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N HIS 12 ? 1_555 ZN ? IA ZN . ? N ZN 301 ? 1_555 SG ? S CYS 43 ? N CYS 43 ? 1_555 98.7 ? 65 ND1 ? S HIS 16 ? N HIS 16 ? 1_555 ZN ? IA ZN . ? N ZN 301 ? 1_555 SG ? S CYS 43 ? N CYS 43 ? 1_555 93.2 ? 66 SG ? S CYS 40 ? N CYS 40 ? 1_555 ZN ? IA ZN . ? N ZN 301 ? 1_555 SG ? S CYS 43 ? N CYS 43 ? 1_555 82.0 ? 67 NE2 ? T HIS 12 ? O HIS 12 ? 1_555 ZN ? JA ZN . ? O ZN 301 ? 1_555 ND1 ? T HIS 16 ? O HIS 16 ? 1_555 168.8 ? 68 NE2 ? T HIS 12 ? O HIS 12 ? 1_555 ZN ? JA ZN . ? O ZN 301 ? 1_555 SG ? T CYS 40 ? O CYS 40 ? 1_555 92.4 ? 69 ND1 ? T HIS 16 ? O HIS 16 ? 1_555 ZN ? JA ZN . ? O ZN 301 ? 1_555 SG ? T CYS 40 ? O CYS 40 ? 1_555 86.5 ? 70 NE2 ? T HIS 12 ? O HIS 12 ? 1_555 ZN ? JA ZN . ? O ZN 301 ? 1_555 SG ? T CYS 43 ? O CYS 43 ? 1_555 102.8 ? 71 ND1 ? T HIS 16 ? O HIS 16 ? 1_555 ZN ? JA ZN . ? O ZN 301 ? 1_555 SG ? T CYS 43 ? O CYS 43 ? 1_555 88.3 ? 72 SG ? T CYS 40 ? O CYS 40 ? 1_555 ZN ? JA ZN . ? O ZN 301 ? 1_555 SG ? T CYS 43 ? O CYS 43 ? 1_555 91.3 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 239 C . ? GLY 239 C PRO 240 C ? PRO 240 C 1 -0.58 2 GLY 239 D . ? GLY 239 D PRO 240 D ? PRO 240 D 1 -0.70 3 GLY 239 E . ? GLY 239 E PRO 240 E ? PRO 240 E 1 -2.23 4 GLY 239 F . ? GLY 239 F PRO 240 F ? PRO 240 F 1 -1.03 5 GLY 239 P . ? GLY 239 K PRO 240 P ? PRO 240 K 1 -0.67 6 GLY 239 Q . ? GLY 239 L PRO 240 Q ? PRO 240 L 1 -0.74 7 GLY 239 R . ? GLY 239 M PRO 240 R ? PRO 240 M 1 -2.18 8 GLY 239 S . ? GLY 239 N PRO 240 S ? PRO 240 N 1 -1.03 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 5 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 5 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 3 ? AE5 ? 5 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 3 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 3 ? AF5 ? 5 ? AF6 ? 5 ? AF7 ? 2 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? parallel AA7 4 5 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? parallel AB2 4 5 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? parallel AB5 4 5 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? parallel AC5 4 5 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? parallel AC6 4 5 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? parallel AD6 4 5 ? parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? parallel AD7 4 5 ? parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? parallel AE2 4 5 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? parallel AE5 4 5 ? parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? parallel AF5 4 5 ? parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? parallel AF6 4 5 ? parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TRP A 63 ? HIS A 69 ? TRP A 63 HIS A 69 AA1 2 ILE A 74 ? GLU A 80 ? ILE A 74 GLU A 80 AA1 3 ILE A 86 ? ARG A 90 ? ILE A 86 ARG A 90 AA2 1 SER A 114 ? SER A 117 ? SER A 114 SER A 117 AA2 2 GLU A 138 ? THR A 141 ? GLU A 138 THR A 141 AA3 1 PRO A 240 ? GLN A 242 ? PRO A 240 GLN A 242 AA3 2 PHE A 223 ? TYR A 225 ? PHE A 223 TYR A 225 AA3 3 LYS A 270 ? PHE A 271 ? LYS A 270 PHE A 271 AA4 1 ARG A 229 ? LYS A 230 ? ARG A 229 LYS A 230 AA4 2 HIS A 233 ? PRO A 234 ? HIS A 233 PRO A 234 AA5 1 TRP A 245 ? GLY A 246 ? TRP A 245 GLY A 246 AA5 2 ALA A 250 ? ASP A 255 ? ALA A 250 ASP A 255 AA5 3 ARG A 260 ? ALA A 265 ? ARG A 260 ALA A 265 AA6 1 ILE B 86 ? ARG B 90 ? ILE B 86 ARG B 90 AA6 2 ILE B 74 ? GLU B 80 ? ILE B 74 GLU B 80 AA6 3 HIS B 62 ? HIS B 69 ? HIS B 62 HIS B 69 AA6 4 SER B 114 ? SER B 117 ? SER B 114 SER B 117 AA6 5 GLU B 138 ? THR B 141 ? GLU B 138 THR B 141 AA7 1 ILE C 86 ? VAL C 91 ? ILE C 86 VAL C 91 AA7 2 LYS C 73 ? GLU C 80 ? LYS C 73 GLU C 80 AA7 3 HIS C 62 ? TYR C 70 ? HIS C 62 TYR C 70 AA7 4 SER C 114 ? SER C 117 ? SER C 114 SER C 117 AA7 5 GLU C 138 ? THR C 141 ? GLU C 138 THR C 141 AA8 1 GLN C 238 ? GLN C 242 ? GLN C 238 GLN C 242 AA8 2 PHE C 223 ? TYR C 226 ? PHE C 223 TYR C 226 AA8 3 VAL C 269 ? PHE C 271 ? VAL C 269 PHE C 271 AA9 1 TRP C 245 ? GLY C 246 ? TRP C 245 GLY C 246 AA9 2 ALA C 250 ? LYS C 254 ? ALA C 250 LYS C 254 AA9 3 TYR C 261 ? ALA C 265 ? TYR C 261 ALA C 265 AB1 1 ILE D 86 ? TYR D 87 ? ILE D 86 TYR D 87 AB1 2 LYS D 73 ? GLU D 80 ? LYS D 73 GLU D 80 AB1 3 ARG D 90 ? VAL D 91 ? ARG D 90 VAL D 91 AB2 1 ILE D 86 ? TYR D 87 ? ILE D 86 TYR D 87 AB2 2 LYS D 73 ? GLU D 80 ? LYS D 73 GLU D 80 AB2 3 TRP D 63 ? TYR D 70 ? TRP D 63 TYR D 70 AB2 4 SER D 114 ? SER D 117 ? SER D 114 SER D 117 AB2 5 GLU D 138 ? THR D 140 ? GLU D 138 THR D 140 AB3 1 GLN D 238 ? GLN D 242 ? GLN D 238 GLN D 242 AB3 2 PHE D 223 ? TYR D 226 ? PHE D 223 TYR D 226 AB3 3 VAL D 269 ? ILE D 272 ? VAL D 269 ILE D 272 AB4 1 TRP D 245 ? GLY D 246 ? TRP D 245 GLY D 246 AB4 2 ALA D 250 ? LYS D 254 ? ALA D 250 LYS D 254 AB4 3 TYR D 261 ? ALA D 265 ? TYR D 261 ALA D 265 AB5 1 ILE E 86 ? VAL E 91 ? ILE E 86 VAL E 91 AB5 2 ILE E 74 ? GLU E 80 ? ILE E 74 GLU E 80 AB5 3 TRP E 63 ? HIS E 69 ? TRP E 63 HIS E 69 AB5 4 GLN E 116 ? SER E 117 ? GLN E 116 SER E 117 AB5 5 THR E 140 ? THR E 141 ? THR E 140 THR E 141 AB6 1 HIS E 233 ? THR E 241 ? HIS E 233 THR E 241 AB6 2 CYS E 224 ? LYS E 230 ? CYS E 224 LYS E 230 AB6 3 VAL E 269 ? LYS E 270 ? VAL E 269 LYS E 270 AB7 1 TRP E 245 ? GLY E 246 ? TRP E 245 GLY E 246 AB7 2 ALA E 250 ? LYS E 254 ? ALA E 250 LYS E 254 AB7 3 TYR E 261 ? ALA E 265 ? TYR E 261 ALA E 265 AB8 1 TRP F 63 ? HIS F 69 ? TRP F 63 HIS F 69 AB8 2 ILE F 74 ? GLU F 80 ? ILE F 74 GLU F 80 AB8 3 ILE F 86 ? VAL F 91 ? ILE F 86 VAL F 91 AB9 1 SER F 114 ? SER F 117 ? SER F 114 SER F 117 AB9 2 GLU F 138 ? THR F 141 ? GLU F 138 THR F 141 AC1 1 GLN F 238 ? GLN F 242 ? GLN F 238 GLN F 242 AC1 2 PHE F 223 ? TYR F 226 ? 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N N 356 LYS CD HD3 sing N N 357 LYS CE NZ sing N N 358 LYS CE HE2 sing N N 359 LYS CE HE3 sing N N 360 LYS NZ HZ1 sing N N 361 LYS NZ HZ2 sing N N 362 LYS NZ HZ3 sing N N 363 LYS OXT HXT sing N N 364 MET N CA sing N N 365 MET N H sing N N 366 MET N H2 sing N N 367 MET CA C sing N N 368 MET CA CB sing N N 369 MET CA HA sing N N 370 MET C O doub N N 371 MET C OXT sing N N 372 MET CB CG sing N N 373 MET CB HB2 sing N N 374 MET CB HB3 sing N N 375 MET CG SD sing N N 376 MET CG HG2 sing N N 377 MET CG HG3 sing N N 378 MET SD CE sing N N 379 MET CE HE1 sing N N 380 MET CE HE2 sing N N 381 MET CE HE3 sing N N 382 MET OXT HXT sing N N 383 PHE N CA sing N N 384 PHE N H sing N N 385 PHE N H2 sing N N 386 PHE CA C sing N N 387 PHE CA CB sing N N 388 PHE CA HA sing N N 389 PHE C O doub N N 390 PHE C OXT sing N N 391 PHE CB CG sing N N 392 PHE CB HB2 sing N N 393 PHE CB HB3 sing N N 394 PHE CG CD1 doub Y N 395 PHE CG CD2 sing Y N 396 PHE CD1 CE1 sing Y N 397 PHE CD1 HD1 sing N N 398 PHE CD2 CE2 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2022-02-25 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.last_update 2024-07-17 _em_admin.map_release_date 2022-05-11 _em_admin.title 'MVV strand transfer complex (STC) intasome in complex with LEDGF/p75 at 3.5 A resolution' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.48 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 36374 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Visna/maedi virus EV1 KV1772' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ 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The opalescent mixture was supplemented with 50 mM BisTris-HCl, pH 6.5 and 190 mM NaCl and incubated on ice for 5 min to clear. If starting volume exceeded 200 ul, the mixture was concentrated by ultrafiltration in a VivaSpin device to a final volume of 200 ul. Intasomes were purified by size exclusion chromatography through a Superdex-200 10/30 column (GE Healthcare) pre-equilibrated in 310 mM NaCl, 3 mM CaCl2, 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7Z1Z 'double helix' 7Z1Z 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 K DG 4 1_555 L DC 20 1_555 1.380 0.100 -0.086 -17.190 -4.756 -13.557 1 X_DG4:DC18_W X 4 ? 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