data_8ABB # _entry.id 8ABB # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.365 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 8ABB pdb_00008abb 10.2210/pdb8abb/pdb WWPDB D_1292123091 ? ? EMDB EMD-15317 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Complex III2 from Yarrowia lipolytica, ascorbate-reduced, c-position' _pdbx_database_related.db_id EMD-15317 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 8ABB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2022-07-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wieferig, J.P.' 1 0000-0002-5552-3381 'Kuhlbrandt, W.' 2 0000-0002-2013-4810 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Iucrj _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2052-2525 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 27 _citation.page_last 37 _citation.title 'Analysis of the conformational heterogeneity of the Rieske iron-sulfur protein in complex III 2 by cryo-EM.' _citation.year 2023 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1107/S2052252522010570 _citation.pdbx_database_id_PubMed 36598500 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wieferig, J.P.' 1 0000-0002-5552-3381 primary 'Kuhlbrandt, W.' 2 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 8ABB _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 8ABB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Cytochrome b' 43409.406 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial' 24563.213 2 7.1.1.8 ? ? ? 3 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit 7' 14675.995 2 ? ? ? ? 4 polymer nat YALI0F24673p 15789.444 2 ? ? ? ? 5 polymer nat YALI0A14806p 52846.945 2 ? ? ? ? 6 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial' 44277.840 2 ? ? ? ? 7 polymer nat YALI0A17468p 36555.605 2 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Cytochrome b-c1 complex subunit 8' 10463.970 2 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Complex III subunit 9' 8038.856 2 ? ? ? ? 10 polymer nat YALI0C12210p 9114.678 2 ? ? ? ? 11 non-polymer syn 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' 616.487 4 ? ? ? ? 12 non-polymer syn 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 790.145 4 ? ? ? ? 13 non-polymer syn PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 734.039 4 ? ? ? ? 14 non-polymer syn CARDIOLIPIN 1464.043 10 ? ? ? ? 15 non-polymer syn DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE 510.615 4 ? ? ? ? 16 non-polymer syn 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' 175.820 1 ? ? ? ? 17 non-polymer syn 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE 591.777 2 ? ? ? ? 18 non-polymer syn 'HEME C' 618.503 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 ;Complex III subunit 3,Complex III subunit III,Cytochrome b-c1 complex subunit 3,Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit ; 3 'Complex III subunit 7,Complex III subunit VII,Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 14 kDa protein' 6 'Complex III subunit 2,Core protein II,Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2' 8 'Complex III subunit 8,Complex III subunit VIII' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MALRKKNSLLNMANSYVLDSPQPSNLNYFWNFGSLLALCLVIQLATGITLAMHYTSHASLAFDSVEHIMRDVNFGWFIRY AHANTASFFFICIYAHMGRNIYYGSYKTPRVLPWSIGVIIFLLLIITAFMGYVLVFGQMSLWGATVICNLVSAIPWLGED IVHFLWGGFSVGNPTLQRFFALHYLMPFVLAVFALLHLIALHTAGSSNPLGITSNVDKLSMHPYYSFKDLITVFAFLLMF TLFVFFSPDKLGHPDNYIPANPMVTPASIVPEWYLLPFYAILRAIPDKLGGVIAMVAAILILLILPIVDRSIIRGNAFKP ISKLLFGFFICNFLLLGVLGQVHIEPPFIVLGQICTIFYFSYFLILLPMVSTIENIFFYIGSLRK ; ;MALRKKNSLLNMANSYVLDSPQPSNLNYFWNFGSLLALCLVIQLATGITLAMHYTSHASLAFDSVEHIMRDVNFGWFIRY AHANTASFFFICIYAHMGRNIYYGSYKTPRVLPWSIGVIIFLLLIITAFMGYVLVFGQMSLWGATVICNLVSAIPWLGED IVHFLWGGFSVGNPTLQRFFALHYLMPFVLAVFALLHLIALHTAGSSNPLGITSNVDKLSMHPYYSFKDLITVFAFLLMF TLFVFFSPDKLGHPDNYIPANPMVTPASIVPEWYLLPFYAILRAIPDKLGGVIAMVAAILILLILPIVDRSIIRGNAFKP ISKLLFGFFICNFLLLGVLGQVHIEPPFIVLGQICTIFYFSYFLILLPMVSTIENIFFYIGSLRK ; C,N ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSLLRTAAQAVKAPKAYTPLVAAKAFAQTRSVSSQPIGGKSTYKIPDFTPYLKKDRNTDANRLFSYFMIGSFGMLSAAGA KATVQDFLSNMSASADVLAMAKVEVKLGAIPLGKNVIIKWRGKPIFIRHRTSEEIEEANEVNVATLRDPQTDDERVQKPE WLVMIGVCTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRRGPAPLNLEIPEYDFADAETLVIG ; ;MSLLRTAAQAVKAPKAYTPLVAAKAFAQTRSVSSQPIGGKSTYKIPDFTPYLKKDRNTDANRLFSYFMIGSFGMLSAAGA KATVQDFLSNMSASADVLAMAKVEVKLGAIPLGKNVIIKWRGKPIFIRHRTSEEIEEANEVNVATLRDPQTDDERVQKPE WLVMIGVCTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRRGPAPLNLEIPEYDFADAETLVIG ; P,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MASITSVVKTSELILKSPLLSKIVVPLAKTYVKFSGYRQLGFKMNDLIIEETPNMQLALRRLPPTESYDRVYRLIRATQF SLSHKLATGNDITKPEEDDHYLIPYILDVEAEAFEKDALDNLEVVKRK ; ;MASITSVVKTSELILKSPLLSKIVVPLAKTYVKFSGYRQLGFKMNDLIIEETPNMQLALRRLPPTESYDRVYRLIRATQF SLSHKLATGNDITKPEEDDHYLIPYILDVEAEAFEKDALDNLEVVKRK ; G,R ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSYFLTLASEVAESLLPTVAFASEEEKEQDEPVEVESDDDESEEKEDDDEEEDEDDDDDDDDDEVPDPAIALHEAAAEGP CHDFKHHFDECVERVTKAQEAEDYDHAEYKEDCVEEFFHLQHCINDNTADKLFRVLK ; ;MSYFLTLASEVAESLLPTVAFASEEEKEQDEPVEVESDDDESEEKEDDDEEEDEDDDDDDDDDEVPDPAIALHEAAAEGP CHDFKHHFDECVERVTKAQEAEDYDHAEYKEDCVEEFFHLQHCINDNTADKLFRVLK ; F,Q ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MNSLLRLPALKRGVFTMSKRGLATTVSPKTRTSNLKNGLTIASESNPLVQTATVGVWIDAGSRNENAYNNGTAHFFEHLA FKGTDKRSQHQLELDIENMGGHLNAYTSRESTVYYAKSFKDDVPKSVEILADILQHSKLAESAIDREREVITRELEEVNK QYEEVVFDHLHATAFMNQPLGRTILGPRENIQTITNTELRKFITENYTADRMVLVGAGAVDHDALVELAEKYFSHLPSSQ SPVPLGTPRSSGEDANQNPIPNFVGSEVRLRDDTMPVAHIAIAVEGVSWTSEDYYTALVAQAIIGNYDRAVGTSRHQGSR LSNIVSENNLANSFQSFSTSYSDTGLWGIYLTSENTTQIDDLVHFTLKEWNRLSTSVSNLQVERAKSQLKAGLLLSLDGT TYVAEDIGRQLTTLGRRVTPAEVEAKLEAVTEHDVRAWAQKTLYDKDIALVGLGPIEGLYDYNRIRNDMSMMRW ; ;MNSLLRLPALKRGVFTMSKRGLATTVSPKTRTSNLKNGLTIASESNPLVQTATVGVWIDAGSRNENAYNNGTAHFFEHLA FKGTDKRSQHQLELDIENMGGHLNAYTSRESTVYYAKSFKDDVPKSVEILADILQHSKLAESAIDREREVITRELEEVNK QYEEVVFDHLHATAFMNQPLGRTILGPRENIQTITNTELRKFITENYTADRMVLVGAGAVDHDALVELAEKYFSHLPSSQ SPVPLGTPRSSGEDANQNPIPNFVGSEVRLRDDTMPVAHIAIAVEGVSWTSEDYYTALVAQAIIGNYDRAVGTSRHQGSR LSNIVSENNLANSFQSFSTSYSDTGLWGIYLTSENTTQIDDLVHFTLKEWNRLSTSVSNLQVERAKSQLKAGLLLSLDGT TYVAEDIGRQLTTLGRRVTPAEVEAKLEAVTEHDVRAWAQKTLYDKDIALVGLGPIEGLYDYNRIRNDMSMMRW ; A,L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MTRGVPRLAVAARHFSTAEAAGVKVAAQDGQSPISDLSVVLRGGSRYATVPGVSHILEKFAFQNTVPKSALRFVRELELF GGKLYTHTTREHIVLRTQFLKQDLPYFVDAFANVLKETKFQQFELTERVAPVAELDLLKRESDPAFTALEAAHEVAFRTG LGNSVYAQGYSPVTLEDVKEFARQVYAKQNVAVVGNNVVPADLQQLVGTAFADLQEGSKVTQAGTTTLHGGEARVRTSTG NALTIALPIAEPKPVYHALASFLGGPASMPWSVGASPLAQATVGTHTSVKATYHNYGDAGLFAITIKGDSPAEISQVAHK AVQALKDTGAEVTEEQAARAYAKSKFAAAEAFENPDSSASVIGMELLSGVSRIAPENVQKFTPAELSEAAAQLSASAKPV VAAVGQVHALPFADELF ; ;MTRGVPRLAVAARHFSTAEAAGVKVAAQDGQSPISDLSVVLRGGSRYATVPGVSHILEKFAFQNTVPKSALRFVRELELF GGKLYTHTTREHIVLRTQFLKQDLPYFVDAFANVLKETKFQQFELTERVAPVAELDLLKRESDPAFTALEAAHEVAFRTG LGNSVYAQGYSPVTLEDVKEFARQVYAKQNVAVVGNNVVPADLQQLVGTAFADLQEGSKVTQAGTTTLHGGEARVRTSTG NALTIALPIAEPKPVYHALASFLGGPASMPWSVGASPLAQATVGTHTSVKATYHNYGDAGLFAITIKGDSPAEISQVAHK AVQALKDTGAEVTEEQAARAYAKSKFAAAEAFENPDSSASVIGMELLSGVSRIAPENVQKFTPAELSEAAAQLSASAKPV VAAVGQVHALPFADELF ; B,M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MRRRRIGVWPENRRVSRLWVSLSPRSCVTCPVPTNQNPPINNHHTPILTQMFKAIPLRQALLGISSAVCAGATTTYYYTT KAEAMTAAEHGLHPAEYPWPQNGMLSTFDHASLRRGYQVYKEVCAACHSLDRIAWRNLVGVTHTTDEAKAFAEELEYDDE PDDEGNPRKRPGKLADYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIAKARHGGADYIFALLTGYPDEPPAGVVLAPGMNYNPY FPGGGIGMARTLFDGVVEYEDGTPATTSQMAKDVAAFLTWAAEPEHDERKKLGLKAIIVISAMLGLSVYIKKFKWSPIKN RKFIYNPPKN ; ;MRRRRIGVWPENRRVSRLWVSLSPRSCVTCPVPTNQNPPINNHHTPILTQMFKAIPLRQALLGISSAVCAGATTTYYYTT KAEAMTAAEHGLHPAEYPWPQNGMLSTFDHASLRRGYQVYKEVCAACHSLDRIAWRNLVGVTHTTDEAKAFAEELEYDDE PDDEGNPRKRPGKLADYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIAKARHGGADYIFALLTGYPDEPPAGVVLAPGMNYNPY FPGGGIGMARTLFDGVVEYEDGTPATTSQMAKDVAAFLTWAAEPEHDERKKLGLKAIIVISAMLGLSVYIKKFKWSPIKN RKFIYNPPKN ; D,O ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MGGNGHYMGWWGHMGSPPQKGIAGYTISPFAARPFAGVVHAAIFNTFRRTKNQALFVILPVSFFYYVWTQASEKNEWLYT KAGRHELAKALAE ; ;MGGNGHYMGWWGHMGSPPQKGIAGYTISPFAARPFAGVVHAAIFNTFRRTKNQALFVILPVSFFYYVWTQASEKNEWLYT KAGRHELAKALAE ; H,S ? 9 'polypeptide(L)' no no MAWATTFYNVFVKRNSAFVATILASAFVFDMTFETAIDNFWDRINAGKQWKDIRHKYIEAAGDDDEDDE MAWATTFYNVFVKRNSAFVATILASAFVFDMTFETAIDNFWDRINAGKQWKDIRHKYIEAAGDDDEDDE I,T ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MICGEGDYVKKPSYKIVPHFLGFNIPTVSKWIPIFGIWGAAAGIGALFLIEGVPRTRQDILSKIPIIGEHWIREIPASDN PF ; ;MICGEGDYVKKPSYKIVPHFLGFNIPTVSKWIPIFGIWGAAAGIGALFLIEGVPRTRQDILSKIPIIGEHWIREIPASDN PF ; J,U ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 LEU n 1 4 ARG n 1 5 LYS n 1 6 LYS n 1 7 ASN n 1 8 SER n 1 9 LEU n 1 10 LEU n 1 11 ASN n 1 12 MET n 1 13 ALA n 1 14 ASN n 1 15 SER n 1 16 TYR n 1 17 VAL n 1 18 LEU n 1 19 ASP n 1 20 SER n 1 21 PRO n 1 22 GLN n 1 23 PRO n 1 24 SER n 1 25 ASN n 1 26 LEU n 1 27 ASN n 1 28 TYR n 1 29 PHE n 1 30 TRP n 1 31 ASN n 1 32 PHE n 1 33 GLY n 1 34 SER n 1 35 LEU n 1 36 LEU n 1 37 ALA n 1 38 LEU n 1 39 CYS n 1 40 LEU n 1 41 VAL n 1 42 ILE n 1 43 GLN n 1 44 LEU n 1 45 ALA n 1 46 THR n 1 47 GLY n 1 48 ILE n 1 49 THR n 1 50 LEU n 1 51 ALA n 1 52 MET n 1 53 HIS n 1 54 TYR n 1 55 THR n 1 56 SER n 1 57 HIS n 1 58 ALA n 1 59 SER n 1 60 LEU n 1 61 ALA n 1 62 PHE n 1 63 ASP n 1 64 SER n 1 65 VAL n 1 66 GLU n 1 67 HIS n 1 68 ILE n 1 69 MET n 1 70 ARG n 1 71 ASP n 1 72 VAL n 1 73 ASN n 1 74 PHE n 1 75 GLY n 1 76 TRP n 1 77 PHE n 1 78 ILE n 1 79 ARG n 1 80 TYR n 1 81 ALA n 1 82 HIS n 1 83 ALA n 1 84 ASN n 1 85 THR n 1 86 ALA n 1 87 SER n 1 88 PHE n 1 89 PHE n 1 90 PHE n 1 91 ILE n 1 92 CYS n 1 93 ILE n 1 94 TYR n 1 95 ALA n 1 96 HIS n 1 97 MET n 1 98 GLY n 1 99 ARG n 1 100 ASN n 1 101 ILE n 1 102 TYR n 1 103 TYR n 1 104 GLY n 1 105 SER n 1 106 TYR n 1 107 LYS n 1 108 THR n 1 109 PRO n 1 110 ARG n 1 111 VAL n 1 112 LEU n 1 113 PRO n 1 114 TRP n 1 115 SER n 1 116 ILE n 1 117 GLY n 1 118 VAL n 1 119 ILE n 1 120 ILE n 1 121 PHE n 1 122 LEU n 1 123 LEU n 1 124 LEU n 1 125 ILE n 1 126 ILE n 1 127 THR n 1 128 ALA n 1 129 PHE n 1 130 MET n 1 131 GLY n 1 132 TYR n 1 133 VAL n 1 134 LEU n 1 135 VAL n 1 136 PHE n 1 137 GLY n 1 138 GLN n 1 139 MET n 1 140 SER n 1 141 LEU n 1 142 TRP n 1 143 GLY n 1 144 ALA n 1 145 THR n 1 146 VAL n 1 147 ILE n 1 148 CYS n 1 149 ASN n 1 150 LEU n 1 151 VAL n 1 152 SER n 1 153 ALA n 1 154 ILE n 1 155 PRO n 1 156 TRP n 1 157 LEU n 1 158 GLY n 1 159 GLU n 1 160 ASP n 1 161 ILE n 1 162 VAL n 1 163 HIS n 1 164 PHE n 1 165 LEU n 1 166 TRP n 1 167 GLY n 1 168 GLY n 1 169 PHE n 1 170 SER n 1 171 VAL n 1 172 GLY n 1 173 ASN n 1 174 PRO n 1 175 THR n 1 176 LEU n 1 177 GLN n 1 178 ARG n 1 179 PHE n 1 180 PHE n 1 181 ALA n 1 182 LEU n 1 183 HIS n 1 184 TYR n 1 185 LEU n 1 186 MET n 1 187 PRO n 1 188 PHE n 1 189 VAL n 1 190 LEU n 1 191 ALA n 1 192 VAL n 1 193 PHE n 1 194 ALA n 1 195 LEU n 1 196 LEU n 1 197 HIS n 1 198 LEU n 1 199 ILE n 1 200 ALA n 1 201 LEU n 1 202 HIS n 1 203 THR n 1 204 ALA n 1 205 GLY n 1 206 SER n 1 207 SER n 1 208 ASN n 1 209 PRO n 1 210 LEU n 1 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'CLIB 122 / E 150' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CYB_YARLI Q9B6D0 ? 1 ;MALRKKNSLLNMANSYVLDSPQPSNLNYFWNFGSLLALCLVIQLATGITLAMHYTSHASLAFDSVEHIMRDVNFGWFIRY AHANTASFFFICIYAHMGRNIYYGSYKTPRVLPWSIGVIIFLLLIITAFMGYVLVFGQMSLWGATVICNLVSAIPWLGED IVHFLWGGFSVGNPTLQRFFALHYLMPFVLAVFALLHLIALHTAGSSNPLGITSNVDKLSMHPYYSFKDLITVFAFLLMF TLFVFFSPDKLGHPDNYIPANPMVTPASIVPEWYLLPFYAILRAIPDKLGGVIAMVAAILILLILPIVDRSIIRGNAFKP ISKLLFGFFICNFLLLGVLGQVHIEPPFIVLGQICTIFYFSYFLILLPMVSTIENIFFYIGSLRK ; 1 2 UNP Q6CI02_YARLI Q6CI02 ? 2 ;MSLLRTAAQAVKAPKAYTPLVAAKAFAQTRSVSSQPIGGKSTYKIPDFTPYLKKDRNTDANRLFSYFMIGSFGMLSAAGA KATVQDFLSNMSASADVLAMAKVEVKLGAIPLGKNVIIKWRGKPIFIRHRTSEEIEEANEVNVATLRDPQTDDERVQKPE WLVMIGVCTHLGCVPIGEAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRRGPAPLNLEIPEYDFADAETLVIG ; 1 3 UNP QCR7_YARLI Q6C3K7 ? 3 ;MASITSVVKTSELILKSPLLSKIVVPLAKTYVKFSGYRQLGFKMNDLIIEETPNMQLALRRLPPTESYDRVYRLIRATQF SLSHKLATGNDITKPEEDDHYLIPYILDVEAEAFEKDALDNLEVVKRK ; 1 4 UNP Q6C0H4_YARLI Q6C0H4 ? 4 ;MSYFLTLASEVAESLLPTVAFASEEEKEQDEPVEVESDDDESEEKEDDDEEEDEDDDDDDDDDEVPDPAIALHEAAAEGP CHDFKHHFDECVERVTKAQEAEDYDHAEYKEDCVEEFFHLQHCINDNTADKLFRVLK ; 1 5 UNP Q6CGY9_YARLI Q6CGY9 ? 5 ;MNSLLRLPALKRGVFTMSKRGLATTVSPKTRTSNLKNGLTIASESNPLVQTATVGVWIDAGSRNENAYNNGTAHFFEHLA FKGTDKRSQHQLELDIENMGGHLNAYTSRESTVYYAKSFKDDVPKSVEILADILQHSKLAESAIDREREVITRELEEVNK QYEEVVFDHLHATAFMNQPLGRTILGPRENIQTITNTELRKFITENYTADRMVLVGAGAVDHDALVELAEKYFSHLPSSQ SPVPLGTPRSSGEDANQNPIPNFVGSEVRLRDDTMPVAHIAIAVEGVSWTSEDYYTALVAQAIIGNYDRAVGTSRHQGSR LSNIVSENNLANSFQSFSTSYSDTGLWGIYLTSENTTQIDDLVHFTLKEWNRLSTSVSNLQVERAKSQLKAGLLLSLDGT TYVAEDIGRQLTTLGRRVTPAEVEAKLEAVTEHDVRAWAQKTLYDKDIALVGLGPIEGLYDYNRIRNDMSMMRW ; 1 6 UNP QCR2_YARLI Q6C2E3 ? 6 ;MTRGVPRLAVAARHFSTAEAAGVKVAAQDGQSPISDLSVVLRGGSRYATVPGVSHILEKFAFQNTVPKSALRFVRELELF GGKLYTHTTREHIVLRTQFLKQDLPYFVDAFANVLKETKFQQFELTERVAPVAELDLLKRESDPAFTALEAAHEVAFRTG LGNSVYAQGYSPVTLEDVKEFARQVYAKQNVAVVGNNVVPADLQQLVGTAFADLQEGSKVTQAGTTTLHGGEARVRTSTG NALTIALPIAEPKPVYHALASFLGGPASMPWSVGASPLAQATVGTHTSVKATYHNYGDAGLFAITIKGDSPAEISQVAHK AVQALKDTGAEVTEEQAARAYAKSKFAAAEAFENPDSSASVIGMELLSGVSRIAPENVQKFTPAELSEAAAQLSASAKPV VAAVGQVHALPFADELF ; 1 7 UNP Q6CGP7_YARLI Q6CGP7 ? 7 ;MRRRRIGVWPENRRVSRLWVSLSPRSCVTCPVPTNQNPPINNHHTPILTQMFKAIPLRQALLGISSAVCAGATTTYYYTT KAEAMTAAEHGLHPAEYPWPQNGMLSTFDHASLRRGYQVYKEVCAACHSLDRIAWRNLVGVTHTTDEAKAFAEELEYDDE PDDEGNPRKRPGKLADYIPGPYPNEQAARAANQGALPPDLSLIAKARHGGADYIFALLTGYPDEPPAGVVLAPGMNYNPY FPGGGIGMARTLFDGVVEYEDGTPATTSQMAKDVAAFLTWAAEPEHDERKKLGLKAIIVISAMLGLSVYIKKFKWSPIKN RKFIYNPPKN ; 1 8 UNP Q6C387_YARLI Q6C387 ? 8 ;MGGNGHYMGWWGHMGSPPQKGIAGYTISPFAARPFAGVVHAAIFNTFRRTKNQALFVILPVSFFYYVWTQASEKNEWLYT KAGRHELAKALAE ; 1 9 UNP Q6CG23_YARLI Q6CG23 ? 9 MAWATTFYNVFVKRNSAFVATILASAFVFDMTFETAIDNFWDRINAGKQWKDIRHKYIEAAGDDDEDDE 1 10 UNP Q6CC60_YARLI Q6CC60 ? 10 ;MICGEGDYVKKPSYKIVPHFLGFNIPTVSKWIPIFGIWGAAAGIGALFLIEGVPRTRQDILSKIPIIGEHWIREIPASDN PF ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 8ABB C 1 ? 385 ? 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Q6CC60 1 ? 82 ? 1 82 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CDL non-polymer . CARDIOLIPIN ;DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL; BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL ; 'C81 H156 O17 P2 -2' 1464.043 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FES non-polymer . 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' ? 'Fe2 S2' 175.820 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HEC non-polymer . 'HEME C' ? 'C34 H34 Fe N4 O4' 618.503 HEM non-polymer . 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LMT D-saccharide . DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE ? 'C24 H46 O11' 510.615 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PC1 non-polymer . 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 'C44 H88 N O8 P' 790.145 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PTY non-polymer . PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ? 'C40 H80 N O8 P' 734.039 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 XP4 non-polymer . 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE ? 'C31 H60 O8 P -1' 591.777 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 8ABB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] 0.26 _refine.aniso_B[1][2] 0.02 _refine.aniso_B[1][3] 0.05 _refine.aniso_B[2][2] 0.61 _refine.aniso_B[2][3] -0.07 _refine.aniso_B[3][3] -0.87 _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 87.693 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc 0.951 _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 8ABB _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.20 _refine.ls_d_res_low 163.71 _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs 154841 _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs 100.00 _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs 0.25143 _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.25143 _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.924 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_bond_other_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.714 1.660 45362 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_angle_other_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.666 5.000 3977 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 35.667 22.336 1588 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.109 15.000 5140 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 17.680 15.000 166 ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.107 0.200 4332 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 0.020 25140 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_gen_planes_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_nbtor_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_xyhbond_nbd_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_vdw_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_hbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_symmetry_metal_ion_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.586 8.091 15974 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_mcbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.160 12.159 19929 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_mcangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.737 9.402 17398 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scbond_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_scangle_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 23.422 ? 141215 ? r_long_range_B_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_long_range_B_other ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_rigid_bond_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_free ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? ? ? ? ? r_sphericity_bonded ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.04 ? 0.05 1 'interatomic distance' ? C 27548 ? ? 1 'ELECTRON MICROSCOPY' 2 ? ? 0.04 ? 0.05 2 'interatomic distance' ? N 27548 ? ? 1 'ELECTRON MICROSCOPY' 1 ? ? 0.07 ? 0.05 3 'interatomic distance' ? 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O MET 248 O HEC 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 THR 108 A . ? THR 108 C PRO 109 A ? PRO 109 C 1 6.29 2 HIS 222 A . ? HIS 222 C PRO 223 A ? PRO 223 C 1 2.76 3 PRO 346 A . ? PRO 346 C PRO 347 A ? 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