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'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 'Biological sequence' 1 347 ;Baker's yeast ; ? 'RPB3, YIL021W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 'Biological sequence' 1 221 ;Baker's yeast ; ? 'RPB4, YJL140W, J0654' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 15 1 sample 'Biological sequence' 1 177 ;Baker's yeast ; ? 'RPB7, YDR404C, D9509.22' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 29 1 sample 'Biological sequence' 1 492 ;Baker's yeast ; ? 'TFA1, YKL028W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 30 1 sample 'Biological sequence' 1 328 ;Baker's yeast ; ? 'TFA2, YKR062W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 9 1 sample 1 1733 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 1224 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample 1 215 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample 1 155 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 16 1 sample 1 146 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 17 1 sample 1 122 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 18 1 sample 1 70 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 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'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BEF non-polymer . 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' ? 'Be F3 -1' 66.007 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 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I CYS 77 SG ? ? ? 1_555 QA ZN . ZN ? ? A CYS 77 A ZN 1802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc38 metalc ? ? I HIS 80 NE2 ? ? ? 1_555 QA ZN . ZN ? ? A HIS 80 A ZN 1802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.080 ? ? metalc39 metalc ? ? I CYS 107 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? A CYS 107 A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc40 metalc ? ? I CYS 110 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? A CYS 110 A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc41 metalc ? ? I CYS 148 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? A CYS 148 A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc42 metalc ? ? I CYS 167 SG ? ? ? 1_555 PA ZN . ZN ? ? A CYS 167 A ZN 1801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc43 metalc ? ? I ASP 481 OD1 ? ? ? 1_555 RA MG . MG ? ? A ASP 481 A MG 1803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? ? metalc44 metalc ? ? I ASP 483 OD1 ? ? ? 1_555 RA MG . MG ? ? A ASP 483 A MG 1803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? ? metalc45 metalc ? ? I ASP 483 OD2 ? ? ? 1_555 RA MG . MG ? ? A ASP 483 A MG 1803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? ? metalc46 metalc ? ? 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Q CYS 7 SG ? ? ? 1_555 UA ZN . ZN ? ? I CYS 7 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? ? metalc56 metalc ? ? Q CYS 10 SG ? ? ? 1_555 UA ZN . ZN ? ? I CYS 10 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc57 metalc ? ? Q CYS 29 SG ? ? ? 1_555 UA ZN . ZN ? ? I CYS 29 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc58 metalc ? ? Q CYS 32 SG ? ? ? 1_555 UA ZN . ZN ? ? I CYS 32 I ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? ? metalc59 metalc ? ? Q CYS 75 SG ? ? ? 1_555 VA ZN . ZN ? ? I CYS 75 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? ? metalc60 metalc ? ? Q CYS 78 SG ? ? ? 1_555 VA ZN . ZN ? ? I CYS 78 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.330 ? ? metalc61 metalc ? ? Q CYS 103 SG ? ? ? 1_555 VA ZN . ZN ? ? I CYS 103 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc62 metalc ? ? Q CYS 106 SG ? ? ? 1_555 VA ZN . ZN ? ? I CYS 106 I ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc63 metalc ? ? R CYS 7 SG ? ? ? 1_555 WA ZN . ZN ? ? J CYS 7 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc64 metalc ? ? R CYS 10 SG ? ? ? 1_555 WA ZN . ZN ? ? J CYS 10 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.330 ? ? metalc65 metalc ? ? R CYS 45 SG ? ? ? 1_555 WA ZN . ZN ? ? J CYS 45 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? ? metalc66 metalc ? ? R CYS 46 SG ? ? ? 1_555 WA ZN . ZN ? ? J CYS 46 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc67 metalc ? ? T CYS 31 SG ? ? ? 1_555 XA ZN . ZN ? ? L CYS 31 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc68 metalc ? ? T CYS 34 SG ? ? ? 1_555 XA ZN . ZN ? ? L CYS 34 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc69 metalc ? ? T CYS 48 SG ? ? ? 1_555 XA ZN . ZN ? ? L CYS 48 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc70 metalc ? ? T CYS 51 SG ? ? ? 1_555 XA ZN . ZN ? ? L CYS 51 L ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc71 metalc ? ? U CYS 24 SG ? ? ? 1_555 YA ZN . ZN ? ? M CYS 24 M ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc72 metalc ? ? U CYS 27 SG ? ? ? 1_555 YA ZN . ZN ? ? M CYS 27 M ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc73 metalc ? ? U CYS 45 SG ? ? ? 1_555 YA ZN . ZN ? ? M CYS 45 M ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc74 metalc ? ? U CYS 48 SG ? ? ? 1_555 YA ZN . ZN ? ? M CYS 48 M ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc75 metalc ? ? CA CYS 124 SG ? ? ? 1_555 ZA ZN . ZN ? ? W CYS 124 W ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc76 metalc ? ? CA CYS 127 SG ? ? ? 1_555 ZA ZN . ZN ? ? W CYS 127 W ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc77 metalc ? ? CA CYS 149 SG ? ? ? 1_555 ZA ZN . ZN ? ? W CYS 149 W ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? ? metalc78 metalc ? ? CA CYS 152 SG ? ? ? 1_555 ZA ZN . ZN ? ? W CYS 152 W ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? hydrog1 hydrog ? ? V DA 11 N1 ? ? ? 1_555 Z DT 96 N3 ? ? N DA 11 T DT 96 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? V DA 11 N6 ? ? ? 1_555 Z DT 96 O4 ? ? N DA 11 T DT 96 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? V DG 12 N1 ? ? ? 1_555 Z DC 95 N3 ? ? N DG 12 T DC 95 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? V DG 12 N2 ? ? ? 1_555 Z DC 95 O2 ? ? 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'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 6 1 32630 'synthetic construct' ? ? ? 3 2 7111 'Trichoplusia ni' ? ? ? 4 3 559292 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' ? ? ? 5 4 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43.6 _em_image_recording.average_exposure_time 9 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 29670 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 4300000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Warp ? 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? RELION ? 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7O4I 'double helix' 7O4I 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 V DA 11 1_555 Z DT 96 1_555 0.020 -0.197 -1.140 -27.319 -10.980 1.064 1 N_DA11:DT96_T N 11 ? 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