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EMDB EMD-13372 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details '4x197 nucleosome 1' _pdbx_database_related.db_id EMD-13372 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7PFD _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Dombrowski, M.' 1 ? 'Cramer, P.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 29 _citation.language ? _citation.page_first 493 _citation.page_last 501 _citation.title 'Histone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-022-00768-w _citation.pdbx_database_id_PubMed 35581345 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Dombrowski, M.' 1 0000-0001-5682-1295 primary 'Engeholm, M.' 2 ? primary 'Dienemann, C.' 3 ? primary 'Dodonova, S.' 4 0000-0002-5002-8138 primary 'Cramer, P.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7PFD _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PFD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15389.036 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 16344.873 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-K' 13921.213 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (172-MER)' 53297.957 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (172-MER)' 52897.711 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Histone H1.4' 21800.326 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/m,Histone H3/o' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'H2B K,HIRA-interacting protein 1' 7 'Histone H1b,Histone H1s-4' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;HHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEI LELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;HHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEI LELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) ; ;CTTAATACTTACATGACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGC GGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCC AGTATGGCGGCC ; J ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG) ; ;GGCCGCCATACTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTAC GCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTCAT GTAAGTATTAAG ; I ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; U ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 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n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 LYS n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 HIS n 3 2 HIS n 3 3 HIS n 3 4 HIS n 3 5 HIS n 3 6 HIS n 3 7 GLU n 3 8 ASN n 3 9 LEU n 3 10 TYR n 3 11 PHE n 3 12 GLN n 3 13 SER n 3 14 ASN n 3 15 ALA n 3 16 PRO n 3 17 TRP n 3 18 MET n 3 19 SER n 3 20 GLY n 3 21 ARG n 3 22 GLY n 3 23 LYS n 3 24 GLN n 3 25 GLY n 3 26 GLY n 3 27 LYS n 3 28 ALA n 3 29 ARG n 3 30 ALA n 3 31 LYS n 3 32 ALA n 3 33 LYS n 3 34 THR n 3 35 ARG n 3 36 SER n 3 37 SER n 3 38 ARG n 3 39 ALA n 3 40 GLY n 3 41 LEU n 3 42 GLN n 3 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 172 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 172 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 218 Human ? 'H1-4, H1F4, HIST1H1E' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_HUMAN Q71DI3 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1K_HUMAN O60814 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 7PFD 7PFD ? 5 ? 1 6 PDB 7PFD 7PFD ? 6 ? 1 7 UNP H14_HUMAN P10412 ? 7 ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7PFD A 1 ? 136 ? Q71DI3 1 ? 136 ? 0 135 2 2 7PFD B 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 7PFD C 18 ? 147 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 4 4 7PFD D 1 ? 126 ? O60814 1 ? 126 ? 0 125 5 1 7PFD E 1 ? 136 ? Q71DI3 1 ? 136 ? 0 135 6 2 7PFD F 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 7PFD G 18 ? 147 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 8 4 7PFD H 1 ? 126 ? O60814 1 ? 126 ? 0 125 9 5 7PFD J 1 ? 172 ? 7PFD 602 ? 773 ? 602 773 10 6 7PFD I 1 ? 172 ? 7PFD 16 ? 187 ? 16 187 11 7 7PFD U 1 ? 218 ? P10412 2 ? 219 ? 1 218 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7PFD ALA A 111 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 1 3 7PFD HIS C 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -17 2 3 7PFD HIS C 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -16 3 3 7PFD HIS C 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -15 4 3 7PFD HIS C 4 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -14 5 3 7PFD HIS C 5 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -13 6 3 7PFD HIS C 6 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -12 7 3 7PFD GLU C 7 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -11 8 3 7PFD ASN C 8 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -10 9 3 7PFD LEU C 9 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -9 10 3 7PFD TYR C 10 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -8 11 3 7PFD PHE C 11 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -7 12 3 7PFD GLN C 12 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -6 13 3 7PFD SER C 13 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -5 14 3 7PFD ASN C 14 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -4 15 3 7PFD ALA C 15 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 16 3 7PFD PRO C 16 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 17 3 7PFD TRP C 17 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 18 5 7PFD ALA E 111 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 19 7 7PFD HIS G 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -17 20 7 7PFD HIS G 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -16 21 7 7PFD HIS G 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -15 22 7 7PFD HIS G 4 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -14 23 7 7PFD HIS G 5 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -13 24 7 7PFD HIS G 6 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -12 25 7 7PFD GLU G 7 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -11 26 7 7PFD ASN G 8 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -10 27 7 7PFD LEU G 9 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -9 28 7 7PFD TYR G 10 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -8 29 7 7PFD PHE G 11 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -7 30 7 7PFD GLN G 12 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -6 31 7 7PFD SER G 13 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -5 32 7 7PFD ASN G 14 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -4 33 7 7PFD ALA G 15 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 34 7 7PFD PRO G 16 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 35 7 7PFD TRP G 17 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 36 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7PFD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7PFD _struct.title 'Nucleosome 1 of the 4x197 nucleosome array containing H1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7PFD _struct_keywords.text 'Chromatin, Nucleosomes, Linker Histone, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? ASP A 78 ? ARG A 63 ASP A 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 34 ? ALA C 39 ? THR C 16 ALA C 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 44 ? GLY C 55 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 GLY C 64 ? ASN C 91 ? GLY C 46 ASN C 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 97 ? ASN C 107 ? ILE C 79 ASN C 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 108 ? LEU C 115 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 38 ? HIS D 50 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 56 ? ASN D 85 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR D 91 ? LEU D 103 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO D 104 ? SER D 124 ? PRO D 103 SER D 123 1 ? 21 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 64 ? LYS E 80 ? ARG E 63 LYS E 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 121 ? ARG E 132 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 THR G 34 ? GLY G 40 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO G 44 ? LYS G 54 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA G 63 ? ASN G 91 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 AD1 ILE G 97 ? ASN G 107 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP G 108 ? LEU G 115 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P32 AD5 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY H 105 ? SER H 124 ? GLY H 104 SER H 123 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO K 38 ? ALA K 49 ? PRO U 38 ALA U 49 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 SER K 57 ? GLY K 69 ? SER U 57 GLY U 69 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN K 75 ? GLY K 90 ? ASN U 75 GLY U 90 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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K ALA 215 397 1 Y 1 U LYS 216 ? K LYS 216 398 1 Y 1 U LYS 217 ? K LYS 217 399 1 Y 1 U LYS 218 ? K LYS 218 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 2 1 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? ? ? 3 2 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 2 1 562 'Escherichia coli' ? ? ? 3 2 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7PFD 'double helix' 7PFD 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 1 1_555 J DG 172 1_555 0.209 -0.214 -0.177 6.900 -14.943 -0.729 1 J_DC602:DG187_I J 602 ? 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