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ARG D 628 ASN D 642 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 314 A . ? ASP 314 A PRO 315 A ? PRO 315 A 1 -1.68 2 ASP 314 B . ? ASP 314 B PRO 315 B ? PRO 315 B 1 -3.19 3 ASP 314 C . ? ASP 314 C PRO 315 C ? PRO 315 C 1 -4.20 4 ASP 314 D . ? ASP 314 D PRO 315 D ? PRO 315 D 1 -6.87 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 7 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 7 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 7 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 5 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 7 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? anti-parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB2 6 7 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AC9 5 6 ? anti-parallel AC9 6 7 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE A 121 ? SER A 122 ? PHE A 121 SER A 122 AA1 2 HIS A 541 ? SER A 542 ? HIS A 541 SER A 542 AA2 1 ALA A 125 ? GLU A 134 ? ALA A 125 GLU A 134 AA2 2 SER A 517 ? GLY A 528 ? SER A 517 GLY A 528 AA2 3 ASP A 237 ? ASN A 250 ? ASP A 237 ASN A 250 AA2 4 THR A 467 ? PRO A 468 ? THR A 467 PRO A 468 AA3 1 ALA A 125 ? GLU A 134 ? ALA A 125 GLU A 134 AA3 2 SER A 517 ? GLY A 528 ? SER A 517 GLY A 528 AA3 3 ASP A 237 ? ASN A 250 ? ASP A 237 ASN A 250 AA3 4 GLY A 451 ? VAL A 455 ? GLY A 451 VAL A 455 AA3 5 VAL A 564 ? GLY A 566 ? VAL A 564 GLY A 566 AA4 1 PHE A 203 ? THR A 204 ? PHE A 203 THR A 204 AA4 2 TRP A 211 ? VAL A 217 ? TRP A 211 VAL A 217 AA4 3 THR A 162 ? ASN A 169 ? THR A 162 ASN A 169 AA4 4 GLN A 149 ? SER A 156 ? GLN A 149 SER A 156 AA4 5 THR A 504 ? SER A 513 ? THR A 504 SER A 513 AA4 6 PHE A 259 ? TYR A 265 ? PHE A 259 TYR A 265 AA4 7 GLU A 442 ? LEU A 445 ? GLU A 442 LEU A 445 AA5 1 ILE A 270 ? THR A 273 ? ILE A 270 THR A 273 AA5 2 ASN A 420 ? PRO A 425 ? ASN A 420 PRO A 425 AA5 3 GLY A 473 ? THR A 478 ? GLY A 473 THR A 478 AA5 4 ILE A 494 ? ARG A 495 ? ILE A 494 ARG A 495 AA6 1 GLU A 278 ? SER A 280 ? GLU A 278 SER A 280 AA6 2 ALA A 413 ? THR A 415 ? ALA A 413 THR A 415 AA7 1 ILE A 318 ? PRO A 319 ? ILE A 318 PRO A 319 AA7 2 PHE A 325 ? HIS A 329 ? PHE A 325 HIS A 329 AA7 3 VAL A 297 ? TRP A 301 ? VAL A 297 TRP A 301 AA7 4 VAL A 283 ? ARG A 290 ? VAL A 283 ARG A 290 AA7 5 SER A 401 ? ASN A 410 ? SER A 401 ASN A 410 AA7 6 MET A 349 ? ASP A 353 ? MET A 349 ASP A 353 AA7 7 GLU A 358 ? ALA A 363 ? GLU A 358 ALA A 363 AA8 1 ILE A 339 ? THR A 342 ? ILE A 339 THR A 342 AA8 2 VAL A 368 ? GLY A 375 ? VAL A 368 GLY A 375 AA8 3 ALA A 382 ? THR A 387 ? ALA A 382 THR A 387 AA8 4 THR A 392 ? ALA A 397 ? THR A 392 ALA A 397 AA9 1 THR B 467 ? PRO B 468 ? THR B 467 PRO B 468 AA9 2 ASP B 237 ? TYR B 242 ? ASP B 237 TYR B 242 AA9 3 SER B 517 ? VAL B 529 ? SER B 517 VAL B 529 AA9 4 PHE B 121 ? GLU B 133 ? PHE B 121 GLU B 133 AA9 5 HIS B 541 ? SER B 542 ? HIS B 541 SER B 542 AB1 1 THR B 467 ? PRO B 468 ? THR B 467 PRO B 468 AB1 2 ASP B 237 ? TYR B 242 ? ASP B 237 TYR B 242 AB1 3 SER B 517 ? VAL B 529 ? SER B 517 VAL B 529 AB1 4 SER B 244 ? ASN B 250 ? SER B 244 ASN B 250 AB1 5 GLY B 451 ? VAL B 455 ? GLY B 451 VAL B 455 AB1 6 VAL B 564 ? GLY B 566 ? VAL B 564 GLY B 566 AB2 1 PHE B 203 ? THR B 204 ? PHE B 203 THR B 204 AB2 2 TRP B 211 ? VAL B 217 ? TRP B 211 VAL B 217 AB2 3 THR B 162 ? ASN B 169 ? THR B 162 ASN B 169 AB2 4 GLN B 149 ? SER B 156 ? GLN B 149 SER B 156 AB2 5 THR B 504 ? SER B 513 ? THR B 504 SER B 513 AB2 6 PHE B 259 ? TYR B 265 ? PHE B 259 TYR B 265 AB2 7 GLU B 442 ? LEU B 445 ? GLU B 442 LEU B 445 AB3 1 ILE B 270 ? THR B 273 ? ILE B 270 THR B 273 AB3 2 ASN B 420 ? PRO B 425 ? ASN B 420 PRO B 425 AB3 3 GLY B 473 ? THR B 478 ? GLY B 473 THR B 478 AB4 1 GLU B 278 ? GLY B 279 ? GLU B 278 GLY B 279 AB4 2 GLU B 414 ? THR B 415 ? GLU B 414 THR B 415 AB5 1 ILE B 318 ? PRO B 319 ? ILE B 318 PRO B 319 AB5 2 PHE B 325 ? HIS B 329 ? PHE B 325 HIS B 329 AB5 3 VAL B 297 ? TRP B 301 ? VAL B 297 TRP B 301 AB5 4 PHE B 286 ? THR B 289 ? PHE B 286 THR B 289 AB5 5 VAL B 405 ? ILE B 406 ? VAL B 405 ILE B 406 AB6 1 ILE B 339 ? THR B 342 ? ILE B 339 THR B 342 AB6 2 VAL B 368 ? THR B 374 ? VAL B 368 THR B 374 AB6 3 ALA B 382 ? THR B 387 ? ALA B 382 THR B 387 AB6 4 THR B 392 ? ALA B 397 ? THR B 392 ALA B 397 AB7 1 GLU B 358 ? ALA B 363 ? GLU B 358 ALA B 363 AB7 2 MET B 349 ? ASP B 353 ? MET B 349 ASP B 353 AB7 3 PHE B 408 ? ASN B 410 ? PHE B 408 ASN B 410 AB8 1 TRP C 77 ? ALA C 78 ? TRP C 77 ALA C 78 AB8 2 LYS C 81 ? LEU C 82 ? LYS C 81 LEU C 82 AB9 1 THR C 467 ? PRO C 468 ? THR C 467 PRO C 468 AB9 2 ASP C 237 ? ASN C 250 ? ASP C 237 ASN C 250 AB9 3 SER C 517 ? VAL C 529 ? SER C 517 VAL C 529 AB9 4 PHE C 121 ? GLU C 133 ? PHE C 121 GLU C 133 AB9 5 HIS C 541 ? SER C 542 ? HIS C 541 SER C 542 AC1 1 THR C 467 ? PRO C 468 ? THR C 467 PRO C 468 AC1 2 ASP C 237 ? ASN C 250 ? ASP C 237 ASN C 250 AC1 3 GLY C 451 ? VAL C 455 ? GLY C 451 VAL C 455 AC1 4 VAL C 564 ? GLY C 566 ? VAL C 564 GLY C 566 AC2 1 TRP C 211 ? VAL C 217 ? TRP C 211 VAL C 217 AC2 2 THR C 162 ? ASN C 169 ? THR C 162 ASN C 169 AC2 3 GLN C 149 ? SER C 156 ? GLN C 149 SER C 156 AC2 4 THR C 504 ? SER C 513 ? THR C 504 SER C 513 AC2 5 PHE C 259 ? TYR C 265 ? PHE C 259 TYR C 265 AC2 6 ILE C 441 ? LEU C 445 ? ILE C 441 LEU C 445 AC3 1 GLU C 278 ? VAL C 283 ? GLU C 278 VAL C 283 AC3 2 PHE C 408 ? THR C 415 ? PHE C 408 THR C 415 AC3 3 MET C 349 ? ASP C 353 ? MET C 349 ASP C 353 AC3 4 GLU C 358 ? ALA C 363 ? GLU C 358 ALA C 363 AC4 1 ILE C 318 ? PRO C 319 ? ILE C 318 PRO C 319 AC4 2 PHE C 325 ? ARG C 328 ? PHE C 325 ARG C 328 AC4 3 THR C 298 ? TRP C 301 ? THR C 298 TRP C 301 AC4 4 PHE C 286 ? THR C 289 ? PHE C 286 THR C 289 AC4 5 VAL C 405 ? ILE C 406 ? VAL C 405 ILE C 406 AC5 1 ILE C 339 ? THR C 342 ? ILE C 339 THR C 342 AC5 2 VAL C 368 ? THR C 374 ? VAL C 368 THR C 374 AC5 3 ALA C 382 ? THR C 387 ? ALA C 382 THR C 387 AC5 4 THR C 392 ? ALA C 397 ? THR C 392 ALA C 397 AC6 1 ASN C 420 ? PRO C 425 ? ASN C 420 PRO C 425 AC6 2 GLY C 473 ? THR C 478 ? GLY C 473 THR C 478 AC7 1 ILE D 127 ? GLU D 133 ? ILE D 127 GLU D 133 AC7 2 SER D 517 ? GLY D 528 ? SER D 517 GLY D 528 AC7 3 ASP D 237 ? ASN D 250 ? ASP D 237 ASN D 250 AC7 4 PHE D 121 ? ASP D 124 ? PHE D 121 ASP D 124 AC7 5 HIS D 541 ? SER D 542 ? HIS D 541 SER D 542 AC8 1 THR D 467 ? PRO D 468 ? THR D 467 PRO D 468 AC8 2 ASP D 237 ? ASN D 250 ? ASP D 237 ASN D 250 AC8 3 SER D 517 ? GLY D 528 ? SER D 517 GLY D 528 AC8 4 GLY D 451 ? VAL D 455 ? GLY D 451 VAL D 455 AC8 5 VAL D 564 ? TYR D 565 ? VAL D 564 TYR D 565 AC9 1 PHE D 203 ? THR D 204 ? PHE D 203 THR D 204 AC9 2 TRP D 211 ? ARG D 216 ? TRP D 211 ARG D 216 AC9 3 TYR D 164 ? ASN D 169 ? TYR D 164 ASN D 169 AC9 4 GLN D 149 ? SER D 156 ? GLN D 149 SER D 156 AC9 5 THR D 504 ? SER D 513 ? THR D 504 SER D 513 AC9 6 PHE D 259 ? TYR D 265 ? PHE D 259 TYR D 265 AC9 7 GLU D 442 ? LEU D 445 ? GLU D 442 LEU D 445 AD1 1 GLU D 278 ? GLY D 279 ? GLU D 278 GLY D 279 AD1 2 GLU D 414 ? THR D 415 ? GLU D 414 THR D 415 AD2 1 PHE D 282 ? VAL D 283 ? PHE D 282 VAL D 283 AD2 2 PHE D 408 ? ASN D 410 ? PHE D 408 ASN D 410 AD2 3 MET D 349 ? ASP D 353 ? MET D 349 ASP D 353 AD2 4 GLU D 358 ? ALA D 363 ? GLU D 358 ALA D 363 AD3 1 ILE D 318 ? PRO D 319 ? ILE D 318 PRO D 319 AD3 2 PHE D 325 ? HIS D 329 ? PHE D 325 HIS D 329 AD3 3 VAL D 297 ? TRP D 301 ? VAL D 297 TRP D 301 AD3 4 PHE D 286 ? THR D 289 ? PHE D 286 THR D 289 AD3 5 VAL D 405 ? ILE D 406 ? VAL D 405 ILE D 406 AD4 1 ILE D 339 ? THR D 342 ? ILE D 339 THR D 342 AD4 2 VAL D 368 ? GLY D 375 ? VAL D 368 GLY D 375 AD4 3 ALA D 382 ? THR D 387 ? ALA D 382 THR D 387 AD4 4 THR D 392 ? ALA D 397 ? THR D 392 ALA D 397 AD5 1 ARG D 421 ? PRO D 425 ? ARG D 421 PRO D 425 AD5 2 ALA D 474 ? THR D 478 ? ALA D 474 THR D 478 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N SER A 122 ? 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The particles for this class were randomly split into half sets for the subsequent reconstruction and postprocessing steps. Note that the symmetry expansion step generates a 60-fold larger particle stack. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 353898 _em_3d_reconstruction.resolution 3.39 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details NULL _em_buffer.pH 5.6 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'expressed in Spodoptera frugiperda Sf21 cells' _em_entity_assembly.name 'Nudaurelia capensis omega virus' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 8AAY _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_magnification 75000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate OTHER _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 8AAY _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 8AAY _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 8AAY _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OG1 D THR 370 ? ? 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A ALA 36 37 1 Y 1 A ARG 37 ? A ARG 37 38 1 Y 1 A SER 38 ? A SER 38 39 1 Y 1 A ARG 39 ? A ARG 39 40 1 Y 1 A ALA 40 ? A ALA 40 41 1 Y 1 A ASN 41 ? A ASN 41 42 1 Y 1 A ASN 42 ? A ASN 42 43 1 Y 1 A ILE 43 ? A ILE 43 44 1 Y 1 A ASP 44 ? A ASP 44 45 1 Y 1 A ASN 45 ? A ASN 45 46 1 Y 1 A VAL 46 ? A VAL 46 47 1 Y 1 A THR 47 ? A THR 47 48 1 Y 1 A ALA 48 ? A ALA 48 49 1 Y 1 A ALA 49 ? A ALA 49 50 1 Y 1 A ALA 50 ? A ALA 50 51 1 Y 1 A GLN 51 ? A GLN 51 52 1 Y 1 A GLU 52 ? A GLU 52 53 1 Y 1 A LEU 53 ? A LEU 53 54 1 Y 1 A GLY 54 ? A GLY 54 55 1 Y 1 A GLN 55 ? A GLN 55 56 1 Y 1 A SER 56 ? A SER 56 57 1 Y 1 A LEU 57 ? A LEU 57 58 1 Y 1 A ASP 58 ? A ASP 58 59 1 Y 1 A ALA 59 ? A ALA 59 60 1 Y 1 A ASN 60 ? A ASN 60 61 1 Y 1 A VAL 61 ? A VAL 61 62 1 Y 1 A ILE 62 ? A ILE 62 63 1 Y 1 A THR 63 ? A THR 63 64 1 Y 1 A PHE 64 ? A PHE 64 65 1 Y 1 A PRO 65 ? A PRO 65 66 1 Y 1 A THR 66 ? A THR 66 67 1 Y 1 A ASN 67 ? A ASN 67 68 1 Y 1 A VAL 68 ? A VAL 68 69 1 Y 1 A ALA 69 ? A ALA 69 70 1 Y 1 A THR 70 ? A THR 70 71 1 Y 1 A MET 71 ? A MET 71 72 1 Y 1 A PRO 72 ? A PRO 72 73 1 Y 1 A GLU 73 ? A GLU 73 74 1 Y 1 A PHE 74 ? A PHE 74 75 1 Y 1 A ARG 75 ? A ARG 75 76 1 Y 1 A SER 76 ? A SER 76 77 1 Y 1 A TRP 77 ? A TRP 77 78 1 Y 1 A ALA 78 ? A ALA 78 79 1 Y 1 A ARG 79 ? A ARG 79 80 1 Y 1 A GLY 80 ? A GLY 80 81 1 Y 1 A LEU 611 ? A LEU 611 82 1 Y 1 A ALA 612 ? A ALA 612 83 1 Y 1 A ARG 613 ? A ARG 613 84 1 Y 1 A LEU 614 ? A LEU 614 85 1 Y 1 A PRO 615 ? A PRO 615 86 1 Y 1 A GLY 616 ? A GLY 616 87 1 Y 1 A LEU 617 ? A LEU 617 88 1 Y 1 A LEU 618 ? A LEU 618 89 1 Y 1 A ALA 619 ? A ALA 619 90 1 Y 1 A SER 620 ? A SER 620 91 1 Y 1 A ILE 621 ? A ILE 621 92 1 Y 1 A PRO 622 ? A PRO 622 93 1 Y 1 A GLY 623 ? A GLY 623 94 1 Y 1 A LYS 624 ? A LYS 624 95 1 Y 1 A ILE 625 ? A ILE 625 96 1 Y 1 A ALA 626 ? A ALA 626 97 1 Y 1 A ALA 627 ? A ALA 627 98 1 Y 1 A ARG 628 ? A ARG 628 99 1 Y 1 A VAL 629 ? A VAL 629 100 1 Y 1 A ARG 630 ? A ARG 630 101 1 Y 1 A ALA 631 ? A ALA 631 102 1 Y 1 A ARG 632 ? A ARG 632 103 1 Y 1 A ARG 633 ? A ARG 633 104 1 Y 1 A ASP 634 ? A ASP 634 105 1 Y 1 A ARG 635 ? A ARG 635 106 1 Y 1 A ARG 636 ? A ARG 636 107 1 Y 1 A ARG 637 ? A ARG 637 108 1 Y 1 A ALA 638 ? A ALA 638 109 1 Y 1 A ALA 639 ? A ALA 639 110 1 Y 1 A ARG 640 ? A ARG 640 111 1 Y 1 A MET 641 ? A MET 641 112 1 Y 1 A ASN 642 ? A ASN 642 113 1 Y 1 A ASN 643 ? A ASN 643 114 1 Y 1 A ASN 644 ? A ASN 644 115 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 116 1 Y 1 B ASP 2 ? B ASP 2 117 1 Y 1 B SER 3 ? B SER 3 118 1 Y 1 B ASN 4 ? B ASN 4 119 1 Y 1 B SER 5 ? B SER 5 120 1 Y 1 B ALA 6 ? B ALA 6 121 1 Y 1 B SER 7 ? B SER 7 122 1 Y 1 B GLY 8 ? B GLY 8 123 1 Y 1 B LYS 9 ? B LYS 9 124 1 Y 1 B ARG 10 ? B ARG 10 125 1 Y 1 B ARG 11 ? B ARG 11 126 1 Y 1 B SER 12 ? B SER 12 127 1 Y 1 B ARG 13 ? B ARG 13 128 1 Y 1 B ASN 14 ? B ASN 14 129 1 Y 1 B VAL 15 ? B VAL 15 130 1 Y 1 B ARG 16 ? B ARG 16 131 1 Y 1 B ILE 17 ? B ILE 17 132 1 Y 1 B ALA 18 ? B ALA 18 133 1 Y 1 B ALA 19 ? B ALA 19 134 1 Y 1 B ASN 20 ? B ASN 20 135 1 Y 1 B THR 21 ? B THR 21 136 1 Y 1 B VAL 22 ? B VAL 22 137 1 Y 1 B ASN 23 ? B ASN 23 138 1 Y 1 B VAL 24 ? B VAL 24 139 1 Y 1 B ALA 25 ? B ALA 25 140 1 Y 1 B PRO 26 ? B PRO 26 141 1 Y 1 B LYS 27 ? B LYS 27 142 1 Y 1 B GLN 28 ? B GLN 28 143 1 Y 1 B ARG 29 ? B ARG 29 144 1 Y 1 B GLN 30 ? B GLN 30 145 1 Y 1 B ALA 31 ? B ALA 31 146 1 Y 1 B ARG 32 ? B ARG 32 147 1 Y 1 B GLY 33 ? B GLY 33 148 1 Y 1 B ARG 34 ? B ARG 34 149 1 Y 1 B ARG 35 ? B ARG 35 150 1 Y 1 B ALA 36 ? B ALA 36 151 1 Y 1 B ARG 37 ? B ARG 37 152 1 Y 1 B SER 38 ? B SER 38 153 1 Y 1 B ARG 39 ? B ARG 39 154 1 Y 1 B ALA 40 ? B ALA 40 155 1 Y 1 B ASN 41 ? B ASN 41 156 1 Y 1 B ASN 42 ? B ASN 42 157 1 Y 1 B ILE 43 ? B ILE 43 158 1 Y 1 B ASP 44 ? B ASP 44 159 1 Y 1 B ASN 45 ? B ASN 45 160 1 Y 1 B VAL 46 ? B VAL 46 161 1 Y 1 B THR 47 ? B THR 47 162 1 Y 1 B ALA 48 ? B ALA 48 163 1 Y 1 B ALA 49 ? B ALA 49 164 1 Y 1 B ALA 50 ? B ALA 50 165 1 Y 1 B GLN 51 ? B GLN 51 166 1 Y 1 B GLU 52 ? B GLU 52 167 1 Y 1 B LEU 53 ? B LEU 53 168 1 Y 1 B GLY 54 ? 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The average of these two values is given. ; _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 16478 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 3.0.3 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.06 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.14 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.20rc4 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0.3 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 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