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J . n # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7X57 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7X57 _struct.title 'Cryo-EM structure of human subnucleosome (closed form)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7X57 _struct_keywords.text 'subnucleosome, NUCLEAR PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 PDB 7X57 7X57 ? 3 ? 1 4 PDB 7X57 7X57 ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7X57 A 5 ? 139 ? 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'expression tag' -2 2 1 7X57 HIS A 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 3 1 7X57 MET A 4 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' 0 4 2 7X57 GLY B 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 5 2 7X57 SER B 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 6 2 7X57 HIS B 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 7 3 7X57 GLY C 1 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -3 8 3 7X57 SER C 2 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -2 9 3 7X57 HIS C 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 10 3 7X57 MET C 4 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' 0 11 4 7X57 GLY D 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 12 4 7X57 SER D 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 13 4 7X57 HIS D 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 14 5 7X57 GLY E 1 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -3 15 5 7X57 SER E 2 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -2 16 5 7X57 HIS E 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 17 5 7X57 MET E 4 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' 0 18 6 7X57 GLY F 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 19 6 7X57 SER F 2 ? UNP P62805 ? ? 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'expression tag' -1 28 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 67 ? 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N ARG A 83 O VAL B 85 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 123 ? N ILE A 119 O ARG B 49 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N ILE C 123 ? N ILE C 119 O ARG D 49 ? O ARG D 45 AA4 1 2 N ILE E 123 ? N ILE E 119 O ARG F 49 ? O ARG F 45 AA5 1 2 N ARG G 87 ? N ARG G 83 O VAL H 85 ? O VAL H 81 AA6 1 2 N ILE G 123 ? N ILE G 119 O ARG H 49 ? 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J -59 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DC 10 1_555 J DG 136 1_555 I DC 11 1_555 J DG 135 1_555 0.906 1.753 4.668 -1.410 -7.427 37.701 3.934 -1.617 4.225 -11.353 2.155 38.424 1 II_DC-61DC-60:DG60DG61_JJ I -61 ? J 61 ? I -60 ? J 60 ? 1 I DC 11 1_555 J DG 135 1_555 I DG 12 1_555 J DC 134 1_555 -1.033 -0.415 3.539 -1.125 0.381 35.235 -0.747 1.525 3.565 0.629 1.857 35.254 2 II_DC-60DG-59:DC59DG60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 I DG 12 1_555 J DC 134 1_555 I DG 13 1_555 J DC 133 1_555 -0.350 2.334 4.179 -0.576 -1.173 38.150 3.757 0.443 4.113 -1.793 0.880 38.172 3 II_DG-59DG-58:DC58DC59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 I DG 13 1_555 J DC 133 1_555 I DT 14 1_555 J DA 132 1_555 -0.802 -0.228 3.572 -2.055 1.898 28.080 -0.954 1.119 3.597 3.900 4.222 28.216 4 II_DG-58DT-57:DA57DC58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 I DT 14 1_555 J DA 132 1_555 I DG 15 1_555 J DC 131 1_555 1.584 -0.034 3.065 -0.877 2.740 37.331 -0.388 -2.575 3.018 4.273 1.368 37.438 5 II_DT-57DG-56:DC56DA57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? J 56 ? 1 I DG 15 1_555 J DC 131 1_555 I DC 16 1_555 J DG 130 1_555 -0.643 -0.372 3.740 -1.674 1.421 34.027 -0.893 0.792 3.748 2.424 2.856 34.096 6 II_DG-56DC-55:DG55DC56_JJ I -56 ? J 56 ? I -55 ? 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J 50 ? 1 I DG 21 1_555 J DC 125 1_555 I DC 22 1_555 J DG 124 1_555 -1.317 0.140 2.792 -3.586 2.684 26.775 -0.299 2.009 2.940 5.744 7.676 27.141 12 II_DG-50DC-49:DG49DC50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 I DC 22 1_555 J DG 124 1_555 I DC 23 1_555 J DG 123 1_555 0.003 0.303 3.129 -4.481 3.823 32.797 -0.083 -0.723 3.116 6.702 7.856 33.308 13 II_DC-49DC-48:DG48DG49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 I DC 23 1_555 J DG 123 1_555 I DG 24 1_555 J DC 122 1_555 1.225 -0.044 3.089 0.693 4.034 35.322 -0.629 -1.910 3.088 6.620 -1.138 35.551 14 II_DC-48DG-47:DC47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 I DG 24 1_555 J DC 122 1_555 I DC 25 1_555 J DG 121 1_555 -0.014 1.097 3.224 1.184 0.808 35.866 1.666 0.190 3.245 1.312 -1.921 35.894 15 II_DG-47DC-46:DG46DC47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DC 25 1_555 J DG 121 1_555 I DT 26 1_555 J DA 120 1_555 0.562 2.111 3.347 3.635 -3.435 39.436 3.506 -0.403 3.197 -5.065 -5.361 39.739 16 II_DC-46DT-45:DA45DG46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 I DT 26 1_555 J DA 120 1_555 I DC 27 1_555 J DG 119 1_555 -1.988 0.179 3.811 -11.204 2.775 38.156 -0.140 1.292 4.210 4.131 16.678 39.801 17 II_DT-45DC-44:DG44DA45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 I DC 27 1_555 J DG 119 1_555 I DA 28 1_555 J DT 118 1_555 0.027 1.236 3.489 -2.686 21.485 38.118 -0.759 -0.340 3.649 30.119 3.765 43.639 18 II_DC-44DA-43:DT43DG44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DA 28 1_555 J DT 118 1_555 I DA 29 1_555 J DT 117 1_555 -0.539 0.738 3.237 -1.692 2.054 32.473 0.958 0.666 3.299 3.665 3.020 32.579 19 II_DA-43DA-42:DT42DT43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 I DA 29 1_555 J DT 117 1_555 I DT 30 1_555 J DA 116 1_555 0.236 0.752 3.645 -6.221 3.927 30.069 0.556 -1.793 3.592 7.430 11.770 30.936 20 II_DA-42DT-41:DA41DT42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? J 41 ? 1 I DT 30 1_555 J DA 116 1_555 I DT 31 1_555 J DA 115 1_555 0.759 -0.313 3.423 -2.892 5.561 32.090 -1.546 -1.865 3.246 9.941 5.169 32.681 21 II_DT-41DT-40:DA40DA41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DT 31 1_555 J DA 115 1_555 I DG 32 1_555 J DC 114 1_555 0.968 -0.469 2.974 -0.561 10.780 33.631 -2.193 -1.672 2.685 18.062 0.940 35.273 22 II_DT-40DG-39:DC39DA40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DG 32 1_555 J DC 114 1_555 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 0.464 -0.843 3.085 -2.941 7.250 37.130 -2.146 -1.058 2.833 11.233 4.556 37.917 23 II_DG-39DG-38:DC38DC39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 0.560 -0.705 3.376 2.728 0.086 33.546 -1.232 -0.505 3.408 0.149 -4.716 33.654 24 II_DG-38DT-37:DA37DC38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 -0.757 0.410 3.374 1.654 -7.915 37.458 1.633 1.364 3.190 -12.152 -2.539 38.290 25 II_DT-37DC-36:DG36DA37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 0.275 2.633 3.748 1.160 -2.383 39.080 4.248 -0.255 3.594 -3.558 -1.731 39.167 26 II_DC-36DG-35:DC35DG36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 -0.605 2.193 3.647 -5.593 0.592 38.587 3.206 0.141 3.727 0.890 8.409 38.979 27 II_DG-35DT-34:DA34DC35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 -1.146 2.233 3.420 -5.038 6.140 37.144 2.552 1.040 3.845 9.506 7.799 37.955 28 II_DT-34DA-33:DT33DA34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 -0.215 -0.150 3.058 -5.755 6.656 27.899 -1.652 -0.746 2.930 13.389 11.577 29.227 29 II_DA-33DG-32:DC32DT33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 0.608 -0.142 3.347 0.941 15.364 39.331 -1.820 -0.746 3.097 21.839 -1.338 42.125 30 II_DG-32DA-31:DT31DC32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 0.031 -1.096 3.150 -2.814 4.055 27.170 -3.225 -0.708 2.940 8.542 5.927 27.607 31 II_DA-31DC-30:DG30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 0.592 0.302 3.451 5.848 18.257 35.026 -1.887 -0.124 3.271 27.904 -8.938 39.784 32 II_DC-30DA-29:DT29DG30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 I DG 43 1_555 J DC 103 1_555 -1.308 0.402 3.109 -2.877 0.863 34.156 0.551 1.782 3.214 1.466 4.886 34.284 33 II_DA-29DG-28:DC28DT29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DG 43 1_555 J DC 103 1_555 I DC 44 1_555 J DG 102 1_555 1.213 0.123 3.015 -0.095 0.305 41.449 0.144 -1.723 3.013 0.431 0.134 41.450 34 II_DG-28DC-27:DG27DC28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 44 1_555 J DG 102 1_555 I DT 45 1_555 J DA 101 1_555 0.034 0.421 3.329 0.876 1.099 31.240 0.569 0.106 3.341 2.039 -1.625 31.270 35 II_DC-27DT-26:DA26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DT 45 1_555 J DA 101 1_555 I DC 46 1_555 J DG 100 1_555 0.393 1.167 3.614 -0.168 -1.197 38.761 1.919 -0.615 3.576 -1.803 0.253 38.779 36 II_DT-26DC-25:DG25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? 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J 10 ? 1 I DC 61 1_555 J DG 85 1_555 I DG 62 1_555 J DC 84 1_555 1.091 -0.734 3.356 16.172 26.188 34.684 -3.289 0.057 2.524 36.348 -22.446 46.055 52 II_DC-10DG-9:DC9DG10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DG 62 1_555 J DC 84 1_555 I DC 63 1_555 J DG 83 1_555 0.153 -1.062 3.224 -1.549 2.775 28.366 -2.766 -0.652 3.095 5.641 3.148 28.540 53 II_DG-9DC-8:DG8DC9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DC 63 1_555 J DG 83 1_555 I DA 64 1_555 J DT 82 1_555 -0.208 -0.099 3.238 -0.850 4.557 28.884 -1.173 0.230 3.190 9.062 1.690 29.245 54 II_DC-8DA-7:DT7DG8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? J 7 ? 1 I DA 64 1_555 J DT 82 1_555 I DC 65 1_555 J DG 81 1_555 1.557 -0.959 3.270 -0.870 0.947 34.616 -1.754 -2.747 3.204 1.590 1.462 34.640 55 II_DA-7DC-6:DG6DT7_JJ I -7 ? J 7 ? I -6 ? J 6 ? 1 I DC 65 1_555 J DG 81 1_555 I DG 66 1_555 J DC 80 1_555 -1.320 1.157 3.281 -1.054 -1.194 39.011 1.876 1.848 3.279 -1.787 1.578 39.043 56 II_DC-6DG-5:DC5DG6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? 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