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_entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 505 ? ? 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E MET 5 50 1 Y 1 L GLY -3 ? F GLY 1 51 1 Y 1 L SER -2 ? F SER 2 52 1 Y 1 L PHE -1 ? F PHE 3 53 1 Y 1 L THR 0 ? F THR 4 54 1 Y 1 L MET 1 ? F MET 5 55 1 Y 1 K GLY -3 ? G GLY 1 56 1 Y 1 K SER -2 ? G SER 2 57 1 Y 1 K PHE -1 ? G PHE 3 58 1 Y 1 K THR 0 ? G THR 4 59 1 Y 1 K MET 1 ? G MET 5 60 1 Y 1 D MET 1 ? H MET 1 61 1 Y 1 D ALA 2 ? H ALA 2 62 1 Y 1 D LEU 57 ? H LEU 57 63 1 Y 1 D GLU 58 ? H GLU 58 64 1 Y 1 D ARG 59 ? H ARG 59 65 1 Y 1 D ASN 60 ? H ASN 60 66 1 Y 1 D ALA 61 ? H ALA 61 67 1 Y 1 D THR 151 ? H THR 151 68 1 Y 1 D ASP 152 ? H ASP 152 69 1 Y 1 D ASP 164 ? H ASP 164 70 1 Y 1 D GLY 165 ? H GLY 165 71 1 Y 1 D GLN 301 ? H GLN 301 72 1 Y 1 D HIS 302 ? H HIS 302 73 1 Y 1 D GLU 303 ? H GLU 303 74 1 Y 1 D LYS 304 ? H LYS 304 75 1 Y 1 D GLY 305 ? H GLY 305 76 1 Y 1 D SER 306 ? H SER 306 77 1 Y 1 D LEU 307 ? H LEU 307 78 1 Y 1 D ARG 320 ? H ARG 320 79 1 Y 1 D SER 321 ? H SER 321 80 1 Y 1 D ASN 322 ? H ASN 322 81 1 Y 1 D SER 323 ? H SER 323 82 1 Y 1 D LEU 324 ? H LEU 324 83 1 Y 1 D SER 325 ? H SER 325 84 1 Y 1 D ARG 326 ? H ARG 326 85 1 Y 1 D SER 327 ? H SER 327 86 1 Y 1 D GLU 370 ? H GLU 370 87 1 Y 1 D ASP 371 ? H ASP 371 88 1 Y 1 D GLN 505 ? H GLN 505 89 1 Y 1 C MET 1 ? I MET 1 90 1 Y 1 C ALA 2 ? I ALA 2 91 1 Y 1 C LEU 57 ? I LEU 57 92 1 Y 1 C GLU 58 ? I GLU 58 93 1 Y 1 C ARG 59 ? I ARG 59 94 1 Y 1 C ASN 60 ? I ASN 60 95 1 Y 1 C ALA 61 ? I ALA 61 96 1 Y 1 C THR 151 ? I THR 151 97 1 Y 1 C ASP 152 ? I ASP 152 98 1 Y 1 C ASP 164 ? I ASP 164 99 1 Y 1 C GLY 165 ? I GLY 165 100 1 Y 1 C GLN 301 ? I GLN 301 101 1 Y 1 C HIS 302 ? I HIS 302 102 1 Y 1 C GLU 303 ? I GLU 303 103 1 Y 1 C LYS 304 ? I LYS 304 104 1 Y 1 C GLY 305 ? I GLY 305 105 1 Y 1 C SER 306 ? I SER 306 106 1 Y 1 C LEU 307 ? I LEU 307 107 1 Y 1 C ARG 320 ? I ARG 320 108 1 Y 1 C SER 321 ? I SER 321 109 1 Y 1 C ASN 322 ? I ASN 322 110 1 Y 1 C SER 323 ? I SER 323 111 1 Y 1 C LEU 324 ? I LEU 324 112 1 Y 1 C SER 325 ? I SER 325 113 1 Y 1 C ARG 326 ? I ARG 326 114 1 Y 1 C SER 327 ? I SER 327 115 1 Y 1 C GLU 370 ? I GLU 370 116 1 Y 1 C ASP 371 ? I ASP 371 117 1 Y 1 C GLN 505 ? I GLN 505 118 1 Y 1 B MET 1 ? J MET 1 119 1 Y 1 B ALA 2 ? J ALA 2 120 1 Y 1 B LEU 57 ? J LEU 57 121 1 Y 1 B GLU 58 ? J GLU 58 122 1 Y 1 B ARG 59 ? J ARG 59 123 1 Y 1 B ASN 60 ? J ASN 60 124 1 Y 1 B ALA 61 ? J ALA 61 125 1 Y 1 B THR 151 ? J THR 151 126 1 Y 1 B ASP 152 ? J ASP 152 127 1 Y 1 B ASP 164 ? J ASP 164 128 1 Y 1 B GLY 165 ? J GLY 165 129 1 Y 1 B GLN 301 ? J GLN 301 130 1 Y 1 B HIS 302 ? J HIS 302 131 1 Y 1 B GLU 303 ? J GLU 303 132 1 Y 1 B LYS 304 ? J LYS 304 133 1 Y 1 B GLY 305 ? J GLY 305 134 1 Y 1 B SER 306 ? J SER 306 135 1 Y 1 B LEU 307 ? J LEU 307 136 1 Y 1 B ARG 320 ? J ARG 320 137 1 Y 1 B SER 321 ? J SER 321 138 1 Y 1 B ASN 322 ? J ASN 322 139 1 Y 1 B SER 323 ? J SER 323 140 1 Y 1 B LEU 324 ? J LEU 324 141 1 Y 1 B SER 325 ? J SER 325 142 1 Y 1 B ARG 326 ? J ARG 326 143 1 Y 1 B SER 327 ? J SER 327 144 1 Y 1 B GLU 370 ? J GLU 370 145 1 Y 1 B ASP 371 ? J ASP 371 146 1 Y 1 B GLN 505 ? J GLN 505 147 1 Y 1 F MET 1 ? K MET 1 148 1 Y 1 F ALA 2 ? K ALA 2 149 1 Y 1 F LEU 57 ? K LEU 57 150 1 Y 1 F GLU 58 ? K GLU 58 151 1 Y 1 F ARG 59 ? K ARG 59 152 1 Y 1 F ASN 60 ? K ASN 60 153 1 Y 1 F ALA 61 ? K ALA 61 154 1 Y 1 F THR 151 ? K THR 151 155 1 Y 1 F ASP 152 ? K ASP 152 156 1 Y 1 F ASP 164 ? K ASP 164 157 1 Y 1 F GLY 165 ? K GLY 165 158 1 Y 1 F GLN 301 ? K GLN 301 159 1 Y 1 F HIS 302 ? K HIS 302 160 1 Y 1 F GLU 303 ? K GLU 303 161 1 Y 1 F LYS 304 ? K LYS 304 162 1 Y 1 F GLY 305 ? K GLY 305 163 1 Y 1 F SER 306 ? K SER 306 164 1 Y 1 F LEU 307 ? K LEU 307 165 1 Y 1 F ARG 320 ? K ARG 320 166 1 Y 1 F SER 321 ? K SER 321 167 1 Y 1 F ASN 322 ? K ASN 322 168 1 Y 1 F SER 323 ? K SER 323 169 1 Y 1 F LEU 324 ? K LEU 324 170 1 Y 1 F SER 325 ? K SER 325 171 1 Y 1 F ARG 326 ? K ARG 326 172 1 Y 1 F SER 327 ? K SER 327 173 1 Y 1 F GLU 370 ? K GLU 370 174 1 Y 1 F ASP 371 ? K ASP 371 175 1 Y 1 F GLN 505 ? K GLN 505 176 1 Y 1 E MET 1 ? L MET 1 177 1 Y 1 E ALA 2 ? L ALA 2 178 1 Y 1 E LEU 57 ? L LEU 57 179 1 Y 1 E GLU 58 ? L GLU 58 180 1 Y 1 E ARG 59 ? L ARG 59 181 1 Y 1 E ASN 60 ? L ASN 60 182 1 Y 1 E ALA 61 ? L ALA 61 183 1 Y 1 E THR 151 ? L THR 151 184 1 Y 1 E ASP 152 ? L ASP 152 185 1 Y 1 E ASP 164 ? L ASP 164 186 1 Y 1 E GLY 165 ? L GLY 165 187 1 Y 1 E GLN 301 ? L GLN 301 188 1 Y 1 E HIS 302 ? L HIS 302 189 1 Y 1 E GLU 303 ? L GLU 303 190 1 Y 1 E LYS 304 ? L LYS 304 191 1 Y 1 E GLY 305 ? L GLY 305 192 1 Y 1 E SER 306 ? L SER 306 193 1 Y 1 E LEU 307 ? L LEU 307 194 1 Y 1 E ARG 320 ? L ARG 320 195 1 Y 1 E SER 321 ? L SER 321 196 1 Y 1 E ASN 322 ? L ASN 322 197 1 Y 1 E SER 323 ? L SER 323 198 1 Y 1 E LEU 324 ? L LEU 324 199 1 Y 1 E SER 325 ? L SER 325 200 1 Y 1 E ARG 326 ? L ARG 326 201 1 Y 1 E SER 327 ? L SER 327 202 1 Y 1 E GLU 370 ? L GLU 370 203 1 Y 1 E ASP 371 ? L ASP 371 204 1 Y 1 E GLN 505 ? L GLN 505 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 25 mM 'tris(hydroxymethyl)aminomethane' Tris 1 2 75 mM Na3C6H5O7 'Sodium citrate' 1 3 10 mM MgCl2 'Magnesium chloride' 1 4 1 mM 2-mercaptoethanol beta-mercaptoethanol # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO ? ? 1 2 NO ? ? 1 3 NO ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 1 ? ? 511145 ? ? 'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655' ? ? 2 2 ? ? 511145 ? ? 'Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655' ? ? 3 3 ? ? 10760 ? ? 'Escherichia phage T7' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 1 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' Multiple ? 2 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' pET30-Ek ? 3 3 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' pDest-566 ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details '1004 micrographs used after manually eliminating micrographs with poor CTF fit.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 54 _em_image_recording.average_exposure_time 8.4 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1108 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Laplacian-of-Gaussian auto-picking' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 568611 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4.1 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? PHENIX ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Frozen stocks were thawed and mixed to a final concentration of 1.25:1 Gp1.2 to dGTPase (monomer) along with 1 mM GTP' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)' 'United States' 1ZIAES102906 1 'National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)' 'United States' 1ZICES103326 2 'National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)' 'United States' 1ZIAES101905 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 GTP ? ? GTP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 3 "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" GTP 4 'MAGNESIUM ION' MG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;The observed particles appear to be approximately hexameric and a separate C1 refinement confirmed that six copies of Gp1.2 are bound to the dGTPase hexamer. ; #