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EMDB EMD-26260 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 7U0G unspecified PDB 'free form' 7U0J unspecified EMDB 'structure of nucleosome protein complex' EMD-26260 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7U0I _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-02-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Tengfei, L.' 1 ? 'Guan, R.' 2 ? 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primary 'Guan, R.' 1 ? primary 'Lian, T.' 2 ? primary 'Zhou, B.R.' 3 ? primary 'Wheeler, D.' 4 ? primary 'Bai, Y.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7U0I _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7U0I _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 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;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHKAKSK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHKAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA) ; ;AGTGGTATTAACATATCCTCAGTGGTGAGTATTAACATGGAACTTACTCCAACAATACAGATGCTGAATAAATGTAGTCT AAGTGAAGGAAGAAGGAAAGGTGGGAGCTGCCATCACTCAGAATTGTCCAGCAGGGATTGTGCAAGCTTGTGAATAAAGA CA ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DT) ; ;TGTCTTTATTCACAAGCTTGCACAATCCCTGCTGGACAATTCTGAGTGATGGCAGCTCCCACCTTTCCTTCTTCCTTCAC TTAGACTACATTTATTCAGCATCTGTATTGTTGGAGTAAGTTCCATGTTAATACTCACCACTGAGGATATGTTAATACCA CT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MKEAKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLL AEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYF TWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNID TSKVNYGVTVLP(UNK)FKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELA KDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAGSENLYFQGSVDSAAASDIKALQK ELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAE TLVQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSEFHHHHHH ; ;MKEAKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLL AEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYF TWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNID TSKVNYGVTVLPXFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPR IAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAGSENLYFQGSVDSAAASDIKALQKELEQ FAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENLQEICKAETLVQ ARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSEFHHHHHH ; L,M ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; K,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 ALA n 1 77 GLN n 1 78 ASP n 1 79 PHE n 1 80 LYS n 1 81 THR n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ARG n 1 85 PHE n 1 86 GLN n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 ALA n 1 90 VAL n 1 91 MET n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 CYS n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 TYR n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 CYS n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 HIS n 1 115 ALA n 1 116 LYS n 1 117 ARG n 1 118 VAL n 1 119 THR n 1 120 ILE n 1 121 MET n 1 122 PRO n 1 123 LYS n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 ARG n 1 130 ARG n 1 131 ILE n 1 132 ARG n 1 133 GLY n 1 134 GLU n 1 135 ARG n 1 136 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 162 'Homo sapiens' human 9606 ? 6 1 sample 1 162 'Homo sapiens' human 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A2C_HUMAN Q16777 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHKAKSK ; 1 4 UNP H2B2E_HUMAN Q16778 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 1 5 GB Z95329.1 2225930 ? 5 ;AGTGGTATTAACATATCCTCAGTGGTGAGTATTAACATGGAACTTACTCCAACAATACAGATGCTGAATAAATGTAGTCT AAGTGAAGGAAGAAGGAAAGGTGGGAGCTGCCATCACTCAGAATTGTCCAGCAGGGATTGTGCAAGCTTGTGAATAAAGA CA ; 34525 6 GB Z95329.1 2225930 ? 6 ;TGTCTTTATTCACAAGCTTGCACAATCCCTGCTGGACAATTCTGAGTGATGGCAGCTCCCACCTTTCCTTCTTCCTTCAC TTAGACTACATTTATTCAGCATCTGTATTGTTGGAGTAAGTTCCATGTTAATACTCACCACTGAGGATATGTTAATACCA CT ; 34364 7 UNP A0A376KDN7_ECOLX A0A376KDN7 ? 7 ;AKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEI TPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWP LIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSK VNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAA TMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALKDAQT ; 26 8 UNP PO5F1_HUMAN Q01860 ? 7 ;DIKALQKELEQFAKLLKQKRITLGYTQADVGLTLGVLFGKVFSQTTICRFEALQLSFKNMCKLRPLLQKWVEEADNNENL QEICKAETLVQARKRKRTSIENRVRGNLENLFLQCPKPTLQQISHIAQQLGLEKDVVRVWFCNRRQKGKRSSSDY ; 138 9 PDB 7U0I 7U0I ? 8 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7U0I A 1 ? 136 ? 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'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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