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_struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7QPD B 1 ? 99 ? P61769 21 ? 119 ? 1 99 2 2 7QPD T 1 ? 428 ? O15533 21 ? 448 ? 1 428 3 3 7QPD E 1 ? 481 ? P30101 25 ? 505 ? 1 481 4 4 7QPD M 1 ? 341 ? P04439 25 ? 365 ? 1 341 5 5 7QPD C 1 ? 400 ? P27797 18 ? 417 ? 1 400 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLC 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-glucopyranose 'alpha-D-glucose; D-glucose; glucose' 'C6 H12 O6' 180.156 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7QPD _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7QPD _struct.title 'Structure of the human MHC I peptide-loading complex editing module' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7QPD _struct_keywords.text 'antigen processing, peptide proofreading, chaperones, MHC I, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP B 41 ? LEU B 44 ? ASP T 41 LEU T 44 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY B 53 ? ARG B 61 ? GLY T 53 ARG T 61 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 ALA B 83 ? THR B 90 ? ALA T 83 THR T 90 5 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA B 98 ? ASP B 100 ? ALA T 98 ASP T 100 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN B 242 ? GLU B 246 ? GLN T 242 GLU T 246 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR C 7 ? ASP C 9 ? 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ASN E 361 VAL E 366 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 CYS C 382 ? LEU C 399 ? CYS E 382 LEU E 399 1 ? 18 HELX_P HELX_P22 AC4 SER C 400 ? ASP C 402 ? SER E 400 ASP E 402 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 GLU C 448 ? GLU C 459 ? GLU E 448 GLU E 459 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 ALA D 49 ? GLN D 54 ? ALA M 49 GLN M 54 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY D 56 ? ASN D 86 ? GLY M 56 ASN M 86 1 ? 31 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP D 137 ? HIS D 151 ? ASP M 137 HIS M 151 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU D 152 ? GLY D 162 ? GLU M 152 GLY M 162 1 ? 11 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY D 162 ? GLY D 175 ? GLY M 162 GLY M 175 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY E 15 ? TRP E 20 ? GLY C 15 TRP C 20 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP E 237 ? GLY E 242 ? ASP C 237 GLY C 242 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP E 285 ? TYR E 289 ? ASP C 285 TYR C 289 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP E 318 ? GLU E 369 ? ASP C 318 GLU C 369 1 ? 52 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 25 SG ? ? ? 1_555 A CYS 80 SG ? ? B CYS 25 B CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 7 SG ? ? ? 1_555 B CYS 71 SG ? ? T CYS 7 T CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 95 SG ? ? ? 1_555 C CYS 33 SG ? ? T CYS 95 E CYS 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 295 SG ? ? ? 1_555 B CYS 362 SG ? ? T CYS 295 T CYS 362 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 61 SG ? ? ? 1_555 C CYS 68 SG ? ? E CYS 61 E CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 382 SG ? ? ? 1_555 C CYS 385 SG ? ? E CYS 382 E CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf7 disulf ? ? D CYS 101 SG ? ? ? 1_555 D CYS 164 SG ? ? M CYS 101 M CYS 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf8 disulf ? ? D CYS 203 SG ? ? ? 1_555 D CYS 259 SG ? ? M CYS 203 M CYS 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf9 disulf ? ? E CYS 88 SG ? ? ? 1_555 E CYS 120 SG ? ? C CYS 88 C CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? covale1 covale one ? B ASN 233 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? T ASN 233 A NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? D ASN 86 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? M ASN 86 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale3 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A NAG 1 A NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale4 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? A NAG 2 A BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale5 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale6 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale7 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? D BMA 3 D MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale8 covale both ? G MAN . O2 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? D MAN 4 D MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale9 covale both ? G MAN . O2 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? D MAN 5 D MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale10 covale both ? G MAN . O3 ? ? ? 1_555 G GLC . C1 ? ? D MAN 6 D GLC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 HIS 31 A . ? HIS 31 B PRO 32 A ? PRO 32 B 1 -2.95 2 TYR 301 B . ? TYR 301 T PRO 302 B ? PRO 302 T 1 2.19 3 TYR 76 C . ? 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4 7 DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 7 ;WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1_f3-g1 ; WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 7 ;[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 4 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 5 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 6 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 7 7 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 8 7 7 GLC C1 O1 6 MAN O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n 7 GLC 7 n # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 BMA ? ? BMA ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 GLC ? ? GLC ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 MAN ? ? MAN ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 4 NAG ? ? NAG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #