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(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC) ; ;CCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC ; J ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMHDSNLQNNSDSESDSDSETNHKSKDNNNGDDDDEDDDEIVMPVP NVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRG RSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR ; ;MVTSNVVLVSGEGERFTVDKKIAERSLLLKNYLNDMHDSNLQNNSDSESDSDSETNHKSKDNNNGDDDDEDDDEIVMPVP NVRSSVLQKVIEWAEHHRDSNFPDEDDDDSRKSAPVDSWDREFLKVDQEMLYEIILAANYLNIKPLLDAGCKVVAEMIRG RSPEEIRRTFNIVNDFTPEEEAAIRRENEWAEDR ; K ? 16 'polypeptide(L)' no no ;GAGMSSPGNSGVAIDSTVLKAIELGTRLFKSGEYLQAKRIFTNALRVCDSYSQEQIMRIRNAYQLDTARPDNKRLYHPRY IKILDNICACYEKLNDLKSCLDVSQRLLKLEPGNIKCYIRCTRTLIKLKDWKRAYKTCSRGLQLCNNDSNHLRQQKQFIK 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'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 16 1 sample 'Biological sequence' 1 735 ;Baker's yeast ; ? 'DIA2, YOR080W, YOR29-31' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 17 1 sample 'Biological sequence' 1 2222 ;Baker's yeast ; ? 'POL2, DUN2, YNL262W, N0825' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 18 1 sample 'Biological sequence' 1 689 ;Baker's yeast ; ? 'DPB2, YPR175W, P9705.7' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 19 1 sample 'Biological sequence' 1 1238 ;Baker's yeast ; ? 'TOF1, YNL273W, N0636' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? 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'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 13 1 sample 1 115 'Synthetic construct' ? 32630 ? 14 1 sample 1 122 'Synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A6A5Q1S9_YEASX A0A6A5Q1S9 ? 1 ;MSDNRRRRREEDDSDSENELPPSSPQQHFRGGMNPVSSPIGSPDMINPEGDDNEVDDVPDIDEVEEQMNEVDLMDDNMYE DYAADHNRDRYDPDQVDDREQQELSLSERRRIDAQLNERDRLLRNVAYIDDEDEEQEGAAQLDEMGLPVQRRRRRRQYED LENSDDDLLSDMDIDPLREELTLESLSNVKANSYSEWITQPNVSRTIARELKSFLLEYTDETGRSVYGARIRTLGEMNSE SLEVNYRHLAESKAILALFLAKCPEEMLKIFDLVAMEATELHYPDYARIHSEIHVRISDFPTIYSLRELRESNLSSLVRV TGVVTRRTGVFPQLKYVKFNCLKCGSILGPFFQDSNEEIRISFCTNCKSKGPFRVNGEKTVYRNYQRVTLQEAPGTVPPG RLPRHREVILLADLVDVSKPGEEVEVTGIYKNNYDGNLNAKNGFPVFATIIEANSIKRREGNTANEGEEGLDVFSWTEEE EREFRKISRDRGIIDKIISSMAPSIYGHRDIKTAVACSLFGGVPKNVNGKHSIRGDINVLLLGDPGTAKSQILKYVEKTA HRAVFATGQGASAVGLTASVRKDPITKEWTLEGGALVLADKGVCLIDEFDKMNDQDRTSIHEAMEQQSISISKAGIVTTL QARCSIIAAANPNGGRYNSTLPLAQNVSLTEPILSRFDILCVVRDLVDEEADERLATFVVDSHVRSHPENDEDREGEELK NNGESAIEQGEDEINEQLNARQRRLQRQRKKEEEISPIPQELLMKYIHYARTKIYPKLHQMDMDKVSRVYADLRRESIST GSFPITVRHLESILRIAESFAKMRLSEFVSSYDLDRAIKVVVDSFVDAQKVSVRRQLRRSFAIYTLGH ; 1 2 UNP MCM3_YEAST P24279 ? 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PRO 255 L 1 -13.07 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 10 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 8 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 8 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 9 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 8 ? AE3 ? 5 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 7 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 3 ? AF4 ? 5 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 4 ? AF9 ? 4 ? AG1 ? 3 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 4 ? AG4 ? 4 ? AG5 ? 4 ? AG6 ? 4 ? AG7 ? 3 ? AG8 ? 4 ? AG9 ? 4 ? AH1 ? 4 ? AH2 ? 4 ? AH3 ? 4 ? AH4 ? 3 ? AH5 ? 3 ? AH6 ? 15 ? AH7 ? 2 ? AH8 ? 4 ? AH9 ? 4 ? AI1 ? 7 ? AI2 ? 8 ? AI3 ? 2 ? AI4 ? 2 ? AI5 ? 6 ? AI6 ? 2 ? AI7 ? 7 ? AI8 ? 7 ? AI9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 6 ? anti-parallel AA8 2 8 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 3 5 ? anti-parallel AA8 3 6 ? anti-parallel AA8 4 10 ? anti-parallel AA8 6 7 ? anti-parallel AA8 7 9 ? parallel AA8 8 9 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB6 1 5 ? anti-parallel AB6 1 7 ? anti-parallel AB6 2 3 ? 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IA 23 ZN 1 2302 2302 ZN ZN Q . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 22-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 22 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2021-11-10 2 'Structure model' 2 0 2021-11-17 3 'Structure model' 2 1 2022-01-05 4 'Structure model' 2 2 2022-01-26 5 'Structure model' 2 3 2022-02-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Atomic model' 2 2 'Structure model' 'Data collection' 3 2 'Structure model' 'Derived calculations' 4 2 'Structure model' Other 5 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 6 3 'Structure model' 'Database references' 7 4 'Structure model' 'Source and taxonomy' 8 5 'Structure model' 'Source and taxonomy' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' atom_site 2 2 'Structure model' database_PDB_rev 3 2 'Structure model' database_PDB_rev_record 4 2 'Structure model' em_admin 5 2 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair 6 2 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair_step 7 2 'Structure model' pdbx_data_processing_status 8 2 'Structure model' pdbx_database_proc 9 2 'Structure model' pdbx_database_status 10 2 'Structure model' pdbx_entity_src_syn 11 2 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 12 2 'Structure model' pdbx_seq_map_depositor_info 13 2 'Structure model' pdbx_struct_sheet_hbond 14 2 'Structure model' struct_conf 15 2 'Structure model' struct_conf_type 16 2 'Structure model' struct_conn 17 2 'Structure model' struct_conn_type 18 2 'Structure model' struct_sheet 19 2 'Structure model' struct_sheet_order 20 2 'Structure model' struct_sheet_range 21 3 'Structure model' citation 22 3 'Structure model' citation_author 23 4 'Structure model' entity_src_gen 24 5 'Structure model' pdbx_entity_src_syn # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 2 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' 3 2 'Structure model' '_pdbx_database_status.pdb_format_compatible' 4 2 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id' 5 2 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.organism_scientific' 6 2 'Structure model' '_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num' 7 2 'Structure model' '_pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod' 8 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 9 3 'Structure model' '_citation.page_first' 10 3 'Structure model' '_citation.page_last' 11 3 'Structure model' '_citation.title' 12 3 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 4 'Structure model' '_entity_src_gen.gene_src_strain' 14 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id' 15 4 'Structure model' '_entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name' 16 5 'Structure model' '_pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id' # _pdbx_entry_details.entry_id 7PMK _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y # _em_3d_fitting.entry_id 7PMK _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7PMK _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;Composite map produced from individual cryo-EM density maps (resolutions 3.2 - 4.0 A) using Phenix combine_focused_maps. See publication for details. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 369254 _em_3d_reconstruction.resolution 3.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.6 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 'Complex reconstituted in vitro from purified proteins and DNA' 'Budding yeast replisome on double-stranded DNA engaged with SCF(Dia2) (conformation I)' RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20 ? ? 2 1 ? DNA RECOMBINANT COMPLEX '13, 14' ? ? 3 1 ? Replisome RECOMBINANT COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 17, 18, 19, 20' ? ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7PMK _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 2200 _em_imaging.nominal_defocus_min 400 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '15 mA' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details 'Manual plunger' _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 7PMK _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7PMK _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _pdbx_validate_rmsd_bond.id 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 "C1'" _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 J _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 DC _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 104 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 N1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 J _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 DC _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 104 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value 1.579 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value 1.488 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation 0.091 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation 0.013 _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 OP1 I DG 1 ? ? 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