SG ? ? ? 1_555 E CYS 332 SG ? ? A CYS 296 A CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 379 SG ? ? ? 1_555 E CYS 445 SG ? ? A CYS 378 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 386 SG ? ? ? 1_555 E CYS 418 SG ? ? A CYS 385 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 501 SG ? ? ? 1_555 F CYS 605 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf33 disulf ? ? F CYS 598 SG ? ? ? 1_555 F CYS 604 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 90 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 135 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 133 C NAG 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 150 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 156 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 160 C NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 199 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? C ASN 197 C NAG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 243 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? C ASN 241 C NAG 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.529 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? C ASN 262 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.531 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 291 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? C ASN 289 C NAG 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 295 C NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 332 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 363 C NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 387 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 386 C NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 448 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 611 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? D ASN 611 D NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 618 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? D ASN 618 D NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 637 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? D ASN 637 D NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 90 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? E ASN 88 E NAG 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 135 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? E ASN 133 E NAG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 150 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? E ASN 156 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? E ASN 160 E NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? 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CYS C 54 ? 1_555 CYS C 73 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 65 CYS A 121 ? CYS A 207 ? CYS C 119 ? 1_555 CYS C 205 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 66 CYS A 128 ? CYS A 198 ? CYS C 126 ? 1_555 CYS C 196 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 67 CYS A 133 ? CYS A 151 ? CYS C 131 ? 1_555 CYS C 157 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 68 CYS A 220 ? CYS A 249 ? CYS C 218 ? 1_555 CYS C 247 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 69 CYS A 230 ? CYS A 241 ? CYS C 228 ? 1_555 CYS C 239 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 70 CYS A 298 ? CYS A 332 ? CYS C 296 ? 1_555 CYS C 331 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 71 CYS A 379 ? CYS A 445 ? CYS C 378 ? 1_555 CYS C 445 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 72 CYS A 386 ? CYS A 418 ? CYS C 385 ? 1_555 CYS C 418 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 73 CYS A 501 ? CYS B 605 ? CYS C 501 ? 1_555 CYS D 605 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 74 CYS B 598 ? CYS B 604 ? CYS D 598 ? 1_555 CYS D 604 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 75 CYS C 56 ? CYS C 75 ? CYS E 54 ? 1_555 CYS E 73 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 76 CYS C 121 ? CYS C 207 ? CYS E 119 ? 1_555 CYS E 205 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 77 CYS C 128 ? CYS C 198 ? CYS E 126 ? 1_555 CYS E 196 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 78 CYS C 133 ? CYS C 151 ? CYS E 131 ? 1_555 CYS E 157 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 79 CYS C 220 ? CYS C 249 ? CYS E 218 ? 1_555 CYS E 247 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 80 CYS C 230 ? CYS C 241 ? CYS E 228 ? 1_555 CYS E 239 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 81 CYS C 298 ? CYS C 332 ? CYS E 296 ? 1_555 CYS E 331 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 82 CYS C 379 ? CYS C 445 ? CYS E 378 ? 1_555 CYS E 445 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 83 CYS C 386 ? CYS C 418 ? CYS E 385 ? 1_555 CYS E 418 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 84 CYS C 501 ? CYS D 605 ? 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AD1 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 11 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 3 5 ? anti-parallel AB7 3 11 ? anti-parallel AB7 5 10 ? anti-parallel AB7 6 9 ? anti-parallel AB7 6 12 ? parallel AB7 7 8 ? anti-parallel AB7 8 10 ? anti-parallel AB7 11 12 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 11 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 3 5 ? anti-parallel AC5 3 11 ? anti-parallel AC5 5 10 ? anti-parallel AC5 6 9 ? anti-parallel AC5 6 12 ? parallel AC5 7 8 ? anti-parallel AC5 8 10 ? anti-parallel AC5 11 12 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 6 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 2 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 4 6 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 494 ? 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ILE C 423 ILE C 424 AA7 1 ILE A 273 ? ARG A 275 ? ILE C 271 ARG C 273 AA7 2 ILE A 286 ? GLN A 289 ? ILE C 284 GLN C 287 AA7 3 LEU A 452 ? ARG A 456 ? LEU C 452 ARG C 456 AA7 4 THR A 465 ? PRO A 470 ? THR C 465 PRO C 470 AA7 5 ILE A 359 ? PHE A 362 ? ILE C 358 PHE C 361 AA7 6 THR A 395 ? ILE A 397 ? THR C 394 ILE C 396 AA8 1 HIS A 375 ? CYS A 379 ? HIS C 374 CYS C 378 AA8 2 GLU A 382 ? CYS A 386 ? GLU C 381 CYS C 385 AA8 3 SER A 413 ? ILE A 420 ? SER C 413 ILE C 420 AA8 4 ALA A 330 ? SER A 335 ? ALA C 329 SER C 334 AA8 5 GLN A 295 ? ARG A 300 ? GLN C 293 ARG C 298 AA8 6 ILE A 443 ? ASN A 448 ? ILE C 443 ASN C 448 AA9 1 ASN A 303 ? GLY A 312 ? ASN C 301 GLY C 312 AA9 2 GLN A 315 ? ILE A 324 A GLN C 315 ILE C 323 AB1 1 LEU C 494 ? THR C 499 ? LEU E 494 THR E 499 AB1 2 TRP C 37 ? TYR C 42 ? TRP E 35 TYR E 40 AB1 3 ILE D 603 ? PRO D 609 ? ILE F 603 PRO F 609 AB2 1 TRP C 47 ? ASP C 49 ? TRP E 45 ASP E 47 AB2 2 TYR C 486 ? ILE C 491 ? TYR E 486 ILE E 491 AB2 3 PHE C 225 ? CYS C 230 ? 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See the Methods section in the manuscript for details.' _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 66171 _em_3d_reconstruction.resolution 3.66 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'TBS buffer prepared from a 10X stock' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;Polyclonal complexes were generated by incubation of isolated polyclonal Fabs with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification. Map and model were reconstructed from the immune complex dataset using the focused classification approach. ; 'BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.33172 (Wk38 time point)' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3' ? ? 2 1 ? 'Envelope glycoprotein gp160' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 ? 'Rh.33172 pAbC-2 Heavy Chain, Rh.33172 pAbC-2 Light Chain' NATURAL COMPLEX '2, 3' ? ? # _em_image_scans.entry_id 7L8F _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 36 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-36 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7L8F _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 1600 _em_imaging.nominal_defocus_min 600 _em_imaging.nominal_magnification 29000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model OTHER _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 283 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Blotting time varied between 3 and 7 seconds.' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7L8F _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7L8F _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7L8F _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 C MET -1 ? A MET 1 2 1 Y 1 C LYS 0 ? A LYS 2 3 1 Y 1 C ARG 1 ? A ARG 3 4 1 Y 1 C GLY 2 ? A GLY 4 5 1 Y 1 C LEU 3 ? A LEU 5 6 1 Y 1 C CYS 4 ? A CYS 6 7 1 Y 1 C CYS 5 ? A CYS 7 8 1 Y 1 C VAL 6 ? A VAL 8 9 1 Y 1 C LEU 7 ? A LEU 9 10 1 Y 1 C LEU 8 ? A LEU 10 11 1 Y 1 C LEU 9 ? A LEU 11 12 1 Y 1 C CYS 10 ? A CYS 12 13 1 Y 1 C GLY 11 ? A GLY 13 14 1 Y 1 C ALA 12 ? A ALA 14 15 1 Y 1 C VAL 13 ? A VAL 15 16 1 Y 1 C PHE 14 ? A PHE 16 17 1 Y 1 C VAL 15 ? A VAL 17 18 1 Y 1 C SER 16 ? A SER 18 19 1 Y 1 C PRO 17 ? A PRO 19 20 1 Y 1 C SER 18 ? A SER 20 21 1 Y 1 C GLN 19 ? A GLN 21 22 1 Y 1 C GLU 20 ? A GLU 22 23 1 Y 1 C ILE 21 ? A ILE 23 24 1 Y 1 C HIS 22 ? A HIS 24 25 1 Y 1 C ALA 23 ? A ALA 25 26 1 Y 1 C ARG 24 ? A ARG 26 27 1 Y 1 C PHE 25 ? A PHE 27 28 1 Y 1 C ARG 26 ? A ARG 28 29 1 Y 1 C ARG 27 ? A ARG 29 30 1 Y 1 C GLY 28 ? A GLY 30 31 1 Y 1 C ALA 29 ? A ALA 31 32 1 Y 1 C ARG 30 ? A ARG 32 33 1 Y 1 C ALA 31 ? A ALA 33 34 1 Y 1 C GLU 32 ? A GLU 34 35 1 Y 1 C ALA 60 ? A ALA 62 36 1 Y 1 C TYR 61 ? A TYR 63 37 1 Y 1 C GLU 62 ? A GLU 64 38 1 Y 1 C THR 63 ? A THR 65 39 1 Y 1 C GLU 185 A A GLU 180 40 1 Y 1 C ASN 185 B A ASN 181 41 1 Y 1 C GLN 185 C A GLN 182 42 1 Y 1 C GLY 185 D A GLY 183 43 1 Y 1 C ASN 185 E A ASN 184 44 1 Y 1 C ARG 185 F A ARG 185 45 1 Y 1 C SER 185 G A SER 186 46 1 Y 1 C ASN 185 H A ASN 187 47 1 Y 1 C ASN 185 I A ASN 188 48 1 Y 1 C SER 185 J A SER 189 49 1 Y 1 C ASN 399 ? A ASN 399 50 1 Y 1 C THR 400 ? A THR 400 51 1 Y 1 C SER 401 ? A SER 401 52 1 Y 1 C VAL 402 ? A VAL 402 53 1 Y 1 C GLN 403 ? A GLN 403 54 1 Y 1 C GLY 404 ? A GLY 404 55 1 Y 1 C SER 405 ? A SER 405 56 1 Y 1 C ASN 406 ? A ASN 406 57 1 Y 1 C SER 407 ? A SER 407 58 1 Y 1 C THR 408 ? A THR 408 59 1 Y 1 C GLY 409 ? A GLY 409 60 1 Y 1 C VAL 506 ? A VAL 506 61 1 Y 1 C GLY 507 ? A GLY 507 62 1 Y 1 C ARG 508 ? A ARG 508 63 1 Y 1 C ARG 509 ? A ARG 509 64 1 Y 1 C ARG 510 ? A ARG 510 65 1 Y 1 C ARG 511 ? A ARG 511 66 1 Y 1 C ALA 512 ? A ALA 512 67 1 Y 1 C VAL 513 ? A VAL 513 68 1 Y 1 C GLY 514 ? A GLY 514 69 1 Y 1 C ILE 515 ? A ILE 515 70 1 Y 1 C GLY 516 ? A GLY 516 71 1 Y 1 C ALA 517 ? A ALA 517 72 1 Y 1 C VAL 518 ? A VAL 518 73 1 Y 1 C SER 519 ? A SER 519 74 1 Y 1 C LEU 520 ? A LEU 520 75 1 Y 1 C GLY 521 ? A GLY 521 76 1 Y 1 C PHE 522 ? A PHE 522 77 1 Y 1 C LEU 523 ? A LEU 523 78 1 Y 1 C GLY 524 ? A GLY 524 79 1 Y 1 C ALA 525 ? A ALA 525 80 1 Y 1 C ALA 526 ? A ALA 526 81 1 Y 1 C GLY 527 ? A GLY 527 82 1 Y 1 C SER 528 ? A SER 528 83 1 Y 1 C THR 529 ? A THR 529 84 1 Y 1 C MET 530 ? A MET 530 85 1 Y 1 C GLY 531 ? A GLY 531 86 1 Y 1 C ALA 532 ? A ALA 532 87 1 Y 1 C ALA 533 ? A ALA 533 88 1 Y 1 C SER 534 ? A SER 534 89 1 Y 1 C MET 535 ? A MET 535 90 1 Y 1 C THR 536 ? A THR 536 91 1 Y 1 C LEU 537 ? A LEU 537 92 1 Y 1 C THR 538 ? A THR 538 93 1 Y 1 C VAL 539 ? A VAL 539 94 1 Y 1 C GLN 540 ? A GLN 540 95 1 Y 1 C ALA 541 ? A ALA 541 96 1 Y 1 C ARG 542 ? A ARG 542 97 1 Y 1 C ASN 543 ? A ASN 543 98 1 Y 1 C LEU 544 ? A LEU 544 99 1 Y 1 C LEU 545 ? A LEU 545 100 1 Y 1 C SER 546 ? A SER 546 101 1 Y 1 C GLY 547 ? A GLY 547 102 1 Y 1 C ILE 548 ? A ILE 548 103 1 Y 1 C VAL 549 ? A VAL 549 104 1 Y 1 C GLN 550 ? A GLN 550 105 1 Y 1 C GLN 551 ? A GLN 551 106 1 Y 1 C GLN 552 ? A GLN 552 107 1 Y 1 C SER 553 ? A SER 553 108 1 Y 1 C ASN 554 ? A ASN 554 109 1 Y 1 C LEU 555 ? A LEU 555 110 1 Y 1 C LEU 556 ? A LEU 556 111 1 Y 1 C ARG 557 ? A ARG 557 112 1 Y 1 C ALA 558 ? A ALA 558 113 1 Y 1 C PRO 559 ? A PRO 559 114 1 Y 1 C GLU 560 ? A GLU 560 115 1 Y 1 C CYS 561 ? A CYS 561 116 1 Y 1 C GLN 562 ? A GLN 562 117 1 Y 1 C GLN 563 ? A GLN 563 118 1 Y 1 C HIS 564 ? A HIS 564 119 1 Y 1 C LEU 565 ? A LEU 565 120 1 Y 1 C LEU 566 ? A LEU 566 121 1 Y 1 C LYS 567 ? A LYS 567 122 1 Y 1 C ASP 568 ? A ASP 568 123 1 Y 1 C THR 569 ? A THR 569 124 1 Y 1 C HIS 570 ? A HIS 570 125 1 Y 1 C TRP 571 ? A TRP 571 126 1 Y 1 C GLY 572 ? A GLY 572 127 1 Y 1 C ILE 573 ? A ILE 573 128 1 Y 1 C LYS 574 ? A LYS 574 129 1 Y 1 C GLN 575 ? A GLN 575 130 1 Y 1 C LEU 576 ? A LEU 576 131 1 Y 1 C GLN 577 ? A GLN 577 132 1 Y 1 C ALA 578 ? A ALA 578 133 1 Y 1 C ARG 579 ? A ARG 579 134 1 Y 1 C VAL 580 ? A VAL 580 135 1 Y 1 C LEU 581 ? A LEU 581 136 1 Y 1 C ALA 582 ? A ALA 582 137 1 Y 1 C VAL 583 ? A VAL 583 138 1 Y 1 C GLU 584 ? A GLU 584 139 1 Y 1 C HIS 585 ? A HIS 585 140 1 Y 1 C TYR 586 ? A TYR 586 141 1 Y 1 C LEU 587 ? A LEU 587 142 1 Y 1 C ARG 588 ? A ARG 588 143 1 Y 1 C ASP 589 ? A ASP 589 144 1 Y 1 C GLN 590 ? A GLN 590 145 1 Y 1 C GLN 591 ? A GLN 591 146 1 Y 1 C LEU 592 ? A LEU 592 147 1 Y 1 C LEU 593 ? A LEU 593 148 1 Y 1 C GLY 594 ? A GLY 594 149 1 Y 1 C ILE 595 ? A ILE 595 150 1 Y 1 C TRP 596 ? A TRP 596 151 1 Y 1 C GLY 597 ? A GLY 597 152 1 Y 1 C CYS 598 ? A CYS 598 153 1 Y 1 C SER 599 ? A SER 599 154 1 Y 1 C GLY 600 ? A GLY 600 155 1 Y 1 C LYS 601 ? A LYS 601 156 1 Y 1 C LEU 602 ? A LEU 602 157 1 Y 1 C ILE 603 ? A ILE 603 158 1 Y 1 C CYS 604 ? A CYS 604 159 1 Y 1 C CYS 605 ? A CYS 605 160 1 Y 1 C THR 606 ? A THR 606 161 1 Y 1 C ASN 607 ? A ASN 607 162 1 Y 1 C VAL 608 ? 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'Macaca mulatta' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 2 _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.7 _em_image_recording.average_exposure_time 9.0 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 4 _em_image_recording.num_real_images 4521 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Particles picked using template picker' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1121581 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 3.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? RosettaEM ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 3.0 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 6 _em_specimen.details ;Polyclonal complexes were generated by incubation of isolated polyclonal Fabs with recombinantly expressed BG505 SOSIP and subsequent SEC purification. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'International AIDS Vaccine Initiative' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number OPP1196345 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 4 MAN 4 n 4 MAN 5 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6VL5 2 'experimental model' PDB 4KTE # _atom_sites.entry_id 7L8F _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_