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EMDB EMD-25178 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Sub-tomogram averaged structure of HIV-1 Envelope protein in native membrane' EMD-25178 'associated EM volume' EMDB 'STA structure of asymmetric HIV Env in membrane' EMD-25186 'other EM volume' EMDB 'STA structure of Env from immature particles' EMD-25809 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7SKA _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-10-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Mangala Prasad, V.' 1 0000-0002-4215-5700 'Lee, K.K.' 2 0000-0001-5577-9873 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Cell _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1097-4172 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 185 _citation.language ? _citation.page_first 641 _citation.page_last 653.e17 _citation.title 'Cryo-ET of Env on intact HIV virions reveals structural variation and positioning on the Gag lattice.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2022.01.013 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35123651 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Mangala Prasad, V.' 1 ? primary 'Leaman, D.P.' 2 ? primary 'Lovendahl, K.N.' 3 ? primary 'Croft, J.T.' 4 ? primary 'Benhaim, M.A.' 5 ? primary 'Hodge, E.A.' 6 ? primary 'Zwick, M.B.' 7 ? primary 'Lee, K.K.' 8 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7SKA _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7SKA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein gp120' 52170.992 3 ? ? 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 465 ? ? env ? ? ? ? ? ? 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'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q6TAN8_9HIV1 Q6TAN8 ? 1 ;KLWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVLENVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLW DQSLKPCVKLTPLCVTLNCTDLRNVTNINNSSEGMRGEIKNCSFNITTSIRDKVKKDYALFYRLDVVPIDNDNTSYRLIN CNTSTITQACPKVSFEPIPIHYCTPAGFAILKCKDKKFNGTGPCKNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEVVIRSS NFTDNAKNIIVQLKESVEINCTRPNNNTRKSIHIGPGRAFYTTGEIIGDIRQAHCNISRTKWNNTLNQIATKLKEQFGNN KTIVFNQSSGGDPEIVMHSFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWNFNGTWNLTQSNGTEGNDTITLPCRIKQIINMWQEVGKAMY APPIRGQIRCSSNITGLILTRDGGTNSSGSEIFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTK ; 33 2 UNP Q6TAN8_9HIV1 Q6TAN8 ? 2 ;GFLGAAGSTMGAASITLTVQARLLLSGIVQQQNNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSG KLICTTAVPWNASWSNKSLEQIWNHTTWMEWDREINNYTSLIHSLIEESQNQQEKNEQELLELD ; 519 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7SKA A 1 ? 465 ? 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'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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E CYS 295 SG ? ? ? 1_555 E CYS 383 SG ? ? Y CYS 330 Y CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 342 SG ? ? ? 1_555 E CYS 410 SG ? ? Y CYS 377 Y CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf30 disulf ? ? F CYS 78 SG ? ? ? 1_555 F CYS 84 SG ? ? Z CYS 598 Z CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? covale1 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? ? covale2 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale3 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale4 covale both ? G MAN . O2 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F MAN 4 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale5 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale6 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale7 covale both ? H BMA . O6 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale8 covale both ? H MAN . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? H MAN 4 H MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale9 covale both ? H MAN . O2 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? H MAN 5 H MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale10 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? C NAG 1 C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale11 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale12 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale13 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale14 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale15 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale16 covale both ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale17 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? ? covale18 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale19 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale20 covale both ? N MAN . O2 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? J MAN 4 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale21 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale22 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.418 ? ? covale23 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale24 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale25 covale both ? P BMA . O3 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale26 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale27 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale28 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale29 covale one ? R NAG . O6 ? ? ? 1_555 R FUC . C2 ? ? P NAG 1 P FUC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.155 ? ? covale30 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale31 covale both ? R BMA . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? P BMA 3 P MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale32 covale both ? R MAN . O2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? P MAN 4 P NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale33 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale34 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? Q NAG 2 Q BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale35 covale both ? S BMA . O3 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? Q BMA 3 Q MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale36 covale both ? S MAN . O2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? Q MAN 4 Q NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale37 covale both ? S MAN . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? Q MAN 4 Q NAG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale38 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S GAL . C1 ? ? Q NAG 5 Q GAL 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? ? covale39 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S GAL . C1 ? ? Q NAG 7 Q GAL 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale40 covale both ? T MAN . O2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? R MAN 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? ? covale41 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale42 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale43 covale both ? U BMA . O6 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? S BMA 3 S MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale44 covale both ? U BMA . O3 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? S BMA 3 S MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale45 covale both ? U MAN . O3 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? S MAN 4 S MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale46 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? ? covale47 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? T NAG 2 T BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? ? covale48 covale both ? V BMA . O3 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? T BMA 3 T MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale49 covale both ? V MAN . O2 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? T MAN 4 T MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale50 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale51 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W BMA . C1 ? ? d NAG 2 d BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale52 covale both ? W BMA . O6 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale53 covale both ? W MAN . O3 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? d MAN 4 d MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale54 covale both ? W MAN . O2 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? d MAN 5 d MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale55 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale56 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale57 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale58 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale59 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? ? covale60 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale61 covale both ? BA BMA . O3 ? ? ? 1_555 BA MAN . 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JA 11 MAN 6 i MAN 6 X MAN 6 n KA 3 NAG 1 j NAG 1 f NAG 1 n KA 3 NAG 2 j NAG 2 f NAG 2 n KA 3 BMA 3 j BMA 3 f BMA 3 n KA 3 MAN 4 j MAN 4 f MAN 4 n KA 3 MAN 5 j MAN 5 f MAN 5 n LA 4 NAG 1 k NAG 1 h NAG 1 n LA 4 NAG 2 k NAG 2 h NAG 2 n LA 4 BMA 3 k BMA 3 h BMA 3 n LA 4 MAN 4 k MAN 4 h MAN 7 n LA 4 MAN 5 k MAN 5 h MAN 8 n LA 4 MAN 6 k MAN 6 h MAN 9 n MA 5 NAG 1 l NAG 1 Y NAG 1140 n MA 5 NAG 2 l NAG 2 Y NAG 1141 n NA 11 NAG 1 m NAG 1 y NAG 1 n NA 11 NAG 2 m NAG 2 y NAG 2 n NA 11 BMA 3 m BMA 3 y BMA 3 n NA 11 MAN 4 m MAN 4 y MAN 4 n NA 11 MAN 5 m MAN 5 y MAN 5 n NA 11 MAN 6 m MAN 6 Y MAN 6 n OA 5 NAG 1 o NAG 1 c NAG 1160 n OA 5 NAG 2 o NAG 2 c NAG 1161 n PA 5 NAG 1 p NAG 1 c NAG 1166 n PA 5 NAG 2 p NAG 2 c NAG 1167 n QA 5 NAG 1 q NAG 1 c NAG 1169 n QA 5 NAG 2 q NAG 2 c NAG 1170 n RA 6 NAG 1 r NAG 1 e NAG 1 n RA 6 NAG 2 r NAG 2 e NAG 2 n RA 6 BMA 3 r BMA 3 e BMA 3 n RA 6 MAN 4 r MAN 4 e MAN 4 n SA 3 NAG 1 s NAG 1 g NAG 1448 n SA 3 NAG 2 s NAG 2 g NAG 1449 n SA 3 BMA 3 s BMA 3 g BMA 1450 n SA 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