data_7NYW # _entry.id 7NYW # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.356 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7NYW pdb_00007nyw 10.2210/pdb7nyw/pdb WWPDB D_1292114734 ? ? EMDB EMD-12656 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the MukBEF-MatP-DNA head module' _pdbx_database_related.db_id EMD-12656 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7NYW _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-03-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Buermann, F.' 1 0000-0002-9428-0933 'Lowe, J.' 2 0000-0002-5218-6615 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_patent _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? US ? ? primary Mol.Cell MOCEFL 2168 1097-2765 ? ? 81 ? 4891 4906.e8 'Cryo-EM structure of MukBEF reveals DNA loop entrapment at chromosomal unloading sites.' 2021 ? 10.1016/j.molcel.2021.10.011 34739874 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'DNA entrapment revealed by the structure of bacterial condensin MukBEF' 2021 ? 10.1101/2021.06.29.450292 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Burmann, F.' 1 ? primary 'Funke, L.F.H.' 2 ? primary 'Chin, J.W.' 3 ? primary 'Lowe, J.' 4 ? 1 'Buermann, F.' 5 ? 1 'Funke, L.F.H.' 6 ? 1 'Chin, J.W.' 7 ? 1 'Lowe, J.' 8 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Chromosome partition protein MukB' 170240.188 2 ? E1407Q ? ? 2 polymer man 'Chromosome partition protein MukF' 50193.305 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Chromosome partition protein MukE' 27423.848 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Acyl carrier protein' 8645.460 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Macrodomain Ter protein' 18032.613 2 ? ? ? ? 6 polymer syn 'matS2 DNA 80 b, oligo FBA769' 24625.713 1 ? ? ? ? 7 polymer syn 'matS2 DNA 80 b, oligo FBA770' 24715.855 1 ? ? ? ? 8 polymer syn 'DNA 80 b' 9216.037 2 ? ? ? ;The bases in the structure are not completely unknown but are base pairs. DNA has been refined as poly-AT with base pair restraints to account for this. The protein does not have sequence specificity but can slide along the double helix. We have opted for modelling as poly-AT because this preserves hydrogen-bond base pairing. ; 9 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 10 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 2 ? ? ? ? 11 non-polymer syn "4'-PHOSPHOPANTETHEINE" 358.348 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Structural maintenance of chromosome-related protein' 4 ACP # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MIERGKFRSLTLVNWNGFFARTFDLDELVTTLSGGNGAGKSTTMAAFVTALIPDLTLLHFRNTTEAGATSGSRDKGLHGK LRAGVCYSTLDVINSRHQRVVVGVRLQQVAGRDRKVDIKPFMIQGLPTAIQPTQLLTENVGERQARVLPLNELKDRLDEM EGVQFKQFNSITDYHAQMFDLGVIPKRLRSASDRSKFYRLIEASLYGGISSAITRSLRDYLLPENSGVRKAFQDMEAALR ENRITLEAIRVTQSDRDLFKHLITEATSYVSADYMRHANERRTHLDEALALRGELFGSHKQLATEQYRHVEMARELAEQS GASSDLETDHQAASDHLNLVQTAMRQQEKIDRYQVDLEELSYRLEEQTDVVEEAGELQAEYEARTEATEQEVDELKSQLA DYQQALDVQQTRAIQYQQALQALERARELCRLPDLSVDNAEEWLETFQAKEQQATEALLALEQKLSVADAAHNQFEQAYQ LVKNIVGETSRSEAWQSARELLRDWPSQRHLADRVQPLRMRLSELEQRLNNQQNAERLLSEFCKRQGRQYQAEDLEALQN ELEARQEALSLSVNEGGERRMEMRQELEQLKQKIQSLTARAPVWLAAQDTLNQLCEQSGETLASSNDVTEYMQQLLERER EATVERDEVAAQKRELEKQIERLSQPSGAEDSRMIALAERFGGVLLSEIYDDITIDDAPYFSALYGPARHGIVVPDLSLV RPHLETLEDCPEDLYLIEGDPQSFDDSVFNAEEQTNAVLVKSSDRQWRYSRYPELPLFGRAARENRLEALNLERDALAER YATLSFDVQKIQRAHQAFSQFVGKHLSVAFDTDPEAEIRELRQRHTELEREVSRFEDQTQQQRQQYAQAKESLTTLNRLI PQVTLLLDETLIDRVEEVREEMDEAQEAARFLQQHGSALTKLEPMVAVLQSDPQQHEQLQQDYETAKHSQHQAKQQAFAL VEIVQRRVHFSYSDSAGMLSENADLNDKLRQRLEHAESDRSRAREQLRQQQAQYSQFNQVLASLKSSYETKQDMLKELLQ EMKDIGVQADANAEMRARERRDRLHEALSVNRSRVNQLEKQIAFCEAEMENVQKKLRKLERDYYQIREQVVSAKAGWCAV MRMVKDNGVERRLHRRELAYMEGGALRSMSDKALGALRLAVADNEHLRDALRLSEDPKRPERKVQFFIAVYQHLRERIRQ DIIRTDDPVDAIEQMEIELARLTEELTAREQKLAISSKSVANIIRKTIQREQNRIRMLNQGLQAVSFGQVRGVRLNVNVR ESHAILLDVLSEQQEQHQDLFNSQRLTFSEAMAKLYQRLNPQVDMGQRLPQTIGEELLDYRNYLELDVEVNRGSDGWLKA ESGALSTGEAIGTGMSILVMVVQSWEEESRRLRGKDISPCRLLFLDQAARLDAKSIATLFELCERLQMQLIIAAPENISP EKGTTYKLVRKVFKNHEHVHVVGLRGFGQDAPATQLISDVTA ; ;MIERGKFRSLTLVNWNGFFARTFDLDELVTTLSGGNGAGKSTTMAAFVTALIPDLTLLHFRNTTEAGATSGSRDKGLHGK LRAGVCYSTLDVINSRHQRVVVGVRLQQVAGRDRKVDIKPFMIQGLPTAIQPTQLLTENVGERQARVLPLNELKDRLDEM EGVQFKQFNSITDYHAQMFDLGVIPKRLRSASDRSKFYRLIEASLYGGISSAITRSLRDYLLPENSGVRKAFQDMEAALR ENRITLEAIRVTQSDRDLFKHLITEATSYVSADYMRHANERRTHLDEALALRGELFGSHKQLATEQYRHVEMARELAEQS GASSDLETDHQAASDHLNLVQTAMRQQEKIDRYQVDLEELSYRLEEQTDVVEEAGELQAEYEARTEATEQEVDELKSQLA DYQQALDVQQTRAIQYQQALQALERARELCRLPDLSVDNAEEWLETFQAKEQQATEALLALEQKLSVADAAHNQFEQAYQ LVKNIVGETSRSEAWQSARELLRDWPSQRHLADRVQPLRMRLSELEQRLNNQQNAERLLSEFCKRQGRQYQAEDLEALQN ELEARQEALSLSVNEGGERRMEMRQELEQLKQKIQSLTARAPVWLAAQDTLNQLCEQSGETLASSNDVTEYMQQLLERER EATVERDEVAAQKRELEKQIERLSQPSGAEDSRMIALAERFGGVLLSEIYDDITIDDAPYFSALYGPARHGIVVPDLSLV RPHLETLEDCPEDLYLIEGDPQSFDDSVFNAEEQTNAVLVKSSDRQWRYSRYPELPLFGRAARENRLEALNLERDALAER YATLSFDVQKIQRAHQAFSQFVGKHLSVAFDTDPEAEIRELRQRHTELEREVSRFEDQTQQQRQQYAQAKESLTTLNRLI PQVTLLLDETLIDRVEEVREEMDEAQEAARFLQQHGSALTKLEPMVAVLQSDPQQHEQLQQDYETAKHSQHQAKQQAFAL VEIVQRRVHFSYSDSAGMLSENADLNDKLRQRLEHAESDRSRAREQLRQQQAQYSQFNQVLASLKSSYETKQDMLKELLQ EMKDIGVQADANAEMRARERRDRLHEALSVNRSRVNQLEKQIAFCEAEMENVQKKLRKLERDYYQIREQVVSAKAGWCAV MRMVKDNGVERRLHRRELAYMEGGALRSMSDKALGALRLAVADNEHLRDALRLSEDPKRPERKVQFFIAVYQHLRERIRQ DIIRTDDPVDAIEQMEIELARLTEELTAREQKLAISSKSVANIIRKTIQREQNRIRMLNQGLQAVSFGQVRGVRLNVNVR ESHAILLDVLSEQQEQHQDLFNSQRLTFSEAMAKLYQRLNPQVDMGQRLPQTIGEELLDYRNYLELDVEVNRGSDGWLKA ESGALSTGEAIGTGMSILVMVVQSWEEESRRLRGKDISPCRLLFLDQAARLDAKSIATLFELCERLQMQLIIAAPENISP EKGTTYKLVRKVFKNHEHVHVVGLRGFGQDAPATQLISDVTA ; A,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSEYSQTVPELVSWARKNDFSISLPVERLAFLMAIAVLNSERLDGEMSEGELIDAFREVCKGFEQTAESVAVRANNAIND MVRQKLLNRFTSELADGNAIYRLTPLGISISDYYIRQREFSTLRLSMQLSIVANELHRAAEAAEEGGDEFHWHRNVFAPL KYSVAEIFDSIDMSQRLMDEQQNFVKEDIAALLNQDWQAAIANCEQLLSETSGTLRELQDTLEAAGDKLQANLLRIQDAN MGSGGSELVDKLVFDLQSKLDRIISWGQQAIDLWIGYDRHVHKFIRTAIDMDKNRIFSQRLRQSVQHYFDNPWTLTVANA ERLLDMRDEELALRNEEVTGELPLELEYEEFSEINDQLAAMIEKALLVYQQEQRPLDLGAVLRDYLAQHPLPRHFDVARI LVDQAVRLGVAEADFSGLPAEWLAINDYGAKVQAHVIDTY ; ;MSEYSQTVPELVSWARKNDFSISLPVERLAFLMAIAVLNSERLDGEMSEGELIDAFREVCKGFEQTAESVAVRANNAIND MVRQKLLNRFTSELADGNAIYRLTPLGISISDYYIRQREFSTLRLSMQLSIVANELHRAAEAAEEGGDEFHWHRNVFAPL KYSVAEIFDSIDMSQRLMDEQQNFVKEDIAALLNQDWQAAIANCEQLLSETSGTLRELQDTLEAAGDKLQANLLRIQDAN MGSGGSELVDKLVFDLQSKLDRIISWGQQAIDLWIGYDRHVHKFIRTAIDMDKNRIFSQRLRQSVQHYFDNPWTLTVANA ERLLDMRDEELALRNEEVTGELPLELEYEEFSEINDQLAAMIEKALLVYQQEQRPLDLGAVLRDYLAQHPLPRHFDVARI LVDQAVRLGVAEADFSGLPAEWLAINDYGAKVQAHVIDTY ; C,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSSTHIEQFMPVKLAQALANSLFPELDSQLRAGRHIGIDDLDNHAFLMDFQEQLEEFYARYNVELIRAPEGFFYLRPRST TLIPRSVLSELDMMVGKILCYLYLSPERLANQGIFTSQELYEELISLADEGKLMKFVNQRSSGSDLDKQKLQEKVRTTLN RLRRLGMVYFLPNNNNKFTITEAVFRFGADVRSGDDPREIQLRMIRDGEAMPVEGSLSLDDSENDETPDNSAEGAGDEQP ; ;MSSTHIEQFMPVKLAQALANSLFPELDSQLRAGRHIGIDDLDNHAFLMDFQEQLEEFYARYNVELIRAPEGFFYLRPRST TLIPRSVLSELDMMVGKILCYLYLSPERLANQGIFTSQELYEELISLADEGKLMKFVNQRSSGSDLDKQKLQEKVRTTLN RLRRLGMVYFLPNNNNKFTITEAVFRFGADVRSGDDPREIQLRMIRDGEAMPVEGSLSLDDSENDETPDNSAEGAGDEQP ; E,F ? 4 'polypeptide(L)' no no MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA G,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MKYQQLENLECGWKWAYLIRKHQEGEPITKYIENSAAHAAVDKLIKLESEPVRVLEWIEQHMNPDLFNRMKQTIRARRKR HFNAEHQHTRKKSIDLDFPVWHRLSALSQRRGNTLSETIVQLIEDAERKEKYANQMSSLKHDLEAILGKNE ; ;MKYQQLENLECGWKWAYLIRKHQEGEPITKYIENSAAHAAVDKLIKLESEPVRVLEWIEQHMNPDLFNRMKQTIRARRKR HFNAEHQHTRKKSIDLDFPVWHRLSALSQRRGNTLSETIVQLIEDAERKEKYANQMSSLKHDLEAILGKNE ; I,J ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) ; CTCGCCTGTAAAGTAGGCATTAGTTGTTCGTAGTGCTCGTCTGGCTCTGGATTACCCGCCACTGTTACATTGTAACGGCA K ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG) ; TGCCGTTACAATGTAACAGTGGCGGGTAATCCAGAGCCAGACGAGCACTACGAACAACTAATGCCTACTTTACAGGCGAG L ? 8 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) ; ATATATATATATATATATATATATATATAT M,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ILE n 1 3 GLU n 1 4 ARG n 1 5 GLY n 1 6 LYS n 1 7 PHE n 1 8 ARG n 1 9 SER n 1 10 LEU n 1 11 THR n 1 12 LEU n 1 13 VAL n 1 14 ASN n 1 15 TRP n 1 16 ASN n 1 17 GLY n 1 18 PHE n 1 19 PHE n 1 20 ALA n 1 21 ARG n 1 22 THR n 1 23 PHE n 1 24 ASP n 1 25 LEU n 1 26 ASP n 1 27 GLU n 1 28 LEU n 1 29 VAL n 1 30 THR n 1 31 THR n 1 32 LEU n 1 33 SER n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 ASN n 1 37 GLY n 1 38 ALA n 1 39 GLY n 1 40 LYS n 1 41 SER n 1 42 THR n 1 43 THR n 1 44 MET n 1 45 ALA n 1 46 ALA n 1 47 PHE n 1 48 VAL n 1 49 THR n 1 50 ALA n 1 51 LEU n 1 52 ILE n 1 53 PRO n 1 54 ASP n 1 55 LEU n 1 56 THR n 1 57 LEU n 1 58 LEU n 1 59 HIS n 1 60 PHE n 1 61 ARG n 1 62 ASN n 1 63 THR n 1 64 THR n 1 65 GLU n 1 66 ALA n 1 67 GLY n 1 68 ALA n 1 69 THR n 1 70 SER n 1 71 GLY n 1 72 SER n 1 73 ARG n 1 74 ASP n 1 75 LYS n 1 76 GLY n 1 77 LEU n 1 78 HIS n 1 79 GLY n 1 80 LYS n 1 81 LEU n 1 82 ARG n 1 83 ALA n 1 84 GLY n 1 85 VAL n 1 86 CYS n 1 87 TYR n 1 88 SER n 1 89 THR n 1 90 LEU n 1 91 ASP n 1 92 VAL n 1 93 ILE n 1 94 ASN n 1 95 SER n 1 96 ARG n 1 97 HIS n 1 98 GLN n 1 99 ARG n 1 100 VAL n 1 101 VAL n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 VAL n 1 105 ARG n 1 106 LEU n 1 107 GLN n 1 108 GLN n 1 109 VAL n 1 110 ALA n 1 111 GLY n 1 112 ARG n 1 113 ASP n 1 114 ARG n 1 115 LYS n 1 116 VAL n 1 117 ASP n 1 118 ILE n 1 119 LYS n 1 120 PRO n 1 121 PHE n 1 122 MET n 1 123 ILE n 1 124 GLN n 1 125 GLY n 1 126 LEU n 1 127 PRO n 1 128 THR n 1 129 ALA n 1 130 ILE n 1 131 GLN n 1 132 PRO n 1 133 THR n 1 134 GLN n 1 135 LEU n 1 136 LEU n 1 137 THR n 1 138 GLU n 1 139 ASN n 1 140 VAL n 1 141 GLY n 1 142 GLU n 1 143 ARG n 1 144 GLN n 1 145 ALA n 1 146 ARG n 1 147 VAL n 1 148 LEU n 1 149 PRO n 1 150 LEU n 1 151 ASN n 1 152 GLU n 1 153 LEU n 1 154 LYS n 1 155 ASP n 1 156 ARG n 1 157 LEU n 1 158 ASP n 1 159 GLU n 1 160 MET n 1 161 GLU n 1 162 GLY n 1 163 VAL n 1 164 GLN n 1 165 PHE n 1 166 LYS n 1 167 GLN n 1 168 PHE n 1 169 ASN n 1 170 SER n 1 171 ILE n 1 172 THR n 1 173 ASP n 1 174 TYR n 1 175 HIS n 1 176 ALA n 1 177 GLN n 1 178 MET n 1 179 PHE n 1 180 ASP n 1 181 LEU n 1 182 GLY n 1 183 VAL n 1 184 ILE n 1 185 PRO n 1 186 LYS n 1 187 ARG n 1 188 LEU n 1 189 ARG n 1 190 SER n 1 191 ALA n 1 192 SER n 1 193 ASP n 1 194 ARG n 1 195 SER n 1 196 LYS n 1 197 PHE n 1 198 TYR n 1 199 ARG n 1 200 LEU n 1 201 ILE n 1 202 GLU n 1 203 ALA n 1 204 SER n 1 205 LEU n 1 206 TYR n 1 207 GLY n 1 208 GLY n 1 209 ILE n 1 210 SER n 1 211 SER n 1 212 ALA n 1 213 ILE n 1 214 THR n 1 215 ARG n 1 216 SER n 1 217 LEU n 1 218 ARG n 1 219 ASP n 1 220 TYR n 1 221 LEU n 1 222 LEU n 1 223 PRO n 1 224 GLU n 1 225 ASN n 1 226 SER n 1 227 GLY n 1 228 VAL n 1 229 ARG n 1 230 LYS n 1 231 ALA n 1 232 PHE n 1 233 GLN n 1 234 ASP n 1 235 MET n 1 236 GLU n 1 237 ALA n 1 238 ALA n 1 239 LEU n 1 240 ARG n 1 241 GLU n 1 242 ASN n 1 243 ARG n 1 244 ILE n 1 245 THR n 1 246 LEU n 1 247 GLU n 1 248 ALA n 1 249 ILE n 1 250 ARG n 1 251 VAL 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _entity_src_nat.entity_id 4 _entity_src_nat.pdbx_src_id 1 _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag sample _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num 1 _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num 78 _entity_src_nat.common_name ? _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific 'Escherichia coli BL21(DE3)' _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id 469008 _entity_src_nat.genus ? _entity_src_nat.species ? _entity_src_nat.strain ? _entity_src_nat.tissue ? _entity_src_nat.tissue_fraction ? _entity_src_nat.pdbx_secretion ? _entity_src_nat.pdbx_fragment ? _entity_src_nat.pdbx_variant Gold _entity_src_nat.pdbx_cell_line ? _entity_src_nat.pdbx_atcc ? _entity_src_nat.pdbx_cellular_location ? _entity_src_nat.pdbx_organ ? _entity_src_nat.pdbx_organelle ? _entity_src_nat.pdbx_cell ? _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name ? _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details ? _entity_src_nat.details ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 6 1 sample 1 80 'Photorhabdus thracensis' ? 230089 'Synthetic sequence' 7 1 sample 1 80 'Photorhabdus thracensis' ? 230089 'Synthetic sequence' 8 1 sample 1 30 'Photorhabdus thracensis' ? 230089 'Synthetic sequence' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A0F7LRY2_9GAMM A0A0F7LRY2 ? 1 ;MIERGKFRSLTLVNWNGFFARTFDLDELVTTLSGGNGAGKSTTMAAFVTALIPDLTLLHFRNTTEAGATSGSRDKGLHGK LRAGVCYSTLDVINSRHQRVVVGVRLQQVAGRDRKVDIKPFMIQGLPTAIQPTQLLTENVGERQARVLPLNELKDRLDEM EGVQFKQFNSITDYHAQMFDLGVIPKRLRSASDRSKFYRLIEASLYGGISSAITRSLRDYLLPENSGVRKAFQDMEAALR ENRITLEAIRVTQSDRDLFKHLITEATSYVSADYMRHANERRTHLDEALALRGELFGSHKQLATEQYRHVEMARELAEQS GASSDLETDHQAASDHLNLVQTAMRQQEKIDRYQVDLEELSYRLEEQTDVVEEAGELQAEYEARTEATEQEVDELKSQLA DYQQALDVQQTRAIQYQQALQALERARELCRLPDLSVDNAEEWLETFQAKEQQATEALLALEQKLSVADAAHNQFEQAYQ LVKNIVGETSRSEAWQSARELLRDWPSQRHLADRVQPLRMRLSELEQRLNNQQNAERLLSEFCKRQGRQYQAEDLEALQN ELEARQEALSLSVNEGGERRMEMRQELEQLKQKIQSLTARAPVWLAAQDTLNQLCEQSGETLASSNDVTEYMQQLLERER EATVERDEVAAQKRELEKQIERLSQPSGAEDSRMIALAERFGGVLLSEIYDDITIDDAPYFSALYGPARHGIVVPDLSLV RPHLETLEDCPEDLYLIEGDPQSFDDSVFNAEEQTNAVLVKSSDRQWRYSRYPELPLFGRAARENRLEALNLERDALAER YATLSFDVQKIQRAHQAFSQFVGKHLSVAFDTDPEAEIRELRQRHTELEREVSRFEDQTQQQRQQYAQAKESLTTLNRLI PQVTLLLDETLIDRVEEVREEMDEAQEAARFLQQHGSALTKLEPMVAVLQSDPQQHEQLQQDYETAKHSQHQAKQQAFAL VEIVQRRVHFSYSDSAGMLSENADLNDKLRQRLEHAESDRSRAREQLRQQQAQYSQFNQVLASLKSSYETKQDMLKELLQ EMKDIGVQADANAEMRARERRDRLHEALSVNRSRVNQLEKQIAFCEAEMENVQKKLRKLERDYYQIREQVVSAKAGWCAV MRMVKDNGVERRLHRRELAYMEGGALRSMSDKALGALRLAVADNEHLRDALRLSEDPKRPERKVQFFIAVYQHLRERIRQ DIIRTDDPVDAIEQMEIELARLTEELTAREQKLAISSKSVANIIRKTIQREQNRIRMLNQGLQAVSFGQVRGVRLNVNVR ESHAILLDVLSEQQEQHQDLFNSQRLTFSEAMAKLYQRLNPQVDMGQRLPQTIGEELLDYRNYLELDVEVNRGSDGWLKA ESGALSTGEAIGTGMSILVMVVQSWEEESRRLRGKDISPCRLLFLDEAARLDAKSIATLFELCERLQMQLIIAAPENISP EKGTTYKLVRKVFKNHEHVHVVGLRGFGQDAPATQLISDVTA ; 1 2 UNP A0A0F7LMQ4_9GAMM A0A0F7LMQ4 ? 2 ;MSEYSQTVPELVSWARKNDFSISLPVERLAFLMAIAVLNSERLDGEMSEGELIDAFREVCKGFEQTAESVAVRANNAIND MVRQKLLNRFTSELADGNAIYRLTPLGISISDYYIRQREFSTLRLSMQLSIVANELHRAAEAAEEGGDEFHWHRNVFAPL KYSVAEIFDSIDMSQRLMDEQQNFVKEDIAALLNQDWQAAIANCEQLLSETSGTLRELQDTLEAAGDKLQANLLRIQDAN MGSGGSELVDKLVFDLQSKLDRIISWGQQAIDLWIGYDRHVHKFIRTAIDMDKNRIFSQRLRQSVQHYFDNPWTLTVANA ERLLDMRDEELALRNEEVTGELPLELEYEEFSEINDQLAAMIEKALLVYQQEQRPLDLGAVLRDYLAQHPLPRHFDVARI LVDQAVRLGVAEADFSGLPAEWLAINDYGAKVQAHVIDTY ; 1 3 UNP A0A0F7LPV6_9GAMM A0A0F7LPV6 ? 3 ;MSSTHIEQFMPVKLAQALANSLFPELDSQLRAGRHIGIDDLDNHAFLMDFQEQLEEFYARYNVELIRAPEGFFYLRPRST TLIPRSVLSELDMMVGKILCYLYLSPERLANQGIFTSQELYEELISLADEGKLMKFVNQRSSGSDLDKQKLQEKVRTTLN RLRRLGMVYFLPNNNNKFTITEAVFRFGADVRSGDDPREIQLRMIRDGEAMPVEGSLSLDDSENDETPDNSAEGAGDEQP ; 1 4 UNP A0A6D2XA84_ECOLI A0A6D2XA84 ? 4 MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA 1 5 UNP A0A0F7LUV5_9GAMM A0A0F7LUV5 ? 5 ;MKYQQLENLECGWKWAYLIRKHQEGEPITKYIENSAAHAAVDKLIKLESEPVRVLEWIEQHMNPDLFNRMKQTIRARRKR HFNAEHQHTRKKSIDLDFPVWHRLSALSQRRGNTLSETIVQLIEDAERKEKYANQMSSLKHDLEAILGKNE ; 1 6 PDB 7NYW 7NYW ? 6 ? 1 7 PDB 7NYW 7NYW ? 7 ? 1 8 PDB 7NYW 7NYW ? 8 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7NYW A 1 ? 1482 ? 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'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 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