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EMDB EMD-25633 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-03-16 2 'Structure model' 1 1 2024-11-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 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_citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eabm7546 _citation.page_last eabm7546 _citation.title 'Structure and electron transfer pathways of an electron-bifurcating NiFe-hydrogenase.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.abm7546 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35213221 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Feng, X.' 1 0000-0002-4441-3152 primary 'Schut, G.J.' 2 0000-0002-3694-1799 primary 'Haja, D.K.' 3 0000-0003-2710-6705 primary 'Adams, M.W.W.' 4 0000-0003-0881-8870 primary 'Li, H.' 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ATGHNNFAMNKGVEMVAKKYITGTNVPEGVFNRLEHVIRAYDPCLSCSTHAVGKMPLKLELVGPTGEILKEVTRD ; ;MTEVFKLEINPVTRIEGHGKITVMLDESGHVRETRFHVTQYRGFEVFTHGRDFREMPVITPRICGICPVSHHLASAKACD EILGVTITPAAHKLRELMHMGQIVQSHALSFFHLSSPDILWGFDAPVKIRNVAGLVDRYPELAKKGIMLRKFGQEIIKTL GGKKIHPWHSIPGGVNRSLTPQERDAIAAQLPEMKSIAMEAIKLIKDYLQEGGEELKEFATLDTAYMGLVRDGYLELYDG EVRIKAPRGRILDQFDPKDYLDHIGEHVEPWSYLKFPFYKALGFPHGSYRVGPLARLNAADAVSTPEASKEFALYKEMGE DGIVPYTLYYHYARLIEALYGLERIEQLLADPDITSSDLRVTSKEINPEGIGVIEAPRGTLIHHYQVNESGVITKVNLIV ATGHNNFAMNKGVEMVAKKYITGTNVPEGVFNRLEHVIRAYDPCLSCSTHAVGKMPLKLELVGPTGEILKEVTRD ; D,I ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAKAKVATFWLEACAGCHMSFLDLDERLIDLFQNVEILFSPIVDAKDIPNIDVGVLSGGLGNVEEVELAKKMRERCKYLV AWGDCAVFGGINCMRNFIPKDVVLREGYIETASTVNPQGIVPSEDIPELLPRALPIDYEVKVDVYVPGCPPDADTIYYVF KELLAGRVPKVPSEMMRYD ; ;MAKAKVATFWLEACAGCHMSFLDLDERLIDLFQNVEILFSPIVDAKDIPNIDVGVLSGGLGNVEEVELAKKMRERCKYLV AWGDCAVFGGINCMRNFIPKDVVLREGYIETASTVNPQGIVPSEDIPELLPRALPIDYEVKVDVYVPGCPPDADTIYYVF KELLAGRVPKVPSEMMRYD ; E,J ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' FES 7 'IRON/SULFUR CLUSTER' SF4 8 'NICKEL (III) ION' 3NI 9 'CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON' FCO # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LYS n 1 3 GLU n 1 4 ILE n 1 5 THR n 1 6 LEU n 1 7 THR n 1 8 ILE n 1 9 ASP n 1 10 GLY n 1 11 LYS n 1 12 VAL n 1 13 CYS n 1 14 LYS n 1 15 GLY n 1 16 VAL n 1 17 GLN n 1 18 GLY n 1 19 ASP n 1 20 THR n 1 21 ILE n 1 22 LEU n 1 23 ASP n 1 24 VAL n 1 25 ALA n 1 26 ASN n 1 27 LYS n 1 28 ASN n 1 29 ASP n 1 30 VAL n 1 31 TYR n 1 32 ILE n 1 33 PRO n 1 34 THR n 1 35 LEU n 1 36 CYS n 1 37 TYR n 1 38 GLN n 1 39 LYS n 1 40 GLY n 1 41 LEU n 1 42 THR n 1 43 PRO n 1 44 ILE n 1 45 GLY n 1 46 ALA n 1 47 CYS n 1 48 ARG n 1 49 MET n 1 50 CYS n 1 51 VAL n 1 52 VAL n 1 53 GLN n 1 54 LEU n 1 55 GLU n 1 56 GLY n 1 57 ASN n 1 58 PRO n 1 59 LYS n 1 60 MET n 1 61 LEU n 1 62 PRO n 1 63 SER n 1 64 CYS n 1 65 THR n 1 66 THR n 1 67 PRO n 1 68 ALA n 1 69 GLN n 1 70 ASP n 1 71 GLY n 1 72 MET n 1 73 VAL n 1 74 VAL n 1 75 VAL n 1 76 THR n 1 77 LYS n 1 78 ASN n 1 79 GLU n 1 80 LYS n 1 81 LEU n 1 82 LYS n 1 83 ASP n 1 84 TYR n 1 85 ARG n 1 86 ARG n 1 87 GLN n 1 88 ILE n 1 89 LEU n 1 90 GLU n 1 91 LEU n 1 92 LEU n 1 93 PHE n 1 94 ALA n 1 95 GLY n 1 96 ARG n 1 97 ASN n 1 98 HIS n 1 99 PHE n 1 100 CYS n 1 101 MET n 1 102 TYR n 1 103 CYS n 1 104 SER n 1 105 GLN n 1 106 SER n 1 107 GLY n 1 108 ASP n 1 109 CYS n 1 110 GLU n 1 111 LEU n 1 112 GLN n 1 113 ARG n 1 114 LEU n 1 115 ALA n 1 116 ILE n 1 117 GLU n 1 118 HIS n 1 119 GLU n 1 120 MET n 1 121 ASP n 1 122 SER n 1 123 VAL n 1 124 ARG n 1 125 PHE n 1 126 PRO n 1 127 TYR n 1 128 LEU n 1 129 TYR n 1 130 GLU n 1 131 ASP n 1 132 PHE n 1 133 GLU n 1 134 VAL n 1 135 ASP n 1 136 ALA n 1 137 THR n 1 138 ASP n 1 139 PRO n 1 140 ASN n 1 141 LEU n 1 142 MET n 1 143 MET n 1 144 ASP n 1 145 HIS n 1 146 ASN n 1 147 ARG n 1 148 CYS n 1 149 VAL n 1 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FA 7 SF4 1 201 201 SF4 SF4 J . # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7T2R _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7T2R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7T2R _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7T2R _struct.title 'Structure of electron bifurcating Ni-Fe hydrogenase complex HydABCSL in FMN-free apo state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7T2R _struct_keywords.text 'hydrogenase complex, electron bifurcation, OXIDOREDUCTASE' _struct_keywords.pdbx_keywords OXIDOREDUCTASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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FA N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP I4BYB4_ACEMN I4BYB4 ? 1 ;MKEITLTIDGKVCKGVQGDTILDVANKNDVYIPTLCYQKGLTPIGACRMCVVQLEGNPKMLPSCTTPAQDGMVVVTKNEK LKDYRRQILELLFAGRNHFCMYCSQSGDCELQRLAIEHEMDSVRFPYLYEDFEVDATDPNLMMDHNRCVLCQRCIRTCSE IVGAHTLDLERRGWQAKVIADLGKRLRESDTCVNCGACAQSCPTGTITIREFAYRGRRSECDAVVESVCPLCAVGCKIKT YVRTGSIVRVEGTGVEEPDGGQLCHMGRWWLPESTERERVTVPLIREGASYREATWEEALALASAEFKKAYDQEKAGAIL SSLCTDEELTLFSALFRNALKMKHIDTFDGDIIRGFFKGFMPFREQGVRPFTAAHHILDSDLIITMFADPQKEAPVVASY IRVACLHRNAKLMNLSYGPSPFPGLVDLDIRLPEGQAVPKALSNLAEIIGKISLGPSDMASFGEFEAGAGKALSSYRESI EESARAMGLDPKIAEEVALMLISARRPIFIIGGRATKSHELVTAACNLAVASKAFFEDGLGVVPLLVSANSLGARNTVVS ENPWLGRERRDFLYVFSTAMVPEEEEILAAISATRFVVVQTPFKVRPLVNLADILLPAPAWYERSGHFCTIEGERRKLNT IVPPKGEIKSLHYVMDEFAKKLGVKLERPEVSPCEEIFKSQLRASEARIVTL ; 1 2 UNP I4BYB5_ACEMN I4BYB5 ? 2 ;MAIYRAHVLVCRGTGCTASGAPGVMKAFKEELAKKGLDREVMLVETGCHGMCEMGPVVVVYPEGAFYCRVTPEDVPEIVE EHLYKGRIVQRLLYTVPEDMEKVPYYKDIPFYSKQHRIVLSNCGYIDPEKIEEYIARDGYMALGKALLEMTPEEVLEEVK KSGLRGRGGAGFPTGLKWEFAKKASGDKKYVICNADEGDPGAFMDRSTLEGDPHSVIEGMTIGAYVIGADEGYIYCRAEY PLAIKRLKIAIAQAEEMGLLGDHIMGTNFSFHLHLKEGAGAFVCGEETALMASIEGRRGMPRPRPPFPAQHGLWGKPTNI NNVETWANVPRIILNGADWFASMGTEKSKGTKIFALTGKITNTGLIEVPMGITIREIIYELGGGILNGKEFKAVQIGGPS GGCLTKEHLDLPIDYESLTAAGAIMGSGGLVVMDEDTCMVDVAKFFLEFTQRESCGKCVPCREGTKQMLLMLQKICNGEG TMDDLSKLEELAHMVKETSLCGLGQTAPNPVITTIRYFRDEYVAHIKDKRCPAKICPALIKYVVDPEKCRKCGLCARNCP VKCISGDRQTPYLINQEKCIKCGTCMQVCPFGAIGKV ; 1 3 UNP I4BYB8_ACEMN I4BYB8 ? 3 ;MALSTVDVVEKVKEIVAPWKGKQGGLIPILQEVQRELGYLPEEALLTISRELKMPKAEVYGVATFYAQFHLKPRGRHVIR VCRGTACHVRGSLQILEKVKQMLGIEENETTDDLRFTLEPVACLGACGLAPVMMVDEDTHGRMTPDKIQAILDKYQ ; 1 4 UNP I4BYB2_ACEMN I4BYB2 ? 4 ;MTEVFKLEINPVTRIEGHGKITVMLDESGHVRETRFHVTQYRGFEVFTHGRDFREMPVITPRICGICPVSHHLASAKACD EILGVTITPAAHKLRELMHMGQIVQSHALSFFHLSSPDILWGFDAPVKIRNVAGLVDRYPELAKKGIMLRKFGQEIIKTL GGKKIHPWHSIPGGVNRSLTPQERDAIAAQLPEMKSIAMEAIKLIKDYLQEGGEELKEFATLDTAYMGLVRDGYLELYDG EVRIKAPRGRILDQFDPKDYLDHIGEHVEPWSYLKFPFYKALGFPHGSYRVGPLARLNAADAVSTPEASKEFALYKEMGE DGIVPYTLYYHYARLIEALYGLERIEQLLADPDITSSDLRVTSKEINPEGIGVIEAPRGTLIHHYQVNESGVITKVNLIV ATGHNNFAMNKGVEMVAKKYITGTNVPEGVFNRLEHVIRAYDPCLSCSTHAVGKMPLKLELVGPTGEILKEVTRD ; 1 5 UNP I4BYB3_ACEMN I4BYB3 ? 5 ;MAKAKVATFWLEACAGCHMSFLDLDERLIDLFQNVEILFSPIVDAKDIPNIDVGVLSGGLGNVEEVELAKKMRERCKYLV AWGDCAVFGGINCMRNFIPKDVVLREGYIETASTVNPQGIVPSEDIPELLPRALPIDYEVKVDVYVPGCPPDADTIYYVF KELLAGRVPKVPSEMMRYD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7T2R A 1 ? 692 ? I4BYB4 1 ? 692 ? 1 692 2 2 7T2R B 1 ? 597 ? I4BYB5 1 ? 597 ? 1 597 3 3 7T2R C 1 ? 156 ? I4BYB8 1 ? 156 ? 1 156 4 4 7T2R D 1 ? 475 ? I4BYB2 1 ? 475 ? 1 475 5 5 7T2R E 1 ? 179 ? I4BYB3 1 ? 179 ? 1 179 6 1 7T2R F 1 ? 692 ? I4BYB4 1 ? 692 ? 1 692 7 2 7T2R G 1 ? 597 ? I4BYB5 1 ? 597 ? 1 597 8 3 7T2R H 1 ? 156 ? I4BYB8 1 ? 156 ? 1 156 9 4 7T2R I 1 ? 475 ? I4BYB2 1 ? 475 ? 1 475 10 5 7T2R J 1 ? 179 ? I4BYB3 1 ? 179 ? 1 179 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'electron microscopy' ? 2 1 'gel filtration' ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 20 ? ASP A 29 ? THR A 20 ASP A 29 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 78 ? ARG A 96 ? ASN A 78 ARG A 96 1 ? 19 HELX_P HELX_P3 AA3 PHE A 99 ? CYS A 103 ? PHE A 99 CYS A 103 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 CYS A 109 ? HIS A 118 ? CYS A 109 HIS A 118 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 146 ? CYS A 148 ? ASN A 146 CYS A 148 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 GLN A 152 ? GLU A 160 ? GLN A 152 GLU A 160 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 172 ? ALA A 176 ? ARG A 172 ALA A 176 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 ALA A 180 ? LYS A 184 ? ALA A 180 LYS A 184 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 196 ? CYS A 202 ? GLY A 196 CYS A 202 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 CYS A 264 ? TRP A 269 ? CYS A 264 TRP A 269 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 TRP A 270 ? THR A 275 ? TRP A 270 THR A 275 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 THR A 295 ? LYS A 309 ? THR A 295 LYS A 309 1 ? 15 HELX_P HELX_P13 AB4 THR A 325 ? ARG A 337 ? THR A 325 ARG A 337 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 349 ? PHE A 360 ? ASP A 349 PHE A 360 1 ? 12 HELX_P HELX_P15 AB6 PHE A 360 ? GLY A 367 ? 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