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EMDB EMD-13363 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details '4x187 trinucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-13363 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7PF0 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Dombrowski, M.' 1 ? 'Cramer, P.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 29 _citation.language ? _citation.page_first 493 _citation.page_last 501 _citation.title 'Histone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-022-00768-w _citation.pdbx_database_id_PubMed 35581345 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Dombrowski, M.' 1 0000-0001-5682-1295 primary 'Engeholm, M.' 2 ? primary 'Dienemann, C.' 3 ? primary 'Dodonova, S.' 4 0000-0002-5002-8138 primary 'Cramer, P.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7PF0 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PF0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15389.036 6 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 6 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 16344.873 6 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-K' 13921.213 6 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H1.4' 21800.326 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (563-MER)' 166313.484 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'DNA (563-MER)' 167910.453 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/m,Histone H3/o' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'H2B K,HIRA-interacting protein 1' 5 'Histone H1b,Histone H1s-4' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; a,e,K,O,A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; b,f,L,P,B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;HHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEI LELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;HHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEI LELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; c,g,M,Q,C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; d,h,N,R,D,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; u,U ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) 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(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT) (DA) ; ;CACTGGCCGCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTAC GCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACACCCTGTCAT GTAAGTATTAAGGTAACCCGTCTCGCGCACTGGCCGCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACA GCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGC ACGTGTCAGATATATACATCCTGTCATGTAAGTATTAAGGTAACCCGTCTCGCGCACTGGCCGCCTGGAGAATCCCGGTG CCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCC AAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTCATGTAAGTA ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) 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(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG) ; ;TACTTACATGACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGG ACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGCG GCCAGTGCGCGAGACGGGTTACCTTAATACTTACATGACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTA ATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGC GGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGCGGCCAGTGCGCGAGACGGGTTACCTTAATACTTACATGACAGGGTGTATATATC TGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGT GCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGCGGCCAGTG ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 ALA n 1 77 GLN n 1 78 ASP n 1 79 PHE n 1 80 LYS n 1 81 THR n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ARG n 1 85 PHE n 1 86 GLN n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 ALA n 1 90 VAL n 1 91 MET n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 SER n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 TYR n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 ALA n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 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AA DG 161 N1 ? ? ? 1_555 BA DC 381 N3 ? ? I DG 171 J DC 578 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog431 hydrog ? ? AA DG 161 N2 ? ? ? 1_555 BA DC 381 O2 ? ? I DG 171 J DC 578 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog432 hydrog ? ? AA DG 161 O6 ? ? ? 1_555 BA DC 381 N4 ? ? I DG 171 J DC 578 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog433 hydrog ? ? AA DA 164 N1 ? ? ? 1_555 BA DT 378 N3 ? ? I DA 174 J DT 575 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog434 hydrog ? ? AA DA 164 N6 ? ? ? 1_555 BA DT 378 O4 ? ? I DA 174 J DT 575 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog435 hydrog ? ? AA DG 165 N2 ? ? ? 1_555 BA DT 378 O2 ? ? I DG 175 J DT 575 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DT MISPAIR' ? ? ? hydrog436 hydrog ? ? AA DA 167 N1 ? ? ? 1_555 BA DA 374 N6 ? ? I DA 177 J DA 571 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DA MISPAIR' ? ? ? hydrog437 hydrog ? ? AA DT 168 N3 ? ? ? 1_555 BA DA 374 N1 ? ? I DT 178 J DA 571 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog438 hydrog ? ? AA DT 168 O4 ? ? ? 1_555 BA DA 374 N6 ? ? I DT 178 J DA 571 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog439 hydrog ? ? AA DT 169 O2 ? ? ? 1_555 AA DA 171 N6 ? ? I DT 179 I DA 181 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog440 hydrog ? ? AA DT 169 N3 ? ? ? 1_555 BA DT 371 O4 ? ? I DT 179 J DT 568 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DT MISPAIR' ? ? ? hydrog441 hydrog ? ? AA DA 171 N1 ? ? ? 1_555 BA DT 371 N3 ? ? I DA 181 J DT 568 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog442 hydrog ? ? AA DA 171 N6 ? ? ? 1_555 BA DT 371 O4 ? ? I DA 181 J DT 568 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog443 hydrog ? ? AA DA 171 N1 ? ? ? 1_555 BA DT 372 N3 ? ? I DA 181 J DT 569 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog444 hydrog ? ? AA DA 171 N6 ? ? ? 1_555 BA DT 372 O4 ? ? I DA 181 J DT 569 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog445 hydrog ? ? AA DG 172 N1 ? ? ? 1_555 BA DC 370 N3 ? ? I DG 182 J DC 567 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog446 hydrog ? ? AA DG 172 N2 ? ? ? 1_555 BA DC 370 O2 ? ? I DG 182 J DC 567 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog447 hydrog ? ? AA DG 172 O6 ? ? ? 1_555 BA DC 370 N4 ? ? I DG 182 J DC 567 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog448 hydrog ? ? AA DG 173 N1 ? ? ? 1_555 BA DC 369 N3 ? ? I DG 183 J DC 566 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog449 hydrog ? ? AA DG 173 N2 ? ? ? 1_555 BA DC 369 O2 ? ? I DG 183 J DC 566 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog450 hydrog ? ? AA DG 173 O6 ? ? ? 1_555 BA DC 369 N4 ? ? I DG 183 J DC 566 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog451 hydrog ? ? AA DA 175 N6 ? ? ? 1_555 BA DA 368 N1 ? ? I DA 185 J DA 565 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DA MISPAIR' ? ? ? hydrog452 hydrog ? ? AA DA 176 N1 ? ? ? 1_555 BA DT 366 N3 ? ? I DA 186 J DT 563 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog453 hydrog ? ? AA DA 176 N6 ? ? ? 1_555 BA DT 366 O4 ? ? I DA 186 J DT 563 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog454 hydrog ? ? AA DC 177 N3 ? ? ? 1_555 BA DG 365 N1 ? ? I DC 187 J DG 562 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog455 hydrog ? ? AA DC 177 N4 ? ? ? 1_555 BA DG 365 O6 ? ? I DC 187 J DG 562 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog456 hydrog ? ? AA DC 177 O2 ? ? ? 1_555 BA DG 365 N2 ? ? I DC 187 J DG 562 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog457 hydrog ? ? AA DC 178 N3 ? ? ? 1_555 BA DG 364 N1 ? ? I DC 188 J DG 561 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog458 hydrog ? ? AA DC 178 N4 ? ? ? 1_555 BA DG 364 O6 ? ? I DC 188 J DG 561 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog459 hydrog ? ? AA DC 178 O2 ? ? ? 1_555 BA DG 364 N2 ? ? I DC 188 J DG 561 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog460 hydrog ? ? AA DG 180 N1 ? ? ? 1_555 BA DC 362 N3 ? ? I DG 190 J DC 559 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog461 hydrog ? ? AA DG 180 N2 ? ? ? 1_555 BA DC 362 O2 ? ? I DG 190 J DC 559 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog462 hydrog ? ? AA DG 180 O6 ? ? ? 1_555 BA DC 362 N4 ? ? I DG 190 J DC 559 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog463 hydrog ? ? AA DC 182 O2 ? ? ? 1_555 BA DG 360 N2 ? ? 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'DG-DG MISPAIR' ? ? ? hydrog472 hydrog ? ? AA DA 189 N3 ? ? ? 1_555 BA DG 354 N2 ? ? I DA 199 J DG 551 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DG MISPAIR' ? ? ? hydrog473 hydrog ? ? AA DT 191 N3 ? ? ? 1_555 BA DA 351 N1 ? ? I DT 201 J DA 548 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog474 hydrog ? ? AA DT 191 O4 ? ? ? 1_555 BA DA 351 N6 ? ? I DT 201 J DA 548 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog475 hydrog ? ? AA DG 192 N1 ? ? ? 1_555 BA DC 350 N3 ? ? I DG 202 J DC 547 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog476 hydrog ? ? AA DG 192 N2 ? ? ? 1_555 BA DC 350 O2 ? ? I DG 202 J DC 547 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog477 hydrog ? ? AA DG 192 O6 ? ? ? 1_555 BA DC 350 N4 ? ? I DG 202 J DC 547 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog478 hydrog ? ? AA DG 193 N1 ? ? ? 1_555 BA DG 348 O6 ? ? I DG 203 J DG 545 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DG-DG MISPAIR' ? ? ? hydrog479 hydrog ? ? AA DG 196 N1 ? ? ? 1_555 BA DC 346 N3 ? ? I DG 206 J DC 543 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog480 hydrog ? ? AA DG 196 N2 ? ? ? 1_555 BA DC 346 O2 ? ? I DG 206 J DC 543 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog481 hydrog ? ? AA DG 196 O6 ? ? ? 1_555 BA DC 346 N4 ? ? I DG 206 J DC 543 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog482 hydrog ? ? AA DC 197 N3 ? ? ? 1_555 BA DG 345 N1 ? ? I DC 207 J DG 542 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog483 hydrog ? ? AA DC 197 N4 ? ? ? 1_555 BA DG 345 O6 ? ? I DC 207 J DG 542 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog484 hydrog ? ? AA DC 197 O2 ? ? ? 1_555 BA DG 345 N2 ? ? I DC 207 J DG 542 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog485 hydrog ? ? AA DC 198 N3 ? ? ? 1_555 BA DG 344 N1 ? ? I DC 208 J DG 541 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog486 hydrog ? ? AA DC 198 N4 ? ? ? 1_555 BA DG 344 O6 ? ? I DC 208 J DG 541 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog487 hydrog ? ? AA DC 198 O2 ? ? ? 1_555 BA DG 344 N2 ? ? I DC 208 J DG 541 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog488 hydrog ? ? AA DT 199 N3 ? ? ? 1_555 BA DA 343 N1 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog497 hydrog ? ? AA DA 202 N6 ? ? ? 1_555 BA DT 340 O4 ? ? I DA 212 J DT 537 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog498 hydrog ? ? AA DG 203 N1 ? ? ? 1_555 BA DC 339 N3 ? ? I DG 213 J DC 536 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog499 hydrog ? ? AA DG 203 N2 ? ? ? 1_555 BA DC 339 O2 ? ? I DG 213 J DC 536 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog500 hydrog ? ? AA DG 203 O6 ? ? ? 1_555 BA DC 339 N4 ? ? I DG 213 J DC 536 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog501 hydrog ? ? AA DA 204 N1 ? ? ? 1_555 BA DT 338 N3 ? ? I DA 214 J DT 535 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog502 hydrog ? ? AA DA 204 N6 ? ? ? 1_555 BA DT 338 O4 ? ? I DA 214 J DT 535 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog503 hydrog ? ? AA DA 205 N1 ? ? ? 1_555 BA DT 337 N3 ? ? I DA 215 J DT 534 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog504 hydrog ? ? AA DA 205 N6 ? ? ? 1_555 BA DT 337 O4 ? ? I DA 215 J DT 534 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog505 hydrog ? ? 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I DA 551 J DT 198 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? 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'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 2 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7PF0 'double helix' 7PF0 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 AA DC 1 1_555 BA DG 541 1_555 0.169 -0.190 0.049 0.122 -5.883 -0.619 1 I_DC11:DG738_J I 11 ? 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