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P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 2 2 7SP1 P 1 ? 10 ? 7SP1 9 ? 18 ? 9 18 3 2 7SP1 Q 1 ? 10 ? 7SP1 8 ? 17 ? 8 17 4 1 7SP1 B 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 5 1 7SP1 C 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 6 1 7SP1 D 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 7 1 7SP1 E 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 8 1 7SP1 F 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 9 1 7SP1 G 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 10 1 7SP1 H 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 11 1 7SP1 I 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 12 1 7SP1 J 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 13 1 7SP1 K 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 14 1 7SP1 L 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 15 1 7SP1 M 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 16 1 7SP1 N 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 17 1 7SP1 O 1 ? 441 ? P10636-8 1 ? 441 ? 1 441 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7SP1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 81.53 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7SP1 _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0061 ? 4455 ? f_bond_d ? ? 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A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ? ? 0.000515446304768 ? ? 3 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_5 ? ? 0.000518408708794 ? ? 4 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_6 ? ? 0.000513707580399 ? ? 5 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_7 ? ? 0.000524651312309 ? ? 6 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_8 ? ? 0.000520474891744 ? ? 7 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_9 ? ? 0.000525193040702 ? ? 8 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_10 ? ? 0.000534666894097 ? ? 9 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_11 ? ? 0.000526988173319 ? ? 10 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_12 ? ? 0.000526024160999 ? ? 11 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_13 ? ? 0.000526528491295 ? ? 12 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_14 ? ? 0.00051209831371 ? ? 13 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_15 ? ? 0.00050847417137 ? ? 14 'NCS constraints' ? A ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ? ? 0.000708023862832 ? ? 15 'NCS constraints' ? B ? ? ? ens_2 # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given 0.999589383913 -0.0286528163805 0.000282281034092 0.0286529135005 0.999589361022 -0.000346236317938 -0.000272244472855 0.000354182321788 0.999999900219 1.9495555912 -1.8904736999 -4.79734250822 ? 2 given -0.999897158661 0.0143412722233 -0.00000350432557 -0.0143412722792 -0.999897158531 0.00001648664992 -0.00000326752565 0.00001653521089 0.999999999858 134.700340807 136.644507452 -2.39585603619 ? 3 given 0.998362114562 0.0572106239745 -0.000180862745246 -0.0572105832629 0.99836210842 0.000222785077385 0.000193312184968 -0.000212072917805 0.999999958828 -3.75363789108 3.97784043373 9.58291756934 ? 4 given -0.997427767395 0.07167868764 0.000120699668001 -0.0716787094868 -0.997427755484 -0.000187609094468 0.000106941625261 -0.000195778116676 0.999999975117 130.632589441 140.379449969 -11.9709337499 ? 5 given 0.998358212641 -0.0572782507356 0.000285034017211 0.057278344807 0.998358192196 -0.00033360234472 -0.000265457887391 0.000349380917327 0.999999903733 3.97438637943 -3.74975957579 -9.58750014923 ? 6 given 0.996305583497 -0.085878849282 0.00008682566393 0.0858788511142 0.996305586967 -0.00001759236787 -0.00008499408176 0.00002498386260 0.999999996076 6.07002290315 -5.57394079111 -14.3684029494 ? 7 given -0.999897369839 -0.0143265413375 -0.00000158917949 0.0143265413389 -0.99989736984 -0.00000082097708 -0.00000157725463 -0.00000084366027 0.999999999998 136.644673073 134.701290547 2.39516937183 ? 8 given -0.994969278424 0.100180267194 0.000221491011067 -0.100180332403 -0.994969249445 -0.00030603708977 0.000189717867616 -0.000326686545492 0.999999928642 128.525142644 142.157644961 -16.7577310253 ? 9 given 0.999591733909 0.0285719968861 -0.00008058983631 -0.0285719830925 0.999591723533 0.000167408611847 0.00008534013171 -0.000165037653146 0.99999998274 -1.90251426059 1.95628124479 4.7964646716 ? 10 given -0.999080129089 -0.0428822712026 0.00008047920997 0.04288225698 -0.999080118335 -0.00017083184971 0.00008773083633 -0.000167223576297 0.99999998217 138.519109812 132.718580587 7.19138804332 ? 11 given -0.999111868911 0.0421296001563 0.000755110822012 -0.042131596499 -0.999107981448 -0.00285831810575 0.000634017450235 -0.00288759356904 0.999995629903 132.715073878 138.723839402 -6.98156113197 ? 12 given -0.997434061496 -0.0715910738658 0.000105408774494 0.0715910682035 -0.997434065869 -0.00005655005653 0.000109186781796 -0.00004885862580 0.999999992846 140.354350545 130.653815116 11.9736231347 ? 13 given 0.996311503815 0.0858097769591 -0.000263711332551 -0.0858097076555 0.996311509769 0.000263768990788 0.000285372594145 -0.00024016708752 0.999999930441 -5.54819360703 6.05378549729 14.3702828557 ? 14 given -0.994960359294 -0.100260487181 0.00131077962765 0.1002573745 -0.994958976564 -0.00225694766397 0.00153045462916 -0.00211415813464 0.999996594016 142.03812082 128.701127341 16.8087849354 ? 15 given -0.99827818755 -0.0580825383022 -0.00819017744477 0.0580290865334 -0.998292945027 0.00661974505224 -0.00856068795718 0.00613307857712 0.999944548447 141.279248981 132.141949544 -2.36154230261 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "A" ; ens_1 d_2 ;chain "B" ; ens_1 d_3 ;chain "C" ; ens_1 d_4 ;chain "D" ; ens_1 d_5 ;chain "E" ; ens_1 d_6 ;chain "F" ; ens_1 d_7 ;chain "G" ; ens_1 d_8 ;chain "H" ; ens_1 d_9 ;chain "I" ; ens_1 d_10 ;chain "J" ; ens_1 d_11 ;chain "K" ; ens_1 d_12 ;chain "L" ; ens_1 d_13 ;chain "M" ; ens_1 d_14 ;chain "N" ; ens_1 d_15 ;chain "O" ; ens_2 d_1 ;chain "P" ; ens_2 d_2 ;chain "Q" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 . A GLU 1 . A ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_2 1 . D GLU 1 . D ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_3 1 . E GLU 1 . E ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_4 1 . F GLU 1 . F ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_5 1 . G GLU 1 . G ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_6 1 . H GLU 1 . H ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_7 1 . I GLU 1 . I ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_8 1 . J GLU 1 . J ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_9 1 . K GLU 1 . K ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_10 1 . L GLU 1 . L ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_11 1 . M GLU 1 . M ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_12 1 . N GLU 1 . N ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_13 1 . O GLU 1 . O ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_14 1 . P GLU 1 . P ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_15 1 . Q GLU 1 . Q ALA 36 ? ? ? ? ? ? ens_2 d_1 1 . B A . . B A . ? ? ? ? ? ? ens_2 d_2 1 . C A . . C A . ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details ens_1 ? ens_2 ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_1 d_4 d_1 3 ens_1 d_5 d_1 4 ens_1 d_6 d_1 5 ens_1 d_7 d_1 6 ens_1 d_8 d_1 7 ens_1 d_9 d_1 8 ens_1 d_10 d_1 9 ens_1 d_11 d_1 10 ens_1 d_12 d_1 11 ens_1 d_13 d_1 12 ens_1 d_14 d_1 13 ens_1 d_15 d_1 14 ens_2 d_2 d_1 15 # _struct.entry_id 7SP1 _struct.title 'RNA-induced tau amyloid fibril' _struct.pdbx_structure_determination_methodology ? _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7SP1 _struct_keywords.text 'amyloid fibril, complex, PROTEIN FIBRIL-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN FIBRIL/RNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 1 ? N N N 1 ? O N N 1 ? P N N 1 ? Q N N 1 ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 8 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 7 ? AA8 ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA1 6 7 ? parallel AA1 7 8 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? parallel AA2 6 7 ? parallel AA2 7 8 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA3 5 6 ? parallel AA3 6 7 ? parallel AA3 7 8 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? parallel AA4 4 5 ? parallel AA4 5 6 ? parallel AA4 6 7 ? parallel AA4 7 8 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? parallel AA5 6 7 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA6 5 6 ? parallel AA6 6 7 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA7 5 6 ? parallel AA7 6 7 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA8 5 6 ? parallel AA8 6 7 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE K 392 ? 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