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'Molecular mechanism of cargo recognition and handover by the mammalian signal recognition particle' 2021 ? doi.org/10.1016/j.celrep.2021.109350 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Jomaa, A.' 1 ? primary 'Eitzinger, S.' 2 ? primary 'Zhu, Z.' 3 ? primary 'Chandrasekar, S.' 4 ? primary 'Kobayashi, K.' 5 ? primary 'Shan, S.O.' 6 ? primary 'Ban, N.' 7 ? 1 'Jomaa, A.' 8 0000-0002-4786-934X 1 'Eitzinger, S.' 9 ? 1 'Zhu, Z.' 10 ? 1 'Chandrasekar, S.' 11 ? 1 'Kobayashi, K.' 12 ? 1 'Shan, S.' 13 ? 1 'Ban, N.' 14 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7OBQ _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 249 dog 'Canis lupus familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 144 dog 'Canis lupus familiaris' 9615 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 493 dog 'Canis lupus familiaris' 9615 ? 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4 ;SDAGAFRNSLKDLPDVQELITQVRSEKCSLQAAAILDASDSHQPETSSQVKDNKPLVERFETFCLDPSLVTKQANLVHFP PGFQPIPCKPLFFDLALNHVAFPPLEDKLEQKTKSGLTGYIKGIFGFRS ; 494 6 UNP G1STG2_RABIT G1STG2 ? 5 ;MASADSRRLGDGDGAGGAFQPYLDSLRQELQQRDPTVLSVVVALLAVLLTLVFWKLVRSRRSSQRAVLLLGLCDSGKTLL FVRLLTGHYRDTQTSITDSSATYRVNNNRGNSLTLIDLPGHESLRLQFLERFKTSARAVVFVVDSAAFQREVKDVAEFLY QVLIDSMSLKNTPSFLIACNKQDIAMAKSAKLIQQQLEKELNTLRVTRSAAPSTLDSSSTAPAQLGKKGKEFEFSQLPLK VEFLECSAKGGRGDPGSADIQDLEKWLAKIA ; 1 7 UNP SRP54_CANLF P61010 ? 6 ;MVLADLGRKITSALRSLSNATIINEEVLNAMLKEVCTALLEADVNIKLVKQLRENVKSAIDLEEMASGLNKRKMIQHAVF KELVKLVDPGVKAWTPTKGKQNVIMFVGLQGSGKTTTCSKLAYYYQRKGWKTCLICADTFRAGAFDQLKQNATKARIPFY GSYTEMDPVIIASEGVEKFKNENFEIIIVDTSGRHKQEDSLFEEMLQVANAIQPDNIVYVMDASIGQACEAQAKAFKDKV DVASVIVTKLDGHAKGGGALSAVAATKSPIIFIGTGEHIDDFEPFKTQPFISKLLGMGDIEGLIDKVNELKLDDNEALIE KLKHGQFTLRDMYEQFQNIMKMGPFSQILGMIPGFGTDFMSKGNEQESMARLKKLMTIMDSMNDQELDSTDGAKVFSKQP GRIQRVARGSGVSTRDVQELLTQYTKFAQMVKKMGGIKGLFKGGDMSKNVSQSQMAKLNQQMAKMMDPRVLHHMGGMAGL QSMMRQFQQGAAGNMKGMMGFNNM ; 1 8 UNP A0A5F9CI80_RABIT A0A5F9CI80 ? 7 ;MLDFFTIFSKGGLVLWCFQGVSDSCTGPVNALIRSVLLQERGGNNSFTHEALTLKYKLDNQFELVFVVGFQKILTLTYVD KLIDDVHRLFRDKYRTEIQQQSALSLLNGTFDFQNDFLRLLREAEESSKIRAPTTMKKFEDSEKAKKPVRSMIETRGEKP KEKAKNSKKKGAKKEGSDGPLATSKAVPAEKSGLPVGPENGVELSKEELIRRKREEFIQKHGRGLEKSSKSKSEAPKEKG KKAPRVWELGGCANKEVLDYSTPTTNGAPEAALSEDINLIRGTGPGGQLQDLDCSSSDDEGAAQNSTKPSSTKGTLGGMF GMLKGLVGSKSLSREDMESVLDKMRDHLIAKNVAADIAVQLCESVANKLEGKVMGTFSTVTSTVKQALQESLVQILQPQR RVDMLRDIMDAQRRQRPYVVTFCGVNGVGKSTNLAKISFWLLENGFSVLIAACDTFRAGAVEQLRTHTRRLSALHPPEKH GGRTMVQLFEKGYGKDAAGIAMEAIAFARNQGFDVVLVDTAGRMQDNAPLMTALAKLITVNTPDLVLFVGEALVGNEAVD QLVKFNRALADHSMAQTPRLIDGIVLTKFDTIDDKVGAAISMTYITSKPIVFVGTGQTYCDLRSLNAKAVVAALMKA ; 1 9 UNP SRP72_CANLF P33731 ? 8 ;MASGGSGGVSVPALWSEVNRYGQNGDFTRALKTVNKILQINKDDVTALHCKVVCLIQNGSFKEALNVINTHTKVLANNSL SFEKAYCEYRLNRIENALKTIESANQQTDKLKELYGQVLYRLERYDECLAVYRDLVRNSQDDYDEERKTNLSAVVAAQSN WEKVVPENLGLQEGTHELCYNAACALIGQGQLSQAMKILQKAEDLCRRSLSEDSDGTEEDPQAELAIIHGQMAYILQLQG RTEEALQLYNQIIKLKPTDVGLLAVIANNIITINKDQNVFDSKKKVKLTNAEGVEFKLSKKQLQAIEFNKALLAMYTNQA EQCRKISASLQSQSPEHLLPVLIQAAQLCREKQHTKAIELLQEFSDQHPENAAEIKLTMAQLKISQGNISKACLILRSIE ELKHKPGMVSALVTMYSHEEDIDSAIEVFTQAIQWYQNHQPKSSAHLSLIREAANFKLKYGRKKEAISDLEQLWKQNPKD IHTLAQLISAYSLVDPEKAKALSKHLPSSDSMSLKVDVEALENSPGATYIRKKGGKVAGDSQPKEQGQGDLKKKKKKKKG KLPKNYDPKVTPDPERWLPMRERSYYRGRKKGKKKDQIGKGTQGATAGASSELDASKTVSSPPTSPRPGSAATASASTSN IIPPRHQKPAGAPATKKKQQQKKKKGGKGGW ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7OBQ 1 1 ? 249 ? 7OBQ 27 ? 275 ? 27 275 2 2 7OBQ q 1 ? 144 ? J9PAS6 1 ? 144 ? 1 144 3 3 7OBQ s 1 ? 62 ? A0A7I9EWR8 1 ? 62 ? 1 62 4 4 7OBQ u 1 ? 493 ? Q00004 1 ? 493 ? 1 494 5 5 7OBQ u 494 A 622 ? Q00004 494 ? 622 ? 494 622 6 6 7OBQ v 1 ? 271 ? G1STG2 1 ? 271 ? 1 271 7 7 7OBQ x 1 ? 504 ? P61010 1 ? 504 ? 1 504 8 8 7OBQ y 1 ? 637 ? A0A5F9CI80 1 ? 637 ? 1 637 9 9 7OBQ z 1 ? 671 ? P33731 1 ? 671 ? 1 671 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 7OBQ UNK s 1 ? UNP A0A7I9EWR8 MET 1 conflict 1 1 3 7OBQ UNK s 2 ? UNP A0A7I9EWR8 GLU 2 conflict 2 2 3 7OBQ UNK s 3 ? UNP A0A7I9EWR8 GLY 3 conflict 3 3 3 7OBQ UNK s 4 ? UNP A0A7I9EWR8 GLY 4 conflict 4 4 3 7OBQ UNK s 5 ? UNP A0A7I9EWR8 GLU 5 conflict 5 5 3 7OBQ UNK s 6 ? UNP A0A7I9EWR8 GLU 6 conflict 6 6 3 7OBQ UNK s 7 ? UNP A0A7I9EWR8 GLU 7 conflict 7 7 3 7OBQ UNK s 8 ? UNP A0A7I9EWR8 VAL 8 conflict 8 8 3 7OBQ UNK s 9 ? UNP A0A7I9EWR8 GLU 9 conflict 9 9 3 7OBQ UNK s 10 ? UNP A0A7I9EWR8 ARG 10 conflict 10 10 3 7OBQ UNK s 11 ? UNP A0A7I9EWR8 ILE 11 conflict 11 11 3 7OBQ UNK s 12 ? UNP A0A7I9EWR8 PRO 12 conflict 12 12 3 7OBQ UNK s 13 ? UNP A0A7I9EWR8 ASP 13 conflict 13 13 3 7OBQ UNK s 14 ? UNP A0A7I9EWR8 GLU 14 conflict 14 14 3 7OBQ UNK s 15 ? UNP A0A7I9EWR8 LEU 15 conflict 15 15 3 7OBQ UNK s 16 ? UNP A0A7I9EWR8 PHE 16 conflict 16 16 3 7OBQ UNK s 17 ? UNP A0A7I9EWR8 ASP 17 conflict 17 17 3 7OBQ UNK s 18 ? UNP A0A7I9EWR8 THR 18 conflict 18 18 3 7OBQ UNK s 19 ? UNP A0A7I9EWR8 LYS 19 conflict 19 19 3 7OBQ UNK s 20 ? UNP A0A7I9EWR8 LYS 20 conflict 20 20 3 7OBQ UNK s 21 ? UNP A0A7I9EWR8 LYS 21 conflict 21 21 3 7OBQ UNK s 22 ? 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PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7OBQ 'double helix' 7OBQ 'a-form double helix' 7OBQ 'bulge loop' 7OBQ 'mismatched base pair' 7OBQ 'internal loop' 7OBQ 'triple helix' 7OBQ 'three-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A U 69 1_555 A C 231 1_555 0.632 -2.043 0.903 -27.711 9.035 13.539 1 1_U95:C257_1 1 95 ? 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