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CYS n 2 211 GLU n 2 212 ASP n 2 213 LEU n 2 214 ASP n 2 215 THR n 2 216 SER n 2 217 VAL n 2 218 ASN n 2 219 LEU n 2 220 ALA n 2 221 TRP n 2 222 THR n 2 223 SER n 2 224 GLY n 2 225 THR n 2 226 ASN n 2 227 CYS n 2 228 THR n 2 229 ARG n 2 230 PHE n 2 231 GLY n 2 232 ILE n 2 233 ALA n 2 234 ALA n 2 235 LYS n 2 236 TYR n 2 237 GLN n 2 238 LEU n 2 239 ASP n 2 240 PRO n 2 241 THR n 2 242 ALA n 2 243 SER n 2 244 ILE n 2 245 SER n 2 246 ALA n 2 247 LYS n 2 248 VAL n 2 249 ASN n 2 250 ASN n 2 251 SER n 2 252 SER n 2 253 LEU n 2 254 ILE n 2 255 GLY n 2 256 VAL n 2 257 GLY n 2 258 TYR n 2 259 THR n 2 260 GLN n 2 261 THR n 2 262 LEU n 2 263 ARG n 2 264 PRO n 2 265 GLY n 2 266 VAL n 2 267 LYS n 2 268 LEU n 2 269 THR n 2 270 LEU n 2 271 SER n 2 272 ALA n 2 273 LEU n 2 274 VAL n 2 275 ASP n 2 276 GLY n 2 277 LYS n 2 278 SER n 2 279 ILE n 2 280 ASN n 2 281 ALA n 2 282 GLY n 2 283 GLY n 2 284 HIS n 2 285 LYS n 2 286 LEU n 2 287 GLY n 2 288 LEU n 2 289 ALA n 2 290 LEU n 2 291 GLU n 2 292 LEU n 2 293 GLU n 2 294 ALA n # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 487 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? sperm ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'lamellae prepared by cryo-focused ion beam milling of pig sperm' ? 2 1 sample 1 294 Pig 'Sus scrofa' 9823 ? ? ? sperm ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'lamellae prepared by cryo-focused ion beam milling of pig sperm' ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A287BD08_PIG A0A287BD08 ? 1 ;MAASKKAVLGPLVGAVDQGTSSTRFLVFNSKTAELLSHHQVEIEQKFPKEGWVEQDPKEILQSVYECIEKTCEKLGQLNI DISNIKAIGVSNQRETTVVWDKLTGEPLYNAVVWLDLRTQSTVANLSKIIPVNNNFVKTKTGLPLSTYFSAVKLRWLLDN VRKIQKAVEEDRALFGTIDSWLIWSLTGGARGGVHCTDVTNASRTMLFNIHSLEWDKELCEFFEVPMKILPNVRSSSEIY GLMKAGALEGVPISGCLGDQSAALVGQMCFQDGQAKNTYGTGCFLLCNTGHKCSVAIAGAVVRWLRDNLGIIKTSEEIEK LAKEVGTSYGCYFVPAFSGLYAPYWEPSARGIICGLTQFTNKCHIAFAALEAVCFQTREILDAMNRDCGIPLSHLQVDGG MTNNKILMQLQADILYIPVVKPSMPETTALGAAMAAGAAEGVGVWSLKPEDLSAVTMERFEPQINAKESEIRYSTWKKAV KKSMGWV ; 1 2 UNP F1S2F6_PIG F1S2F6 ? 2 ;MASYGQTCPRPMCIPPSYADLGKAARDIFNKGFGFGLVKLDVKTKSCSGVEFSTSGSSNTDTGKVTGTLETKYKWCEYGL TFTEKWNTDNTLGTEIAIEDQICQGLKLTFDTTFSPNTGKKSGKIKSSYKRECVNLGCDVDFDFAGPAIHGSAVFGYEGW LAGYQMTFDSAKSKLTRNNFAVGYRTGDFQLHTNVNDGTEFGGSIYQKVCEDLDTSVNLAWTSGTNCTRFGIAAKYQLDP TASISAKVNNSSLIGVGYTQTLRPGVKLTLSALVDGKSINAGGHKLGLALELEA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7NIE A 1 ? 487 ? A0A287BD08 1 ? 487 ? 1 487 2 1 7NIE B 1 ? 487 ? A0A287BD08 1 ? 487 ? 527 1013 3 2 7NIE C 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 4 2 7NIE D 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 5 2 7NIE E 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 6 2 7NIE F 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 7 2 7NIE G 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 8 2 7NIE H 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 9 2 7NIE I 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 10 2 7NIE J 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 11 2 7NIE K 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 12 2 7NIE L 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 13 2 7NIE M 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 14 2 7NIE N 1 ? 294 ? F1S2F6 1 ? 294 ? 1 294 15 1 7NIE O 1 ? 487 ? A0A287BD08 1 ? 487 ? 1 487 16 1 7NIE P 1 ? 487 ? A0A287BD08 1 ? 487 ? 527 1013 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7NIE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7NIE _struct.title ;putative glycerol kinase-like proteins anchored on an array of voltage dependent anion channels in the outer mitochondrial membrane of pig sperm mitochondria ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7NIE _struct_keywords.text 'mitochondria, sperm, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 1 ? P N N 1 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 2 ? ALA A 7 ? ALA A 2 ALA A 7 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 56 ? LEU A 78 ? ASP A 56 LEU A 78 1 ? 23 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 81 ? SER A 83 ? ASP A 81 SER A 83 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 119 ? ILE A 130 ? THR A 119 ILE A 130 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL A 132 ? GLY A 142 ? VAL A 132 GLY A 142 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 PHE A 149 ? VAL A 161 ? PHE A 149 VAL A 161 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS A 163 ? GLU A 170 ? LYS A 163 GLU A 170 1 ? 8 HELX_P HELX_P8 AA8 ILE A 178 ? THR A 187 ? ILE A 178 THR A 187 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 188 ? GLY A 192 ? GLY A 188 GLY A 192 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 VAL A 199 ? SER A 203 ? VAL A 199 SER A 203 1 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP A 216 ? PHE A 223 ? ASP A 216 PHE A 223 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO A 226 ? LEU A 230 ? PRO A 226 LEU A 230 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 ALA A 245 ? GLU A 249 ? ALA A 245 GLU A 249 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 259 ? GLN A 267 ? ASP A 259 GLN A 267 1 ? 9 HELX_P HELX_P15 AB6 ALA A 298 ? ASN A 308 ? ALA A 298 ASN A 308 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 GLU A 316 ? LYS A 323 ? GLU A 316 LYS A 323 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN A 361 ? GLY A 389 ? ASN A 361 GLY A 389 1 ? 29 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY A 399 ? ASN A 403 ? 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Rigid body fitting was done with Chimera/ChimeraX. 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All cross-links detected were between the [known] cytosolic face of VDAC and the [putative] membrane-facing surface of GK. ; #