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'expression tag' 891 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7YFM _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7YFM _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 19430 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.649 ? 26374 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.537 ? 2750 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.057 ? 3072 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 3376 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7YFM _struct.title 'Structure of GluN1b-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7YFM _struct_keywords.text 'ion channel, cryo-EM structure, glutamate receptor, synaptic protein, ELECTRON TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ELECTRON TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ARG A 36 ? ARG A 52 ? ARG A 36 ARG A 52 1 ? 17 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 70 ? SER A 85 ? ASN A 70 SER A 85 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 103 ? TYR A 114 ? THR A 103 TYR A 114 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 125 ? ASP A 130 ? MET A 125 ASP A 130 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 143 ? TYR A 158 ? PRO A 143 TYR A 158 1 ? 16 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 170 ? GLU A 186 ? ASP A 170 GLU A 186 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 AA7 VAL A 225 ? GLU A 234 ? VAL A 225 GLU A 234 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 245 ? LEU A 259 ? SER A 245 LEU A 259 1 ? 15 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 271 ? LEU A 280 ? GLY A 271 LEU A 280 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 297 ? LEU A 317 ? ASN A 297 LEU A 317 1 ? 21 HELX_P HELX_P11 AB2 LYS A 337 ? SER A 348 ? LYS A 337 SER A 348 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 PHE A 479 ? ASN A 492 ? PHE A 479 ASN A 492 1 ? 14 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN A 520 ? GLY A 529 ? ASN A 520 GLY A 529 1 ? 10 HELX_P HELX_P14 AB5 ASN A 541 ? ILE A 548 ? ASN A 541 ILE A 548 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY A 659 ? VAL A 677 ? GLY A 659 VAL A 677 1 ? 19 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP A 690 ? ASN A 695 ? ASP A 690 ASN A 695 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 SER A 709 ? VAL A 718 ? SER A 709 VAL A 718 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 AB9 LEU A 720 ? HIS A 730 ? LEU A 720 HIS A 730 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 734 ? ASP A 744 ? SER A 734 ASP A 744 1 ? 11 HELX_P HELX_P20 AC2 SER A 754 ? CYS A 765 ? SER A 754 CYS A 765 1 ? 12 HELX_P HELX_P21 AC3 SER A 787 ? GLY A 804 ? SER A 787 GLY A 804 1 ? 18 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY A 804 ? ARG A 815 ? GLY A 804 ARG A 815 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA B 63 ? GLY B 70 ? ALA B 63 GLY B 70 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY B 70 ? ARG B 78 ? GLY B 70 ARG B 78 1 ? 9 HELX_P HELX_P25 AC7 PRO B 96 ? GLY B 109 ? PRO B 96 GLY B 109 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 VAL B 126 ? SER B 138 ? VAL B 126 SER B 138 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 THR B 168 ? TYR B 182 ? THR B 168 TYR B 182 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA B 194 ? ASP B 209 ? ALA B 194 ASP B 209 1 ? 16 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY B 228 ? LEU B 236 ? GLY B 228 LEU B 236 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU B 252 ? ARG B 258 ? GLU B 252 ARG B 258 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 ALA B 259 ? ALA B 263 ? ALA B 259 ALA B 263 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP B 315 ? LEU B 335 ? ASP B 315 LEU B 335 1 ? 21 HELX_P HELX_P33 AD6 ARG B 336 ? GLY B 339 ? ARG B 336 GLY B 339 5 ? 4 HELX_P HELX_P34 AD7 SER B 359 ? PHE B 364 ? 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ASN C 541 ILE C 548 1 ? 8 HELX_P HELX_P63 AG9 GLY C 659 ? VAL C 677 ? GLY C 659 VAL C 677 1 ? 19 HELX_P HELX_P64 AH1 ASP C 690 ? ASN C 695 ? ASP C 690 ASN C 695 1 ? 6 HELX_P HELX_P65 AH2 SER C 709 ? VAL C 718 ? SER C 709 VAL C 718 1 ? 10 HELX_P HELX_P66 AH3 LEU C 720 ? HIS C 730 ? LEU C 720 HIS C 730 1 ? 11 HELX_P HELX_P67 AH4 SER C 734 ? ASP C 744 ? SER C 734 ASP C 744 1 ? 11 HELX_P HELX_P68 AH5 SER C 754 ? CYS C 765 ? SER C 754 CYS C 765 1 ? 12 HELX_P HELX_P69 AH6 SER C 787 ? GLY C 804 ? SER C 787 GLY C 804 1 ? 18 HELX_P HELX_P70 AH7 GLY C 804 ? ARG C 815 ? GLY C 804 ARG C 815 1 ? 12 HELX_P HELX_P71 AH8 ALA D 63 ? GLY D 70 ? ALA D 63 GLY D 70 1 ? 8 HELX_P HELX_P72 AH9 GLY D 70 ? ARG D 78 ? GLY D 70 ARG D 78 1 ? 9 HELX_P HELX_P73 AI1 PRO D 96 ? GLY D 109 ? PRO D 96 GLY D 109 1 ? 14 HELX_P HELX_P74 AI2 VAL D 126 ? SER D 138 ? VAL D 126 SER D 138 1 ? 13 HELX_P HELX_P75 AI3 THR D 168 ? TYR D 182 ? THR D 168 TYR D 182 1 ? 15 HELX_P HELX_P76 AI4 ALA D 194 ? ASP D 209 ? ALA D 194 ASP D 209 1 ? 16 HELX_P HELX_P77 AI5 GLY D 228 ? LEU D 236 ? GLY D 228 LEU D 236 1 ? 9 HELX_P HELX_P78 AI6 GLU D 252 ? ARG D 258 ? GLU D 252 ARG D 258 1 ? 7 HELX_P HELX_P79 AI7 ALA D 259 ? ALA D 263 ? ALA D 259 ALA D 263 5 ? 5 HELX_P HELX_P80 AI8 ASP D 315 ? LEU D 335 ? ASP D 315 LEU D 335 1 ? 21 HELX_P HELX_P81 AI9 ARG D 336 ? GLY D 339 ? ARG D 336 GLY D 339 5 ? 4 HELX_P HELX_P82 AJ1 SER D 359 ? PHE D 364 ? SER D 359 PHE D 364 5 ? 6 HELX_P HELX_P83 AJ2 THR D 368 ? ARG D 372 ? THR D 368 ARG D 372 5 ? 5 HELX_P HELX_P84 AJ3 SER D 417 ? ARG D 421 ? SER D 417 ARG D 421 5 ? 5 HELX_P HELX_P85 AJ4 GLY D 486 ? GLY D 500 ? GLY D 486 GLY D 500 1 ? 15 HELX_P HELX_P86 AJ5 LYS D 516 ? VAL D 520 ? LYS D 516 VAL D 520 5 ? 5 HELX_P HELX_P87 AJ6 ASN D 522 ? TYR D 530 ? ASN D 522 TYR D 530 1 ? 9 HELX_P HELX_P88 AJ7 ASN D 543 ? ASP D 551 ? ASN D 543 ASP D 551 1 ? 9 HELX_P HELX_P89 AJ8 TRP D 662 ? MET D 681 ? TRP D 662 MET D 681 1 ? 20 HELX_P HELX_P90 AJ9 ASP D 695 ? ARG D 700 ? 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GLU D 815 LEU D 824 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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