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F ARG 24 CD 59 1 Y 1 F ARG 23 ? NE ? F ARG 24 NE 60 1 Y 1 F ARG 23 ? CZ ? F ARG 24 CZ 61 1 Y 1 F ARG 23 ? NH1 ? F ARG 24 NH1 62 1 Y 1 F ARG 23 ? NH2 ? F ARG 24 NH2 63 1 Y 1 G LYS 74 ? CG ? G LYS 75 CG 64 1 Y 1 G LYS 74 ? CD ? G LYS 75 CD 65 1 Y 1 G LYS 74 ? CE ? G LYS 75 CE 66 1 Y 1 G LYS 74 ? NZ ? G LYS 75 NZ 67 1 Y 1 G LYS 118 ? CG ? G LYS 119 CG 68 1 Y 1 G LYS 118 ? CD ? G LYS 119 CD 69 1 Y 1 G LYS 118 ? CE ? G LYS 119 CE 70 1 Y 1 G LYS 118 ? NZ ? 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# _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7X3V _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 103.64 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7X3V _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.756 ? 25222 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 29.892 ? 4417 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 2837 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 2201 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7X3V _struct.title 'Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7X3V _struct_keywords.text 'PROTEIN BINDING-DNA COMPLEX' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN BINDING/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 1 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 7X3V 7X3V ? 5 ? 1 6 PDB 7X3V 7X3V ? 6 ? 1 7 UNP IOC3_YEAST P43596 ? 7 ;VAPKPKPAHEQVEPALIPSNWTSVIPLLTSDFKNQYSVISRLKNPNMKPVPYAGDIIKLMAFINKFSSFFHSDLQNLSFQ DFEVGLDLYPGDPNGSAAGIVKGPEDTSLLLYPDFMAIKDIVYCQDKMNLLFLSLLDLTFTENFDGKSAKKKGPLTTWEN LKSSSKKVFSNPLYRLRLVAREWGYPREWRQQLPSDQDISKPKTALFEQDEQTPVVDPSHPEILTPNIYTWNANEPLPLE SNPLYNREMDKNGILALKPMDRVVLLRALTDWCASHSSAIHDEIYKLTHGKKDPVFGIQTQQVPRYTIEGVDNTINQFKK LCSLIQSRYEIRSKKKHFVKQLKEGKKPDLSRKLEILKEIKAELKNAVKSEKDELLFSLYDKWVPLFEGELPDQPLANPF SERLYKLRLQEFFLGRVPHIGDFYMPRLHSYGDSLEMSTFTDLRNLQALLSKFKNNEYNAFTLFENDGQSMSAQFKLFYH DTPSLAHDVARGRNTSGKVYWYELCHDSATLLEFLEFLDYKIVKPQDEKKEGNEKEKEALNNEAHILEQKSTTDNNPSIN TNPLPKDAKYNTARKKLQILKEFLSDYYFILRQFEQMKVQFADMKPGKRQLRRIQRQTVNYNT ; 127 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7X3V A 1 ? 136 ? A0A310TTQ1 1 ? 136 ? 0 135 2 2 7X3V B 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 3 3 7X3V C 1 ? 130 ? Q6AZJ8 1 ? 130 ? 0 129 4 4 7X3V D 1 ? 126 ? P02281 1 ? 126 ? -3 122 5 1 7X3V E 1 ? 136 ? A0A310TTQ1 1 ? 136 ? 0 135 6 2 7X3V F 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 7 3 7X3V G 1 ? 130 ? Q6AZJ8 1 ? 130 ? 0 129 8 4 7X3V H 1 ? 126 ? P02281 1 ? 126 ? -3 122 9 5 7X3V I 1 ? 147 ? 7X3V 1 ? 147 ? 1 147 10 6 7X3V J 1 ? 146 ? 7X3V 1 ? 146 ? 1 146 11 7 7X3V U 2 ? 624 ? P43596 127 ? 749 ? 127 749 # _struct_ref_seq_dif.align_id 11 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 7X3V _struct_ref_seq_dif.mon_id MET _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id U _struct_ref_seq_dif.seq_num 1 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code P43596 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num ? _struct_ref_seq_dif.details 'initiating methionine' _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 126 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 11-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'native gel electrophoresis' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? 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_em_entity_assembly_naturalsource.details ? ? 1 1 8355 'Xenopus laevis' ? ? ? ? ? ? ? 3 2 559292 'Saccharomyces cerevisiae S288c' ? ? ? ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 1 1 562 'Escherichia coli' ? ? ? 3 2 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_entity_assembly_synthetic.cell ? _em_entity_assembly_synthetic.cellular_location ? _em_entity_assembly_synthetic.entity_assembly_id 2 _em_entity_assembly_synthetic.id 1 _em_entity_assembly_synthetic.ncbi_tax_id 32630 _em_entity_assembly_synthetic.organ ? _em_entity_assembly_synthetic.organelle ? _em_entity_assembly_synthetic.organism 'synthetic construct' _em_entity_assembly_synthetic.strain ? _em_entity_assembly_synthetic.tissue ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 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