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EMDB EMD-25877 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of CD4bs antibody Ab1303 in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664' _pdbx_database_related.db_id EMD-25877 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7TFN _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-01-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yang, Z.' 1 0000-0001-8680-3784 'Bjorkman, P.J.' 2 0000-0002-2277-3990 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 13 _citation.language ? _citation.page_first 732 _citation.page_last 732 _citation.title 'Neutralizing antibodies induced in immunized macaques recognize the CD4-binding site on an occluded-open HIV-1 envelope trimer.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-022-28424-3 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35136084 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yang, Z.' 1 ? primary 'Dam, K.A.' 2 ? primary 'Bridges, M.D.' 3 ? primary 'Hoffmann, M.A.G.' 4 ? primary 'DeLaitsch, A.T.' 5 ? primary 'Gristick, H.B.' 6 ? primary 'Escolano, A.' 7 ? primary 'Gautam, R.' 8 ? primary 'Martin, M.A.' 9 ? primary 'Nussenzweig, M.C.' 10 ? primary 'Hubbell, W.L.' 11 ? primary 'Bjorkman, P.J.' 12 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7TFN _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7TFN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 - gp120' 54064.344 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Anti-HIV-1 CD4bs antibody Fab Ab1303 - Heavy chain' 25338.176 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'CD4 binding site antibody Fab Ab1303 - light chain' 23419.977 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 - gp41' 17146.482 3 ? ? 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Expi293F ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A6H1VH54_9PLVG A0A6H1VH54 ? 1 ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHYFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRAKRRVVGRERR ; 30 2 PDB 7TFN 7TFN ? 2 ? 1 3 PDB 7TFN 7TFN ? 3 ? 1 4 UNP Q2N0S6_9HIV1 Q2N0S6 ? 4 ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAIEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICTTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; 509 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7TFN A 1 ? 479 ? 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Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7TFN LYS A 34 ? UNP A0A6H1VH54 GLU 63 conflict 64 1 1 7TFN SER A 344 ? UNP A0A6H1VH54 TYR 373 conflict 375 2 1 7TFN CYS A 469 ? UNP A0A6H1VH54 ALA 498 conflict 501 3 1 7TFN ARG A 477 ? UNP A0A6H1VH54 GLU 506 conflict 509 4 1 7TFN ARG A 480 ? UNP A0A6H1VH54 ? ? 'expression tag' 512 5 1 7TFN ARG A 481 ? UNP A0A6H1VH54 ? ? 'expression tag' 513 6 2 7TFN LYS B 34 ? UNP A0A6H1VH54 GLU 63 conflict 64 7 2 7TFN SER B 344 ? UNP A0A6H1VH54 TYR 373 conflict 375 8 2 7TFN CYS B 469 ? UNP A0A6H1VH54 ALA 498 conflict 501 9 2 7TFN ARG B 477 ? UNP A0A6H1VH54 GLU 506 conflict 509 10 2 7TFN ARG B 480 ? UNP A0A6H1VH54 ? ? 'expression tag' 512 11 2 7TFN ARG B 481 ? UNP A0A6H1VH54 ? ? 'expression tag' 513 12 3 7TFN LYS C 34 ? UNP A0A6H1VH54 GLU 63 conflict 64 13 3 7TFN SER C 344 ? UNP A0A6H1VH54 TYR 373 conflict 375 14 3 7TFN CYS C 469 ? UNP A0A6H1VH54 ALA 498 conflict 501 15 3 7TFN ARG C 477 ? UNP A0A6H1VH54 GLU 506 conflict 509 16 3 7TFN ARG C 480 ? UNP A0A6H1VH54 ? ? 'expression tag' 512 17 3 7TFN ARG C 481 ? UNP A0A6H1VH54 ? ? 'expression tag' 513 18 10 7TFN PRO X 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 19 10 7TFN CYS X 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 20 11 7TFN PRO Y 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 21 11 7TFN CYS Y 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 22 12 7TFN PRO Z 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 conflict 559 23 12 7TFN CYS Z 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 conflict 605 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7TFN _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7TFN _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high 4.00 _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # _struct.entry_id 7TFN _struct.title 'Cryo-EM structure of CD4bs antibody Ab1303 in complex with HIV-1 Env trimer BG505 SOSIP.664' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7TFN _struct_keywords.text 'HIV-1 Env, neutralizing antibody, CD4 binding site antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 7 ? P N N 8 ? Q N N 9 ? R N N 7 ? S N N 6 ? T N N 7 ? U N N 9 ? V N N 7 ? W N N 9 ? X N N 7 ? Y N N 9 ? Z N N 7 ? AA N N 6 ? BA N N 6 ? CA N N 10 ? DA N N 10 ? EA N N 10 ? FA N N 10 ? GA N N 10 ? HA N N 10 ? IA N N 11 ? JA N N 10 ? KA N N 10 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 27 ? THR A 33 ? ASP A 57 THR A 63 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 TRP A 66 ? ASN A 68 ? TRP A 96 ASN A 98 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 69 ? LYS A 87 ? ASN A 99 LYS A 117 1 ? 19 HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 92 ? CYS A 96 ? LEU A 122 CYS A 126 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 303 ? GLY A 323 ? SER A 334 GLY A 354 1 ? 21 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 393 ? ARG A 397 ? 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ASP C 474 ARG C 480 1 ? 7 HELX_P HELX_P21 AC3 PRO D 62 ? LYS D 65 ? PRO H 61 LYS H 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 AC4 SER D 87 ? THR D 91 ? SER H 83 THR H 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO E 62 ? LYS E 65 ? PRO I 61 LYS I 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P24 AC6 SER E 87 ? THR E 91 ? SER I 83 THR I 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 SER F 25 ? ARG F 29 ? SER J 26 ARG J 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 GLN F 83 ? ASP F 86 ? GLN J 79 ASP J 82 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 AC9 GLN G 83 ? ASP G 86 ? GLN L 79 ASP L 82 5 ? 4 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO H 62 ? LYS H 65 ? PRO P 61 LYS P 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 AD2 SER H 87 ? THR H 91 ? SER P 83 THR P 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 SER I 25 ? ARG I 29 ? SER Q 26 ARG Q 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN I 83 ? GLU I 87 ? GLN Q 79 GLU Q 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ILE J 4 ? GLY J 13 ? ILE X 515 GLY X 524 1 ? 10 HELX_P HELX_P33 AD6 THR J 18 ? GLN J 29 ? THR X 529 GLN X 540 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 GLN J 52 ? TRP J 85 ? GLN X 563 TRP X 596 1 ? 34 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN J 107 ? ASN J 114 ? ASN X 618 ASN X 625 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 THR J 116 ? SER J 125 ? THR X 627 SER X 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P37 AE1 TYR J 127 ? GLU J 146 ? TYR X 638 GLU X 657 1 ? 20 HELX_P HELX_P38 AE2 THR K 18 ? THR K 25 ? THR Y 529 THR Y 536 1 ? 8 HELX_P HELX_P39 AE3 THR K 25 ? LEU K 33 ? THR Y 536 LEU Y 544 1 ? 9 HELX_P HELX_P40 AE4 GLN K 51 ? TRP K 85 ? GLN Y 562 TRP Y 596 1 ? 35 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN K 107 ? ASN K 114 ? ASN Y 618 ASN Y 625 1 ? 8 HELX_P HELX_P42 AE6 THR K 116 ? SER K 125 ? THR Y 627 SER Y 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 TYR K 127 ? GLU K 146 ? TYR Y 638 GLU Y 657 1 ? 20 HELX_P HELX_P44 AE8 THR L 18 ? GLN L 29 ? THR Z 529 GLN Z 540 1 ? 12 HELX_P HELX_P45 AE9 HIS L 53 ? TRP L 85 ? HIS Z 564 TRP Z 596 1 ? 33 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN L 107 ? ASN L 114 ? ASN Z 618 ASN Z 625 1 ? 8 HELX_P HELX_P47 AF2 THR L 116 ? SER L 125 ? THR Z 627 SER Z 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P48 AF3 TYR L 127 ? LEU L 149 ? TYR Z 638 LEU Z 660 1 ? 23 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B CYS 89 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 119 B CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 188 SG ? ? ? 1_555 B CYS 217 SG ? ? B CYS 218 B CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 198 SG ? ? ? 1_555 B CYS 209 SG ? ? B CYS 228 B CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 266 SG ? ? ? 1_555 B CYS 300 SG ? ? B CYS 296 B CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 347 SG ? ? ? 1_555 B CYS 413 SG ? ? B CYS 378 B CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 354 SG ? ? ? 1_555 B CYS 386 SG ? ? B CYS 385 B CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 89 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 96 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 101 SG ? ? ? 1_555 C CYS 119 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 198 SG ? ? ? 1_555 C CYS 209 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 266 SG ? ? ? 1_555 C CYS 300 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 347 SG ? ? ? 1_555 C CYS 413 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 354 SG ? ? ? 1_555 C CYS 386 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf23 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf24 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? I CYS 22 I CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf25 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 92 SG ? ? J CYS 23 J CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf26 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 92 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf27 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG ? ? P CYS 22 P CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf28 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 92 SG ? ? Q CYS 23 Q CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf29 disulf ? ? J CYS 87 SG ? ? ? 1_555 J CYS 93 SG ? ? X CYS 598 X CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf30 disulf ? ? K CYS 87 SG ? ? ? 1_555 K CYS 93 SG ? ? Y CYS 598 Y CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf31 disulf ? ? L CYS 87 SG ? ? ? 1_555 L CYS 93 SG ? ? Z CYS 598 Z CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? covale1 covale one ? A ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 133 A NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? A ASN 197 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 234 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 262 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? 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B ASN 363 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B ASN 386 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 392 B NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? B ASN 448 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 197 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? C ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? C ASN 234 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 262 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? C ASN 276 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 363 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 386 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 448 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale24 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale25 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale26 covale both ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? D BMA 3 D MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale27 covale both ? M BMA . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? D BMA 3 D MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale28 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale29 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale30 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale31 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale32 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale33 covale both ? P BMA . O6 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale34 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale35 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale36 covale both ? Q BMA . O3 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale37 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale38 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale39 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale40 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale41 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale42 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale43 covale both ? U BMA . O3 ? ? ? 1_555 U MAN . C1 ? ? S BMA 3 S MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale44 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale45 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale46 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W BMA . C1 ? ? U NAG 2 U BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale47 covale both ? W BMA . O3 ? ? ? 1_555 W MAN . C1 ? ? U BMA 3 U MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale48 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale49 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale50 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y BMA . C1 ? ? W NAG 2 W BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale51 covale both ? Y BMA . O3 ? ? ? 1_555 Y MAN . C1 ? ? W BMA 3 W MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale52 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale53 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale54 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA BMA . C1 ? ? b NAG 2 b BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale55 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale56 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA BMA . C1 ? ? c NAG 2 c BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 6 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 6 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 6 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 6 ? 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? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'HIVRAD P01 AI100148' 1 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' 'CAVD INV-002143' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 5 NAG 1 D NAG 1 D NAG 1 n M 5 NAG 2 D NAG 2 D NAG 2 n M 5 BMA 3 D BMA 3 D BMA 3 n M 5 MAN 4 D MAN 4 D MAN 4 n M 5 MAN 5 D MAN 5 D MAN 5 n N 6 NAG 1 E NAG 1 E NAG 1 n N 6 NAG 2 E NAG 2 E NAG 2 n N 6 BMA 3 E BMA 3 E BMA 3 n O 7 NAG 1 F NAG 1 F NAG 1 n O 7 NAG 2 F NAG 2 F NAG 2 n P 8 NAG 1 G NAG 1 G NAG 1 n P 8 NAG 2 G NAG 2 G NAG 2 n P 8 BMA 3 G BMA 3 G BMA 3 n P 8 MAN 4 G MAN 4 G MAN 4 n Q 9 NAG 1 M NAG 1 M NAG 1 n Q 9 NAG 2 M NAG 2 M NAG 2 n Q 9 BMA 3 M BMA 3 M BMA 3 n Q 9 MAN 4 M MAN 4 M MAN 4 n R 7 NAG 1 N NAG 1 N NAG 1 n R 7 NAG 2 N NAG 2 N NAG 2 n S 6 NAG 1 O NAG 1 O NAG 1 n S 6 NAG 2 O NAG 2 O NAG 2 n S 6 BMA 3 O BMA 3 O BMA 3 n T 7 NAG 1 R NAG 1 R NAG 1 n T 7 NAG 2 R NAG 2 R NAG 2 n U 9 NAG 1 S NAG 1 S NAG 1 n U 9 NAG 2 S NAG 2 S NAG 2 n U 9 BMA 3 S BMA 3 S BMA 3 n U 9 MAN 4 S MAN 4 S MAN 4 n V 7 NAG 1 T NAG 1 T NAG 1 n V 7 NAG 2 T NAG 2 T NAG 2 n W 9 NAG 1 U NAG 1 U NAG 1 n W 9 NAG 2 U NAG 2 U NAG 2 n W 9 BMA 3 U BMA 3 U BMA 3 n W 9 MAN 4 U MAN 4 U MAN 4 n X 7 NAG 1 V NAG 1 V NAG 1 n X 7 NAG 2 V NAG 2 V NAG 2 n Y 9 NAG 1 W NAG 1 W NAG 1 n Y 9 NAG 2 W NAG 2 W NAG 2 n Y 9 BMA 3 W BMA 3 W BMA 3 n Y 9 MAN 4 W MAN 4 W MAN 4 n Z 7 NAG 1 a NAG 1 a NAG 1 n Z 7 NAG 2 a NAG 2 a NAG 2 n AA 6 NAG 1 b NAG 1 b NAG 1 n AA 6 NAG 2 b NAG 2 b NAG 2 n AA 6 BMA 3 b BMA 3 b BMA 3 n BA 6 NAG 1 c NAG 1 c NAG 1 n BA 6 NAG 2 c NAG 2 c NAG 2 n BA 6 BMA 3 c BMA 3 c BMA 3 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 8 DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 8 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 13 9 DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 14 9 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 15 9 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 6 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 7 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 8 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 9 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 10 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 11 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 12 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 13 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 9 MAN 4 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 11 alpha-D-mannopyranose MAN # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details SEC-MALS #