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EMDB EMD-33615 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycolicibacterium smegmatis (rotational state 1)' _pdbx_database_related.db_id EMD-33615 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Y5B _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-06-16 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Saw, W.-G.' 1 0000-0002-2510-387X 'Wong, C.F.' 2 0000-0002-3330-4815 'Grueber, G.' 3 0000-0002-5730-8319 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Antimicrob.Agents Chemother.' _citation.journal_id_ASTM AMACCQ _citation.journal_id_CSD 0788 _citation.journal_id_ISSN 1098-6596 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 66 _citation.language ? _citation.page_first e0105622 _citation.page_last e0105622 _citation.title ;Structural Elements Involved in ATP Hydrolysis Inhibition and ATP Synthesis of Tuberculosis and Nontuberculous Mycobacterial F-ATP Synthase Decipher New Targets for Inhibitors. ; _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1128/aac.01056-22 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36445139 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # 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'Mycolicibacterium smegmatis' 1772 ? ? ? ? ? ? 'mc(2)4517' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? pYUB1049 ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 86 ? ? 'atpE, MSMEG_4941' ? 'ATCC 700084 / mc(2)155' ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis' 1772 ? ? 700084 ? ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis' 1772 ? ? ? ? ? ? 'mc(2)4517' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? pYUB1049 ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ATPA_MYCS2 A0R202 ? 1 ;MAELTISAADIEGAIEDYVSSFSADTEREEIGTVIDAGDGIAHVEGLPSVMTQELLEFPGGVLGVALNLDEHSVGAVILG EFEKIEEGQQVKRTGEVLSVPVGDAFLGRVVNPLGQPIDGQGDIAAETRRALELQAPSVVQRQSVSEPLQTGIKAIDAMT PIGRGQRQLIIGDRKTGKTAVCVDTILNQREAWLTGDPKQQVRCVYVAIGQKGTTIASVKRALEEGGAMEYTTIVAAPAS DAAGFKWLAPYTGSAIGQHWMYNGKHVLIVFDDLSKQADAYRAISLLLRRPPGREAFPGDVFYLHSRLLERCAKLSDELG GGSMTGLPIIETKANDISAFIPTNVISITDGQCFLESDLFNQGVRPAINVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGSLRLDLSQY RELEAFAAFASDLDAASKAQLDRGARLVELLKQPQYSPLAVEEQVVAIFLGTQGHLDSVPVEDVQRFESELLEHVKASHS DIFDGIRETKKLSEEAEEKLVSVINEFKKGFQASDGSSVVVSENAEALDPEDLEKESVKVRKPAPKKA ; 1 2 UNP ATPA_MYCS2 A0R202 ? 2 ;MAELTISAADIEGAIEDYVSSFSADTEREEIGTVIDAGDGIAHVEGLPSVMTQELLEFPGGVLGVALNLDEHSVGAVILG EFEKIEEGQQVKRTGEVLSVPVGDAFLGRVVNPLGQPIDGQGDIAAETRRALELQAPSVVQRQSVSEPLQTGIKAIDAMT PIGRGQRQLIIGDRKTGKTAVCVDTILNQREAWLTGDPKQQVRCVYVAIGQKGTTIASVKRALEEGGAMEYTTIVAAPAS DAAGFKWLAPYTGSAIGQHWMYNGKHVLIVFDDLSKQADAYRAISLLLRRPPGREAFPGDVFYLHSRLLERCAKLSDELG GGSMTGLPIIETKANDISAFIPTNVISITDGQCFLESDLFNQGVRPAINVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGSLRLDLSQY RELEAFAAFASDLDAASKAQLDRGARLVELLKQPQYSPLAVEEQVVAIFLGTQGHLDSVPVEDVQRFESELLEHVKASHS DIFDGIRETKKLSEEAEEKLVSVINEFKKGFQASDGSSVVVSENAEALDPEDLEKESVKVRKPAPKKA ; 1 3 UNP ATPB_MYCS2 A0R200 ? 3 ;TATAEKTAGRVVRITGPVVDVEFPRGSVPELFNALHAEITFGALAKTLTLEVAQHLGDSLVRCISMQPTDGLVRGVEVTD TGASISVPVGDGVKGHVFNALGDCLDDPGYGKDFEHWSIHRKPPAFSDLEPRTEMLETGLKVVDLLTPYVRGGKIALFGG AGVGKTVLIQEMINRIARNFGGTSVFAGVGERTREGNDLWVELADANVLKDTALVFGQMDEPPGTRMRVALSALTMAEFF RDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSTLLGRMPSAVGYQPTLADEMGELQERITSTRGRSITSMQAVYVPADDYTDPAPA TTFAHLDATTELSRAVFSKGIFPAVDPLASSSTILDPAIVGDEHYRVAQEVIRILQRYKDLQDIIAILGIDELSEEDKQL VNRARRIERFLSQNMMAAEQFTGQPGSTVPLKETIEAFDKLTKGEFDHLPEQAFFLIGGLDDLAKKAESLGAKL ; 2 4 UNP ATPG_MYCS2 A0R201 ? 4 ;MAATLRELRGRIRSAGSIKKITKAQELIATSRIAKAQARVEAARPYAAEITNMLTELAGASALDHPLLVERKQPKRAGVL VVSSDRGLCGAYNANVLRRAEELFSLLRDEGKDPVLYVVGRKALGYFSFRQRTVVESWTGFSERPTYENAREIADTLVNA FMAGADDEGDDAGADGILGVDELHIVFTEFRSMLSQTAVARRAAPMEVEYVGEVETGPRTLYSFEPDPETLFDALLPRYI ATRVYAALLEAAASESASRRRAMKSATDNADDLIKALTLAANRERQAQITQEISEIVGGANALAGSK ; 1 5 UNP ATPE_MYCS2 A0R1Z9 ? 5 ;MADLNVEIVAVERELWSGPATFVFTRTTAGEIGILPRHIPLVAQLVDDAMVRVEREGEDDLRIAVDGGFLSVTEETVRIL VENAQFESEIDADAAKEDAASDDERTAAWGRARLRALGQID ; 1 6 UNP A0R206_MYCS2 A0R206 ? 6 ;MLAAEEGGAAIHVGHHTLVFELFGMTFNGDTILATAVTAVIVIALAFYLRAKVTSTGVPSGVQLFWEALTIQMRQQIEGS IGMKIAPFVLPLSVTIFVFILISNWLAVLPLQYGGADGAAAELYKAPASDINFVLALALFVFVCYHAAGIWRRGIVGHPI KVVKGHVAFLAPINIVEELAKPISLALRLFGNIFAGGILVALIAMFPWYIQWFPNAVWKTFDLFVGLIQAFIFSLLTILY FSQSMELDHEDH ; 1 7 UNP ATPF_MYCS2 A0R204 ? 7 ;MGEFSATILAASQAAEEGGGGSNFLIPNGTFFAVLIIFLIVLGVISKWVVPPISKVLAEREAMLAKTAADNRKSAEQVAA AQADYEKEMAEARAQASALRDEARAAGRSVVDEKRAQASGEVAQTLTQADQQLSAQGDQVRSGLESSVDGLSAKLASRIL GVDVNSGGTQ ; 1 8 UNP ATPFD_MYCS2 A0R203 ? 8 ;MSIFIGQLIGFAVIAFIIVKWVVPPVRTLMRNQQEAVRAALAESAEAAKKLADADAMHAKALADAKAESEKVTEEAKQDS ERIAAQLSEQAGSEAERIKAQGAQQIQLMRQQLIRQLRTGLGAEAVNKAAEIVRAHVADPQAQSATVDRFLSELEQMAPS SVVIDTAATSRLRAASRQSLAALVEKFDSVAGGLDADGLTNLADELASVAKLLLSETALNKHLAEPTDDSAPKVRLLERL LSDKVSATTLDLLRTAVSNRWSTESNLIDAVEHTARLALLKRAEIAGEVDEVEEQLFRFGRVLDAEPRLSALLSDYTTPA EGRVALLDKALTGRPGVNQTAAALLSQTVGLLRGERADEAVIDLAELAVSRRGEVVAHVSAAAELSDAQRTRLTEVLSRI YGRPVSVQLHVDPELLGGLSITVGDEVIDGSIASRLAAAQTGLPD ; 1 9 UNP A0R205_MYCS2 A0R205 ? 9 ;MDLDPNAIITAGALIGGGLIMGGGAIGAGIGDGIAGNALISGIARQPEAQGRLFTPFFITVGLVEAAYFINLAFMALFVF ATPGLQ ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7Y5B A 1 ? 548 ? 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A0R205 1 ? 86 ? 1 86 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 7Y5B UNK C 1 ? UNP A0R202 MET 1 conflict 1 1 3 7Y5B UNK C 2 ? UNP A0R202 ALA 2 conflict 2 2 3 7Y5B UNK C 3 ? UNP A0R202 GLU 3 conflict 3 3 3 7Y5B UNK C 4 ? UNP A0R202 LEU 4 conflict 4 4 3 7Y5B UNK C 5 ? UNP A0R202 THR 5 conflict 5 5 3 7Y5B UNK C 6 ? UNP A0R202 ILE 6 conflict 6 6 3 7Y5B UNK C 7 ? UNP A0R202 SER 7 conflict 7 7 3 7Y5B UNK C 8 ? UNP A0R202 ALA 8 conflict 8 8 3 7Y5B UNK C 9 ? UNP A0R202 ALA 9 conflict 9 9 3 7Y5B UNK C 10 ? UNP A0R202 ASP 10 conflict 10 10 3 7Y5B UNK C 11 ? UNP A0R202 ILE 11 conflict 11 11 3 7Y5B UNK C 12 ? UNP A0R202 GLU 12 conflict 12 12 3 7Y5B UNK C 13 ? UNP A0R202 GLY 13 conflict 13 13 3 7Y5B UNK C 14 ? UNP A0R202 ALA 14 conflict 14 14 3 7Y5B UNK C 15 ? UNP A0R202 ILE 15 conflict 15 15 3 7Y5B UNK C 16 ? UNP A0R202 GLU 16 conflict 16 16 3 7Y5B UNK C 17 ? UNP A0R202 ASP 17 conflict 17 17 3 7Y5B UNK C 18 ? UNP A0R202 TYR 18 conflict 18 18 3 7Y5B UNK C 19 ? UNP A0R202 VAL 19 conflict 19 19 3 7Y5B UNK C 20 ? UNP A0R202 SER 20 conflict 20 20 3 7Y5B UNK C 21 ? UNP A0R202 SER 21 conflict 21 21 3 7Y5B UNK C 22 ? UNP A0R202 PHE 22 conflict 22 22 4 7Y5B MET D 1 ? UNP A0R200 ? ? 'initiating methionine' -5 23 4 7Y5B HIS D 2 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -4 24 4 7Y5B HIS D 3 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -3 25 4 7Y5B HIS D 4 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -2 26 4 7Y5B HIS D 5 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -1 27 4 7Y5B HIS D 6 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' 0 28 4 7Y5B HIS D 7 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' 1 29 5 7Y5B MET E 1 ? UNP A0R200 ? ? 'initiating methionine' -5 30 5 7Y5B HIS E 2 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -4 31 5 7Y5B HIS E 3 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -3 32 5 7Y5B HIS E 4 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -2 33 5 7Y5B HIS E 5 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -1 34 5 7Y5B HIS E 6 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' 0 35 5 7Y5B HIS E 7 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' 1 36 6 7Y5B MET F 1 ? UNP A0R200 ? ? 'initiating methionine' -5 37 6 7Y5B HIS F 2 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -4 38 6 7Y5B HIS F 3 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -3 39 6 7Y5B HIS F 4 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -2 40 6 7Y5B HIS F 5 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' -1 41 6 7Y5B HIS F 6 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' 0 42 6 7Y5B HIS F 7 ? UNP A0R200 ? ? 'expression tag' 1 43 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7Y5B _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7Y5B _struct.title 'Cryo-EM structure of F-ATP synthase from Mycolicibacterium smegmatis (rotational state 1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7Y5B _struct_keywords.text 'Complex, F-ATP synthase, cryo-EM, mycobacteria, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 7 ? K N N 8 ? L N N 9 ? M N N 9 ? N N N 9 ? O N N 9 ? P N N 9 ? Q N N 9 ? R N N 9 ? S N N 9 ? T N N 9 ? U N N 10 ? V N N 11 ? W N N 10 ? X N N 11 ? Y N N 10 ? Z N N 11 ? AA N N 12 ? BA N N 10 ? CA N N 11 ? DA N N 10 ? EA N N 11 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 5 ? SER A 21 ? THR A 5 SER A 21 1 ? 17 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 153 ? THR A 160 ? ILE A 153 THR A 160 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 177 ? ASN A 188 ? 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B ATP 601 B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? ? metalc11 metalc ? ? W ATP . O3A ? ? ? 1_555 X MG . MG ? ? B ATP 601 B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? ? metalc12 metalc ? ? Y ATP . O1G ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? C ATP 601 C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? ? metalc13 metalc ? ? Y ATP . O3G ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? C ATP 601 C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? ? metalc14 metalc ? ? Y ATP . O1B ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? C ATP 601 C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? ? metalc15 metalc ? ? Y ATP . O3B ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? C ATP 601 C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? ? metalc16 metalc ? ? Y ATP . O1A ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? C ATP 601 C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? ? metalc17 metalc ? ? Y ATP . O3A ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? C ATP 601 C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? ? metalc18 metalc ? ? E THR 173 OG1 ? ? ? 1_555 CA MG . MG ? ? E THR 167 E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? ? metalc19 metalc ? ? BA ATP . O2G ? ? ? 1_555 CA MG . MG ? ? 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F ATP 601 F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 7 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 7 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 8 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 7 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 7 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 5 ? 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