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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7YRN _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7YRN _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 ? 16473 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.403 ? 22356 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.253 ? 5934 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2487 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 2832 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7YRN _struct.title 'Cyro-EM structure of HCMV glycoprotein B in complex with 1B03 Fab' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7YRN _struct_keywords.text 'VIRAL PROTEN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 172 ? SER A 183 ? PRO A 172 SER A 183 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 203 ? SER A 205 ? ARG A 203 SER A 205 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 338 ? THR A 343 ? ASP A 338 THR A 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 386 ? ALA A 388 ? ASP A 386 ALA A 388 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 389 ? ASN A 405 ? LEU A 389 ASN A 405 1 ? 17 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU A 479 ? ASN A 524 ? LEU A 479 ASN A 524 1 ? 46 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN A 524 ? ASN A 534 ? ASN A 524 ASN A 534 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 668 ? SER A 674 ? SER A 668 SER A 674 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 679 ? TYR A 696 ? ASP A 679 TYR A 696 1 ? 18 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU B 87 ? THR B 91 ? GLU D 87 THR D 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 GLN C 79 ? PHE C 83 ? GLN E 79 PHE E 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO D 172 ? SER D 183 ? PRO B 172 SER B 183 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 ARG D 203 ? SER D 205 ? ARG B 203 SER B 205 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP D 338 ? THR D 343 ? ASP B 338 THR B 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP D 386 ? ALA D 388 ? ASP B 386 ALA B 388 5 ? 3 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU D 389 ? ASN D 405 ? LEU B 389 ASN B 405 1 ? 17 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU D 479 ? ASN D 524 ? LEU B 479 ASN B 524 1 ? 46 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN D 524 ? ASN D 534 ? ASN B 524 ASN B 534 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 SER D 668 ? SER D 674 ? SER B 668 SER B 674 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP D 679 ? TYR D 696 ? ASP B 679 TYR B 696 1 ? 18 HELX_P HELX_P21 AC3 GLU E 87 ? THR E 91 ? GLU F 87 THR F 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 GLN F 79 ? PHE F 83 ? GLN G 79 PHE G 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO G 172 ? SER G 183 ? PRO C 172 SER C 183 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 ARG G 203 ? SER G 205 ? ARG C 203 SER C 205 5 ? 3 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP G 338 ? THR G 343 ? ASP C 338 THR C 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP G 386 ? ALA G 388 ? ASP C 386 ALA C 388 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 AC9 LEU G 389 ? ASN G 405 ? LEU C 389 ASN C 405 1 ? 17 HELX_P HELX_P28 AD1 LEU G 479 ? ASN G 524 ? LEU C 479 ASN C 524 1 ? 46 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN G 524 ? ASN G 534 ? ASN C 524 ASN C 534 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 SER G 668 ? ARG G 673 ? SER C 668 ARG C 673 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 679 ? TYR G 696 ? ASP C 679 TYR C 696 1 ? 18 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU H 87 ? THR H 91 ? GLU H 87 THR H 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 GLN I 79 ? PHE I 83 ? GLN I 79 PHE I 83 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 185 SG ? ? ? 1_555 A CYS 250 SG ? ? A CYS 185 A CYS 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 344 SG ? ? ? 1_555 A CYS 391 SG ? ? A CYS 344 A CYS 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 22 SG ? ? ? 1_555 B CYS 96 SG ? ? D CYS 22 D CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf4 disulf ? ? C CYS 23 SG ? ? ? 1_555 C CYS 88 SG ? ? E CYS 23 E CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? D CYS 185 SG ? ? ? 1_555 D CYS 250 SG ? ? B CYS 185 B CYS 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? D CYS 344 SG ? ? ? 1_555 D CYS 391 SG ? ? B CYS 344 B CYS 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf7 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? F CYS 22 F CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf8 disulf ? ? F CYS 23 SG ? ? ? 1_555 F CYS 88 SG ? ? G CYS 23 G CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf9 disulf ? ? G CYS 185 SG ? ? ? 1_555 G CYS 250 SG ? ? C CYS 185 C CYS 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf10 disulf ? ? G CYS 344 SG ? ? ? 1_555 G CYS 391 SG ? ? C CYS 344 C CYS 391 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf11 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? I CYS 23 SG ? ? ? 1_555 I CYS 88 SG ? ? I CYS 23 I CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 208 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 208 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 281 A NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 302 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 302 A NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? D ASN 208 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 208 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 281 B NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? D ASN 302 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? B ASN 302 B NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? G ASN 208 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 208 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? G ASN 281 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 281 C NAG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? G ASN 302 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 302 C NAG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale10 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale11 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale12 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 261 A . ? TYR 261 A PRO 262 A ? PRO 262 A 1 4.23 2 SER 7 C . ? SER 7 E PRO 8 C ? PRO 8 E 1 -1.53 3 TYR 261 D . ? TYR 261 B PRO 262 D ? 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AC9 ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 1 5 ? anti-parallel AA2 1 6 ? anti-parallel AA2 1 11 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 9 10 ? anti-parallel AA2 10 11 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 1 5 ? anti-parallel AB2 1 6 ? anti-parallel AB2 1 11 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB2 7 8 ? anti-parallel AB2 9 10 ? anti-parallel AB2 10 11 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 1 5 ? anti-parallel AC2 1 6 ? anti-parallel AC2 1 11 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 6 ? anti-parallel AC2 6 7 ? anti-parallel AC2 7 8 ? anti-parallel AC2 9 10 ? anti-parallel AC2 10 11 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 373 ? 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