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'Structural Basis for Accommodation of Emerging B.1.351 and B.1.1.7 Variants by Two Potent SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies.' 2021 ? 10.1101/2021.02.21.432168 33655245 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cerutti, G.' 1 ? primary 'Rapp, M.' 2 ? primary 'Guo, Y.' 3 ? primary 'Bahna, F.' 4 ? primary 'Bimela, J.' 5 ? primary 'Reddem, E.R.' 6 ? primary 'Yu, J.' 7 ? primary 'Wang, P.' 8 ? primary 'Liu, L.' 9 ? primary 'Huang, Y.' 10 ? primary 'Ho, D.D.' 11 ? primary 'Kwong, P.D.' 12 ? primary 'Sheng, Z.' 13 ? primary 'Shapiro, L.' 14 ? 1 'Cerutti, G.' 15 0000-0002-9081-7561 1 'Rapp, M.' 16 ? 1 'Guo, Y.' 17 ? 1 'Bahna, F.' 18 ? 1 'Bimela, J.' 19 ? 1 'Reddem, E.R.' 20 ? 1 'Yu, J.' 21 ? 1 'Wang, P.' 22 ? 1 'Liu, L.' 23 ? 1 'Huang, Y.' 24 ? 1 'Ho, D.D.' 25 ? 1 'Kwong, P.D.' 26 ? 1 'Sheng, Z.' 27 ? 1 'Shapiro, L.' 28 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 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'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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ASP H 83 THR H 87 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf32 disulf ? ? D CYS 21 SG ? ? ? 1_555 D CYS 89 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf33 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 97 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 717 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 801 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 1098 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 1134 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 717 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? B ASN 801 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 1098 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 1134 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 165 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 282 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 717 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? C ASN 801 C NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? C ASN 1074 C NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 1098 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? C ASN 1134 C NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale37 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale38 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale39 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale40 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale41 covale both ? J NAG . 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? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero F 4 NAG 1 D NAG 1 A NAG 1328 n F 4 NAG 2 D NAG 2 A NAG 1329 n G 4 NAG 1 E NAG 1 A NAG 1331 n G 4 NAG 2 E NAG 2 A NAG 1332 n H 4 NAG 1 F NAG 1 B NAG 1336 n H 4 NAG 2 F NAG 2 B NAG 1337 n I 4 NAG 1 G NAG 1 B NAG 1340 n I 4 NAG 2 G NAG 2 B NAG 1341 n J 4 NAG 1 I NAG 1 C NAG 1343 n J 4 NAG 2 I NAG 2 C NAG 1349 n K 4 NAG 1 J NAG 1 C NAG 1346 n K 4 NAG 2 J NAG 2 C NAG 1347 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 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