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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.010 ? 5330 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7M6E _struct.title 'Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, BG10-19' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein, BG10-19 Fab Heavy Chain, BG10-19 Fab Light Chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7M6E _struct_keywords.text ;SARS-CoV-2, Coronavirus, COVID-19, antibody, neutralizing antibody, receptor binding domain, spike glycoprotein, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? 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ARG L 78 GLU L 82 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf27 disulf ? ? 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E CYS 391 E CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf36 disulf ? ? D CYS 480 SG ? ? ? 1_555 D CYS 488 SG ? ? E CYS 480 E CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf37 disulf ? ? D CYS 538 SG ? ? ? 1_555 D CYS 590 SG ? ? E CYS 538 E CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf38 disulf ? ? D CYS 617 SG ? ? ? 1_555 D CYS 649 SG ? ? E CYS 617 E CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf39 disulf ? ? D CYS 662 SG ? ? ? 1_555 D CYS 671 SG ? ? E CYS 662 E CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf40 disulf ? ? D CYS 738 SG ? ? ? 1_555 D CYS 760 SG ? ? E CYS 738 E CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf41 disulf ? ? D CYS 743 SG ? ? ? 1_555 D CYS 749 SG ? ? E CYS 743 E CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf42 disulf ? ? D CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 D CYS 1043 SG ? ? E CYS 1032 E CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf43 disulf ? ? D CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 D CYS 1126 SG ? ? E CYS 1082 E CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? ? disulf44 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? F CYS 22 F CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf45 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf46 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 89 SG ? ? C CYS 22 C CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf47 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 89 SG ? ? G CYS 22 G CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf48 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 89 SG ? ? L CYS 22 L CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 343 A NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.489 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? B ASN 234 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? B ASN 331 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 343 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 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E ASN 282 E NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? D ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? E ASN 331 E NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? D ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? E ASN 603 E NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? D ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? E ASN 616 E NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? D ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? E ASN 657 E NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? D ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? E ASN 709 E NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? D ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? E ASN 1074 E NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale34 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale35 covale both ? J NAG . 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anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD8 6 7 ? anti-parallel AD8 7 8 ? parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel AE3 4 5 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE4 4 5 ? anti-parallel AE4 5 6 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AE9 3 4 ? anti-parallel AE9 4 5 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? parallel AF4 1 2 ? parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF6 4 5 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG1 4 5 ? 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 HEK293 9606 'Homo sapiens' ? ? 3 3 HEK293 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time 3.6 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 3807 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Blob picker' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 856326 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM v3.8 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC 2.14 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? 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