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'Structural basis of adhesion GPCR GPR110 activation by stalk peptide and G-proteins coupling' 2022 ? 10.1038/s41467-022-33173 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Zhu, X.' 1 ? primary 'Qian, Y.' 2 ? primary 'Li, X.' 3 ? primary 'Xu, Z.' 4 ? primary 'Xia, R.' 5 ? primary 'Wang, N.' 6 ? primary 'Liang, J.' 7 ? primary 'Yin, H.' 8 ? primary 'Zhang, A.' 9 ? primary 'Guo, C.' 10 ? primary 'Wang, G.' 11 ? primary 'He, Y.' 12 0000-0001-9131-140X 1 'Zhu, X.' 13 ? 1 'Qian, Y.' 14 ? 1 'Li, X.' 15 ? 1 'Xu, Z.' 16 ? 1 'Xia, R.' 17 ? 1 'Wang, N.' 18 ? 1 'Liang, J.' 19 ? 1 'Yin, H.' 20 ? 1 'Zhang, A.' 21 ? 1 'Guo, C.' 22 ? 1 'Wang, G.' 23 ? 1 'He, Y.' 24 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Adhesion G-protein coupled 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'Insect BA phytoplasma' 1286942 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP AGRF1_HUMAN Q5T601 ? 1 ;MKVGVLWLISFFTFTDGHGGFLGKNDGIKTKKELIVNKKKHLGPVEEYQLLLQVTYRDSKEKRDLRNFLKLLKPPLLWSH GLIRIIRAKATTDCNSLNGVLQCTCEDSYTWFPPSCLDPQNCYLHTAGALPSCECHLNNLSQSVNFCERTKIWGTFKINE RFTNDLLNSSSAIYSKYANGIEIQLKKAYERIQGFESVQVTQFRNGSIVAGYEVVGSSSASELLSAIEHVAEKAKTALHK LFPLEDGSFRVFGKAQCNDIVFGFGSKDDEYTLPCSSGYRGNITAKCESSGWQVIRETCVLSLLEELNKNFSMIVGNATE AAVSSFVQNLSVIIRQNPSTTVGNLASVVSILSNISSLSLASHFRVSNSTMEDVISIADNILNSASVTNWTVLLREEKYA SSRLLETLENISTLVPPTALPLNFSRKFIDWKGIPVNKSQLKRGYSYQIKMCPQNTSIPIRGRVLIGSDQFQRSLPETII SMASLTLGNILPVSKNGNAQVNGPVISTVIQNYSINEVFLFFSKIESNLSQPHCVFWDFSHLQWNDAGCHLVNETQDIVT CQCTHLTSFSILMSPFVPSTIFPVVKWITYVGLGISIGSLILCLIIEALFWKQIKKSQTSHTRRICMVNIALSLLIADVW FIVGATVDTTVNPSGVCTAAVFFTHFFYLSLFFWMLMLGILLAYRIILVFHHMAQHLMMAVGFCLGYGCPLIISVITIAV TQPSNTYKRKDVCWLNWSNGSKPLLAFVVPALAIVAVNFVVVLLVLTKLWRPTVGERLSRDDKATIIRVGKSLLILTPLL GLTWGFGIGTIVDSQNLAWHVIFALLNAFQGFFILCFGILLDSKLRQLLFNKLSALSSWKQTEKQNSSDLSAKPKFSKPF NPLQNKGHYAFSHTGDSSDNIMLTQFVSNE ; 1 2 UNP GBG2_HUMAN P59768 ? 2 MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL 1 3 PDB 7WXW 7WXW ? 3 ? 1 4 PDB 7WXW 7WXW ? 4 ? 1 5 UNP GBB1_HUMAN P62873 ? 5 ;SELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLII WDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSS GDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAF ATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVT DDGMAVATGSWDSFLKIWN ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7WXW R 1 ? 910 ? Q5T601 1 ? 910 ? 1 910 2 2 7WXW C 1 ? 71 ? P59768 1 ? 71 ? 1 71 3 3 7WXW A 1 ? 361 ? 7WXW 8 ? 394 ? 8 394 4 4 7WXW D 1 ? 161 ? 7WXW -21 ? 139 ? -21 139 5 5 7WXW B 7 ? 345 ? P62873 2 ? 340 ? 2 340 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 5 7WXW MET B 1 ? UNP P62873 ? ? 'initiating methionine' -4 1 5 7WXW GLY B 2 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -3 2 5 7WXW SER B 3 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -2 3 5 7WXW LEU B 4 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' -1 4 5 7WXW LEU B 5 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 0 5 5 7WXW GLN B 6 ? UNP P62873 ? ? 'expression tag' 1 6 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7WXW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7WXW _struct.title 'GPR110/Gs complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7WXW _struct_keywords.text 'GPCR, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 568 ? MET A 573 ? SER R 568 MET R 573 5 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 581 ? PHE A 610 ? ILE R 581 PHE R 610 1 ? 30 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 617 ? THR A 646 ? SER R 617 THR R 646 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 655 ? ILE A 687 ? GLY R 655 ILE R 687 1 ? 33 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 694 ? TYR A 707 ? ALA R 694 TYR R 707 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 AA6 GLY A 708 ? GLN A 722 ? GLY R 708 GLN R 722 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO A 723 ? ASN A 725 ? PRO R 723 ASN R 725 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU A 744 ? THR A 767 ? LEU R 744 THR R 767 1 ? 24 HELX_P HELX_P9 AA9 THR A 785 ? LEU A 794 ? THR R 785 LEU R 794 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 ILE A 795 ? GLY A 801 ? ILE R 795 GLY R 801 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU A 802 ? GLY A 805 ? LEU R 802 GLY R 805 5 ? 4 HELX_P HELX_P12 AB3 PHE A 806 ? ILE A 811 ? PHE R 806 ILE R 811 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 ALA A 818 ? ALA A 828 ? ALA R 818 ALA R 828 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 AB5 PHE A 829 ? GLY A 838 ? PHE R 829 GLY R 838 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP A 842 ? SER A 854 ? ASP R 842 SER R 854 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 ILE B 9 ? ALA B 23 ? ILE C 9 ALA C 23 1 ? 15 HELX_P HELX_P17 AB8 SER B 31 ? HIS B 44 ? SER C 31 HIS C 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO B 55 ? ASN B 59 ? PRO C 55 ASN C 59 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 SER C 6 ? ALA C 32 ? SER A 13 ALA A 39 1 ? 27 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY C 45 ? ARG C 54 ? GLY A 52 ARG A 61 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 AC3 ILE C 55 ? HIS C 57 ? ILE A 62 HIS A 64 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 TRP C 211 ? ASN C 216 ? TRP A 234 ASN A 239 5 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 ARG C 232 ? ASN C 245 ? ARG A 265 ASN A 278 1 ? 14 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS C 260 ? GLY C 271 ? LYS A 293 GLY A 304 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS C 274 ? TYR C 278 ? LYS A 307 TYR A 311 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 PHE C 279 ? TYR C 285 ? PHE A 312 TYR A 318 5 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP C 298 ? SER C 319 ? ASP A 331 SER A 352 1 ? 22 HELX_P HELX_P28 AD1 GLU C 337 ? GLN C 357 ? GLU A 370 GLN A 390 1 ? 21 HELX_P HELX_P29 AD2 THR D 50 ? TYR D 54 ? THR D 28 TYR D 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY D 84 ? LYS D 87 ? GLY D 62 LYS D 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS D 109 ? THR D 113 ? LYS D 87 THR D 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU E 9 ? ALA E 29 ? LEU B 4 ALA B 24 1 ? 21 HELX_P HELX_P33 AD6 THR E 34 ? THR E 39 ? THR B 29 THR B 34 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN E 40 ? ILE E 42 ? ASN B 35 ILE B 37 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D CYS 22 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ASP _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 296 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id E _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ASP _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 291 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PHE _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 297 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PHE _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 292 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 7.69 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR C 187 ? VAL C 191 ? THR A 210 VAL A 214 AA1 2 VAL C 194 ? PHE C 199 ? VAL A 217 PHE A 222 AA1 3 THR C 33 ? LEU C 39 ? THR A 40 LEU A 46 AA1 4 ALA C 220 ? ASP C 226 ? ALA A 243 ASP A 249 AA1 5 SER C 253 ? ASN C 259 ? SER A 286 ASN A 292 AA1 6 CYS C 326 ? PHE C 330 ? CYS A 359 PHE A 363 AA2 1 GLN D 25 ? SER D 29 ? GLN D 3 SER D 7 AA2 2 LEU D 40 ? SER D 47 ? LEU D 18 SER D 25 AA2 3 THR D 100 ? MET D 105 ? THR D 78 MET D 83 AA2 4 THR D 91 ? ASP D 95 ? THR D 69 ASP D 73 AA3 1 GLY D 32 ? VAL D 34 ? GLY D 10 VAL D 12 AA3 2 THR D 144 ? VAL D 148 ? THR D 122 VAL D 126 AA3 3 ALA D 114 ? ALA D 119 ? ALA D 92 ALA D 97 AA3 4 MET D 56 ? GLN D 61 ? MET D 34 GLN D 39 AA3 5 SER D 71 ? ILE D 73 ? SER D 49 ILE D 51 AA3 6 ILE D 80 ? TYR D 82 ? ILE D 58 TYR D 60 AA4 1 THR E 52 ? LEU E 56 ? THR B 47 LEU B 51 AA4 2 LEU E 341 ? TRP E 344 ? LEU B 336 TRP B 339 AA4 3 VAL E 332 ? SER E 336 ? VAL B 327 SER B 331 AA4 4 VAL E 320 ? VAL E 325 ? VAL B 315 VAL B 320 AA5 1 ILE E 63 ? TRP E 68 ? 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