data_7UX2 # _entry.id 7UX2 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.366 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7UX2 pdb_00007ux2 10.2210/pdb7ux2/pdb WWPDB D_1000265099 ? ? EMDB EMD-26846 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'focused refinement of Raptor' EMD-26840 'other EM volume' EMDB 'focused refinement of c-Rag-Ragulator' EMD-26842 'other EM volume' EMDB 'Homogeneous refinement of Raptor-TFEB-Rag-Ragulator complex' EMD-26844 'other EM volume' EMDB 'focused refinement of TFEB-nc-Rag-Ragulator' EMD-26843 'other EM volume' EMDB 'cryo-EM structure of the Raptor-TFEB-Rag-Ragulator complex' EMD-26846 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7UX2 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-05-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Cui, Z.' 1 ? 'Hurley, J.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 614 _citation.language ? _citation.page_first 572 _citation.page_last 579 _citation.title 'Structure of the lysosomal mTORC1-TFEB-Rag-Ragulator megacomplex.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-022-05652-7 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36697823 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cui, Z.' 1 ? primary 'Napolitano, G.' 2 ? primary 'de Araujo, M.E.G.' 3 ? primary 'Esposito, A.' 4 ? primary 'Monfregola, J.' 5 ? primary 'Huber, L.A.' 6 ? primary 'Ballabio, A.' 7 ? primary 'Hurley, J.H.' 8 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7UX2 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7UX2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Regulatory-associated protein of mTOR' 149200.016 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Ras-related GTP-binding protein A' 36600.195 2 3.6.5.- ? ? ? 3 polymer man 'Ras-related GTP-binding protein C' 44298.859 2 ? S75N ? ? 4 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR1' 17762.775 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR2' 13517.450 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR3' 13637.678 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR4' 10753.236 2 ? ? ? ? 8 polymer man 'Ragulator complex protein LAMTOR5' 9622.900 2 ? ? ? ? 9 polymer man 'Transcription factor EB' 52926.621 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 523.180 2 ? ? ? ? 11 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 12 non-polymer syn "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 443.201 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Raptor,p150 target of rapamycin (TOR)-scaffold protein' 2 'Rag A,RagA,Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1,FIP-1' 3 'RagC,GTPase-interacting protein 2,TIB929' 4 ;Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1,Lipid raft adaptor protein p18,Protein associated with DRMs and endosomes,p27Kip1-releasing factor from RhoA,p27RF-Rho ; 5 ;Endosomal adaptor protein p14,Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein,Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2,Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein,MAPBP-interacting protein,Roadblock domain-containing protein 3 ; 6 ;Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3,MEK-binding partner 1,Mp1,Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1,Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1 ; 7 'Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4' 8 'Hepatitis B virus X-interacting protein,HBX-interacting protein,Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5' 9 'Class E basic helix-loop-helix protein 35,bHLHe35' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MESEMLQSPLLGLGEEDEADLTDWNLPLAFMKKRHCEKIEGSKSLAQSWRMKDRMKTVSVALVLCLNVGVDPPDVVKTTP CARLECWIDPLSMGPQKALETIGANLQKQYENWQPRARYKQSLDPTVDEVKKLCTSLRRNAKEERVLFHYNGHGVPRPTV NGEVWVFNKNYTQYIPLSIYDLQTWMGSPSIFVYDCSNAGLIVKSFKQFALQREQELEVAAINPNHPLAQMPLPPSMKNC IQLAACEATELLPMIPDLPADLFTSCLTTPIKIALRWFCMQKCVSLVPGVTLDLIEKIPGRLNDRRTPLGELNWIFTAIT DTIAWNVLPRDLFQKLFRQDLLVASLFRNFLLAERIMRSYNCTPVSSPRLPPTYMHAMWQAWDLAVDICLSQLPTIIEEG TAFRHSPFFAEQLTAFQVWLTMGVENRNPPEQLPIVLQVLLSQVHRLRALDLLGRFLDLGPWAVSLALSVGIFPYVLKLL QSSARELRPLLVFIWAKILAVDSSCQADLVKDNGHKYFLSVLADPYMPAEHRTMTAFILAVIVNSYHTGQEACLQGNLIA ICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTI DHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSV SSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLI GVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPA SSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFC 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ICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTI DHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSV SSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLI GVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPA SSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFC DWSARYFAQPVMKIPEEHDLESQIRKEREWRFLRNSRVRRQAQQVIQKGITRLDDQIFLNRNPGVPSVVKFHPFTPCIAV ADKDSICFWDWEKGEKLDYFHNGNPRYTRVTAMEYLNGQDCSLLLTATDDGAIRVWKNFADLEKNPEMVTAWQGLSDMLP TTRGAGMVVDWEQETGLLMSSGDVRIVRIWDTDREMKVQDIPTGADSCVTSLSCDSHRSLIVAGLGDGSIRVYDRRMALS ECRVMTYREHTAWVVKASLQKRPDGHIVSVSVNGDVRIFDPRMPESVNVLQIVKGLTALDIHPQADLIACGSVNQFTAIY NSSGELINNIKYYDGFMGQRVGAISCLAFHPHWPHLAVGSNDYYISVYSVEKRVR ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MPNTAMKKKVLLMGKSGSGKTSMRSIIFANYIARDTRRLGATIDVEHSHVRFLGNLVLNLWDCGGLDTFMENYFTSQRDN IFRNVEVLIYVFDVESRELEKDMHYYQSCLEAILQNSPDAKIFCLVHKMDLVQEDQRDLIFKEREEDLRRLSRPLECACF 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VFHKMSPNETLFLESTNKIYKDDISNSSFVNFQIWDFPGQMDFFDPTFDYEMIFRGTGALIYVIDAQDDYMEALTRLHIT VSKAYKVNPDMNFEVFIHKVDGLSDDHKIETQRDIHQRANDDLADAGLEKLHLSFYLTSIYDHSIFEAFSKVVQKLIPQL PTLENLLNIFISNSGIEKAFLFDVVSKIYIATDSSPVDMQSYELCCDMIDVVIDVSCIYGLKEDGSGSAYDKESMAIIKL NNTTVLYLKEVTKFLALVCILREESFERKGLIDYNFHCFRKAIHEVFEVGVTSHRSCGHQTSASSLKALTHNGTPRNAI ; C,J ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MGCCYSSENEDSDQDREERKLLLDPSSPPTKALNGAEPNYHSLPSARTDEQALLSSILAKTASNIIDVSAADSQGMEQHE YMDRARQYSTRLAVLSSSLTHWKKLPPLPSLTSQPHQVLASEPIPFSDLQQVSRIAAYAYSALSQIRVDAKEELVVQFGI P ; ;MGCCYSSENEDSDQDREERKLLLDPSSPPTKALNGAEPNYHSLPSARTDEQALLSSILAKTASNIIDVSAADSQGMEQHE YMDRARQYSTRLAVLSSSLTHWKKLPPLPSLTSQPHQVLASEPIPFSDLQQVSRIAAYAYSALSQIRVDAKEELVVQFGI P ; D,K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCMEGR VAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS ; ;MLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCMEGR VAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS ; E,L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQV VQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS ; ;MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQV VQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS ; F,M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVS GQRVFVVKRQNRGREPIDV ; ;MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVS GQRVFVVKRQNRGREPIDV ; G,N ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQKHD GITVAVHKMAS ; ;MEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQKHD GITVAVHKMAS ; H,O ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MASRIGLRMQLMREQAQQEEQRERMQQQAVMHYMQQQQQQQQQQLGGPPTPAINTPVHFQSPPPVPGEVLKVQSYLENPT SYHLQQSQHQKVREYLSETYGNKFAAHISPAQGSPKPPPAASPGVRAGHVLSSSAGNSAPNSPMAMLHIGSNPERELDDV IDNIMRLDDVLGYINPEMQMPNTLPLSSSHLNVYSSDPQVTASLVGVTSSSCPADLTQKRELTDAESRALAKERQKKDNH NLIERRRRFNINDRIKELGMLIPKANDLDVRWNKGTILKASVDYIRRMQKDLQKSRELENHSRRLEMTNKQLWLRIQELE MQARVHGLPTTSPSGMNMAELAQQVVKQELPSEEGPGEALMLGAEVPDPEPLPALPPQAPLPLPTQPPSPFHHLDFSHSL SFGGREDEGPPGYPEPLAPGHGSPFPSLSKKDLDLMLLDDSLLPLASDPLLSTMSPEASKASSRRSSFSMEEGDVL ; ;MASRIGLRMQLMREQAQQEEQRERMQQQAVMHYMQQQQQQQQQQLGGPPTPAINTPVHFQSPPPVPGEVLKVQSYLENPT SYHLQQSQHQKVREYLSETYGNKFAAHISPAQGSPKPPPAASPGVRAGHVLSSSAGNSAPNSPMAMLHIGSNPERELDDV IDNIMRLDDVLGYINPEMQMPNTLPLSSSHLNVYSSDPQVTASLVGVTSSSCPADLTQKRELTDAESRALAKERQKKDNH NLIERRRRFNINDRIKELGMLIPKANDLDVRWNKGTILKASVDYIRRMQKDLQKSRELENHSRRLEMTNKQLWLRIQELE MQARVHGLPTTSPSGMNMAELAQQVVKQELPSEEGPGEALMLGAEVPDPEPLPALPPQAPLPLPTQPPSPFHHLDFSHSL SFGGREDEGPPGYPEPLAPGHGSPFPSLSKKDLDLMLLDDSLLPLASDPLLSTMSPEASKASSRRSSFSMEEGDVL ; P ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLU n 1 3 SER n 1 4 GLU n 1 5 MET n 1 6 LEU n 1 7 GLN n 1 8 SER n 1 9 PRO n 1 10 LEU n 1 11 LEU n 1 12 GLY n 1 13 LEU n 1 14 GLY n 1 15 GLU n 1 16 GLU n 1 17 ASP n 1 18 GLU n 1 19 ALA n 1 20 ASP n 1 21 LEU n 1 22 THR n 1 23 ASP n 1 24 TRP n 1 25 ASN n 1 26 LEU n 1 27 PRO n 1 28 LEU n 1 29 ALA n 1 30 PHE n 1 31 MET n 1 32 LYS n 1 33 LYS n 1 34 ARG n 1 35 HIS n 1 36 CYS n 1 37 GLU n 1 38 LYS n 1 39 ILE n 1 40 GLU n 1 41 GLY n 1 42 SER n 1 43 LYS n 1 44 SER n 1 45 LEU n 1 46 ALA n 1 47 GLN n 1 48 SER n 1 49 TRP n 1 50 ARG n 1 51 MET n 1 52 LYS n 1 53 ASP n 1 54 ARG n 1 55 MET n 1 56 LYS n 1 57 THR n 1 58 VAL n 1 59 SER n 1 60 VAL n 1 61 ALA n 1 62 LEU n 1 63 VAL n 1 64 LEU n 1 65 CYS n 1 66 LEU n 1 67 ASN n 1 68 VAL n 1 69 GLY n 1 70 VAL n 1 71 ASP n 1 72 PRO n 1 73 PRO n 1 74 ASP n 1 75 VAL n 1 76 VAL n 1 77 LYS n 1 78 THR n 1 79 THR n 1 80 PRO n 1 81 CYS n 1 82 ALA n 1 83 ARG n 1 84 LEU n 1 85 GLU n 1 86 CYS n 1 87 TRP n 1 88 ILE n 1 89 ASP n 1 90 PRO n 1 91 LEU n 1 92 SER n 1 93 MET n 1 94 GLY n 1 95 PRO n 1 96 GLN n 1 97 LYS n 1 98 ALA n 1 99 LEU n 1 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'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RPTOR_HUMAN Q8N122 ? 1 ;MESEMLQSPLLGLGEEDEADLTDWNLPLAFMKKRHCEKIEGSKSLAQSWRMKDRMKTVSVALVLCLNVGVDPPDVVKTTP CARLECWIDPLSMGPQKALETIGANLQKQYENWQPRARYKQSLDPTVDEVKKLCTSLRRNAKEERVLFHYNGHGVPRPTV NGEVWVFNKNYTQYIPLSIYDLQTWMGSPSIFVYDCSNAGLIVKSFKQFALQREQELEVAAINPNHPLAQMPLPPSMKNC IQLAACEATELLPMIPDLPADLFTSCLTTPIKIALRWFCMQKCVSLVPGVTLDLIEKIPGRLNDRRTPLGELNWIFTAIT DTIAWNVLPRDLFQKLFRQDLLVASLFRNFLLAERIMRSYNCTPVSSPRLPPTYMHAMWQAWDLAVDICLSQLPTIIEEG TAFRHSPFFAEQLTAFQVWLTMGVENRNPPEQLPIVLQVLLSQVHRLRALDLLGRFLDLGPWAVSLALSVGIFPYVLKLL QSSARELRPLLVFIWAKILAVDSSCQADLVKDNGHKYFLSVLADPYMPAEHRTMTAFILAVIVNSYHTGQEACLQGNLIA ICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTI DHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSV SSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLI GVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPA SSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFC DWSARYFAQPVMKIPEEHDLESQIRKEREWRFLRNSRVRRQAQQVIQKGITRLDDQIFLNRNPGVPSVVKFHPFTPCIAV ADKDSICFWDWEKGEKLDYFHNGNPRYTRVTAMEYLNGQDCSLLLTATDDGAIRVWKNFADLEKNPEMVTAWQGLSDMLP TTRGAGMVVDWEQETGLLMSSGDVRIVRIWDTDREMKVQDIPTGADSCVTSLSCDSHRSLIVAGLGDGSIRVYDRRMALS ECRVMTYREHTAWVVKASLQKRPDGHIVSVSVNGDVRIFDPRMPESVNVLQIVKGLTALDIHPQADLIACGSVNQFTAIY NSSGELINNIKYYDGFMGQRVGAISCLAFHPHWPHLAVGSNDYYISVYSVEKRVR ; 1 2 UNP RRAGA_HUMAN Q7L523 ? 2 ;MPNTAMKKKVLLMGKSGSGKTSMRSIIFANYIARDTRRLGATIDVEHSHVRFLGNLVLNLWDCGGQDTFMENYFTSQRDN IFRNVEVLIYVFDVESRELEKDMHYYQSCLEAILQNSPDAKIFCLVHKMDLVQEDQRDLIFKEREEDLRRLSRPLECACF RTSIWDETLYKAWSSIVYQLIPNVQQLEMNLRNFAQIIEADEVLLFERATFLVISHYQCKEQRDVHRFEKISNIIKQFKL SCSKLAASFQSMEVRNSNFAAFIDIFTSNTYVMVVMSDPSIPSAATLINIRNARKHFEKLERVDGPKHSLLMR ; 1 3 UNP RRAGC_HUMAN Q9HB90 ? 3 ;MSLQYGAEETPLAGSYGAADSFPKDFGYGVEEEEEEAAAAGGGVGAGAGGGCGPGGADSSKPRILLMGLRRSGKSSIQKV VFHKMSPNETLFLESTNKIYKDDISNSSFVNFQIWDFPGQMDFFDPTFDYEMIFRGTGALIYVIDAQDDYMEALTRLHIT VSKAYKVNPDMNFEVFIHKVDGLSDDHKIETQRDIHQRANDDLADAGLEKLHLSFYLTSIYDHSIFEAFSKVVQKLIPQL PTLENLLNIFISNSGIEKAFLFDVVSKIYIATDSSPVDMQSYELCCDMIDVVIDVSCIYGLKEDGSGSAYDKESMAIIKL NNTTVLYLKEVTKFLALVCILREESFERKGLIDYNFHCFRKAIHEVFEVGVTSHRSCGHQTSASSLKALTHNGTPRNAI ; 1 4 UNP LTOR1_HUMAN Q6IAA8 ? 4 ;MGCCYSSENEDSDQDREERKLLLDPSSPPTKALNGAEPNYHSLPSARTDEQALLSSILAKTASNIIDVSAADSQGMEQHE YMDRARQYSTRLAVLSSSLTHWKKLPPLPSLTSQPHQVLASEPIPFSDLQQVSRIAAYAYSALSQIRVDAKEELVVQFGI P ; 1 5 UNP LTOR2_HUMAN Q9Y2Q5 ? 5 ;MLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCMEGR VAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS ; 1 6 UNP LTOR3_HUMAN Q9UHA4 ? 6 ;MADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQV VQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS ; 1 7 UNP LTOR4_HUMAN Q0VGL1 ? 7 ;MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVS GQRVFVVKRQNRGREPIDV ; 1 8 UNP LTOR5_HUMAN O43504 ? 8 ;MEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQKHD GITVAVHKMAS ; 1 9 UNP TFEB_HUMAN P19484 ? 9 ;MASRIGLRMQLMREQAQQEEQRERMQQQAVMHYMQQQQQQQQQQLGGPPTPAINTPVHFQSPPPVPGEVLKVQSYLENPT SYHLQQSQHQKVREYLSETYGNKFAAHISPAQGSPKPPPAASPGVRAGHVLSSSAGNSAPNSPMAMLHIGSNPERELDDV IDNIMRLDDVLGYINPEMQMPNTLPLSSSHLNVYSSDPQVTASLVGVTSSSCPADLTQKRELTDAESRALAKERQKKDNH NLIERRRRFNINDRIKELGMLIPKANDLDVRWNKGTILKASVDYIRRMQKDLQKSRELENHSRRLEMTNKQLWLRIQELE MQARVHGLPTTSPSGMNMAELAQQVVKQELPSEEGPGEALMLGAEVPDPEPLPALPPQAPLPLPTQPPSPFHHLDFSHSL SFGGREDEGPPGYPEPLAPGHGSPFPSLSKKDLDLMLLDDSLLPLASDPLLSTMSPEASKASSRRSSFSMEEGDVL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7UX2 A 1 ? 1335 ? 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'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GDP 'RNA linking' n "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O11 P2' 443.201 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.6262 ? 37649 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0432 ? 4288 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0046 ? 4820 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.5040 ? 3746 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 7UX2 _struct.title 'cryo-EM structure of the Raptor-TFEB-Rag-Ragulator complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7UX2 _struct_keywords.text 'mTORC1, TFEB, Lysosome biogenesis, Autophagy, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 7 ? O N N 8 ? P N N 9 ? Q N N 10 ? R N N 11 ? S N N 12 ? 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THR P 80 GLY P 101 1 ? 22 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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