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'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7YKJ _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7YKJ _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.017 ? 5021 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.521 ? 6830 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.657 ? 698 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.048 ? 729 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 892 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7YKJ _struct.title 'Omicron RBDs bound with P3E6 Fab (one up and one down)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7YKJ _struct_keywords.text 'COVID-19, P3E6, Omicron, spike protein, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 334 ? ASN A 340 ? PRO B 337 ASN B 343 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 361 ? ASN A 367 ? ASP B 364 ASN B 370 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 382 ? ASP A 386 ? THR B 385 ASP B 389 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 402 ? ILE A 407 ? ASP B 405 ILE B 410 5 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 413 ? TYR A 420 ? GLY B 416 TYR B 423 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO B 334 ? ALA B 341 ? PRO C 337 ALA C 344 1 ? 8 HELX_P HELX_P7 AA7 TYR B 362 ? LEU B 368 ? TYR C 365 LEU C 371 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 SER B 380 ? LEU B 384 ? SER C 383 LEU C 387 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP B 402 ? ILE B 407 ? ASP C 405 ILE C 410 5 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN B 414 ? ASN B 419 ? ASN C 417 ASN C 422 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 THR C 28 ? TYR C 32 ? THR A 28 TYR A 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 ARG C 87 ? THR C 91 ? ARG A 87 THR A 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 VAL D 29 ? TYR D 33 ? VAL D 29 TYR D 33 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 GLU D 80 ? PHE D 84 ? GLU D 80 PHE D 84 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 333 SG ? ? ? 1_555 A CYS 358 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 376 SG ? ? ? 1_555 A CYS 429 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 388 SG ? ? ? 1_555 A CYS 522 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 477 SG ? ? ? 1_555 A CYS 485 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 333 SG ? ? ? 1_555 B CYS 358 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 376 SG ? ? ? 1_555 B CYS 429 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 388 SG ? ? ? 1_555 B CYS 522 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 477 SG ? ? ? 1_555 B CYS 485 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? ? disulf9 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 96 SG ? ? A CYS 22 A CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 351 ? 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GLN B 471 ? TYR C 473 GLN C 474 AA8 2 CYS B 485 ? TYR B 486 ? CYS C 488 TYR C 489 AA9 1 GLN C 3 ? SER C 7 ? GLN A 3 SER A 7 AA9 2 SER C 17 ? SER C 25 ? SER A 17 SER A 25 AA9 3 THR C 78 ? ASN C 84 ? THR A 78 ASN A 84 AA9 4 PHE C 68 ? ASP C 73 ? PHE A 68 ASP A 73 AB1 1 LEU C 11 ? VAL C 12 ? LEU A 11 VAL A 12 AB1 2 THR C 115 ? VAL C 119 ? THR A 115 VAL A 119 AB1 3 ALA C 92 ? ALA C 99 ? ALA A 92 ALA A 99 AB1 4 MET C 34 ? GLN C 39 ? MET A 34 GLN A 39 AB1 5 LEU C 45 ? ILE C 51 ? LEU A 45 ILE A 51 AB1 6 THR C 58 ? TYR C 60 ? THR A 58 TYR A 60 AB2 1 LEU C 11 ? VAL C 12 ? LEU A 11 VAL A 12 AB2 2 THR C 115 ? VAL C 119 ? THR A 115 VAL A 119 AB2 3 ALA C 92 ? ALA C 99 ? ALA A 92 ALA A 99 AB2 4 LEU C 108 ? TRP C 111 ? LEU A 108 TRP A 111 AB3 1 ALA D 19 ? ARG D 24 ? ALA D 19 ARG D 24 AB3 2 ASP D 71 ? ILE D 76 ? ASP D 71 ILE D 76 AB3 3 PHE D 63 ? SER D 68 ? PHE D 63 SER D 68 AB4 1 SER D 54 ? ARG D 55 ? SER D 54 ARG D 55 AB4 2 ARG D 46 ? TYR D 50 ? ARG D 46 TYR D 50 AB4 3 TRP D 36 ? GLN D 39 ? TRP D 36 GLN D 39 AB4 4 VAL D 86 ? TYR D 87 ? 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