data_7UX3 # _entry.id 7UX3 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.371 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7UX3 pdb_00007ux3 10.2210/pdb7ux3/pdb WWPDB D_1000265095 ? ? EMDB EMD-26853 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Asymmetric unit of AP-1, Arf1, Nef lattice on narrow membrane tubes' _pdbx_database_related.db_id EMD-26853 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7UX3 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-05-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 'Hurley, J.H.' 2 0000-0001-5054-5445 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first eadd3914 _citation.page_last eadd3914 _citation.title 'Self-assembly and structure of a clathrin-independent AP-1:Arf1 tubular membrane coat.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.add3914 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36269825 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hooy, R.M.' 1 0000-0001-8917-0249 primary 'Iwamoto, Y.' 2 0000-0002-6747-1590 primary 'Tudorica, D.A.' 3 0000-0003-0337-5150 primary 'Ren, X.' 4 0000-0002-4822-4316 primary 'Hurley, J.H.' 5 0000-0001-5054-5445 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7UX3 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 7UX3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'ADP-ribosylation factor 1' 20800.902 2 ? ? ? 'glycine at position 2 is myristoylated - experimentally validated by mass spectrometry' 2 polymer man 'Protein Nef' 24364.404 2 ? ? ? 'dileucine loop from adjacent protomer' 3 polymer man 'HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain' 4542.884 1 ? 'T345S, S349G, G355S, C363A' ? 'C-terminal fragment' 4 polymer man 'AP-1 complex subunit beta-1' 104605.266 1 ? 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protein complex 1 subunit mu-1,Clathrin assembly protein complex 1 mu-1 medium chain 1,Clathrin coat assembly protein AP47,Clathrin coat-associated protein AP47,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit,Mu-adaptin 1,Mu1A-adaptin ; 7 ;Adaptor protein complex AP-1 subunit sigma-1C,Adaptor-related protein complex 1 subunit sigma-1C,Clathrin assembly protein complex 1 sigma-1C small chain,Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin sigma-1C subunit,Sigma 1C subunit of AP-1 clathrin,Sigma-adaptin 1C,Sigma1C-adaptin ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no yes ;(MYR)GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRP LWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQ ATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; ;XGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRH YFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCA TSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; C,H ? 2 'polypeptide(L)' no yes ;(MYR)GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPL RPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEA NKGENTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; ;XGGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMT YKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGE NTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNCGHHHHHH ; N,L ? 3 'polypeptide(L)' no no GAMGSCRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH GAMGSCRKSSDRKGGSYSQAAGSDSAQSSDVSLTAAKVHHHHHH Y ? 4 'polypeptide(L)' no no ;TDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQP DMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQGF 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LDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSIC ERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHEM KVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQT KVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKSTQVQ LQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLLD ELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPPV SGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPKA VWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTVG SVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSSN IFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; B ? 5 'polypeptide(L)' no no ;PAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFTD KRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALCA 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EYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQQ RAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ ; G ? 6 'polypeptide(L)' no no ;SASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVF SFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRS EGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQC VRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDAD SPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKS GYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; ;SASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVF SFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRS EGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQC VRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDAD SPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKS GYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; S ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MYR n 1 2 GLY n 1 3 ASN n 1 4 ILE n 1 5 PHE n 1 6 ALA n 1 7 ASN n 1 8 LEU n 1 9 PHE n 1 10 LYS n 1 11 GLY n 1 12 LEU n 1 13 PHE n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 LYS n 1 17 GLU n 1 18 MET n 1 19 ARG n 1 20 ILE n 1 21 LEU n 1 22 MET n 1 23 VAL n 1 24 GLY n 1 25 LEU n 1 26 ASP n 1 27 ALA n 1 28 ALA n 1 29 GLY n 1 30 LYS n 1 31 THR n 1 32 THR n 1 33 ILE n 1 34 LEU n 1 35 TYR n 1 36 LYS n 1 37 LEU n 1 38 LYS n 1 39 LEU n 1 40 GLY n 1 41 GLU n 1 42 ILE n 1 43 VAL n 1 44 THR n 1 45 THR n 1 46 ILE n 1 47 PRO n 1 48 THR n 1 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ARF1_HUMAN P84077 ? 1 ;GNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHY FQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCAT SGDGLYEGLDWLSNQLRNQK ; 2 2 UNP Q90VU7_9HIV1 Q90VU7 ? 2 ;GGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTY KAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGEN TSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC ; 2 3 UNP HLAA_HUMAN P04439 ? 3 RKSSDRKGGSYTQAASSDSAQGSDVSLTACKV 334 4 UNP AP1B1_HUMAN Q10567 ? 4 ;TDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQP DMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQGF LDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSIC ERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHEM KVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELKEYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQT KVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDESTQVQ LQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLLD ELICYIGTLASVYHKPPSAFVEGGRGVVHKSLPPRTASSESAESPETAPTGAPPGEQPDVIPAQGDLLGDLLNLDLGPPV SGPPLATSSVQMGAVDLLGGGLDSLMGDEPEGIGGTNFVAPPTAAVPANLGAPIGSGLSDLFDLTSGVGTLSGSYVAPKA VWLPAMKAKGLEISGTFTRQVGSISMDLQLTNKALQVMTDFAIQFNRNSFGLAPAAPLQVHAPLSPNQTVEISLPLSTVG SVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSTLYPLHILFVEDGKMDRQMFLATWKDIPNENEAQFQIRDCPLNAEAASSKLQSSN IFTVAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWVLAELRIQPGNPSCTDLELSLKCRAPEVSQHVYQAYETILKN ; 2 5 UNP AP1G1_MOUSE P22892 ? 5 ;PAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFTD KRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALCA VHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGIS DPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNND KNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADCA SGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCIG EYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQQ RAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGP ; 2 6 UNP AP1M1_MOUSE P35585 ? 6 ;SASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVF SFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRS EGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQC VRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDAD SPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKS GYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ ; 2 7 UNP AP1S3_HUMAN Q96PC3 ? 7 ;MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLT LEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVSQTMGER ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7UX3 C 2 ? 181 ? 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Assembly occurs in bacteria during expression.' 'AP-1 heterotetramer' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '4, 5, 6, 7' ? ? 3 1 ? 'Arf1, Nef and MHC-I cytosolic tail' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3' ? ? # _em_image_scans.entry_id 7UX3 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7UX3 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 4500 _em_imaging.nominal_defocus_min 1500 _em_imaging.nominal_magnification 42000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'EMS Lacey Carbon' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;60 second wait, 3-5 second blot, 597 filter paper, 0.5 second drain. Sample was supplemented with 10nm BSA-gold fiducials. 3.5ul of the mixture was double-side blotted. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7UX3 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7UX3 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SUBTOMOGRAM AVERAGING' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7UX3 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS C 15 ? ? -130.75 -36.05 2 1 MET C 18 ? ? 82.79 174.82 3 1 GLN C 128 ? ? -91.60 59.16 4 1 MET H 18 ? ? 81.22 174.87 5 1 GLN N 73 ? ? 78.58 -0.25 6 1 PRO N 122 ? ? -82.30 47.52 7 1 MET B 86 ? ? -97.89 30.07 8 1 SER B 172 ? ? -78.96 -166.10 9 1 ASN B 173 ? ? 61.59 72.35 10 1 SER B 193 ? ? 80.38 4.32 11 1 ASN B 195 ? ? 61.94 62.16 12 1 LEU B 317 ? ? -98.88 31.81 13 1 LYS B 402 ? ? 63.58 62.70 14 1 ALA B 456 ? ? -84.71 49.87 15 1 TYR G 45 ? ? -98.14 31.78 16 1 ASP G 98 ? ? 80.01 -2.00 17 1 HIS G 235 ? ? 80.07 0.61 18 1 ASN G 277 ? ? -99.39 32.92 19 1 THR G 335 ? ? -91.82 52.85 20 1 GLU G 493 ? ? -126.40 -168.22 21 1 SER G 520 ? ? 79.18 -3.74 22 1 ASP M 250 ? ? -141.85 31.98 23 1 GLU M 284 ? ? -95.32 59.18 24 1 SER M 287 ? ? -69.37 99.38 25 1 ARG M 290 ? ? -170.45 -177.60 26 1 SER S 47 ? ? 77.51 -1.55 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 C ASN 3 ? CB ? A ASN 3 CB 2 1 Y 1 C ASN 3 ? CG ? A ASN 3 CG 3 1 Y 1 C ASN 3 ? OD1 ? A ASN 3 OD1 4 1 Y 1 C ASN 3 ? ND2 ? A ASN 3 ND2 5 1 Y 1 C ILE 4 ? CB ? A ILE 4 CB 6 1 Y 1 C ILE 4 ? CG1 ? A ILE 4 CG1 7 1 Y 1 C ILE 4 ? CG2 ? A ILE 4 CG2 8 1 Y 1 C ILE 4 ? CD1 ? A ILE 4 CD1 9 1 Y 1 C PHE 5 ? CB ? A PHE 5 CB 10 1 Y 1 C PHE 5 ? CG ? A PHE 5 CG 11 1 Y 1 C PHE 5 ? CD1 ? A PHE 5 CD1 12 1 Y 1 C PHE 5 ? CD2 ? A PHE 5 CD2 13 1 Y 1 C PHE 5 ? CE1 ? A PHE 5 CE1 14 1 Y 1 C PHE 5 ? CE2 ? A PHE 5 CE2 15 1 Y 1 C PHE 5 ? CZ ? A PHE 5 CZ 16 1 Y 1 C ALA 6 ? CB ? A ALA 6 CB 17 1 Y 1 C ASN 7 ? CB ? A ASN 7 CB 18 1 Y 1 C ASN 7 ? CG ? A ASN 7 CG 19 1 Y 1 C ASN 7 ? OD1 ? A ASN 7 OD1 20 1 Y 1 C ASN 7 ? ND2 ? A ASN 7 ND2 21 1 Y 1 C LEU 8 ? CB ? A LEU 8 CB 22 1 Y 1 C LEU 8 ? CG ? A LEU 8 CG 23 1 Y 1 C LEU 8 ? CD1 ? A LEU 8 CD1 24 1 Y 1 C LEU 8 ? CD2 ? A LEU 8 CD2 25 1 Y 1 C PHE 9 ? CB ? A PHE 9 CB 26 1 Y 1 C PHE 9 ? CG ? A PHE 9 CG 27 1 Y 1 C PHE 9 ? CD1 ? A PHE 9 CD1 28 1 Y 1 C PHE 9 ? CD2 ? 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A LEU 21 CD1 81 1 Y 1 C LEU 21 ? CD2 ? A LEU 21 CD2 82 1 Y 1 C MET 22 ? CB ? A MET 22 CB 83 1 Y 1 C MET 22 ? CG ? A MET 22 CG 84 1 Y 1 C MET 22 ? SD ? A MET 22 SD 85 1 Y 1 C MET 22 ? CE ? A MET 22 CE 86 1 Y 1 C VAL 23 ? CB ? A VAL 23 CB 87 1 Y 1 C VAL 23 ? CG1 ? A VAL 23 CG1 88 1 Y 1 C VAL 23 ? CG2 ? A VAL 23 CG2 89 1 Y 1 C LEU 25 ? CB ? A LEU 25 CB 90 1 Y 1 C LEU 25 ? CG ? A LEU 25 CG 91 1 Y 1 C LEU 25 ? CD1 ? A LEU 25 CD1 92 1 Y 1 C LEU 25 ? CD2 ? A LEU 25 CD2 93 1 Y 1 C ASP 26 ? CB ? A ASP 26 CB 94 1 Y 1 C ASP 26 ? CG ? A ASP 26 CG 95 1 Y 1 C ASP 26 ? OD1 ? A ASP 26 OD1 96 1 Y 1 C ASP 26 ? OD2 ? A ASP 26 OD2 97 1 Y 1 C ALA 27 ? CB ? A ALA 27 CB 98 1 Y 1 C ALA 28 ? CB ? A ALA 28 CB 99 1 Y 1 C LYS 30 ? CB ? A LYS 30 CB 100 1 Y 1 C LYS 30 ? CG ? A LYS 30 CG 101 1 Y 1 C LYS 30 ? CD ? A LYS 30 CD 102 1 Y 1 C LYS 30 ? CE ? A LYS 30 CE 103 1 Y 1 C LYS 30 ? NZ ? A LYS 30 NZ 104 1 Y 1 C THR 31 ? CB ? A THR 31 CB 105 1 Y 1 C THR 31 ? OG1 ? A THR 31 OG1 106 1 Y 1 C THR 31 ? CG2 ? A THR 31 CG2 107 1 Y 1 C THR 32 ? CB ? A THR 32 CB 108 1 Y 1 C THR 32 ? OG1 ? A THR 32 OG1 109 1 Y 1 C THR 32 ? CG2 ? A THR 32 CG2 110 1 Y 1 C ILE 33 ? CB ? A ILE 33 CB 111 1 Y 1 C ILE 33 ? CG1 ? A ILE 33 CG1 112 1 Y 1 C ILE 33 ? CG2 ? A ILE 33 CG2 113 1 Y 1 C ILE 33 ? CD1 ? A ILE 33 CD1 114 1 Y 1 C LEU 34 ? CB ? A LEU 34 CB 115 1 Y 1 C LEU 34 ? CG ? A LEU 34 CG 116 1 Y 1 C LEU 34 ? CD1 ? A LEU 34 CD1 117 1 Y 1 C LEU 34 ? CD2 ? A LEU 34 CD2 118 1 Y 1 C TYR 35 ? CB ? A TYR 35 CB 119 1 Y 1 C TYR 35 ? CG ? A TYR 35 CG 120 1 Y 1 C TYR 35 ? CD1 ? A TYR 35 CD1 121 1 Y 1 C TYR 35 ? CD2 ? A TYR 35 CD2 122 1 Y 1 C TYR 35 ? CE1 ? A TYR 35 CE1 123 1 Y 1 C TYR 35 ? CE2 ? A TYR 35 CE2 124 1 Y 1 C TYR 35 ? CZ ? A TYR 35 CZ 125 1 Y 1 C TYR 35 ? OH ? A TYR 35 OH 126 1 Y 1 C LYS 36 ? CB ? A LYS 36 CB 127 1 Y 1 C LYS 36 ? CG ? A LYS 36 CG 128 1 Y 1 C LYS 36 ? CD ? A LYS 36 CD 129 1 Y 1 C LYS 36 ? CE ? A LYS 36 CE 130 1 Y 1 C LYS 36 ? NZ ? A LYS 36 NZ 131 1 Y 1 C LEU 37 ? CB ? A LEU 37 CB 132 1 Y 1 C LEU 37 ? CG ? A LEU 37 CG 133 1 Y 1 C LEU 37 ? CD1 ? A LEU 37 CD1 134 1 Y 1 C LEU 37 ? CD2 ? A LEU 37 CD2 135 1 Y 1 C LYS 38 ? CB ? A LYS 38 CB 136 1 Y 1 C LYS 38 ? CG ? A LYS 38 CG 137 1 Y 1 C LYS 38 ? CD ? A LYS 38 CD 138 1 Y 1 C LYS 38 ? CE ? A LYS 38 CE 139 1 Y 1 C LYS 38 ? NZ ? A LYS 38 NZ 140 1 Y 1 C LEU 39 ? CB ? A LEU 39 CB 141 1 Y 1 C LEU 39 ? CG ? A LEU 39 CG 142 1 Y 1 C LEU 39 ? CD1 ? A LEU 39 CD1 143 1 Y 1 C LEU 39 ? CD2 ? A LEU 39 CD2 144 1 Y 1 C GLU 41 ? CB ? A GLU 41 CB 145 1 Y 1 C GLU 41 ? CG ? A GLU 41 CG 146 1 Y 1 C GLU 41 ? CD ? A GLU 41 CD 147 1 Y 1 C GLU 41 ? OE1 ? A GLU 41 OE1 148 1 Y 1 C GLU 41 ? OE2 ? A GLU 41 OE2 149 1 Y 1 C ILE 42 ? CB ? A ILE 42 CB 150 1 Y 1 C ILE 42 ? CG1 ? A ILE 42 CG1 151 1 Y 1 C ILE 42 ? CG2 ? A ILE 42 CG2 152 1 Y 1 C ILE 42 ? CD1 ? A ILE 42 CD1 153 1 Y 1 C VAL 43 ? CB ? A VAL 43 CB 154 1 Y 1 C VAL 43 ? CG1 ? A VAL 43 CG1 155 1 Y 1 C VAL 43 ? CG2 ? A VAL 43 CG2 156 1 Y 1 C THR 44 ? CB ? 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G ARG 184 672 1 Y 1 L PHE 185 ? G PHE 185 673 1 Y 1 L ASP 186 ? G ASP 186 674 1 Y 1 L SER 187 ? G SER 187 675 1 Y 1 L ARG 188 ? G ARG 188 676 1 Y 1 L LEU 189 ? G LEU 189 677 1 Y 1 L ALA 190 ? G ALA 190 678 1 Y 1 L PHE 191 ? G PHE 191 679 1 Y 1 L HIS 192 ? G HIS 192 680 1 Y 1 L HIS 193 ? G HIS 193 681 1 Y 1 L VAL 194 ? G VAL 194 682 1 Y 1 L ALA 195 ? G ALA 195 683 1 Y 1 L ARG 196 ? G ARG 196 684 1 Y 1 L GLU 197 ? G GLU 197 685 1 Y 1 L LEU 198 ? G LEU 198 686 1 Y 1 L HIS 199 ? G HIS 199 687 1 Y 1 L PRO 200 ? G PRO 200 688 1 Y 1 L GLU 201 ? G GLU 201 689 1 Y 1 L TYR 202 ? G TYR 202 690 1 Y 1 L PHE 203 ? G PHE 203 691 1 Y 1 L LYS 204 ? G LYS 204 692 1 Y 1 L ASN 205 ? G ASN 205 693 1 Y 1 L CYS 206 ? G CYS 206 694 1 Y 1 L GLY 207 ? G GLY 207 695 1 Y 1 L HIS 208 ? G HIS 208 696 1 Y 1 L HIS 209 ? G HIS 209 697 1 Y 1 L HIS 210 ? G HIS 210 698 1 Y 1 L HIS 211 ? G HIS 211 699 1 Y 1 L HIS 212 ? G HIS 212 700 1 Y 1 L HIS 213 ? G HIS 213 701 1 Y 1 M GLY 139 ? H GLY 138 702 1 Y 1 M HIS 140 ? H HIS 139 703 1 Y 1 M LYS 141 ? H LYS 140 704 1 Y 1 M LEU 142 ? H LEU 141 705 1 Y 1 M GLU 143 ? H GLU 142 706 1 Y 1 M THR 144 ? H THR 143 707 1 Y 1 M GLY 145 ? H GLY 144 708 1 Y 1 S GLU 143 ? I GLU 143 709 1 Y 1 S VAL 144 ? I VAL 144 710 1 Y 1 S SER 145 ? I SER 145 711 1 Y 1 S THR 146 ? I THR 146 712 1 Y 1 S VAL 147 ? I VAL 147 713 1 Y 1 S SER 148 ? I SER 148 714 1 Y 1 S GLN 149 ? I GLN 149 715 1 Y 1 S THR 150 ? I THR 150 716 1 Y 1 S MET 151 ? I MET 151 717 1 Y 1 S GLY 152 ? I GLY 152 718 1 Y 1 S GLU 153 ? I GLU 153 719 1 Y 1 S ARG 154 ? I ARG 154 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? HEPES 1 2 125 mM KCH3COO 'potassium acetate' 1 3 2 mM ? 'magnesium chloride' 1 4 1 mM ? DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details ;CTF was estimated on a per-tilt basis in IMOD (4.11) using CTFPLOTTER. The results were used as input to NOVACTF during 3DCTF correction. ; # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The images were gain-normalized' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3 _em_image_recording.average_exposure_time 3 _em_image_recording.details 'Tilt images were collected in movie-mode. Each movie/tilt consisted of 3-4 frames each' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 123 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 25 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? Dynamo 1.1.532 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? NOVACTF ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.14 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF ChimeraX' 1.3 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1.1 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.20-4459 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;Tubes were annotated by tracing the center of the tube in Dynamo and recording the average apparent diameter. Initial subtomogram positions were picked using uniform radial and axial sampling. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 31 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 61864 _em_volume_selection.reference_model Reference-free # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'F32 AI152971' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'R01 AI120691' 2 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'P50 AI150476' 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 GTP ? ? GTP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" GTP 9 'MAGNESIUM ION' MG # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6CM9 2 'experimental model' PDB 4EN2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 #