data_7NGC # _entry.id 7NGC # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.395 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7NGC pdb_00007ngc 10.2210/pdb7ngc/pdb WWPDB D_1292113927 ? ? EMDB EMD-12312 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2021-04-07 2 'Structure model' 1 1 2021-04-28 3 'Structure model' 2 0 2021-06-30 4 'Structure model' 2 1 2022-11-09 5 'Structure model' 2 2 2024-07-10 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 3 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Model completeness' ;We now only included segments of the substrate protein in the deposited models where the N-and C-terminal ends had a density above 4.5 RMSD in the final maps and the density between these termini did not drop below 3.5 RMSD. A final round of refinement improved the clash score. ; # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' Advisory 3 3 'Structure model' 'Atomic model' 4 3 'Structure model' 'Data collection' 5 3 'Structure model' 'Database references' 6 3 'Structure model' 'Derived calculations' 7 3 'Structure model' 'Structure summary' 8 4 'Structure model' 'Database references' 9 5 'Structure model' 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' pdbx_database_related 2 3 'Structure model' atom_site 3 3 'Structure model' em_software 4 3 'Structure model' pdbx_poly_seq_scheme 5 3 'Structure model' pdbx_struct_assembly_prop 6 3 'Structure model' pdbx_struct_conn_angle 7 3 'Structure model' pdbx_struct_sheet_hbond 8 3 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 9 3 'Structure model' pdbx_validate_close_contact 10 3 'Structure model' pdbx_validate_main_chain_plane 11 3 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_angle 12 3 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_bond 13 3 'Structure model' pdbx_validate_torsion 14 3 'Structure model' struct_conf 15 3 'Structure model' struct_conn 16 3 'Structure model' struct_ref_seq 17 3 'Structure model' struct_sheet 18 3 'Structure model' struct_sheet_order 19 3 'Structure model' struct_sheet_range 20 4 'Structure model' citation 21 4 'Structure model' citation_author 22 4 'Structure model' database_2 23 5 'Structure model' chem_comp_atom 24 5 'Structure model' chem_comp_bond 25 5 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 3 'Structure model' '_em_software.category' 2 3 'Structure model' '_em_software.fitting_id' 3 3 'Structure model' '_em_software.imaging_id' 4 3 'Structure model' '_pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id' 5 3 'Structure model' '_pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num' 6 3 'Structure model' '_pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id' 7 3 'Structure model' '_pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num' 8 3 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_prop.value' 9 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_beg' 10 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.db_align_end' 11 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg' 12 3 'Structure model' '_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end' 13 4 'Structure model' '_citation.country' 14 4 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 15 4 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 16 4 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 17 4 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 18 4 'Structure model' '_citation.journal_volume' 19 4 'Structure model' '_citation.page_first' 20 4 'Structure model' '_citation.page_last' 21 4 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 22 4 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 23 4 'Structure model' '_citation.title' 24 4 'Structure model' '_citation.year' 25 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 26 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 27 5 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7NGC _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-02-09 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'P2a-state of wild type human mitochondrial LONP1 protease with bound substrate protein and in presence of ATPgS' EMD-12312 'associated EM volume' PDB . 7NGQ unspecified PDB . 7NGP unspecified PDB . 7NGL unspecified PDB . 7NGF unspecified PDB . 7NG5 unspecified PDB . 7NG4 unspecified EMDB . EMD-12317 'other EM volume' EMDB . EMD-12316 'other EM volume' EMDB . EMD-12315 'other EM volume' EMDB . EMD-12313 'other EM volume' EMDB . EMD-12308 'other EM volume' EMDB . EMD-12307 'other EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Mohammed, I.' 1 ? 'Schmitz, K.A.' 2 ? 'Schenck, N.' 3 ? 'Maier, T.' 4 ? 'Abrahams, J.P.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Structure _citation.journal_id_ASTM STRUE6 _citation.journal_id_CSD 2005 _citation.journal_id_ISSN 0969-2126 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 30 _citation.language ? _citation.page_first 1254 _citation.page_last 1268.e7 _citation.title 'Catalytic cycling of human mitochondrial Lon protease.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.str.2022.06.006 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35870450 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Mohammed, I.' 1 ? primary 'Schmitz, K.A.' 2 ? primary 'Schenck, N.' 3 ? primary 'Balasopoulos, D.' 4 ? primary 'Topitsch, A.' 5 ? primary 'Maier, T.' 6 ? primary 'Abrahams, J.P.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Lon protease homolog, mitochondrial' 96288.758 6 3.4.21.53 ? ? ? 2 polymer man 'substrate protein' 4698.783 1 ? ? ? ? 3 non-polymer syn 'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 523.247 5 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 5 ? ? ? ? 5 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name 'LONHs,Lon protease-like protein,LONP,Mitochondrial ATP-dependent protease Lon,Serine protease 15' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer 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;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX G ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 3 'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' AGS 4 'MAGNESIUM ION' MG 5 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 HIS n 1 2 HIS n 1 3 HIS n 1 4 HIS n 1 5 HIS n 1 6 HIS n 1 7 GLY n 1 8 SER n 1 9 MET n 1 10 THR n 1 11 ILE n 1 12 PRO n 1 13 ASP n 1 14 VAL n 1 15 PHE n 1 16 PRO n 1 17 HIS n 1 18 LEU n 1 19 PRO n 1 20 LEU n 1 21 ILE n 1 22 ALA n 1 23 ILE n 1 24 THR n 1 25 ARG n 1 26 ASN n 1 27 PRO n 1 28 VAL n 1 29 PHE n 1 30 PRO n 1 31 ARG n 1 32 PHE n 1 33 ILE n 1 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