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The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin ; EMD-25581 'associated EM volume' PDB 'coordinates of CD4-adnectin fitted in this map' 7T0R unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7T0O _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-11-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Concha, N.O.' 1 ? 'William, S.P.' 2 0000-0001-8311-2638 'Wenzel, D.L.' 3 0000-0001-7680-3895 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev J.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM JMOBAK _citation.journal_id_CSD 0070 _citation.journal_id_ISSN 1089-8638 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 434 _citation.language ? _citation.page_first 167395 _citation.page_last 167395 _citation.title 'Novel Bent Conformation of CD4 Induced by HIV-1 Inhibitor Indirectly Prevents Productive Viral Attachment.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.jmb.2021.167395 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34896364 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wensel, D.' 1 ? primary 'Williams, S.' 2 ? primary 'Dixon, D.P.' 3 ? primary 'Ward, P.' 4 ? primary 'McCormick, P.' 5 ? primary 'Concha, N.' 6 ? primary 'Stewart, E.' 7 ? primary 'Hong, X.' 8 ? primary 'Mazzucco, C.' 9 ? primary 'Pal, S.' 10 ? primary 'Ding, B.' 11 ? primary 'Fellinger, C.' 12 ? primary 'Krystal, M.' 13 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7T0O _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7T0O _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'BG505 SOSIP.664 gp140' 72830.398 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'BG505 SOSIP.664 gp140' 3337.105 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'BG505 SOSIP.664 gp140' 3252.000 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'T-cell surface glycoprotein CD4' 41385.449 3 ? ? ? ? 5 polymer man Adnectin 11959.172 3 ? ? ? ;The native 10th fibronectin type III (10Fn3) domain from human fibronectin was used as the template for construction of novel libraries of Adnectin variants (Wenzel, D., et al. (2017) Antimicrobial Agents and Chemotherapy, Vol 61(8), e00508-17, pp 1-19) ; 6 polymer man 'BG505 SOSIP.664 gp140' 2996.685 3 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 4 _entity_name_com.name 'T-cell surface antigen T4/Leu-3' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLNCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRR 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(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX F,J ? 4 'polypeptide(L)' no no ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKASSIVYKKEGEQVEFSFPLAFTVEKLTGSGELWWQAERASSSKSWITFDLKNKEVSVKR VTQDPKLQMGKKLPLHLTLPQALPQYAGSGNLTLALEAKTGKLHQEVNLVVMRATQLQKNLTCEVWGPTSPKLMLSLKLE NKEAKVSKREKAVWVLNPEAGMWQCLLSDSGQVLLESNIKVLPTHHHHHH ; ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKASSIVYKKEGEQVEFSFPLAFTVEKLTGSGELWWQAERASSSKSWITFDLKNKEVSVKR VTQDPKLQMGKKLPLHLTLPQALPQYAGSGNLTLALEAKTGKLHQEVNLVVMRATQLQKNLTCEVWGPTSPKLMLSLKLE NKEAKVSKREKAVWVLNPEAGMWQCLLSDSGQVLLESNIKVLPTHHHHHH ; H,L,M ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GVSDVPRDLEVVAATPTSLLISWDAPAVTVHSYHIQYWPLGSYQRYQVFSVPGSKSTATISGLKPGVEYQIRVYAETGGA DSDQSMGWIQIGYRTEGDKPSQHHHHHH ; ;GVSDVPRDLEVVAATPTSLLISWDAPAVTVHSYHIQYWPLGSYQRYQVFSVPGSKSTATISGLKPGVEYQIRVYAETGGA DSDQSMGWIQIGYRTEGDKPSQHHHHHH ; O,P,Q ? 6 'polypeptide(L)' no no ;(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) ; XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX K,N,R ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 GLU n 1 3 ASN n 1 4 LEU n 1 5 TRP n 1 6 VAL n 1 7 THR n 1 8 VAL n 1 9 TYR n 1 10 TYR n 1 11 GLY n 1 12 VAL n 1 13 PRO n 1 14 VAL n 1 15 TRP n 1 16 LYS 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'HIV-1 06TG.HT008' 587638 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? Expi293F ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 39 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'HIV-1 06TG.HT008' 587638 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? Expi293F ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 38 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'HIV-1 06TG.HT008' 587638 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? Expi293F ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 370 human ? CD4 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 108 human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 35 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'HIV-1 06TG.HT008' 587638 ? ? ? ? ? ? ? human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? Expi293F ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7T0O 7T0O ? 1 ? 1 2 PDB 7T0O 7T0O ? 2 ? 1 3 PDB 7T0O 7T0O ? 3 ? 1 4 UNP CD4_HUMAN P01730 ? 4 ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKASSIVYKKEGEQVEFSFPLAFTVEKLTGSGELWWQAERASSSKSWITFDLKNKEVSVKR VTQDPKLQMGKKLPLHLTLPQALPQYAGSGNLTLALEAKTGKLHQEVNLVVMRATQLQKNLTCEVWGPTSPKLMLSLKLE NKEAKVSKREKAVWVLNPEAGMWQCLLSDSGQVLLESNIKVLPT ; 26 5 PDB 7T0O 7T0O ? 5 ? 1 6 PDB 7T0O 7T0O ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7T0O D 1 ? 650 ? 7T0O 31 ? 682 ? 31 682 2 1 7T0O G 1 ? 650 ? 7T0O 31 ? 682 ? 31 682 3 1 7T0O I 1 ? 650 ? 7T0O 31 ? 682 ? 31 682 4 2 7T0O B 1 ? 39 ? 7T0O 3 ? 41 ? 3 41 5 3 7T0O F 1 ? 38 ? 7T0O 1 ? 38 ? 1 38 6 3 7T0O J 1 ? 38 ? 7T0O 1 ? 38 ? 1 38 7 4 7T0O H 1 ? 364 ? P01730 26 ? 389 ? 1 364 8 5 7T0O O 1 ? 108 ? 7T0O 0 ? 107 ? 0 107 9 4 7T0O L 1 ? 364 ? P01730 26 ? 389 ? 1 364 10 5 7T0O P 1 ? 108 ? 7T0O 0 ? 107 ? 0 107 11 4 7T0O M 1 ? 364 ? P01730 26 ? 389 ? 1 364 12 5 7T0O Q 1 ? 108 ? 7T0O 0 ? 107 ? 0 107 13 6 7T0O K 1 ? 35 ? 7T0O 108 ? 142 ? 108 142 14 6 7T0O N 1 ? 35 ? 7T0O 108 ? 142 ? 108 142 15 6 7T0O R 1 ? 35 ? 7T0O 108 ? 142 ? 108 142 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 7 7T0O HIS H 365 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 365 1 7 7T0O HIS H 366 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 366 2 7 7T0O HIS H 367 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 367 3 7 7T0O HIS H 368 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 368 4 7 7T0O HIS H 369 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 369 5 7 7T0O HIS H 370 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 370 6 9 7T0O HIS L 365 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 365 7 9 7T0O HIS L 366 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 366 8 9 7T0O HIS L 367 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 367 9 9 7T0O HIS L 368 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 368 10 9 7T0O HIS L 369 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 369 11 9 7T0O HIS L 370 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 370 12 11 7T0O HIS M 365 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 365 13 11 7T0O HIS M 366 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 366 14 11 7T0O HIS M 367 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 367 15 11 7T0O HIS M 368 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 368 16 11 7T0O HIS M 369 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 369 17 11 7T0O HIS M 370 ? UNP P01730 ? ? 'expression tag' 370 18 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7T0O _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7T0O _struct.title ;cryoEM reconstruction of the HIV gp140 in complex with the extracellular domains of CD4 and the adnectin domain of Combinectin. The gp140 and CD4 coordinates from entry 6EDU were rigid body fitted to the EM map along withe the crystal structure of CD4+adnectin ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7T0O _struct_keywords.text 'Inhibitor, HIV gp140, CD4, adnectin, ANTIVIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ANTIVIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 6 ? O N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 34 ? ALA A 43 ? GLU D 64 ALA D 73 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 MET A 70 ? ASP A 83 ? MET D 100 ASP D 113 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 303 ? ARG A 319 ? SER D 334 ARG D 350 1 ? 17 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 337 ? THR A 342 ? ASP D 368 THR D 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 356 ? ASN A 361 ? THR D 387 ASN D 392 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 442 ? SER A 449 ? ASP D 474 SER D 481 1 ? 8 HELX_P HELX_P7 AA7 GLU B 34 ? ALA B 43 ? GLU G 64 ALA G 73 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 MET B 70 ? ASP B 83 ? MET G 100 ASP G 113 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 AA9 SER B 303 ? ARG B 319 ? SER G 334 ARG G 350 1 ? 17 HELX_P HELX_P10 AB1 THR B 356 ? ASN B 361 ? THR G 387 ASN G 392 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP B 442 ? SER B 449 ? ASP G 474 SER G 481 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 GLU C 34 ? ALA C 43 ? GLU I 64 ALA I 73 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 AB4 MET C 70 ? ASP C 83 ? MET I 100 ASP I 113 1 ? 14 HELX_P HELX_P14 AB5 SER C 303 ? ARG C 319 ? SER I 334 ARG I 350 1 ? 17 HELX_P HELX_P15 AB6 THR C 356 ? ASN C 361 ? THR I 387 ASN I 392 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP C 442 ? SER C 449 ? ASP I 474 SER I 481 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 UNK D 2 ? UNK D 35 ? UNK B 4 UNK B 37 1 ? 34 HELX_P HELX_P18 AB9 UNK E 3 ? UNK E 37 ? UNK F 3 UNK F 37 1 ? 35 HELX_P HELX_P19 AC1 UNK F 3 ? UNK F 37 ? UNK J 3 UNK J 37 1 ? 35 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG G 59 ? ASP G 63 ? ARG H 59 ASP H 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS G 75 ? SER G 79 ? LYS H 75 SER H 79 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG I 59 ? ASP I 63 ? ARG L 59 ASP L 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS I 75 ? SER I 79 ? LYS L 75 SER L 79 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 ALA I 201 ? LEU I 207 ? ALA L 201 LEU L 207 5 ? 7 HELX_P HELX_P25 AC7 SER J 42 ? TYR J 46 ? SER P 41 TYR P 45 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 ARG K 59 ? ASP K 63 ? ARG M 59 ASP M 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 LYS K 75 ? SER K 79 ? LYS M 75 SER M 79 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA K 201 ? LEU K 207 ? ALA M 201 LEU M 207 5 ? 7 HELX_P HELX_P29 AD2 SER L 42 ? TYR L 46 ? SER Q 41 TYR Q 45 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 UNK M 2 ? UNK M 33 ? UNK K 109 UNK K 140 1 ? 32 HELX_P HELX_P31 AD4 UNK N 2 ? UNK N 33 ? UNK N 109 UNK N 140 1 ? 32 HELX_P HELX_P32 AD5 UNK O 2 ? UNK O 33 ? UNK R 109 UNK R 140 1 ? 32 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 24 SG ? ? ? 1_555 A CYS 44 SG ? ? D CYS 54 D CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 89 SG ? ? ? 1_555 A CYS 175 SG ? ? D CYS 119 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 96 SG ? ? ? 1_555 A CYS 166 SG ? ? D CYS 126 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 188 SG ? ? ? 1_555 A CYS 217 SG ? ? D CYS 218 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 198 SG ? ? ? 1_555 A CYS 209 SG ? ? D CYS 228 D CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 266 SG ? ? ? 1_555 A CYS 300 SG ? ? D CYS 296 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? ? disulf7 disulf ? ? A CYS 347 SG ? ? ? 1_555 A CYS 413 SG ? ? D CYS 378 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf8 disulf ? ? A CYS 354 SG ? ? ? 1_555 A CYS 386 SG ? ? D CYS 385 D CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 24 SG ? ? ? 1_555 B CYS 44 SG ? ? G CYS 54 G CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 89 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? G CYS 119 G CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 96 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? G CYS 126 G CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 188 SG ? ? ? 1_555 B CYS 217 SG ? ? G CYS 218 G CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 198 SG ? ? ? 1_555 B CYS 209 SG ? ? G CYS 228 G CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 266 SG ? ? ? 1_555 B CYS 300 SG ? ? G CYS 296 G CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 347 SG ? ? ? 1_555 B CYS 413 SG ? ? G CYS 378 G CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 354 SG ? ? ? 1_555 B CYS 386 SG ? ? G CYS 385 G CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 24 SG ? ? ? 1_555 C CYS 44 SG ? ? I CYS 54 I CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 89 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? I CYS 119 I CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 96 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? I CYS 126 I CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 188 SG ? ? ? 1_555 C CYS 217 SG ? ? I CYS 218 I CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 198 SG ? ? ? 1_555 C CYS 209 SG ? ? I CYS 228 I CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 266 SG ? ? ? 1_555 C CYS 300 SG ? ? I CYS 296 I CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 347 SG ? ? ? 1_555 C CYS 413 SG ? ? I CYS 378 I CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 354 SG ? ? ? 1_555 C CYS 386 SG ? ? I CYS 385 I CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf25 disulf ? ? G CYS 16 SG ? ? ? 1_555 G CYS 84 SG ? ? H CYS 16 H CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf26 disulf ? ? G CYS 130 SG ? ? ? 1_555 G CYS 159 SG ? ? H CYS 130 H CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf27 disulf ? ? G CYS 303 SG ? ? ? 1_555 G CYS 345 SG ? ? H CYS 303 H CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf28 disulf ? ? I CYS 16 SG ? ? ? 1_555 I CYS 84 SG ? ? L CYS 16 L CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf29 disulf ? ? I CYS 130 SG ? ? ? 1_555 I CYS 159 SG ? ? L CYS 130 L CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf30 disulf ? ? I CYS 303 SG ? ? ? 1_555 I CYS 345 SG ? ? L CYS 303 L CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf31 disulf ? ? K CYS 16 SG ? ? ? 1_555 K CYS 84 SG ? ? M CYS 16 M CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf32 disulf ? ? K CYS 130 SG ? ? ? 1_555 K CYS 159 SG ? ? M CYS 130 M CYS 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf33 disulf ? ? K CYS 303 SG ? ? ? 1_555 K CYS 345 SG ? ? M CYS 303 M CYS 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? 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'principal investigator/group leader' 0000-0001-7680-3895 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 15 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2022-01-12 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _em_3d_fitting.entry_id 7T0O _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7T0O _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 3 _em_3d_reconstruction.num_particles 208485 _em_3d_reconstruction.resolution 8.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;the gp140 trimer at 0.67 mg/ml was mixed with soluble CD4 first, and then with Combinection in a 1.25:1 ratio. The sample was incubated overnight at 4 degC. The sample was concentrated to 35ul before injecting into a Phenomenex 4.6 x 300 mm 3um bead 500Angstroms pore Yara SEC column equilibrated with 20mM Hepes pH7.5, 200 mM KCl, 5mM MgCl2. The complexes were eluted with a flow rate of 0.2 ml/min and fractions collected every 20 seconds into a Thermo-Fisher UV transparent 96-well plates. The absorbance at 280nm was measured for each fraction using a Spectramax plate scanner. The high-molecular weight complex appeared to be comprised of gp140:CD4:Combinectin in a 1:1:1 ratio. The sample used for cryo-EM studies was the single peak fraction of gp140/CD4/Combinectin (0.076 mg/ml) ; _em_entity_assembly.name ;Ternary complex of the HIV-1 gp140 trimer in complex with the extracellular domains (domains 1-4) of CD4 and an adnectin domain of Combinectin ; _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7T0O _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4096 _em_image_scans.dimension_width 4096 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 11 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7T0O _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 3400 _em_imaging.nominal_defocus_min 1400 _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'glow discharged for 20 sec using a EasyGlo (20mA, 0.3 mBar)' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7T0O _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7T0O _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7T0O _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 CB I TYR 61 ? ? 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The grids were plunged into liquid ethane using a Vitrobot plunger (chamber set to 4 degC and 80% RH) immediately after blotting from 2.5 to 4 sec ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Other private' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #