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'Mammalian orthoreovirus 3' 538123 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 3 'Mammalian orthoreovirus 3' ? 538123 ? 4 1 sample 1 5 'Mammalian orthoreovirus 3' ? 538123 ? 6 1 sample 1 9 'Mammalian orthoreovirus 3' ? 538123 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP C9E874_9REOV C9E874 ? 1 ;MKRIPRKTKGKSSGKGNDSTSRSDDGSSQLRDKQSNKANPATAEPGTSNCEHYKARPGIASVQKATESAELPMKNNDEGT PDKRGNTKGALVNEHVEARDEADDATKKQAKDTEKAKAQVTYSDTGINNANELSRSGNVDNEGGSNQKPMSTRIAEATSA IVSKHPARVGLPPTASSGHGYQCHVCSAVLFSPLDLDAHVASHGLHGNMTLTSSEIQRHITEFISSWQNHPIVQVSADVE NRKTAQLLHADTPRLVTWDAGLCTSFKIVPIVPAQVPQDVLAYTFFTSSYAIQSPFPEAAVSRIVVHTRWASNVDFDRDS SVIMAPPTENNIHLFKQLLNTETLSVRGANPLMFRANVLHMLLEFVLDNLYLNRHTGFSQDHTPFTEGANLRSLPGPDAE KWYSIMYPTRMGTPNVSKICNFVASCVRNRVGRFDRAQMMNGAMSEWVDVFETSDALTVSIRGRWMARLARMNINPTEIE WALTECAQGYVTVTSPYAPSVNRLMPYRISNAERQISQIIRVMNIGNNATVIQPVLQDISVLLQRISPLQIDPTIISNTM STVSESTTQTLSPASSILGKLRPSNSDFSSFRVALAGWLYNGVVTTVIDDSSYPKDGGSVTSLENLWDFFILALALPLTT DPCAPVKAFMTLANMMVGFETIPMDNQIYTQSRRASAFSTPHTWPRCFMNIQLISPIDAPILRQWAEIIHRYWPNPSQIR YGTPNVFGSANLFTPPEVLLLPIDHQPANVTTPTLDFTNELTNWRARVCELMKNLVDNQRYQPGWTQSLVSSMRGTLGKL KLIKSMTPMYLQQLAPVELAVIAPMLPFPPFQVPYVRLDRDRVPTMVGVTRQSRDTITQPALSLSTTNTTVGVPLALDAR AITVALLSGKYPPDLVTNVWYADAIYPMYADTEVFSNLQRDVITCEAVQTLVTLVAQISETQYPVDRYLDWIPSLRASAA TAATFAEWVNTSMKTAFDLSDMLLEPLLSGDPRMTQLAIQYQQYNGRTFNVIPEMPGSVIADCVQLTAEVFNHEYNLFGI ARGDIIIGRVQSTHLWSPLAPPPDLVFDRDTPGVHIFGRDCRISFGMNGAAPMIRDETGMMVPFEGNWIFPLALWQMNTR YFNQQFDAWIKTGELRIRIEMGAYPYMLHYYDPRQYANAWNLTSAWLEEITPTSIPSVPFMVPISSDHDISSAPAVQYII STEYNDRSLFCTNSSSPQTIAGPDKHIPVERYNILTNPDAPPTQIQLPEVVDLYNVVTRYAYETPPITAVVMGVP ; 1 2 UNP C9E871_9REOV C9E871 ? 2 ;MANVWGVRLADSLSSPTIETRTRHYTLHDFYSDLDASVGKEPWRPLRNQRTNEIVAVQLFRPLQGLVFDTQLYGFPGTFS QWEQFMKEKLRVLKYEVLRIYPISTYNHDRVNVFVANALVGAFLSNQAFYDLLPLLIVNDTMISDLLGTGAALSQFFQSH GEVLEVAAGRKYLQMNNYSNDDDDPPLFAKDLSDYAKAFYSDTYEVLDRFFWTHDSSAGVLVHYDKPTNGNHYILGTLTQ MVSAPPHIINATDALLLESCLEQFAANVRARSAQPVTRLDQCYHLRWGAQYVGEDSLTYRLGVLSLLATNGYQLARPIPK QLTNRWLSSFVSQVVSDGINETPLWPQERYVQIAYDSPSVVDGATQYGYVRRNQLRLGMRISALQSLSDTPAPVQWLPQY TIDQVAVDEGDAMVSQLTQLPLRPDYGSIWIGEALSYYVDYNRSHRVVLSSELPQLPDTYFDGDEQYGRSLFSLARKVGD RSLVKDTAVLKHAYQAIDPNTGKEYLRAGQSVAYFGASAGHSGADQPLVIEPWMQGKISGVPPPSSVRQFGYDVAKGAIV DLARPFPSGDYQFVYSDVDQVVDGHDDLSISSGLVESLLDSCVHATAPGGSFVMKINFPTRTVWHYIEQKILPNVTSYML IKPFVTNNVEVFFVAFGVHQQSALTWTSGVYFFLVDHFYRYETLSAISRQLPSFGYVDDGSSVTGIEIISIENPGFSNMT QAARVGISGLCANVGNARKSIAIYESHGARVLTITSRRSPASARRKARLRYLPLIDPRSLEVQARTILPSNPVLFDNING ASPHVCLTMMYNFEVSSAVYDGDVVLDLGTGPEAKILELIPSTSPVTCVDIRPTAQPNGCWNVRTTFLELDYLSDGWITG VRGDIVTCMLSLGAAAAGKSMTFDAAFQQLVRVLTRSTANVLLIQVNCPTDVIRTIKGYLEIDQTNKRYKFPKFGRDEPY SDMDSLERICRAAWPNCSITWVPLSYDLRWTKLALLESTTLSSASVRIAELMYKYMPIMRIDIHGLPMEKQGNFIVGQNC SLVIPGFNAQDVFNCYFNSALAFSTEDVNSAMIPQVTAQFDANKGEWSLDMVFSDAGIYTMQALVGSNANPVSLGSFVVD SPDVDITDAWPAQLDFTIAGTDVDITVNPYYRLMAFVKIDGQWQIANPDKFQFFSSNTGTLVMNVKLDIADRYLLYYIRD VQSRDVGFYIQHPLQLLNTITLPTNEDLFLSAPDMREWAVKESGNTICILNSPGFIPPQDWDVLTDTISWSPSLPTYVVP PGDYTLTPL ; 1 3 PDB 7YFE 7YFE ? 3 ? 1 4 PDB 7YFE 7YFE ? 4 ? 1 5 UNP C9E870_9REOV C9E870 ? 5 ;MSSMILTQFGPFIESISGITDQSNDVFENAAKAFSMFTRSDVYKALDEIPFSEDAMLPIPPTIYTKPSHDSYYYIDALNR VRRKTYQGPDDVYVPNCSIVELLEPHETLTSYGRLSEAIENRAKDGDSQARIATTYGRIAESQARQIKAPLEKFVLALLV AEAGGSLYDPVLQKYDEIPGLSHNCPLWCFREICRHISGPLPDRAPYLYLSAGVFWLMSPRMTSAIPPLLSDLVNLAILQ QTAGLDPSLVRLGVQICLHAAASSSYAWFILKTKSIFPQNTLHSMYESLEGGYCPNLEWLEPRSDYKFMYMGAMPLSTKY ARSAPSNDKKARELGEKYGLSSVVSELRRRTKTYSKHDFTSVRYIRDAMACTSGIFLVRTPTETVLQEYTQSPEIKVPIP QKDWTGPIGEIRILKDTTSSIARYLYRTWYLAAARMAAQPRTWDPLFQAIMRSQYVTARGGSGATLRESLYAINVSLPDF KGLPVKAATKIFQAAQLANLPFSHTSVAILADTSMGLRNQVQRRPRSIMPLNVPQQQVSAPHTLTADYINYHMNLSTTSG SAVIEKVIPLGVYASSPPNQSINIDISACDASITWDFFLSVIMAAIHEGVASSSIGKPFMGVPASIVNDESVVGVRAARP ISGMQNMIQHLSKLYKRGFSYRVNDSFSPGNDFTHMTTTFPSGSTATSTEHTANNSTMMETFLTVWGPEHTDDPDVLRLM KSLTIQRNYVCQGDDGLMIIDGNTAGKVNSETIQKMLELISKYGEEFGWKYDIAYDGTAEYLKLYFIFGCRIPNLSRHPI VGKERANSSAEEPWPAILDQIMGIFFNGVHDGLQWQRWIRYSWALCCAFSRQRTMTGESVGYLQYPMWSFVYWGLPLVKV FGSDPWIFSWYMPTGDLGMYSWISLIRPLMTRWMVANGYVTDKCSPVFGNADYRKCFNELKLYQGYYMAQLPRNPKKSGR AAPREVREQFTQALSDYLMQNPELKSRVLRGRSEWEKYGAGIIHNPPSLFDVPHKWYQGAQEAATATREELAEMDETLMR ARKHSYSSFSKLLEAYLLVKWRMCEAREPSVDLRLPLCAGIDPLNSDPFLKMVSVGPMLQSTRKYFAQTLFMAKTVSGLD VNAIDSALLRLRTLGADKKALTAQLLMVGLQESEADALAGKIMLQDVNTVQLARVVNLAVPDTWMSLDFDTMFKHHVKLL PKDGRHLNTDIPPRMGWLRAILRFLGAGMAMTATGVAVDIYLEDIHGGGRSLGQRFMTWMRQEGRSA ; 1 6 PDB 7YFE 7YFE ? 6 ? 1 7 UNP C9E872_9VIRU C9E872 ? 7 ;MAYIAVPAVVDSRSSEAIGLLESFGVDAGSDANDVSYQDHDYVVDQLQYMLDGYEAGDVIDALVYRNWLHHSVYCLLPPK SQLLEYWKSNPSVIPDNVDRRLRKRLMLKKDLRKDDEYNQLARAFKISDVYAPLISSTTSPMTMIQNLNQGEIVYTTTDR VIGARVLLYAPRKYYASTLSFTMTRCVLPFGKEVSRVPHSRFNVGTFPSIATPKCSVMSGVDIESIPNEFIKLFYQRVKS IHANILNDISPQIVSDMINRKRLRVHTPSNRRAAQLMHLPYHVKRGASHVDVYRVDVVNVLFEVVDVADGLRSVSRKLIM HTVPVCILELLGIEIADYCIRQEDGMFTDWFLLLTMLSDGLTDRRTHCQYLINPSSMPPDVILNISITGFINRHTIDVMP DVYDFIKPIGAVLPKGSFKSTIMRVLDSISVLGVKIMPRAHVVDSDEVGEQMEPTFEHAVMEIYKGIAGVDSLDDLTKWV LNSDLVPHDDRLGQLFQAFLPLAKDLLAPMARQFYDNSMSEGRLLTFAHADSELLNANYFGHLLRLKIPYITEVNLMIRK NREGGELFQLVLSYLYKMYATSAQPKWFGSLLRLLICPWLHMEKLIGEADPASTSAEIGWHVPREQLMQDGWCGCEDGFI PYVSIRAPRLVIEELMEKNWGQYHAQVIVTDQLVVGEPRRVSAKAVIKGNHLPVKLISRFACFTLTSKYEMRLPCGHSTG RGAAYNARLAFRSDLA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7YFE 1 1 ? 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C9E874 1 ? 1275 ? 1 1275 23 1 7YFE c 1 ? 1275 ? C9E874 1 ? 1275 ? 1 1275 24 1 7YFE d 1 ? 1275 ? C9E874 1 ? 1275 ? 1 1275 25 1 7YFE e 1 ? 1275 ? C9E874 1 ? 1275 ? 1 1275 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7YFE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7YFE _struct.title 'In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in virion' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7YFE _struct_keywords.text 'mammalian reovirus, cryo-em, RNA dependent RNA polymerase, transcription, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/RNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 3 ? Q N N 4 ? R N N 5 ? S N N 6 ? T N N 7 ? U N N 1 ? V N N 1 ? W N N 1 ? X N N 1 ? Y N N 1 ? Z N N 8 ? AA N N 8 ? BA N N 8 ? CA N N 8 ? DA N N 8 ? EA N N 8 ? FA N N 8 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 58 ? LEU A 71 ? GLY 1 58 LEU 1 71 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 93 ? GLU A 114 ? 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X HIS 203 NE2 ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? d HIS 203 d ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? metalc24 metalc ? ? Y CYS 183 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? e CYS 183 e ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? ? metalc25 metalc ? ? Y CYS 186 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? e CYS 186 e ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc26 metalc ? ? Y HIS 199 NE2 ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? e HIS 199 e ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? metalc27 metalc ? ? Y HIS 203 NE2 ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? e HIS 203 e ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? hydrog1 hydrog ? ? P G 1 N1 ? ? ? 1_555 S C 9 O2 ? ? M G 1 T C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? P G 1 N2 ? ? ? 1_555 S C 9 N3 ? ? M G 1 T C 9 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? P C 2 N3 ? ? ? 1_555 S G 8 N1 ? ? M C 2 T G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? P C 2 N4 ? ? ? 1_555 S G 8 O6 ? ? M C 2 T G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? 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