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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP BAMA_ECOLI P0A940 ? 1 ;MAMKKLLIASLLFSSATVYGAEGFVVKDIHFEGLQRVAVGAALLSMPVRTGDTVNDEDISNTIRALFATGNFEDVRVLRD GDTLLVQVKERPTIASITFSGNKSVKDDMLKQNLEASGVRVGESLDRTTIADIEKGLEDFYYSVGKYSASVKAVVTPLPR NRVDLKLVFQEGVSAEIQQINIVGNHAFTTDELISHFQLRDEVPWWNVVGDRKYQKQKLAGDLETLRSYYLDRGYARFNI DSTQVSLTPDKKGIYVTVNITEGDQYKLSGVEVSGNLAGHSAEIEQLTKIEPGELYNGTKVTKMEDDIKKLLGRYGYAYP RVQSMPEINDADKTVKLRVNVDAGNRFYVRKIRFEGNDTSKDAVLRREMRQMEGAWLGSDLVDQGKERLNRLGFFETVDT DTQRVPGSPDQVDVVYKVKERNTGSFNFGIGYGTESGVSFQAGVQQDNWLGTGYAVGINGTKNDYQTYAELSVTNPYFTV DGVSLGGRLFYNDFQADDADLSDYTNKSYGTDVTLGFPINEYNSLRAGLGYVHNSLSNMQPQVAMWRYLYSMGEHPSTSD QDNSFKTDDFTFNYGWTYNKLDRGYFPTDGSRVNLTGKVTIPGSDNEYYKVTLDTATYVPIDDDHKWVVLGRTRWGYGDG LGGKEMPFYENFYAGGSSTVRGFQSNTIGPKAVYFPHQASNYDPDYDYECATQDGAKDLCKSDDAVGGNAMAVASLEFIT PTPFISDKYANSVRTSFFWDMGTVWDTNWDSSQYSGYPDYSDPSNIRMSAGIALQWMSPLGPLVFSYAQPFKKYDGDKAE QFQFNIGKTW ; 1 2 UNP BAMB_ECOLI P77774 ? 2 ;MQLRKLLLPGLLSVTLLSGCSLFNSEEDVVKMSPLPTVENQFTPTTAWSTSVGSGIGNFYSNLHPALADNVVYAADRAGL VKALNADDGKEIWSVSLAEKDGWFSKEPALLSGGVTVSGGHVYIGSEKAQVYALNTSDGTVAWQTKVAGEALSRPVVSDG LVLIHTSNGQLQALNEADGAVKWTVNLDMPSLSLRGESAPTTAFGAAVVGGDNGRVSAVLMEQGQMIWQQRISQATGSTE IDRLSDVDTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQS DLLHRLLTSPVLYNGNLVVGDSEGYLHWINVEDGRFVAQQKVDSSGFQTEPVAADGKLLIQAKDGTVYSITR ; 1 3 UNP BAMC_ECOLI P0A903 ? 3 ;MAYSVQKSRLAKVAGVSLVLLLAACSSDSRYKRQVSGDEAYLEAAPLAELHAPAGMILPVTSGDYAIPVTNGSGAVGKAL DIRPPAQPLALVSGARTQFTGDTASLLVENGRGNTLWPQVVSVLQAKNYTITQRDDAGQTLTTDWVQWNRLDEDEQYRGR YQISVKPQGYQQAVTVKLLNLEQAGKPVADAASMQRYSTEMMNVISAGLDKSATDAANAAQNRASTTMDVQSAADDTGLP MLVVRGPFNVVWQRLPAALEKVGMKVTDSTRSQGNMAVTYKPLSDSDWQELGASDPGLASGDYKLQVGDLDNRSSLQFID PKGHTLTQSQNDALVAVFQAAFSK ; 1 4 UNP BAMD_ECOLI P0AC02 ? 4 ;MTRMKYLVAAATLSLFLAGCSGSKEEVPDNPPNEIYATAQQKLQDGNWRQAITQLEALDNRYPFGPYSQQVQLDLIYAYY KNADLPLAQAAIDRFIRLNPTHPNIDYVMYMRGLTNMALDDSALQGFFGVDRSDRDPQHARAAFSDFSKLVRGYPNSQYT TDATKRLVFLKDRLAKYEYSVAEYYTERGAWVAVVNRVEGMLRDYPDTQATRDALPLMENAYRQMQMNAQAEKVAKIIAA NSSNT ; 1 5 UNP BAME_ECOLI P0A937 ? 5 ;MRCKTLTAAAAVLLMLTAGCSTLERVVYRPDINQGNYLTANDVSKIRVGMTQQQVAYALGTPLMSDPFGTNTWFYVFRQQ PGHEGVTQQTLTLTFNSSGVLTNIDNKPALSGN ; 1 6 PDB 7NCS 7NCS ? 6 ? 1 7 PDB 7NCS 7NCS ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7NCS A 1 ? 810 ? P0A940 1 ? 810 ? 1 810 2 2 7NCS B 1 ? 392 ? P77774 1 ? 392 ? 1 392 3 3 7NCS C 1 ? 344 ? P0A903 1 ? 344 ? 1 344 4 4 7NCS D 1 ? 245 ? P0AC02 1 ? 245 ? 1 245 5 5 7NCS E 1 ? 113 ? P0A937 1 ? 113 ? 1 113 6 6 7NCS H 1 ? 228 ? 7NCS 1 ? 228 ? 1 228 7 7 7NCS L 1 ? 215 ? 7NCS 1 ? 215 ? 1 215 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7NCS CYS A 435 ? UNP P0A940 GLU 435 'engineered mutation' 435 1 1 7NCS CYS A 665 ? UNP P0A940 SER 665 'engineered mutation' 665 2 1 7NCS SER A 690 ? UNP P0A940 CYS 690 'engineered mutation' 690 3 1 7NCS SER A 700 ? UNP P0A940 CYS 700 'engineered mutation' 700 4 5 7NCS GLY E 114 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 114 5 5 7NCS GLY E 115 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 115 6 5 7NCS HIS E 116 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 116 7 5 7NCS HIS E 117 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 117 8 5 7NCS HIS E 118 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 118 9 5 7NCS HIS E 119 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 119 10 5 7NCS HIS E 120 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 120 11 5 7NCS HIS E 121 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 121 12 5 7NCS HIS E 122 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 122 13 5 7NCS HIS E 123 ? UNP P0A937 ? ? 'expression tag' 123 14 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7NCS _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7NCS _struct.title 'Lateral-open conformation of the lid-locked BAM complex (BamA E435C S665C, BamBDCE) bound by a bactericidal Fab fragment' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7NCS _struct_keywords.text 'Outer membrane protein assembly, beta-barrel, Gram negative bacteria, protein foldase, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 38 ? MET A 46 ? ALA A 38 MET A 46 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 56 ? THR A 69 ? ASP A 56 THR A 69 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 106 ? GLY A 118 ? LYS A 106 GLY A 118 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 129 ? GLY A 145 ? THR A 129 GLY A 145 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 AA5 GLU A 192 ? PHE A 197 ? GLU A 192 PHE A 197 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 GLN A 215 ? LEU A 231 ? GLN A 215 LEU A 231 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 AA7 HIS A 280 ? THR A 288 ? HIS A 280 THR A 288 1 ? 9 HELX_P HELX_P8 AA8 GLY A 298 ? GLY A 316 ? GLY A 298 GLY A 316 1 ? 19 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 380 ? LEU A 392 ? ASP A 380 LEU A 392 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 448 ? THR A 452 ? ASN A 448 THR A 452 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA A 496 ? ASP A 500 ? ALA A 496 ASP A 500 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 MET A 545 ? GLY A 553 ? MET A 545 GLY A 553 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 SER A 726 ? ASN A 731 ? SER A 726 ASN A 731 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO D 31 ? ASP D 45 ? PRO D 31 ASP D 45 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 AB6 TRP D 48 ? TYR D 62 ? TRP D 48 TYR D 62 1 ? 15 HELX_P HELX_P16 AB7 TYR D 67 ? ALA D 83 ? TYR D 67 ALA D 83 1 ? 17 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP D 84 ? ASN D 99 ? ASP D 84 ASN D 99 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN D 104 ? ASP D 121 ? ASN D 104 ASP D 121 1 ? 18 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO D 137 ? TYR D 154 ? PRO D 137 TYR D 154 1 ? 18 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP D 162 ? GLY D 189 ? ASP D 162 GLY D 189 1 ? 28 HELX_P HELX_P21 AC3 VAL D 192 ? TYR D 205 ? VAL D 192 TYR D 205 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 AC4 THR D 208 ? ASP D 213 ? THR D 208 ASP D 213 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA D 214 ? GLN D 226 ? ALA D 214 GLN D 226 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN D 230 ? ASN D 241 ? GLN D 230 ASN D 241 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 ASN E 41 ? ILE E 46 ? ASN E 41 ILE E 46 5 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 THR E 51 ? GLY E 60 ? THR E 51 GLY E 60 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG F 87 ? THR F 91 ? ARG H 87 THR H 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 SER F 163 ? ALA F 165 ? SER H 163 ALA H 165 5 ? 3 HELX_P HELX_P29 AD2 SER F 194 ? LEU F 196 ? SER H 194 LEU H 196 5 ? 3 HELX_P HELX_P30 AD3 LYS G 184 ? HIS G 190 ? LYS L 184 HIS L 190 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 435 SG ? ? ? 1_555 A CYS 665 SG ? ? A CYS 435 A CYS 665 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf2 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? F CYS 147 SG ? ? ? 1_555 F CYS 203 SG ? ? H CYS 147 H CYS 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf4 disulf ? ? F CYS 223 SG ? ? ? 1_555 G CYS 215 SG ? ? H CYS 223 L CYS 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? ? disulf6 disulf ? ? G CYS 135 SG ? ? ? 1_555 G CYS 195 SG ? ? L CYS 135 L CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 153 F . ? PHE 153 H PRO 154 F ? PRO 154 H 1 -7.22 2 GLU 155 F . ? GLU 155 H PRO 156 F ? PRO 156 H 1 0.62 3 SER 7 G . ? SER 7 L PRO 8 G ? PRO 8 L 1 -16.80 4 TYR 141 G . ? TYR 141 L PRO 142 G ? PRO 142 L 1 0.22 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 16 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 6 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA7 7 8 ? anti-parallel AA7 8 9 ? anti-parallel AA7 9 10 ? anti-parallel AA7 10 11 ? anti-parallel AA7 11 12 ? anti-parallel AA7 12 13 ? anti-parallel AA7 13 14 ? anti-parallel AA7 14 15 ? anti-parallel AA7 15 16 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AC9 5 6 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASP A 28 ? GLU A 32 ? ASP A 28 GLU A 32 AA1 2 THR A 83 ? VAL A 88 ? THR A 83 VAL A 88 AA1 3 VAL A 75 ? ARG A 79 ? VAL A 75 ARG A 79 AA2 1 THR A 93 ? SER A 100 ? THR A 93 SER A 100 AA2 2 ARG A 162 ? GLN A 170 ? ARG A 162 GLN A 170 AA2 3 SER A 150 ? LEU A 158 ? SER A 150 LEU A 158 AA3 1 GLU A 176 ? VAL A 183 ? GLU A 176 VAL A 183 AA3 2 GLY A 253 ? THR A 261 ? GLY A 253 THR A 261 AA3 3 ASN A 239 ? LEU A 247 ? ASN A 239 LEU A 247 AA3 4 LEU B 192 ? SER B 193 ? LEU B 192 SER B 193 AA4 1 VAL A 271 ? GLU A 272 ? VAL A 271 GLU A 272 AA4 2 THR A 334 ? ASP A 342 ? THR A 334 ASP A 342 AA4 3 ARG A 321 ? ASN A 329 ? ARG A 321 ASN A 329 AA5 1 TYR A 348 ? VAL A 349 ? TYR A 348 VAL A 349 AA5 2 GLN A 411 ? VAL A 412 ? GLN A 411 VAL A 412 AA6 1 PHE A 354 ? GLU A 355 ? PHE A 354 GLU A 355 AA6 2 VAL A 415 ? GLU A 420 ? VAL A 415 GLU A 420 AA6 3 PHE A 395 ? ASP A 401 ? PHE A 395 ASP A 401 AA7 1 ASN A 427 ? GLY A 429 ? ASN A 427 GLY A 429 AA7 2 PHE A 440 ? GLN A 446 ? PHE A 440 GLN A 446 AA7 3 ALA A 455 ? LYS A 462 ? ALA A 455 LYS A 462 AA7 4 THR A 467 ? THR A 479 ? THR A 467 THR A 479 AA7 5 VAL A 483 ? ASP A 493 ? VAL A 483 ASP A 493 AA7 6 THR A 505 ? PRO A 518 ? THR A 505 PRO A 518 AA7 7 ASN A 523 ? SER A 537 ? ASN A 523 SER A 537 AA7 8 SER A 564 ? LEU A 581 ? SER A 564 LEU A 581 AA7 9 GLY A 590 ? THR A 600 ? GLY A 590 THR A 600 AA7 10 TYR A 608 ? PRO A 620 ? TYR A 608 PRO A 620 AA7 11 VAL A 628 ? GLY A 640 ? VAL A 628 GLY A 640 AA7 12 ALA A 710 ? THR A 720 ? ALA A 710 THR A 720 AA7 13 VAL A 733 ? TRP A 745 ? VAL A 733 TRP A 745 AA7 14 ARG A 767 ? SER A 778 ? ARG A 767 SER A 778 AA7 15 GLY A 781 ? LYS A 792 ? GLY A 781 LYS A 792 AA7 16 PHE A 802 ? ILE A 806 ? PHE A 802 ILE A 806 AA8 1 THR B 46 ? SER B 51 ? THR B 46 SER B 51 AA8 2 THR B 386 ? ILE B 390 ? THR B 386 ILE B 390 AA8 3 LYS B 377 ? GLN B 381 ? LYS B 377 GLN B 381 AA8 4 VAL B 372 ? ALA B 374 ? VAL B 372 ALA B 374 AA9 1 ALA B 66 ? ALA B 68 ? ALA B 66 ALA B 68 AA9 2 VAL B 71 ? TYR B 73 ? VAL B 71 TYR B 73 AA9 3 LEU B 84 ? ASN B 85 ? LEU B 84 ASN B 85 AB1 1 LEU B 80 ? VAL B 81 ? LEU B 80 VAL B 81 AB1 2 VAL B 95 ? SER B 96 ? VAL B 95 SER B 96 AB2 1 VAL B 117 ? SER B 118 ? VAL B 117 SER B 118 AB2 2 HIS B 121 ? GLY B 125 ? HIS B 121 GLY B 125 AB2 3 GLN B 130 ? ASN B 135 ? GLN B 130 ASN B 135 AB2 4 VAL B 141 ? LYS B 146 ? VAL B 141 LYS B 146 AB3 1 LEU B 163 ? HIS B 165 ? LEU B 163 HIS B 165 AB3 2 GLN B 170 ? LEU B 174 ? GLN B 170 LEU B 174 AB3 3 VAL B 181 ? ASN B 186 ? VAL B 181 ASN B 186 AB4 1 THR B 201 ? ALA B 203 ? THR B 201 ALA B 203 AB4 2 ALA B 206 ? VAL B 209 ? ALA B 206 VAL B 209 AB4 3 ARG B 215 ? VAL B 219 ? ARG B 215 VAL B 219 AB4 4 MET B 226 ? ARG B 231 ? MET B 226 ARG B 231 AB5 1 VAL B 252 ? VAL B 253 ? VAL B 252 VAL B 253 AB5 2 VAL B 257 ? ALA B 260 ? VAL B 257 ALA B 260 AB5 3 LEU B 267 ? ASP B 271 ? LEU B 267 ASP B 271 AB5 4 ILE B 277 ? ARG B 281 ? ILE B 277 ARG B 281 AB6 1 ARG B 295 ? VAL B 299 ? ARG B 295 VAL B 299 AB6 2 VAL B 305 ? THR B 309 ? VAL B 305 THR B 309 AB6 3 TRP B 317 ? GLN B 319 ? TRP B 317 GLN B 319 AB7 1 TYR B 345 ? LEU B 346 ? TYR B 345 LEU B 346 AB7 2 GLN B 360 ? LYS B 361 ? GLN B 360 LYS B 361 AB8 1 ILE E 32 ? GLY E 35 ? ILE E 32 GLY E 35 AB8 2 THR E 72 ? GLN E 80 ? THR E 72 GLN E 80 AB8 3 THR E 87 ? PHE E 95 ? THR E 87 PHE E 95 AB8 4 LEU E 101 ? ASN E 103 ? LEU E 101 ASN E 103 AB9 1 ILE E 32 ? GLY E 35 ? ILE E 32 GLY E 35 AB9 2 THR E 72 ? GLN E 80 ? THR E 72 GLN E 80 AB9 3 THR E 87 ? PHE E 95 ? THR E 87 PHE E 95 AB9 4 ASN E 106 ? LYS E 107 ? ASN E 106 LYS E 107 AC1 1 LEU F 11 ? VAL F 12 ? LEU H 11 VAL H 12 AC1 2 THR F 117 ? VAL F 118 ? THR H 117 VAL H 118 AC2 1 LEU F 18 ? VAL F 23 ? LEU H 18 VAL H 23 AC2 2 THR F 78 ? MET F 83 ? THR H 78 MET H 83 AC2 3 THR F 69 ? ASP F 73 ? THR H 69 ASP H 73 AC3 1 HIS F 57 ? TYR F 60 ? HIS H 57 TYR H 60 AC3 2 GLY F 44 ? GLY F 52 ? GLY H 44 GLY H 52 AC3 3 MET F 34 ? THR F 40 ? MET H 34 THR H 40 AC3 4 LEU F 93 ? HIS F 99 ? LEU H 93 HIS H 99 AC3 5 PHE F 107 ? TRP F 110 ? PHE H 107 TRP H 110 AC4 1 HIS F 57 ? TYR F 60 ? 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LEU G 107 ? ALA L 103 LEU L 107 AC9 3 SER G 85 ? GLN G 90 ? SER L 85 GLN L 90 AC9 4 LEU G 33 ? GLN G 38 ? LEU L 33 GLN L 38 AC9 5 GLN G 45 ? TYR G 49 ? GLN L 45 TYR L 49 AC9 6 SER G 53 ? LEU G 54 ? SER L 53 LEU L 54 AD1 1 LEU G 11 ? ALA G 13 ? LEU L 11 ALA L 13 AD1 2 ALA G 103 ? LEU G 107 ? ALA L 103 LEU L 107 AD1 3 SER G 85 ? GLN G 90 ? SER L 85 GLN L 90 AD1 4 THR G 98 ? PHE G 99 ? THR L 98 PHE L 99 AD2 1 VAL G 116 ? PHE G 119 ? VAL L 116 PHE L 119 AD2 2 THR G 130 ? PHE G 140 ? THR L 130 PHE L 140 AD2 3 TYR G 174 ? SER G 183 ? TYR L 174 SER L 183 AD2 4 SER G 160 ? VAL G 164 ? SER L 160 VAL L 164 AD3 1 ALA G 145 ? LYS G 150 ? ALA L 145 LYS L 150 AD3 2 TYR G 193 ? HIS G 199 ? TYR L 193 HIS L 199 AD3 3 VAL G 206 ? PHE G 210 ? VAL L 206 PHE L 210 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N HIS A 30 ? 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O SER A 508 AA7 6 7 N LEU A 515 ? N LEU A 515 O ALA A 527 ? O ALA A 527 AA7 7 8 N LEU A 536 ? N LEU A 536 O PHE A 565 ? O PHE A 565 AA7 8 9 N TYR A 574 ? N TYR A 574 O GLY A 597 ? O GLY A 597 AA7 9 10 N THR A 600 ? N THR A 600 O TYR A 608 ? O TYR A 608 AA7 10 11 N VAL A 611 ? N VAL A 611 O TYR A 637 ? O TYR A 637 AA7 11 12 N VAL A 628 ? N VAL A 628 O ILE A 719 ? O ILE A 719 AA7 12 13 N ALA A 714 ? N ALA A 714 O MET A 741 ? O MET A 741 AA7 13 14 N ARG A 734 ? N ARG A 734 O GLN A 775 ? O GLN A 775 AA7 14 15 N SER A 778 ? N SER A 778 O GLY A 781 ? O GLY A 781 AA7 15 16 N VAL A 784 ? N VAL A 784 O ASN A 805 ? O ASN A 805 AA8 1 2 N THR B 50 ? N THR B 50 O VAL B 387 ? O VAL B 387 AA8 2 3 O TYR B 388 ? O TYR B 388 N ILE B 380 ? N ILE B 380 AA8 3 4 O LEU B 379 ? O LEU B 379 N VAL B 372 ? N VAL B 372 AA9 1 2 N ALA B 68 ? N ALA B 68 O VAL B 71 ? O VAL B 71 AA9 2 3 N VAL B 72 ? N VAL B 72 O LEU B 84 ? O LEU B 84 AB1 1 2 N VAL B 81 ? N VAL B 81 O VAL B 95 ? O VAL B 95 AB2 1 2 N SER B 118 ? 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structure) and 7BM5 (Fab1 crystal structure) were rigid fitted into the electron density in UCSF Chimera. One round of molecular dynamics based flexible fitting was then set up in VMD and run in NAMD to fit the structures into the BAM-LL-Fab1 density. The resulting structure was finally real-space refined in phenix to generate the final model. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 183 _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? A ? 7NBX 1 2 ? B ? 7NBX 1 3 ? C ? 7NBX 1 4 ? D ? 7NBX 1 5 ? E ? 7NBX 1 6 ? H ? 7BM5 1 7 ? 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EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.18 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 'final refinement used the non-uniform refinement in cryoSPARC' cryoSPARC 2.2.0 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 3.0 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION 'half maps from non-uniform refinement were postprocessed in RELION 3.0' RELION 3.0 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION 'final refinement used the non-uniform refinement in cryoSPARC' cryoSPARC 2.2.0 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? NAMD ? ? 1 ? 15 'MODEL REFINEMENT' ? MDFF ? ? 1 ? 16 'MODEL REFINEMENT' ? VMD ? ? 1 ? 17 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.14 ? 1 ? 18 'MODEL REFINEMENT' 'EM optimised version from ccpem bundle' Coot 0.9 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 3.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/P018491/1 1 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 108466/Z/15/Z 2 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)' 'United Kingdom' BB/M011151/1 3 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 222373/Z/21/Z 4 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 105220/Z/14/Z 5 'Research Foundation - Flanders (FWO)' Belgium G0G0818N 6 'Royal Society' 'United Kingdom' RSRP/R1/211057 7 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #