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P14713 1 ? 1172 ? 1 1172 2 1 7RZW B 1 ? 1172 ? P14713 1 ? 1172 ? 1 1172 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 O6E non-polymer . ;3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid ; ? 'C33 H38 N4 O6' 586.678 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7RZW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7RZW _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 13880 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.037 ? 18763 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 23.379 ? 5193 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.056 ? 2101 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 2407 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7RZW _struct.title 'CryoEM structure of Arabidopsis thaliana phytochrome B' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7RZW _struct_keywords.text 'phytochrome, asymmetric dimer, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? 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GLY A 269 ? ASP A 252 GLY A 269 1 ? 18 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO A 309 ? ARG A 320 ? PRO A 309 ARG A 320 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 HIS A 355 ? GLY A 366 ? HIS A 355 GLY A 366 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 PRO A 411 ? LEU A 456 ? PRO A 411 LEU A 456 1 ? 46 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO A 460 ? GLN A 466 ? PRO A 460 GLN A 466 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 495 ? ASN A 509 ? SER A 495 ASN A 509 1 ? 15 HELX_P HELX_P12 AB3 SER A 520 ? GLY A 525 ? SER A 520 GLY A 525 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY A 528 ? GLY A 533 ? GLY A 528 GLY A 533 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 534 ? CYS A 537 ? ASP A 534 CYS A 537 5 ? 4 HELX_P HELX_P15 AB6 GLU A 600 ? SER A 621 ? GLU A 600 SER A 621 1 ? 22 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN A 814 ? GLY A 822 ? ASN A 814 GLY A 822 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 SER A 824 ? ILE A 829 ? SER A 824 ILE A 829 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY A 835 ? SER A 840 ? GLY A 835 SER A 840 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP A 848 ? GLY A 863 ? ASP A 848 GLY A 863 1 ? 16 HELX_P HELX_P20 AC2 SER A 908 ? ARG A 920 ? SER A 908 ARG A 920 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS A 928 ? ILE A 939 ? LYS A 928 ILE A 939 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 ILE A 939 ? GLU A 954 ? ILE A 939 GLU A 954 1 ? 16 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN A 959 ? MET A 983 ? ASN A 959 MET A 983 1 ? 25 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU A 1002 ? ASN A 1007 ? LEU A 1002 ASN A 1007 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA A 1013 ? ARG A 1020 ? ALA A 1013 ARG A 1020 1 ? 8 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP A 1040 ? TYR A 1058 ? ASP A 1040 TYR A 1058 1 ? 19 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO A 1097 ? PHE A 1105 ? PRO A 1097 PHE A 1105 1 ? 9 HELX_P HELX_P28 AD1 SER A 1112 ? MET A 1128 ? SER A 1112 MET A 1128 1 ? 17 HELX_P HELX_P29 AD2 TYR B 104 ? ARG B 110 ? TYR B 104 ARG B 110 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN B 136 ? LEU B 141 ? ASN B 136 LEU B 141 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP B 162 ? LEU B 166 ? ASP B 162 LEU B 166 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 THR B 168 ? ALA B 181 ? THR B 168 ALA B 181 1 ? 14 HELX_P HELX_P33 AD6 GLU B 183 ? ASN B 188 ? GLU B 183 ASN B 188 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY B 230 ? 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SER B 908 LEU B 953 1 ? 46 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN B 959 ? VAL B 980 ? ASN B 959 VAL B 980 1 ? 22 HELX_P HELX_P50 AF5 PHE B 1001 ? GLY B 1021 ? PHE B 1001 GLY B 1021 1 ? 21 HELX_P HELX_P51 AF6 ASP B 1040 ? TYR B 1058 ? ASP B 1040 TYR B 1058 1 ? 19 HELX_P HELX_P52 AF7 PRO B 1097 ? SER B 1107 ? PRO B 1097 SER B 1107 1 ? 11 HELX_P HELX_P53 AF8 SER B 1112 ? MET B 1128 ? 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A CYS 357 SG ? ? ? 1_555 C O6E . CAC ? ? A CYS 357 A O6E 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.797 ? ? covale2 covale none ? B CYS 357 SG ? ? ? 1_555 D O6E . CAC ? ? B CYS 357 B O6E 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.797 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 188 A . ? ASN 188 A PRO 189 A ? PRO 189 A 1 -5.71 2 ASN 188 B . ? ASN 188 B PRO 189 B ? PRO 189 B 1 0.50 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 7 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 3 ? 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