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EMDB EMD-31873 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-07-13 2 'Structure model' 1 1 2024-06-19 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Data collection' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp_atom 2 2 'Structure model' chem_comp_bond # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7VB0 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'V1EG domain of V/A-ATPase from Thermus thermophilus at saturated ATP-gamma-S condition, state3' _pdbx_database_related.db_id EMD-31873 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Kishikawa, J.' 1 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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-022-28832-5 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35260556 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Kishikawa, J.' 1 0000-0003-3913-7330 primary 'Nakanishi, A.' 2 ? primary 'Nakano, A.' 3 ? primary 'Saeki, S.' 4 ? primary 'Furuta, A.' 5 ? primary 'Kato, T.' 6 0000-0002-8879-6685 primary 'Mistuoka, K.' 7 0000-0003-1782-675X primary 'Yokoyama, K.' 8 0000-0002-6813-1096 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'V-type ATP synthase alpha chain' 63669.957 3 7.1.2.2 ? ? ? 2 polymer nat 'V-type ATP synthase beta chain' 53219.500 3 ? ? ? ? 3 polymer nat 'V-type ATP synthase subunit D' 24715.566 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'V-type 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AYFEEAMKEIQGAFKALA ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MDLLKKEYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVA RLGVSKEMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPA NEIAAQIARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALT VAEYLAFEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDD RTHPIPDLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIG EDALTENDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYYGQKLEEIWGAPQALD ; ;MDLLKKEYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVA RLGVSKEMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPA NEIAAQIARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALT VAEYLAFEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDD RTHPIPDLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIG EDALTENDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYYGQKLEEIWGAPQALD ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAA LGVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRR VNALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGGRPNPQVEIGAGL ; ;MSQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAA LGVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRR VNALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGGRPNPQVEIGAGL ; G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEA FQGHDVEGYMRELVRKTIGFDIKL ; ;MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEA FQGHDVEGYMRELVRKTIGFDIKL ; H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MTGGLVLNAISRAGGAMGGLGLIKSLAEKEKQLLERLEAAKKEAEERVKRAEAEAKALLEEAEAKAKALEAQYRERERAE TEALLARYRERAEAEAKAVREKAMARLDEAVALVLKEVLP ; ;MTGGLVLNAISRAGGAMGGLGLIKSLAEKEKQLLERLEAAKKEAEERVKRAEAEAKALLEEAEAKAKALEAQYRERERAE TEALLARYRERAEAEAKAVREKAMARLDEAVALVLKEVLP ; I,K ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSKLEAILSQEVEAEIQALLQEAEAKAEAVKREAEEKAKALLQARERALEAQYRAALRRAESAGELLVATARTQARGEVL EEVRRRVREALEALPQKPEWPEVVRKLALEALEALPGAKALVANPEDLPHLEALARERGVELQAEPALRLGVRAVGAEGK TQVENSLLARLDRAWDALSSKVAQALWG ; ;MSKLEAILSQEVEAEIQALLQEAEAKAEAVKREAEEKAKALLQARERALEAQYRAALRRAESAGELLVATARTQARGEVL EEVRRRVREALEALPQKPEWPEVVRKLALEALEALPGAKALVANPEDLPHLEALARERGVELQAEPALRLGVRAVGAEGK TQVENSLLARLDRAWDALSSKVAQALWG ; J,L ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 'MAGNESIUM ION' MG 8 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 9 'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' AGS # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ILE n 1 3 GLN n 1 4 GLY n 1 5 VAL n 1 6 ILE n 1 7 GLN n 1 8 LYS n 1 9 ILE n 1 10 ALA n 1 11 GLY n 1 12 PRO n 1 13 ALA n 1 14 VAL n 1 15 ILE n 1 16 ALA n 1 17 LYS n 1 18 GLY n 1 19 MET n 1 20 LEU n 1 21 GLY n 1 22 ALA n 1 23 ARG n 1 24 MET n 1 25 TYR n 1 26 ASP n 1 27 ILE n 1 28 CYS n 1 29 LYS n 1 30 VAL n 1 31 GLY n 1 32 GLU n 1 33 GLU n 1 34 GLY n 1 35 LEU n 1 36 VAL n 1 37 GLY n 1 38 GLU n 1 39 ILE n 1 40 ILE n 1 41 ARG n 1 42 LEU n 1 43 ASP n 1 44 GLY n 1 45 ASP n 1 46 THR n 1 47 ALA n 1 48 PHE n 1 49 VAL n 1 50 GLN n 1 51 VAL n 1 52 TYR n 1 53 GLU n 1 54 ASP n 1 55 THR n 1 56 SER n 1 57 GLY n 1 58 LEU n 1 59 LYS n 1 60 VAL n 1 61 GLY n 1 62 GLU n 1 63 PRO n 1 64 VAL n 1 65 VAL n 1 66 SER n 1 67 THR n 1 68 GLY n 1 69 LEU n 1 70 PRO n 1 71 LEU n 1 72 ALA n 1 73 VAL n 1 74 GLU n 1 75 LEU n 1 76 GLY n 1 77 PRO n 1 78 GLY n 1 79 MET n 1 80 LEU n 1 81 ASN n 1 82 GLY n 1 83 ILE n 1 84 TYR n 1 85 ASP n 1 86 GLY n 1 87 ILE n 1 88 GLN n 1 89 ARG n 1 90 PRO n 1 91 LEU n 1 92 GLU n 1 93 ARG n 1 94 ILE n 1 95 ARG n 1 96 GLU n 1 97 LYS n 1 98 THR n 1 99 GLY n 1 100 ILE n 1 101 TYR n 1 102 ILE n 1 103 THR n 1 104 ARG n 1 105 GLY n 1 106 VAL n 1 107 VAL n 1 108 VAL n 1 109 HIS n 1 110 ALA n 1 111 LEU n 1 112 ASP n 1 113 ARG n 1 114 GLU n 1 115 LYS n 1 116 LYS n 1 117 TRP n 1 118 ALA n 1 119 TRP n 1 120 THR n 1 121 PRO n 1 122 MET n 1 123 VAL n 1 124 LYS n 1 125 PRO n 1 126 GLY n 1 127 ASP n 1 128 GLU n 1 129 VAL n 1 130 ARG n 1 131 GLY n 1 132 GLY n 1 133 MET n 1 134 VAL n 1 135 LEU n 1 136 GLY n 1 137 THR n 1 138 VAL n 1 139 PRO n 1 140 GLU n 1 141 PHE n 1 142 GLY n 1 143 PHE n 1 144 THR n 1 145 HIS n 1 146 LYS n 1 147 ILE n 1 148 LEU n 1 149 VAL n 1 150 PRO n 1 151 PRO n 1 152 ASP n 1 153 VAL n 1 154 ARG n 1 155 GLY n 1 156 ARG n 1 157 VAL n 1 158 LYS n 1 159 GLU n 1 160 VAL n 1 161 LYS n 1 162 PRO n 1 163 ALA n 1 164 GLY n 1 165 GLU n 1 166 TYR n 1 167 THR n 1 168 VAL n 1 169 GLU n 1 170 GLU n 1 171 PRO n 1 172 VAL n 1 173 VAL n 1 174 VAL n 1 175 LEU n 1 176 GLU n 1 177 ASP n 1 178 GLY n 1 179 THR n 1 180 GLU n 1 181 LEU n 1 182 LYS n 1 183 MET n 1 184 TYR n 1 185 HIS n 1 186 THR n 1 187 TRP n 1 188 PRO n 1 189 VAL n 1 190 ARG n 1 191 ARG n 1 192 ALA n 1 193 ARG n 1 194 PRO n 1 195 VAL n 1 196 GLN n 1 197 ARG n 1 198 LYS n 1 199 LEU n 1 200 ASP n 1 201 PRO n 1 202 ASN n 1 203 THR n 1 204 PRO n 1 205 PHE n 1 206 LEU n 1 207 THR n 1 208 GLY n 1 209 MET n 1 210 ARG n 1 211 ILE n 1 212 LEU n 1 213 ASP n 1 214 VAL n 1 215 LEU n 1 216 PHE n 1 217 PRO n 1 218 VAL n 1 219 ALA n 1 220 MET n 1 221 GLY n 1 222 GLY n 1 223 THR n 1 224 ALA n 1 225 ALA n 1 226 ILE n 1 227 PRO n 1 228 GLY n 1 229 PRO n 1 230 PHE n 1 231 GLY n 1 232 ALA n 1 233 GLY n 1 234 LYS n 1 235 SER n 1 236 VAL n 1 237 THR n 1 238 GLN n 1 239 GLN n 1 240 SER n 1 241 LEU n 1 242 ALA n 1 243 LYS n 1 244 TRP n 1 245 SER n 1 246 ASN n 1 247 ALA n 1 248 ASP n 1 249 VAL n 1 250 VAL n 1 251 VAL n 1 252 TYR n 1 253 VAL n 1 254 GLY n 1 255 CYS n 1 256 GLY n 1 257 GLU n 1 258 ARG n 1 259 GLY n 1 260 ASN n 1 261 GLU n 1 262 MET n 1 263 THR n 1 264 ASP n 1 265 VAL n 1 266 LEU n 1 267 VAL n 1 268 GLU n 1 269 PHE n 1 270 PRO n 1 271 GLU n 1 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VAL D 42 SER D 51 AA1 23 TYR D 54 ? VAL D 59 ? TYR D 54 VAL D 59 AA1 24 SER D 72 ? GLU D 77 ? SER D 72 GLU D 77 AA1 25 LYS E 5 ? TYR E 8 ? LYS E 5 TYR E 8 AA1 26 ILE E 11 ? SER E 15 ? ILE E 11 SER E 15 AA1 27 LEU E 18 ? GLU E 22 ? LEU E 18 GLU E 22 AA1 28 ILE E 32 ? LYS E 36 ? ILE E 32 LYS E 36 AA1 29 VAL E 42 ? SER E 51 ? VAL E 42 SER E 51 AA1 30 TYR E 54 ? VAL E 59 ? TYR E 54 VAL E 59 AA1 31 SER E 72 ? GLU E 77 ? SER E 72 GLU E 77 AA1 32 GLU F 7 ? TYR F 8 ? GLU F 7 TYR F 8 AA1 33 ILE F 11 ? SER F 15 ? ILE F 11 SER F 15 AA1 34 LEU F 18 ? GLU F 22 ? LEU F 18 GLU F 22 AA1 35 ILE F 32 ? LYS F 36 ? ILE F 32 LYS F 36 AA1 36 VAL F 42 ? SER F 51 ? VAL F 42 SER F 51 AA1 37 TYR F 54 ? VAL F 59 ? TYR F 54 VAL F 59 AA1 38 SER F 72 ? GLU F 77 ? SER F 72 GLU F 77 AA1 39 ALA L 120 ? ALA L 123 ? ALA L 120 ALA L 123 AA1 40 GLU L 141 ? ALA L 144 ? GLU L 141 ALA L 144 AA1 41 GLY L 151 ? VAL L 155 ? GLY L 151 VAL L 155 AA1 42 THR L 161 ? SER L 166 ? THR L 161 SER L 166 AA2 1 ALA A 72 ? LEU A 75 ? ALA A 72 LEU A 75 AA2 2 HIS A 185 ? PRO A 188 ? HIS A 185 PRO A 188 AA3 1 ILE A 83 ? TYR A 84 ? ILE A 83 TYR A 84 AA3 2 ARG A 197 ? LYS A 198 ? ARG A 197 LYS A 198 AA3 3 THR A 223 ? PRO A 227 ? THR A 223 PRO A 227 AA3 4 VAL A 249 ? GLU A 257 ? VAL A 249 GLU A 257 AA3 5 THR A 285 ? THR A 291 ? THR A 285 THR A 291 AA3 6 SER A 319 ? ALA A 324 ? SER A 319 ALA A 324 AA3 7 GLY A 366 ? ILE A 369 ? GLY A 366 ILE A 369 AA3 8 GLU A 375 ? VAL A 384 ? GLU A 375 VAL A 384 AA3 9 ALA A 405 ? PHE A 406 ? ALA A 405 PHE A 406 AA3 10 TYR A 428 ? SER A 429 ? TYR A 428 SER A 429 AA4 1 THR A 144 ? LEU A 148 ? THR A 144 LEU A 148 AA4 2 VAL A 134 ? PRO A 139 ? VAL A 134 PRO A 139 AA4 3 TRP A 117 ? PRO A 121 ? TRP A 117 PRO A 121 AA4 4 GLY A 164 ? TYR A 166 ? GLY A 164 TYR A 166 AA5 1 GLU A 128 ? VAL A 129 ? GLU A 128 VAL A 129 AA5 2 GLY A 155 ? VAL A 160 ? GLY A 155 VAL A 160 AA5 3 VAL A 173 ? LEU A 175 ? VAL A 173 LEU A 175 AA5 4 GLU A 180 ? LEU A 181 ? GLU A 180 LEU A 181 AA6 1 ALA B 72 ? LEU B 75 ? 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ILE E 152 SER E 154 AC2 3 PHE E 187 ? ILE E 196 ? PHE E 187 ILE E 196 AC2 4 SER E 217 ? LYS E 223 ? SER E 217 LYS E 223 AC2 5 HIS E 252 ? LEU E 257 ? HIS E 252 LEU E 257 AC2 6 GLY E 299 ? VAL E 300 ? GLY E 299 VAL E 300 AC2 7 SER E 307 ? SER E 315 ? SER E 307 SER E 315 AC2 8 ILE E 337 ? GLN E 338 ? ILE E 337 GLN E 338 AC3 1 PHE E 130 ? ILE E 131 ? PHE E 130 ILE E 131 AC3 2 LEU E 144 ? VAL E 145 ? LEU E 144 VAL E 145 AC4 1 ARG F 81 ? VAL F 84 ? ARG F 81 VAL F 84 AC4 2 LYS F 110 ? PRO F 113 ? LYS F 110 PRO F 113 AC5 1 ARG F 92 ? PHE F 93 ? ARG F 92 PHE F 93 AC5 2 SER F 217 ? LYS F 223 ? SER F 217 LYS F 223 AC5 3 ALA F 188 ? ILE F 196 ? ALA F 188 ILE F 196 AC5 4 HIS F 252 ? LEU F 257 ? HIS F 252 LEU F 257 AC5 5 SER F 307 ? SER F 315 ? SER F 307 SER F 315 AC5 6 ILE F 152 ? SER F 154 ? ILE F 152 SER F 154 AC5 7 ILE F 337 ? GLN F 338 ? ILE F 337 GLN F 338 AC6 1 ILE F 131 ? GLN F 132 ? ILE F 131 GLN F 132 AC6 2 THR F 172 ? VAL F 173 ? THR F 172 VAL F 173 AC7 1 VAL G 89 ? VAL G 96 ? 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