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EMD-23591 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7LYC _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-03-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Hu, Q.' 1 0000-0003-3647-8471 'Botuyan, M.V.' 2 0000-0002-6466-7432 'Zhao, D.' 3 0000-0001-7328-791X 'Cui, D.' 4 0000-0001-5267-9033 'Mer, E.' 5 0000-0003-2339-9547 'Mer, G.' 6 0000-0002-1900-1578 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 596 _citation.language ? _citation.page_first 438 _citation.page_last 443 _citation.title 'Mechanisms of BRCA1-BARD1 nucleosome recognition and ubiquitylation.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-021-03716-8 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34321665 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hu, Q.' 1 ? primary 'Botuyan, M.V.' 2 ? primary 'Zhao, D.' 3 ? primary 'Cui, G.' 4 ? primary 'Mer, E.' 5 ? primary 'Mer, G.' 6 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7LYC _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7LYC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15786.534 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11743.792 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 13930.181 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'DNA (147-MER)' 45138.770 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (146-MER)' 45610.043 1 ? ? ? ? 6 polymer man Ubiquitin 9668.102 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'BRCA1-associated RING domain protein 1' 41664.551 1 2.3.2.27 ? 'Ankyrine repeat domain and the tandem BRCT domain (UNP residues 415-777)' ? 8 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 13034.193 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 7 'BARD-1,RING-type E3 ubiquitin transferase BARD1' 8 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GPGHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIA QDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GPGHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIA QDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GPGHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEH AKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GPGHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEH AKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEA SRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; ;GHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEA SRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; D,H ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MHHHHHHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLR LRGG ; ;MHHHHHHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLR LRGG ; K ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GSGGSGGSGSKLLPNMAVKRNHRGETLLHIASIKGDIPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHK ALVNTTGYQNDSPLHDAAKNGHVDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYTDDESMKSLLLLPEKNESSSASHCSVMNTGQ RRDGPLVLIGSGLSSEQQKMLSELAVILKAKKYTEFDSTVTHVVVPGDAVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLRRKV CEQEEKYEIPEGPRRSRLNREQLLPKLFDGCYFYLWGTFKHHPKDNLIKLVTAGGGQILSRKPKPDSDVTQTINTVAYHA RPDSDQRFCTQYIIYEDLCNYHPERVRQGKVWKAPSSWFIDCVMSFELLPLDS ; ;GSGGSGGSGSKLLPNMAVKRNHRGETLLHIASIKGDIPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHK ALVNTTGYQNDSPLHDAAKNGHVDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYTDDESMKSLLLLPEKNESSSASHCSVMNTGQ RRDGPLVLIGSGLSSEQQKMLSELAVILKAKKYTEFDSTVTHVVVPGDAVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLRRKV CEQEEKYEIPEGPRRSRLNREQLLPKLFDGCYFYLWGTFKHHPKDNLIKLVTAGGGQILSRKPKPDSDVTQTINTVAYHA RPDSDQRFCTQYIIYEDLCNYHPERVRQGKVWKAPSSWFIDCVMSFELLPLDS ; N ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 GLY n 1 4 HIS n 1 5 MET n 1 6 ALA n 1 7 ARG n 1 8 THR n 1 9 LYS n 1 10 GLN n 1 11 THR n 1 12 ALA n 1 13 ARG n 1 14 LYS n 1 15 SER n 1 16 THR n 1 17 GLY n 1 18 GLY n 1 19 LYS n 1 20 ALA n 1 21 PRO n 1 22 ARG n 1 23 LYS n 1 24 GLN n 1 25 LEU n 1 26 ALA n 1 27 THR n 1 28 LYS n 1 29 ALA n 1 30 ALA n 1 31 ARG n 1 32 LYS n 1 33 SER n 1 34 ALA n 1 35 PRO n 1 36 ALA n 1 37 THR n 1 38 GLY n 1 39 GLY n 1 40 VAL n 1 41 LYS n 1 42 LYS n 1 43 PRO n 1 44 HIS n 1 45 ARG n 1 46 TYR n 1 47 ARG n 1 48 PRO n 1 49 GLY n 1 50 THR n 1 51 VAL n 1 52 ALA n 1 53 LEU n 1 54 ARG n 1 55 GLU n 1 56 ILE n 1 57 ARG n 1 58 ARG n 1 59 TYR n 1 60 GLN n 1 61 LYS n 1 62 SER n 1 63 THR n 1 64 GLU n 1 65 LEU n 1 66 LEU n 1 67 ILE n 1 68 ARG n 1 69 LYS n 1 70 LEU n 1 71 PRO n 1 72 PHE n 1 73 GLN n 1 74 ARG n 1 75 LEU n 1 76 VAL n 1 77 ARG n 1 78 GLU n 1 79 ILE n 1 80 ALA n 1 81 GLN n 1 82 ASP n 1 83 PHE n 1 84 LYS n 1 85 THR n 1 86 ASP n 1 87 LEU n 1 88 ARG n 1 89 PHE n 1 90 GLN n 1 91 SER n 1 92 SER n 1 93 ALA n 1 94 VAL n 1 95 MET n 1 96 ALA n 1 97 LEU n 1 98 GLN n 1 99 GLU n 1 100 ALA n 1 101 CYS n 1 102 GLU n 1 103 ALA n 1 104 TYR n 1 105 LEU n 1 106 VAL n 1 107 GLY n 1 108 LEU n 1 109 PHE n 1 110 GLU n 1 111 ASP n 1 112 THR n 1 113 ASN n 1 114 LEU n 1 115 CYS n 1 116 ALA n 1 117 ILE n 1 118 HIS n 1 119 ALA n 1 120 LYS n 1 121 ARG n 1 122 VAL n 1 123 THR n 1 124 ILE n 1 125 MET n 1 126 PRO n 1 127 LYS n 1 128 ASP n 1 129 ILE n 1 130 GLN n 1 131 LEU n 1 132 ALA n 1 133 ARG n 1 134 ARG n 1 135 ILE n 1 136 ARG n 1 137 GLY n 1 138 GLU n 1 139 ARG n 1 140 ALA n 2 1 GLY n 2 2 PRO n 2 3 GLY n 2 4 HIS n 2 5 MET n 2 6 SER n 2 7 GLY n 2 8 ARG n 2 9 GLY n 2 10 LYS n 2 11 GLY n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 LEU n 2 16 GLY n 2 17 LYS n 2 18 GLY n 2 19 GLY n 2 20 ALA n 2 21 LYS n 2 22 ARG n 2 23 HIS n 2 24 ARG n 2 25 LYS n 2 26 VAL n 2 27 LEU n 2 28 ARG n 2 29 ASP n 2 30 ASN n 2 31 ILE n 2 32 GLN n 2 33 GLY n 2 34 ILE n 2 35 THR n 2 36 LYS n 2 37 PRO n 2 38 ALA n 2 39 ILE n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 LEU n 2 43 ALA n 2 44 ARG n 2 45 ARG n 2 46 GLY n 2 47 GLY n 2 48 VAL n 2 49 LYS n 2 50 ARG n 2 51 ILE n 2 52 SER n 2 53 GLY n 2 54 LEU n 2 55 ILE n 2 56 TYR n 2 57 GLU n 2 58 GLU n 2 59 THR n 2 60 ARG n 2 61 GLY n 2 62 VAL n 2 63 LEU n 2 64 LYS n 2 65 VAL n 2 66 PHE n 2 67 LEU n 2 68 GLU n 2 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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 107 Human ? ;H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4-16, HIST4H4 ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 126 Human ? 'H2BC11, H2BFR, HIST1H2BJ' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 147 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 147 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 84 Human ? UBB ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 373 Human ? BARD1 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 119 Human ? 'H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 3 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; 1 4 PDB 7LYC 7LYC ? 4 ? 1 5 PDB 7LYC 7LYC ? 5 ? 1 6 UNP UBB_HUMAN P0CG47 ? 6 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 7 UNP BARD1_HUMAN Q99728 ? 7 ;KLLPNMAVKRNHRGETLLHIASIKGDIPSVEYLLQNGSDPNVKDHAGWTPLHEACNHGHLKVVELLLQHKALVNTTGYQN DSPLHDAAKNGHVDIVKLLLSYGASRNAVNIFGLRPVDYTDDESMKSLLLLPEKNESSSASHCSVMNTGQRRDGPLVLIG SGLSSEQQKMLSELAVILKAKKYTEFDSTVTHVVVPGDAVQSTLKCMLGILNGCWILKFEWVKACLRRKVCEQEEKYEIP EGPRRSRLNREQLLPKLFDGCYFYLWGTFKHHPKDNLIKLVTAGGGQILSRKPKPDSDVTQTINTVAYHARPDSDQRFCT QYIIYEDLCNYHPERVRQGKVWKAPSSWFIDCVMSFELLPLDS ; 415 8 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 8 ;AKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDE ELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 13 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7LYC A 5 ? 140 ? 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'expression tag' -2 19 6 7LYC HIS H 2 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -1 20 9 7LYC MET K 1 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -7 21 9 7LYC HIS K 2 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -6 22 9 7LYC HIS K 3 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -5 23 9 7LYC HIS K 4 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -4 24 9 7LYC HIS K 5 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -3 25 9 7LYC HIS K 6 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -2 26 9 7LYC HIS K 7 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' -1 27 9 7LYC MET K 8 ? UNP P0CG47 ? ? 'expression tag' 0 28 10 7LYC GLY N 1 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 405 29 10 7LYC SER N 2 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 406 30 10 7LYC GLY N 3 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 407 31 10 7LYC GLY N 4 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 408 32 10 7LYC SER N 5 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 409 33 10 7LYC GLY N 6 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 410 34 10 7LYC GLY N 7 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 411 35 10 7LYC SER N 8 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 412 36 10 7LYC GLY N 9 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 413 37 10 7LYC SER N 10 ? UNP Q99728 ? ? 'expression tag' 414 38 11 7LYC SER C 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' 11 39 12 7LYC SER G 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' 11 40 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LYC _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7LYC _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 16365 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.617 ? 23366 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 29.942 ? 4263 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2645 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1950 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LYC _struct.title ;Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle ubiquitylated at histone H2A Lys13 and Lys15 in complex with BARD1 (residues 415-777) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LYC _struct_keywords.text ;Nucleosome core particle, chromatin, BRCA1, BARD1, DNA repair, DNA double-strand break, Homologous recombination, 53BP1, ARD domain, Ankyrine repeat domain, Tandem BRCT domain, ubiquitin, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 7 ? K N N 8 ? 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J 47 ? 1 G DT 27 1_555 H DA 121 1_555 G DC 28 1_555 H DG 120 1_555 0.596 1.755 3.591 1.430 -3.338 45.536 2.576 -0.633 3.477 -4.304 -1.844 45.673 27 II_DT-47DC-46:DG46DA47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 G DC 28 1_555 H DG 120 1_555 G DA 29 1_555 H DT 119 1_555 -0.172 2.461 3.709 0.615 -6.879 43.615 3.971 0.291 3.301 -9.189 -0.822 44.133 28 II_DC-46DA-45:DT45DG46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 G DA 29 1_555 H DT 119 1_555 G DA 30 1_555 H DT 118 1_555 -0.597 1.314 3.340 -4.837 1.101 36.360 1.931 0.260 3.425 1.755 7.707 36.685 29 II_DA-45DA-44:DT44DT45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 G DA 30 1_555 H DT 118 1_555 G DT 31 1_555 H DA 117 1_555 -0.359 -0.099 3.201 -6.951 3.740 31.345 -0.833 -0.574 3.173 6.789 12.617 32.299 30 II_DA-44DT-43:DA43DT44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 G DT 31 1_555 H DA 117 1_555 G DT 32 1_555 H DA 116 1_555 -0.266 -0.218 3.336 -4.084 6.975 34.886 -1.379 -0.166 3.243 11.446 6.701 35.782 31 II_DT-43DT-42:DA42DA43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? 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