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'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 2 1 sample 1 36 'synthetic construct' ? 32630 ? 3 1 sample 1 36 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 8A5P 8A5P ? 1 ? 1 2 PDB 8A5P 8A5P ? 2 ? 1 3 PDB 8A5P 8A5P ? 3 ? 1 4 UNP G0S519_CHATD G0S519 ? 4 ;MVGKVSERVLAREGLERTDNGMRQTSWPEVQPINQKNYYTDYMKRDDQILSLRLQNEANRERLVKTAQDRDRALNTNTNG EVPLPLDELQEDAPPAPSAAMDPSKIIVIHPGSQNLRIGFASDALPKTIPMVLGTQYSQTESEMHEALPRRQFEGRTMEQ QYGEEWVKKYQKMCSDLKVTMRANKLKVLPNSKDLVVNFNRRTEPEIISQHNDPLQVEWTNVNKAPEDGTTQKVFIGQQA LRIAEDSSPKYKLWWPIQHGWLNEDDYPTRAHLFDDLEMLLDRALRRELGLTKKADWKQYSCVIVIPDLYDKRYVELLLH LCIEFFDLSRVAFIQESMAATFGAGYTQACVVDVGAQKTSISCVEDGLVIEDSRVNLKYGGYDVTETFIKMMLYDNFPYQ DINLRRRHDFLLAEELKMKYCTLSQANISVQAFDFHLRAPNQPTRKYQFKFYDEVILAPMGFYDPSIFDNSTKLRGRRKL IDRSYNAYDVDMPDDPTSSAQLAILAMVQPSLAAPTATASFNGDPTATPSKERTQPFNFLSRPDATGTPGTSKAPSPAPD GASTPVPGPYIFGASSREANGGSPAPSGRNGGTPAPANGTTVLPATSFDNPTSQQPQQRSAKEIAAERDAVLPIAPLDVA ILTSIQHAAKGDEKKVRELVGSIMVVGGGAKIPHFAPFLEEKLKIRRPDLADRILVSRSAREMDEQVVVWKGASVFAKLS TNDSWVTNYEYKMLGSRCIYMKLLWHY ; 1 5 UNP G0SE15_CHATD G0SE15 ? 5 ;MEEEVAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHHGIMIGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGVVTNWD DMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPINPKSNREKMTQIVFETFNAPAFYVSIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVT HVVPIYEGFSLPHAIARLDMAGRDLTDYLMKILAERGYTFSTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEIQTAAQSSHLEKSY ELPDGQVITIGNERFRAPEALFQPSVLGLESGGIHVTTFNSIMKCDVDVRKDLYGNIVMSGGTTMYPGLSDRMQKEITAL APSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF ; 1 6 UNP G0SBW4_CHATD G0SBW4 ? 6 ;MSQQPLSSSVQPADIYGGDEVSALVLDPGYCNTRAGFAGEEMPKQVIPSFYGHVDGRDLFGDEVIVPRAGFEVRNYMNRD SMVEDWDAATRVWEYLLVQRLQPPRPTPASKNGLNVSDDGDVQMEDSAPNEDALDALEKPLTENPLLMTEAPWNTPKARE KAIEVVMENWGTPAFWLSRTPVLAAFAAGKATALVIDVGGANTSVTAIHDGMVLKRSIQRSPAAGVWLSGQIRSMWKSQD PPVNVVPTFMVENKKPVEAGAPPDCRLRNFGFPIHDSFRAFEEERVLTEFKESVVEVWRGPGKYLNPGNEDFAKTQPGRV FEFPDGSNQMWREQRYRVAEGMWDETAAYPSLNPDEAAITKAQTIPALIKAALDGVDVDLRPNLLGNVVVTGSTSLLNGF NDRLNHELTNMYPGLKIKLHAAGLTSERRFGAWIGGSILASLGTFHQMWISRKEYEENGAGIVEKRCK ; 1 7 UNP G0SDE9_CHATD G0SDE9 ? 7 ;MAPSSKNATPSNKDRRKSGIAAAGNGNAAASSKIVTLKVTPERLRAIFDPDILMEDAPASKASPAAANSNTENATESNPN SPSASTPAGQSVMGPPAEGPKKKGVKRGAAALGPNGEPKPRGKPGPKKKQRLEDGTIVEEPSRKLGPKANQGAINAGLRA LDRSGKPCRKWTRGTFQMKSFTGVVWEIPRWTAPPRPKPETAAPDDAAATVAVNGNGATPASTAADNNSNKENNNPSIAA AKVEDASSQTAVKSEMSTGSGDIEMQSVAPSIAPSPAPVPIAVA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8A5P G 1 ? 1856 ? 8A5P 1 ? 1856 ? 1 1856 2 2 8A5P K 1 ? 36 ? 8A5P 75 ? 110 ? 75 110 3 3 8A5P L 1 ? 36 ? 8A5P -110 ? -75 ? -110 -75 4 4 8A5P U 1 ? 747 ? G0S519 1 ? 747 ? 1 747 5 5 8A5P V 1 ? 375 ? G0SE15 1 ? 375 ? 1 375 6 6 8A5P W 1 ? 468 ? G0SBW4 1 ? 468 ? 1 468 7 7 8A5P X 1 ? 284 ? G0SDE9 1 ? 284 ? 1 284 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8A5P _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 8A5P _struct.title 'Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of Chaetomium thermophilum INO80 on curved DNA' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 8A5P _struct_keywords.text 'chromatin remodeler, INO80, Actin-related protein, DNA binding protein' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? 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N ALA V 19 AA7 2 3 O LYS E 18 ? O LYS V 18 N ASP E 11 ? N ASP V 11 AA7 3 4 N LEU E 8 ? N LEU V 8 O LEU E 104 ? O LEU V 104 AA7 4 5 N LEU E 105 ? N LEU V 105 O TYR E 133 ? O TYR V 133 AA7 5 6 N PHE E 132 ? N PHE V 132 O ILE E 357 ? O ILE V 357 AA8 1 2 O TYR E 53 ? O TYR V 53 N GLY E 36 ? N GLY V 36 AA8 2 3 N ARG E 37 ? N ARG V 37 O THR E 66 ? O THR V 66 AA9 1 2 N GLU E 72 ? N GLU V 72 O VAL E 75 ? O VAL V 75 AB1 1 2 O PHE E 169 ? O PHE V 169 N TYR E 166 ? N TYR V 166 AB1 2 3 N VAL E 162 ? N VAL V 162 O ALA E 176 ? O ALA V 176 AB2 1 2 O PHE E 169 ? O PHE V 169 N TYR E 166 ? N TYR V 166 AB2 2 3 O HIS E 161 ? O HIS V 161 N ASP E 154 ? N ASP V 154 AB2 3 4 N ILE E 151 ? N ILE V 151 O VAL E 298 ? O VAL V 298 AB2 4 5 N ILE E 297 ? N ILE V 297 O ILE E 330 ? O ILE V 330 AB3 1 2 N TYR E 240 ? N TYR V 240 O ILE E 248 ? O ILE V 248 AB4 1 2 O ILE F 47 ? O ILE W 47 N THR F 33 ? N THR W 33 AB4 2 3 O GLY F 36 ? O GLY W 36 N VAL F 25 ? N VAL W 25 AB4 3 4 N LEU F 26 ? N LEU W 26 O LEU F 147 ? 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G GLU 255 2152 1 Y 1 X MET 256 ? G MET 256 2153 1 Y 1 X SER 257 ? G SER 257 2154 1 Y 1 X THR 258 ? G THR 258 2155 1 Y 1 X GLY 259 ? G GLY 259 2156 1 Y 1 X SER 260 ? G SER 260 2157 1 Y 1 X GLY 261 ? G GLY 261 2158 1 Y 1 X ASP 262 ? G ASP 262 2159 1 Y 1 X ILE 263 ? G ILE 263 2160 1 Y 1 X GLU 264 ? G GLU 264 2161 1 Y 1 X MET 265 ? G MET 265 2162 1 Y 1 X GLN 266 ? G GLN 266 2163 1 Y 1 X SER 267 ? G SER 267 2164 1 Y 1 X VAL 268 ? G VAL 268 2165 1 Y 1 X ALA 269 ? G ALA 269 2166 1 Y 1 X PRO 270 ? G PRO 270 2167 1 Y 1 X SER 271 ? G SER 271 2168 1 Y 1 X ILE 272 ? G ILE 272 2169 1 Y 1 X ALA 273 ? G ALA 273 2170 1 Y 1 X PRO 274 ? G PRO 274 2171 1 Y 1 X SER 275 ? G SER 275 2172 1 Y 1 X PRO 276 ? G PRO 276 2173 1 Y 1 X ALA 277 ? G ALA 277 2174 1 Y 1 X PRO 278 ? G PRO 278 2175 1 Y 1 X VAL 279 ? G VAL 279 2176 1 Y 1 X PRO 280 ? G PRO 280 2177 1 Y 1 X ILE 281 ? G ILE 281 2178 1 Y 1 X ALA 282 ? G ALA 282 2179 1 Y 1 X VAL 283 ? G VAL 283 2180 1 Y 1 X ALA 284 ? G ALA 284 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 209285 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Thermochaetoides thermophila' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7111 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Trichoplusia ni' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.5 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 8A5P 'double helix' 8A5P 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 B DC 1 1_555 C DG 36 1_555 -0.222 0.008 0.521 -12.401 -16.210 6.036 1 K_DC75:DG-75_L K 75 ? L -75 ? 19 1 1 B DT 3 1_555 C DA 34 1_555 0.109 0.270 -0.055 -8.465 -25.470 8.021 2 K_DT77:DA-77_L K 77 ? L -77 ? 20 1 1 B DG 4 1_555 C DC 33 1_555 0.052 0.323 0.536 -26.512 -19.309 6.298 3 K_DG78:DC-78_L K 78 ? L -78 ? 19 1 1 B DT 5 1_555 C DA 32 1_555 0.015 0.151 0.574 -18.721 -9.688 3.124 4 K_DT79:DA-79_L K 79 ? L -79 ? 20 1 1 B DA 6 1_555 C DT 31 1_555 0.021 0.048 0.129 5.337 -19.770 1.351 5 K_DA80:DT-80_L K 80 ? L -80 ? 20 1 1 B DT 7 1_555 C DA 30 1_555 -0.150 0.089 0.421 -1.097 -22.774 1.988 6 K_DT81:DA-81_L K 81 ? L -81 ? 20 1 1 B DT 8 1_555 C DA 29 1_555 -0.063 0.100 -0.166 -12.042 -26.919 7.062 7 K_DT82:DA-82_L K 82 ? L -82 ? 20 1 1 B DG 9 1_555 C DC 28 1_555 -0.444 0.216 -0.188 -6.858 -16.910 3.452 8 K_DG83:DC-83_L K 83 ? L -83 ? 19 1 1 B DA 10 1_555 C DT 27 1_555 0.032 0.321 0.159 -3.947 -18.902 6.439 9 K_DA84:DT-84_L K 84 ? L -84 ? 20 1 1 B DA 11 1_555 C DT 26 1_555 0.333 0.253 0.444 6.536 -13.946 -1.367 10 K_DA85:DT-85_L K 85 ? 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